pub_soft/rdkit
3
0
Fork 0
mirror of https://github.com/rdkit/rdkit.git synced 2026-06-04 21:54:27 +08:00
Code Issues Packages Projects Releases Wiki Activity

add SparseIntVect in both c++ and Python

Browse Source 
This still needs windows testing.
This commit is contained in:
Greg Landrum
2007-09-22 18:49:37 +00:00
parent 4d45a45301
commit 1fa8cd321b
8 changed files with 951 additions and 4 deletions
Download Patch File Download Diff File Expand all files Collapse all files

455
Code/DataStructs/testDatastructs.cpp
View File

@@ -16,6 +16,7 @@
#include <RDGeneral/Invariant.h>
#include <RDGeneral/RDLog.h>
#include <RDBoost/Exceptions.h>
#include <DataStructs/SparseIntVect.h>
using namespace std;
@@ -441,6 +442,449 @@ void test5DiscreteVectOps2() {
#endif
}
void test6SparseIntVect() {
SparseIntVect<int> iVect(255);
TEST_ASSERT(iVect.getLength() == 255);
TEST_ASSERT(iVect.getVal(23) ==0);
iVect.setVal(23,14);
TEST_ASSERT(iVect.getVal(23) ==14);
SparseIntVect<int> oVect(iVect);
TEST_ASSERT(oVect.getLength() == 255);
TEST_ASSERT(oVect.getVal(23) ==14);
std::vector<int> tmpV(3);
tmpV[0]=1;
tmpV[1]=5;
tmpV[2]=1;
TEST_ASSERT(iVect.getVal(1) ==0);
TEST_ASSERT(iVect[1] ==0);
TEST_ASSERT(iVect.getVal(5) ==0);
TEST_ASSERT(iVect[5] ==0);
updateFromSequence(iVect,tmpV);
TEST_ASSERT(iVect.getVal(1) ==2);
TEST_ASSERT(iVect[1] ==2);
TEST_ASSERT(iVect.getVal(5) ==1);
TEST_ASSERT(iVect[5] ==1);
iVect.setVal(3,-4);
TEST_ASSERT(iVect.getTotalVal()==13);
TEST_ASSERT(iVect.getTotalVal(true)==21);
try {
iVect.setVal(-1,13);
TEST_ASSERT(0);
} catch (IndexErrorException &dexp) {
;
}
try {
iVect.setVal(255,42);
TEST_ASSERT(0);
} catch (IndexErrorException &dexp) {
;
}
try {
iVect.getVal(-1);
TEST_ASSERT(0);
} catch (IndexErrorException &dexp) {
;
}
try {
iVect.getVal(255);
TEST_ASSERT(0);
} catch (IndexErrorException &dexp) {
;
}
try {
iVect[-1];
TEST_ASSERT(0);
} catch (IndexErrorException &dexp) {
;
}
{ // iV1 &= iV2
SparseIntVect<int> iV1(5),iV2(5);
iV1.setVal(0,2);
iV1.setVal(2,1);
iV1.setVal(3,4);
iV1.setVal(4,4);
iV2.setVal(1,2);
iV2.setVal(2,3);
iV2.setVal(3,4);
iV2.setVal(4,6);
iV1 &= iV2;
TEST_ASSERT(iV1[0]==0);
TEST_ASSERT(iV1[1]==0);
TEST_ASSERT(iV1[2]==1);
TEST_ASSERT(iV1[3]==4);
TEST_ASSERT(iV1[4]==4);
TEST_ASSERT(iV2[0]==0);
TEST_ASSERT(iV2[1]==2);
TEST_ASSERT(iV2[2]==3);
TEST_ASSERT(iV2[3]==4);
TEST_ASSERT(iV2[4]==6);
try {
iV1 &= iVect;
