mirror of
https://github.com/Discngine/fpocket.git
synced 2026-06-04 20:04:22 +08:00
180 lines
6.9 KiB
Makefile
180 lines
6.9 KiB
Makefile
#------------------------------------------------------------
|
|
# Makefile.
|
|
#------------------------------------------------------------
|
|
ARCH = LINUXAMD64
|
|
|
|
PLUGINDIR = plugins
|
|
|
|
PATH_GSL = /home/user/gsl/
|
|
PATH_OBJ = obj/
|
|
PATH_SRC = src/
|
|
PATH_HEADER = headers/
|
|
PATH_BIN = bin/
|
|
PATH_MAN = man/
|
|
PATH_QHULL = src/qhull/
|
|
|
|
BINDIR = /usr/local/bin/
|
|
MANDIR = /usr/local/man/man8/
|
|
|
|
|
|
FPOCKET = fpocket
|
|
TPOCKET = tpocket
|
|
DPOCKET = dpocket
|
|
MDPOCKET = mdpocket
|
|
CHECK = pcheck
|
|
MYPROGS = $(PATH_BIN)$(FPOCKET) $(PATH_BIN)$(TPOCKET) $(PATH_BIN)$(DPOCKET) $(PATH_BIN)$(MDPOCKET)
|
|
|
|
CC = gcc
|
|
CCQHULL = gcc
|
|
LINKER = gcc
|
|
LINKERQHULL = gcc
|
|
|
|
CGSL = -DMD_NOT_USE_GSL -I$(PATH_GSL)include
|
|
COS = -DM_OS_LINUX
|
|
CDEBUG = -DMNO_MEM_DEBUG
|
|
CWARN = -Wall -Wextra -Wwrite-strings -Wstrict-prototypes
|
|
|
|
CFLAGS = $(CWARN) $(COS) $(CDEBUG) -O2 -g -pg -std=c99 -I$(PLUGINDIR)/include -I$(PLUGINDIR)/$(ARCH)/molfile #$(CGSL)
|
|
QCFLAGS = -O -g -pg -ansi
|
|
|
|
LGSL = -L$(PATH_GSL)lib -lgsl -lgslcblas
|
|
LFLAGS = -lm -L$(PLUGINDIR)/$(ARCH)/molfile $(PLUGINDIR)/$(ARCH)/molfile/libmolfile_plugin.a -lnetcdf -lstdc++
|
|
#
|
|
#------------------------------------------------------------
|
|
# BINARIES OBJECTS
|
|
#------------------------------------------------------------
|
|
|
|
#QOBJS = $(PATH_QHULL)/libqhull/geom2.o $(PATH_QHULL)/libqhull/geom.o $(PATH_QHULL)/libqhull/global.o \
|
|
$(PATH_QHULL)/libqhull/io.o $(PATH_QHULL)/libqhull/io.h $(PATH_QHULL)/libqhull/libqhull.o \
|
|
$(PATH_QHULL)/libqhull/mem.o $(PATH_QHULL)/libqhull/merge.o $(PATH_QHULL)/libqhull/poly2.o \
|
|
$(PATH_QHULL)/libqhull/poly.o $(PATH_QHULL)/libqhull/qset.o \
|
|
$(PATH_QHULL)/libqhull/random.o $(PATH_QHULL)/libqhull/rboxlib.o \
|
|
$(PATH_QHULL)/libqhull/stat.o $(PATH_QHULL)libqhull/user.o \
|
|
$(PATH_QHULL)/libqhull/usermem.o \
|
|
$(PATH_QHULL)/libqhull/userprintf.o $(PATH_QHULL)/qvoronoi/qvoronoi.o $(PATH_QHULL)/qconvex/qconvex.o
|
|
|
|
CHOBJ = $(PATH_OBJ)check.o $(PATH_OBJ)psorting.o $(PATH_OBJ)pscoring.o \
|
|
$(PATH_OBJ)utils.o $(PATH_OBJ)pertable.o $(PATH_OBJ)memhandler.o \
|
|
$(PATH_OBJ)voronoi.o $(PATH_OBJ)sort.o $(PATH_OBJ)calc.o \
|
|
$(PATH_OBJ)writepdb.o $(PATH_OBJ)rpdb.o $(PATH_OBJ)tparams.o \
|
|
$(PATH_OBJ)fparams.o $(PATH_OBJ)pocket.o $(PATH_OBJ)refine.o \
|
|
