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DiffDock/datasets/constants.py
Gabriele Corso 001c4fa46e first commit v1.1
2024-02-28 11:21:46 -05:00

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Python
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# Significant contribution from Ben Fry and Nick Polizzi
three_to_one = {'ALA': 'A',
'ARG': 'R',
'ASN': 'N',
'ASP': 'D',
'CYS': 'C',
'GLN': 'Q',
'GLU': 'E',
'GLY': 'G',
'HIS': 'H',
'ILE': 'I',
'LEU': 'L',
'LYS': 'K',
'MET': 'M',
'MSE': 'M', # MSE this is almost the same AA as MET. The sulfur is just replaced by Selen
'PHE': 'F',
'PRO': 'P',
'PYL': 'O',
'SER': 'S',
'SEC': 'U',
'THR': 'T',
'TRP': 'W',
'TYR': 'Y',
'VAL': 'V',
'ASX': 'B',
'GLX': 'Z',
'XAA': 'X',
'XLE': 'J'}
aa_name2aa_idx = {'ALA': 0, 'ARG': 1, 'ASN': 2, 'ASP': 3, 'CYS': 4, 'GLU': 5, 'GLN': 6, 'GLY': 7,
'HIS': 8, 'ILE': 9, 'LEU': 10, 'LYS': 11, 'MET': 12, 'PHE': 13, 'PRO': 14,
'SER': 15, 'THR': 16, 'TRP': 17, 'TYR': 18, 'VAL': 19, 'MSE': 12}
aa_short2long = {'C': 'CYS', 'D': 'ASP', 'S': 'SER', 'Q': 'GLN', 'K': 'LYS', 'I': 'ILE',
'P': 'PRO', 'T': 'THR', 'F': 'PHE', 'N': 'ASN', 'G': 'GLY', 'H': 'HIS',
'L': 'LEU', 'R': 'ARG', 'W': 'TRP', 'A': 'ALA', 'V': 'VAL', 'E': 'GLU',
'Y': 'TYR', 'M': 'MET'}
aa_short2aa_idx = {aa_short: aa_name2aa_idx[aa_long] for aa_short, aa_long in aa_short2long.items()}
aa_idx2aa_short = {aa_idx: aa_short for aa_short, aa_idx in aa_short2aa_idx.items()}
aa_long2short = {aa_long: aa_short for aa_short, aa_long in aa_short2long.items()}
aa_long2short['MSE'] = 'M'
chi = { 'C' :
{ 1: ('N' , 'CA' , 'CB' , 'SG' ) },
'D' :
{ 1: ('N' , 'CA' , 'CB' , 'CG' ),
2: ('CA' , 'CB' , 'CG' , 'OD1'), },
'E' :
{ 1: ('N' , 'CA' , 'CB' , 'CG' ),
2: ('CA' , 'CB' , 'CG' , 'CD' ),
3: ('CB' , 'CG' , 'CD' , 'OE1'), },
'F' :
{ 1: ('N' , 'CA' , 'CB' , 'CG' ),
2: ('CA' , 'CB' , 'CG' , 'CD1'), },
'H' :
{ 1: ('N' , 'CA' , 'CB' , 'CG' ),
2: ('CA' , 'CB' , 'CG' , 'ND1'), },
'I' :
{ 1: ('N' , 'CA' , 'CB' , 'CG1'),
2: ('CA' , 'CB' , 'CG1', 'CD1'), },
'K' :
{ 1: ('N' , 'CA' , 'CB' ,'CG' ),
2: ('CA' , 'CB' , 'CG' ,'CD' ),
3: ('CB' , 'CG' , 'CD' ,'CE' ),
4: ('CG' , 'CD' , 'CE' ,'NZ' ), },
'L' :
{ 1: ('N' , 'CA' , 'CB' , 'CG' ),
2: ('CA' , 'CB' , 'CG' , 'CD1'), },
'M' :
{ 1: ('N' , 'CA' , 'CB' ,'CG' ),
2: ('CA' , 'CB' , 'CG' ,'SD' ),
3: ('CB' , 'CG' , 'SD' ,'CE' ), },
'N' :
{ 1: ('N' , 'CA' , 'CB' , 'CG' ),
2: ('CA' , 'CB' , 'CG' , 'OD1'), },