TEST_ASSERT(0);
} catch (ValueErrorException &dexp) {
;
}
}
{ // iV3 = iv1&iV2
SparseIntVect<int> iV1(5),iV2(5),iV3(5);
iV1.setVal(0,2);
iV1.setVal(2,1);
iV1.setVal(3,4);
iV1.setVal(4,4);
iV2.setVal(1,2);
iV2.setVal(2,3);
iV2.setVal(3,4);
iV2.setVal(4,6);
iV3 = iV1 & iV2;
TEST_ASSERT(iV3[0]==0);
TEST_ASSERT(iV3[1]==0);
TEST_ASSERT(iV3[2]==1);
TEST_ASSERT(iV3[3]==4);
TEST_ASSERT(iV3[4]==4);
TEST_ASSERT(iV1[0]==2);
TEST_ASSERT(iV1[1]==0);
TEST_ASSERT(iV1[2]==1);
TEST_ASSERT(iV1[3]==4);
TEST_ASSERT(iV1[4]==4);
TEST_ASSERT(iV2[0]==0);
TEST_ASSERT(iV2[1]==2);
TEST_ASSERT(iV2[2]==3);
TEST_ASSERT(iV2[3]==4);
TEST_ASSERT(iV2[4]==6);
}
{ // iV2 &= iV1
SparseIntVect<int> iV1(5),iV2(5);
iV1.setVal(0,2);
iV1.setVal(2,1);
iV1.setVal(3,4);
iV1.setVal(4,4);
iV2.setVal(1,2);
iV2.setVal(2,3);
iV2.setVal(3,4);
iV2.setVal(4,6);
iV2 &= iV1;
TEST_ASSERT(iV2[0]==0);
TEST_ASSERT(iV2[1]==0);
TEST_ASSERT(iV2[2]==1);
TEST_ASSERT(iV2[3]==4);
TEST_ASSERT(iV2[4]==4);
TEST_ASSERT(iV1[0]==2);
TEST_ASSERT(iV1[1]==0);
TEST_ASSERT(iV1[2]==1);
TEST_ASSERT(iV1[3]==4);
TEST_ASSERT(iV1[4]==4);
try {
iV2 &= iVect;
TEST_ASSERT(0);
} catch (ValueErrorException &dexp) {
;
}
}
{ // iV1 |= iV2
SparseIntVect<int> iV1(5),iV2(5);
iV1.setVal(0,2);
iV1.setVal(2,1);
iV1.setVal(3,4);
iV1.setVal(4,4);
iV2.setVal(1,2);
iV2.setVal(2,3);
iV2.setVal(3,4);
iV2.setVal(4,6);
iV1 |= iV2;
TEST_ASSERT(iV1[0]==2);
TEST_ASSERT(iV1[1]==2);
TEST_ASSERT(iV1[2]==3);
TEST_ASSERT(iV1[3]==4);
TEST_ASSERT(iV1[4]==6);
TEST_ASSERT(iV2[0]==0);
TEST_ASSERT(iV2[1]==2);
TEST_ASSERT(iV2[2]==3);
TEST_ASSERT(iV2[3]==4);
TEST_ASSERT(iV2[4]==6);
try {
iV1 |= iVect;
TEST_ASSERT(0);
} catch (ValueErrorException &dexp) {
;
}
}
{ // iV3 = iv1 |iV2
SparseIntVect<int> iV1(5),iV2(5),iV3(5);
iV1.setVal(0,2);
iV1.setVal(2,1);
iV1.setVal(3,4);
iV1.setVal(4,4);
iV2.setVal(1,2);
iV2.setVal(2,3);
iV2.setVal(3,4);
iV2.setVal(4,6);
iV3 = iV1 | iV2;
TEST_ASSERT(iV3[0]==2);
TEST_ASSERT(iV3[1]==2);
TEST_ASSERT(iV3[2]==3);
TEST_ASSERT(iV3[3]==4);
TEST_ASSERT(iV3[4]==6);
TEST_ASSERT(iV1[0]==2);
TEST_ASSERT(iV1[1]==0);
TEST_ASSERT(iV1[2]==1);
TEST_ASSERT(iV1[3]==4);
TEST_ASSERT(iV1[4]==4);
TEST_ASSERT(iV2[0]==0);
TEST_ASSERT(iV2[1]==2);
TEST_ASSERT(iV2[2]==3);
TEST_ASSERT(iV2[3]==4);
TEST_ASSERT(iV2[4]==6);
}
{ // iV2 |= iV1
SparseIntVect<int> iV1(5),iV2(5);
iV1.setVal(0,2);
iV1.setVal(2,1);
iV1.setVal(3,4);
iV1.setVal(4,4);