$(PATH_OBJ)descriptors.o $(PATH_OBJ)aa.o \
|
|
$(PATH_OBJ)fpocket.o $(PATH_OBJ)write_visu.o $(PATH_OBJ)fpout.o \
|
|
$(PATH_OBJ)atom.o $(PATH_OBJ)writepocket.o $(PATH_OBJ)voronoi_lst.o \
|
|
$(PATH_OBJ)neighbor.o $(PATH_OBJ)asa.o $(PATH_OBJ)clusterlib.o $(PATH_OBJ)energy.o \
|
|
|
|
|
|
FPOBJ = $(PATH_OBJ)fpmain.o $(PATH_OBJ)psorting.o $(PATH_OBJ)pscoring.o \
|
|
$(PATH_OBJ)utils.o $(PATH_OBJ)pertable.o $(PATH_OBJ)memhandler.o \
|
|
$(PATH_OBJ)voronoi.o $(PATH_OBJ)sort.o $(PATH_OBJ)calc.o \
|
|
$(PATH_OBJ)writepdb.o $(PATH_OBJ)rpdb.o $(PATH_OBJ)tparams.o \
|
|
$(PATH_OBJ)fparams.o $(PATH_OBJ)pocket.o $(PATH_OBJ)refine.o \
|
|
$(PATH_OBJ)descriptors.o $(PATH_OBJ)aa.o \
|
|
$(PATH_OBJ)fpocket.o $(PATH_OBJ)write_visu.o $(PATH_OBJ)fpout.o \
|
|
$(PATH_OBJ)atom.o $(PATH_OBJ)writepocket.o $(PATH_OBJ)voronoi_lst.o $(PATH_OBJ)asa.o \
|
|
$(PATH_OBJ)clusterlib.o $(PATH_OBJ)energy.o $(PATH_OBJ)topology.o \
|
|
$(PATH_QHULL)/qvoronoi/qvoronoi.o $(PATH_QHULL)/qconvex/qconvex.o
|
|
|
|
TPOBJ = $(PATH_OBJ)tpmain.o $(PATH_OBJ)psorting.o $(PATH_OBJ)pscoring.o \
|
|
$(PATH_OBJ)utils.o $(PATH_OBJ)pertable.o $(PATH_OBJ)memhandler.o \
|
|
$(PATH_OBJ)voronoi.o $(PATH_OBJ)sort.o $(PATH_OBJ)calc.o \
|
|
$(PATH_OBJ)writepdb.o $(PATH_OBJ)rpdb.o $(PATH_OBJ)tparams.o \
|
|
$(PATH_OBJ)fparams.o $(PATH_OBJ)pocket.o $(PATH_OBJ)refine.o \
|
|
$(PATH_OBJ)tpocket.o $(PATH_OBJ)descriptors.o \
|
|
$(PATH_OBJ)aa.o $(PATH_OBJ)fpocket.o $(PATH_OBJ)write_visu.o \
|
|
$(PATH_OBJ)fpout.o $(PATH_OBJ)atom.o $(PATH_OBJ)writepocket.o \
|
|
$(PATH_OBJ)voronoi_lst.o $(PATH_OBJ)neighbor.o $(PATH_OBJ)asa.o\
|
|
$(PATH_OBJ)clusterlib.o $(PATH_OBJ)energy.o $(PATH_OBJ)topology.o\
|
|
$(PATH_QHULL)/qvoronoi/qvoronoi.o $(PATH_QHULL)/qconvex/qconvex.o
|
|
|
|
DPOBJ = $(PATH_OBJ)dpmain.o $(PATH_OBJ)psorting.o $(PATH_OBJ)pscoring.o \
|
|
$(PATH_OBJ)dpocket.o $(PATH_OBJ)dparams.o $(PATH_OBJ)voronoi.o \
|
|
$(PATH_OBJ)sort.o $(PATH_OBJ)rpdb.o $(PATH_OBJ)descriptors.o \
|
|
$(PATH_OBJ)neighbor.o $(PATH_OBJ)atom.o $(PATH_OBJ)aa.o \
|
|
$(PATH_OBJ)pertable.o $(PATH_OBJ)calc.o $(PATH_OBJ)utils.o \
|
|
$(PATH_OBJ)writepdb.o $(PATH_OBJ)memhandler.o $(PATH_OBJ)pocket.o \
|
|
$(PATH_OBJ)refine.o $(PATH_OBJ)fparams.o \
|
|
$(PATH_OBJ)fpocket.o $(PATH_OBJ)fpout.o $(PATH_OBJ)writepocket.o \
|
|
$(PATH_OBJ)write_visu.o $(PATH_OBJ)asa.o\
|
|
$(PATH_OBJ)voronoi_lst.o $(PATH_OBJ)clusterlib.o $(QOBJS) $(PATH_OBJ)energy.o \
|
|
$(PATH_OBJ)topology.o
|
|
|
|
MDPOBJ = $(PATH_OBJ)mdpmain.o $(PATH_OBJ)mdpocket.o $(PATH_OBJ)mdpbase.o $(PATH_OBJ)mdpout.o $(PATH_OBJ)psorting.o $(PATH_OBJ)pscoring.o \