'P' :
{ 1: ('N' , 'CA' , 'CB' , 'CG' ),
2: ('CA' , 'CB' , 'CG' , 'CD' ), },
'Q' :
{ 1: ('N' , 'CA' , 'CB' , 'CG' ),
2: ('CA' , 'CB' , 'CG' , 'CD' ),
3: ('CB' , 'CG' , 'CD' , 'OE1'), },
'R' :
{ 1: ('N' , 'CA' , 'CB' ,'CG' ),
2: ('CA' , 'CB' , 'CG' ,'CD' ),
3: ('CB' , 'CG' , 'CD' ,'NE' ),
4: ('CG' , 'CD' , 'NE' ,'CZ' ), },
'S' :
{ 1: ('N' , 'CA' , 'CB' , 'OG' ), },
'T' :
{ 1: ('N' , 'CA' , 'CB' , 'OG1'), },
'V' :
{ 1: ('N' , 'CA' , 'CB' , 'CG1'), },
'W' :
{ 1: ('N' , 'CA' , 'CB' , 'CG' ),
2: ('CA' , 'CB' , 'CG' , 'CD1'), },
'Y' :
{ 1: ('N' , 'CA' , 'CB' , 'CG' ),
2: ('CA' , 'CB' , 'CG' , 'CD1'), },
}
atom_order = {'G': ['N', 'CA', 'C', 'O'],
'A': ['N', 'CA', 'C', 'O', 'CB'],
'S': ['N', 'CA', 'C', 'O', 'CB', 'OG'],
'C': ['N', 'CA', 'C', 'O', 'CB', 'SG'],
'T': ['N', 'CA', 'C', 'O', 'CB', 'OG1', 'CG2'],
'P': ['N', 'CA', 'C', 'O', 'CB', 'CG', 'CD'],
'V': ['N', 'CA', 'C', 'O', 'CB', 'CG1', 'CG2'],
'M': ['N', 'CA', 'C', 'O', 'CB', 'CG', 'SD', 'CE'],
'N': ['N', 'CA', 'C', 'O', 'CB', 'CG', 'OD1', 'ND2'],
'I': ['N', 'CA', 'C', 'O', 'CB', 'CG1', 'CG2', 'CD1'],
'L': ['N', 'CA', 'C', 'O', 'CB', 'CG', 'CD1', 'CD2'],
'D': ['N', 'CA', 'C', 'O', 'CB', 'CG', 'OD1', 'OD2'],
'E': ['N', 'CA', 'C', 'O', 'CB', 'CG', 'CD', 'OE1', 'OE2'],
'K': ['N', 'CA', 'C', 'O', 'CB', 'CG', 'CD', 'CE', 'NZ'],
'Q': ['N', 'CA', 'C', 'O', 'CB', 'CG', 'CD', 'OE1', 'NE2'],
'H': ['N', 'CA', 'C', 'O', 'CB', 'CG', 'ND1', 'CD2', 'CE1', 'NE2'],
'F': ['N', 'CA', 'C', 'O', 'CB', 'CG', 'CD1', 'CD2', 'CE1', 'CE2', 'CZ'],
'R': ['N', 'CA', 'C', 'O', 'CB', 'CG', 'CD', 'NE', 'CZ', 'NH1', 'NH2'],
'Y': ['N', 'CA', 'C', 'O', 'CB', 'CG', 'CD1', 'CD2', 'CE1', 'CE2', 'CZ', 'OH'],
'W': ['N', 'CA', 'C', 'O', 'CB', 'CG', 'CD1', 'CD2', 'CE2', 'CE3', 'NE1', 'CZ2', 'CZ3', 'CH2'],
'X': ['N', 'CA', 'C', 'O']} # unknown amino acid
amino_acid_smiles = {
'PHE': '[NH3+]CC(=O)N[C@@H](Cc1ccccc1)C(=O)NCC(=O)O',
'MET': 'CSCC[C@H](NC(=O)C[NH3+])C(=O)NCC(=O)O',
'TYR': '[NH3+]CC(=O)N[C@@H](Cc1ccc(O)cc1)C(=O)NCC(=O)O',
'ILE': 'CC[C@H](C)[C@H](NC(=O)C[NH3+])C(=O)NCC(=O)O',
'TRP': '[NH3+]CC(=O)N[C@@H](Cc1c[nH]c2ccccc12)C(=O)NCC(=O)O',
'THR': 'C[C@@H](O)[C@H](NC(=O)C[NH3+])C(=O)NCC(=O)O',
'CYS': '[NH3+]CC(=O)N[C@@H](CS)C(=O)NCC(=O)O',
'ALA': 'C[C@H](NC(=O)C[NH3+])C(=O)NCC(=O)O',
'LYS': '[NH3+]CCCC[C@H](NC(=O)C[NH3+])C(=O)NCC(=O)O',
'PRO': '[NH3+]CC(=O)N1CCC[C@H]1C(=O)NCC(=O)O',
'LEU': 'CC(C)C[C@H](NC(=O)C[NH3+])C(=O)NCC(=O)O',