iV2.setVal(1,2);
iV2.setVal(2,3);
iV2.setVal(3,4);
iV2.setVal(4,6);
iV2 |= iV1;
TEST_ASSERT(iV2[0]==2);
TEST_ASSERT(iV2[1]==2);
TEST_ASSERT(iV2[2]==3);
TEST_ASSERT(iV2[3]==4);
TEST_ASSERT(iV2[4]==6);
TEST_ASSERT(iV1[0]==2);
TEST_ASSERT(iV1[1]==0);
TEST_ASSERT(iV1[2]==1);
TEST_ASSERT(iV1[3]==4);
TEST_ASSERT(iV1[4]==4);
}
{ // iV1 += iV2
SparseIntVect<int> iV1(5),iV2(5);
iV1.setVal(0,2);
iV1.setVal(2,1);
iV1.setVal(3,4);
iV1.setVal(4,4);
iV2.setVal(1,2);
iV2.setVal(2,3);
iV2.setVal(3,-4);
iV2.setVal(4,6);
iV1 += iV2;
TEST_ASSERT(iV1[0]==2);
TEST_ASSERT(iV1[1]==2);
TEST_ASSERT(iV1[2]==4);
TEST_ASSERT(iV1[3]==0);
TEST_ASSERT(iV1[4]==10);
TEST_ASSERT(iV2[0]==0);
TEST_ASSERT(iV2[1]==2);
TEST_ASSERT(iV2[2]==3);
TEST_ASSERT(iV2[3]==-4);
TEST_ASSERT(iV2[4]==6);
}
{ // iV3 = IV1 + iV2
SparseIntVect<int> iV1(5),iV2(5),iV3(5);
iV1.setVal(2,1);
iV1.setVal(0,2);
iV1.setVal(4,4);
iV1.setVal(3,4);
iV2.setVal(1,2);
iV2.setVal(2,3);
iV2.setVal(3,-4);
iV2.setVal(4,6);
iV3=iV1+iV2;
TEST_ASSERT(iV3[0]==2);
TEST_ASSERT(iV3[1]==2);
TEST_ASSERT(iV3[2]==4);
TEST_ASSERT(iV3[3]==0);
TEST_ASSERT(iV3[4]==10);
TEST_ASSERT(iV1[0]==2);
TEST_ASSERT(iV1[1]==0);
TEST_ASSERT(iV1[2]==1);
TEST_ASSERT(iV1[3]==4);
TEST_ASSERT(iV1[4]==4);
TEST_ASSERT(iV2[0]==0);
TEST_ASSERT(iV2[1]==2);
TEST_ASSERT(iV2[2]==3);
TEST_ASSERT(iV2[3]==-4);
TEST_ASSERT(iV2[4]==6);
}
{ // iV1 -= iV2
SparseIntVect<int> iV1(5),iV2(5);
iV1.setVal(0,2);
iV1.setVal(2,1);
iV1.setVal(3,4);
iV1.setVal(4,4);
iV2.setVal(1,2);
iV2.setVal(2,3);
iV2.setVal(3,4);
iV2.setVal(4,6);
iV1 -= iV2;
TEST_ASSERT(iV1[0]==2);
TEST_ASSERT(iV1[1]==-2);
TEST_ASSERT(iV1[2]==-2);
TEST_ASSERT(iV1[3]==0);
TEST_ASSERT(iV1[4]==-2);
TEST_ASSERT(iV2[0]==0);
TEST_ASSERT(iV2[2]==3);
TEST_ASSERT(iV2[1]==2);
TEST_ASSERT(iV2[4]==6);
TEST_ASSERT(iV2[3]==4);
}
{ // iV3 = IV1 - iV2
SparseIntVect<int> iV1(5),iV2(5),iV3(5);
iV1.setVal(0,2);
iV1.setVal(2,1);
iV1.setVal(3,4);
iV1.setVal(4,4);
iV2.setVal(3,4);
iV2.setVal(4,6);
iV2.setVal(1,2);
iV2.setVal(2,3);
iV3=iV1-iV2;
TEST_ASSERT(iV3[0]==2);
TEST_ASSERT(iV3[1]==-2);
TEST_ASSERT(iV3[2]==-2);
TEST_ASSERT(iV3[3]==0);
TEST_ASSERT(iV3[4]==-2);
TEST_ASSERT(iV1[0]==2);
TEST_ASSERT(iV1[1]==0);
TEST_ASSERT(iV1[2]==1);
TEST_ASSERT(iV1[3]==4);
TEST_ASSERT(iV1[4]==4);
TEST_ASSERT(iV2[0]==0);
TEST_ASSERT(iV2[1]==2);
TEST_ASSERT(iV2[2]==3);
TEST_ASSERT(iV2[3]==4);
TEST_ASSERT(iV2[4]==6);