|
|
$(PATH_OBJ)mdparams.o $(PATH_OBJ)voronoi.o \
|
|
$(PATH_OBJ)sort.o $(PATH_OBJ)rpdb.o $(PATH_OBJ)descriptors.o \
|
|
$(PATH_OBJ)neighbor.o $(PATH_OBJ)atom.o $(PATH_OBJ)aa.o \
|
|
$(PATH_OBJ)pertable.o $(PATH_OBJ)calc.o $(PATH_OBJ)utils.o \
|
|
$(PATH_OBJ)writepdb.o $(PATH_OBJ)memhandler.o $(PATH_OBJ)pocket.o \
|
|
$(PATH_OBJ)refine.o $(PATH_OBJ)fparams.o \
|
|
$(PATH_OBJ)fpocket.o $(PATH_OBJ)fpout.o \
|
|
$(PATH_OBJ)writepocket.o $(PATH_OBJ)write_visu.o $(PATH_OBJ)asa.o \
|
|
$(PATH_OBJ)voronoi_lst.o $(PATH_OBJ)clusterlib.o $(QOBJS) $(PATH_OBJ)energy.o $(PATH_OBJ)topology.o
|
|
|
|
#------------------------------------------------------------
|
|
# GENERAL RULES FOR COMPILATION
|
|
#------------------------------------------------------------
|
|
|
|
$(PATH_QHULL)%.o: $(PATH_QHULL)%.c
|
|
$(CCQHULL) $(QCFLAGS) -c $< -o $@
|
|
|
|
$(PATH_OBJ)%.o: $(PATH_SRC)%.c
|
|
$(CC) $(CFLAGS) -c $< -o $@
|
|
|
|
$(PATH_OBJ)%.o: $(PATH_SRC)%.cpp
|
|
$(CC) $(CFLAGS) -c $< -o $@
|
|
|
|
#-----------------------------------------------------------
|
|
# RULES FOR EXECUTABLES
|
|
#-----------------------------------------------------------
|
|
|
|
all: $(MYPROGS) # $(PATH_BIN)$(CHECK)
|
|
|
|
qhull:
|
|
cd src/qhull/ && make
|
|
|
|
$(PATH_BIN)$(CHECK): $(CHOBJ) $(QOBJS)
|
|
$(LINKER) $^ -o $@ $(LFLAGS)
|
|
|
|
$(PATH_BIN)$(FPOCKET): $(FPOBJ) $(QOBJS)
|
|
$(LINKER) $^ -o $@ $(LFLAGS)
|
|
|
|
$(PATH_BIN)$(TPOCKET): $(TPOBJ) $(QOBJS)
|
|
$(LINKER) $^ -o $@ $(LFLAGS)
|
|
|
|
$(PATH_BIN)$(DPOCKET): $(DPOBJ) $(QOBJS)
|
|
$(LINKER) $^ -o $@ $(LFLAGS)
|
|
|
|
$(PATH_BIN)$(MDPOCKET): $(MDPOBJ) $(QOBJS)
|
|
$(LINKER) $^ -o $@ $(LFLAGS)
|
|
|
|
install:
|
|
mkdir -p $(BINDIR)
|
|
mkdir -p $(MANDIR)
|
|
cp $(PATH_BIN)$(FPOCKET) $(BINDIR)
|
|
cp $(PATH_BIN)$(TPOCKET) $(BINDIR)
|
|
cp $(PATH_BIN)$(DPOCKET) $(BINDIR)
|
|
cp $(PATH_BIN)$(MDPOCKET) $(BINDIR)
|
|
cp $(PATH_MAN)* $(MANDIR)
|
|
|
|
check:
|
|
./$(PATH_BIN)$(CHECK)
|
|
|
|
test:
|
|
./$(PATH_BIN)$(CHECK)
|
|
|
|
clean:
|
|
rm -f $(PATH_QHULL)*.o
|
|
rm -f $(PATH_OBJ)*.o
|
|
rm -f $(PATH_BIN)$(FPOCKET)
|
|
rm -f $(PATH_BIN)$(TPOCKET)
|
|
rm -f $(PATH_BIN)$(DPOCKET)
|
|
rm -f $(PATH_BIN)$(MDPOCKET)
|
|
|
|
uninstall:
|
|
rm -f $(PATH_BIN)$(FPOCKET) $(BINDIR)$(FPOCKET)
|
|
rm -f $(PATH_BIN)$(TPOCKET) $(BINDIR)$(TPOCKET)
|
|
rm -f $(PATH_BIN)$(DPOCKET) $(BINDIR)$(DPOCKET)
|
|
rm -f $(PATH_BIN)$(MDPOCKET) $(BINDIR)$(MDPOCKET)
|
|
rm -f $(MANDIR)fpocket.8 $(MANDIR)tpocket.8 $(MANDIR)dpocket.8
|
|
|