'GLY': '[NH3+]CC(=O)NCC(=O)NCC(=O)O',
'ASP': '[NH3+]CC(=O)N[C@@H](CC(=O)O)C(=O)NCC(=O)O',
'HIS': '[NH3+]CC(=O)N[C@@H](Cc1c[nH]c[nH+]1)C(=O)NCC(=O)O',
'VAL': 'CC(C)[C@H](NC(=O)C[NH3+])C(=O)NCC(=O)O',
'SER': '[NH3+]CC(=O)N[C@@H](CO)C(=O)NCC(=O)O',
'ARG': 'NC(=[NH2+])NCCC[C@H](NC(=O)C[NH3+])C(=O)NCC(=O)O',
'GLU': '[NH3+]CC(=O)N[C@@H](CCC(=O)O)C(=O)NCC(=O)O',
'GLN': 'NC(=O)CC[C@H](NC(=O)C[NH3+])C(=O)NCC(=O)O',
'ASN': 'NC(=O)C[C@H](NC(=O)C[NH3+])C(=O)NCC(=O)O',
}
cg_rdkit_indices = {
'PHE': {4: 'N', 5: 'CA', 13: 'C', 14: 'O', 6: 'CB', 7: 'CG', 8: 'CD1', 12: 'CD2', 9: 'CE1', 11: 'CE2', 10: 'CZ'},
'MET': {5: 'N', 4: 'CA', 10: 'C', 11: 'O', 3: 'CB', 2: 'CG', 1: 'SD', 0: 'CE'},
'TYR': {4: 'N', 5: 'CA', 14: 'C', 15: 'O', 6: 'CB', 7: 'CG', 8: 'CD1', 13: 'CD2', 9: 'CE1', 12: 'CE2', 10: 'CZ', 11: 'OH'},
'ILE': {5: 'N', 4: 'CA', 10: 'C', 11: 'O', 2: 'CB', 1: 'CG1', 3: 'CG2', 0: 'CD1'},
'TRP': {4: 'N', 5: 'CA', 16: 'C', 17: 'O', 6: 'CB', 7: 'CG', 8: 'CD1', 15: 'CD2', 9: 'NE1', 10: 'CE2', 14: 'CE3', 11: 'CZ2', 13: 'CZ3', 12: 'CH2'},
'THR': {4: 'N', 3: 'CA', 9: 'C', 10: 'O', 1: 'CB', 2: 'OG1', 0: 'CG2'},
'CYS': {4: 'N', 5: 'CA', 8: 'C', 9: 'O', 6: 'CB', 7: 'SG'},
'ALA': {2: 'N', 1: 'CA', 7: 'C', 8: 'O', 0: 'CB'},
'LYS': {6: 'N', 5: 'CA', 11: 'C', 12: 'O', 4: 'CB', 3: 'CG', 2: 'CD', 1: 'CE', 0: 'NZ'},
'PRO': {4: 'N', 8: 'CA', 9: 'C', 10: 'O', 7: 'CB', 6: 'CG', 5: 'CD'},
'LEU': {5: 'N', 4: 'CA', 10: 'C', 11: 'O', 3: 'CB', 1: 'CG', 0: 'CD1', 2: 'CD2'},
'GLY': {4: 'N', 5: 'CA', 6: 'C', 7: 'O'},
'ASP': {4: 'N', 5: 'CA', 10: 'C', 11: 'O', 6: 'CB', 7: 'CG', 8: 'OD1', 9: 'OD2'},
'HIS': {4: 'N', 5: 'CA', 12: 'C', 13: 'O', 6: 'CB', 7: 'CG', 11: 'ND1', 8: 'CD2', 10: 'CE1', 9: 'NE2'},
'VAL': {4: 'N', 3: 'CA', 9: 'C', 10: 'O', 1: 'CB', 0: 'CG1', 2: 'CG2'},
'SER': {4: 'N', 5: 'CA', 8: 'C', 9: 'O', 6: 'CB', 7: 'OG'},
'ARG': {8: 'N', 7: 'CA', 13: 'C', 14: 'O', 6: 'CB', 5: 'CG', 4: 'CD', 3: 'NE', 1: 'CZ', 0: 'NH1', 2: 'NH2'},
'GLU': {4: 'N', 5: 'CA', 11: 'C', 12: 'O', 6: 'CB', 7: 'CG', 8: 'CD', 9: 'OE1', 10: 'OE2'},
'GLN': {6: 'N', 5: 'CA', 11: 'C', 12: 'O', 4: 'CB', 3: 'CG', 1: 'CD', 2: 'OE1', 0: 'NE2'},
'ASN': {5: 'N', 4: 'CA', 10: 'C', 11: 'O', 3: 'CB', 1: 'CG', 2: 'OD1', 0: 'ND2'}
}
aa_to_cg_indices = {aa_long2short[x]: [atom_order[aa_long2short[x]].index(aname) for aname in index_dict.values()] for x, index_dict in cg_rdkit_indices.items()}
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