}
{ // operator== and operator!=
SparseIntVect<int> iV1(5),iV2(5),iV3(3);
iV1.setVal(0,2);
iV1.setVal(2,1);
iV1.setVal(3,4);
iV1.setVal(4,4);
iV2.setVal(1,2);
iV2.setVal(2,3);
iV2.setVal(3,4);
iV2.setVal(4,6);
TEST_ASSERT(iV1==iV1);
TEST_ASSERT(iV2==iV2);
TEST_ASSERT(iV3==iV3);
TEST_ASSERT(iV1!=iV2);
TEST_ASSERT(iV1!=iV3);
TEST_ASSERT(iV2!=iV1);
TEST_ASSERT(iV3!=iV1);
TEST_ASSERT(iV1!=iV3);
}
}
void test7SparseIntVectPickles() {
{
SparseIntVect<int> iV1(5),iV2(3);
iV1.setVal(0,2);
iV1.setVal(2,1);
iV1.setVal(3,4);
iV1.setVal(4,4);
iV2.setVal(2,3);
TEST_ASSERT(iV1!=iV2);
std::string pkl;
pkl = iV1.toString();
iV2.fromString(pkl);
TEST_ASSERT(iV1==iV2);
}
{
SparseIntVect<char> iV1(5);
SparseIntVect<int>iV2(3);
iV1.setVal(0,2);
iV1.setVal(2,1);
iV1.setVal(3,4);
iV2.setVal(1,1);
std::string pkl;
pkl = iV1.toString();
iV2.fromString(pkl);
TEST_ASSERT(iV2.getLength()==iV1.getLength());
TEST_ASSERT(iV2[0]==2)
TEST_ASSERT(iV2[1]==0)
TEST_ASSERT(iV2[2]==1)
TEST_ASSERT(iV2[3]==4)
}
{
SparseIntVect<int> iV1(5);
SparseIntVect<char>iV2(3);
iV1.setVal(0,2);
iV1.setVal(2,1);
iV1.setVal(3,4);
std::string pkl;
pkl = iV1.toString();
try{
iV2.fromString(pkl);
TEST_ASSERT(0);
} catch (ValueErrorException &dexp) {
;
}
}
}
int main(){
RDLog::InitLogs();
try{
@@ -467,16 +911,16 @@ int main(){
TXTMSG("v3",v3);
TXTMSG("v4",v4);
cerr << " SPARSE -----------------------------------------" << endl;
std::cerr << " SPARSE -----------------------------------------" << std::endl;
SparseBitVect sparseFoo(10);
Test(sparseFoo);
TaniTest(sparseFoo);
ProbeTest(sparseFoo);
cerr << " Explicit -----------------------------------------" << endl;
std::cerr << " Explicit -----------------------------------------" << std::endl;
ExplicitBitVect explicitFoo(10);
Test(explicitFoo);
TaniTest(explicitFoo);
cerr << " Done" << endl;
std::cerr << " Done" << std::endl;
std::cout << " Test DiscreteValue Vectors 1 ------------------------------------" << endl;
test1DiscreteVect();
@@ -491,6 +935,11 @@ int main(){
std::cout << " Test DiscreteValue Operations 2 ------------------------------------" << endl;
test5DiscreteVectOps2();
std::cout << " Test SparseIntVect ------------------------------------" << std::endl;
test6SparseIntVect();
std::cout << " Test SparseIntVect Serialization ------------------------------------" << std::endl;
test7SparseIntVectPickles();
return 0;
}