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add initial pass at query-query matching for Atoms and Bonds
fix and test for sf.net issu 2738320
add Mol.AddRecursiveQuery() method to Mol
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Greg Landrum
2009-06-29 11:47:38 +00:00
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commit 9cabf87374
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78
Code/DataStructs/BitOps.cpp
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@@ -210,7 +210,7 @@ NumOnBitsInCommon(const ExplicitBitVect& bv1,
//
// """ -------------------------------------------------------
template <typename T1, typename T2>
const double
double
TanimotoSimilarity(const T1& bv1,
const T2& bv2)
{
@@ -225,7 +225,7 @@ TanimotoSimilarity(const T1& bv1,
template <typename T1, typename T2>
const double
double
TverskySimilarity(const T1& bv1,
const T2& bv2,
double a,
@@ -244,7 +244,7 @@ TverskySimilarity(const T1& bv1,
}
template <typename T1, typename T2>
const double
double
CosineSimilarity(const T1& bv1,
const T2& bv2)
{
@@ -262,7 +262,7 @@ CosineSimilarity(const T1& bv1,
}
template <typename T1, typename T2>
const double
double
KulczynskiSimilarity(const T1& bv1,
const T2& bv2)
{
@@ -281,7 +281,7 @@ KulczynskiSimilarity(const T1& bv1,
template <typename T1, typename T2>
const double
double
DiceSimilarity(const T1& bv1,
const T2& bv2)
{
@@ -299,7 +299,7 @@ DiceSimilarity(const T1& bv1,
}
template <typename T1, typename T2>
const double
double
SokalSimilarity(const T1& bv1,
const T2& bv2)
{
@@ -313,7 +313,7 @@ SokalSimilarity(const T1& bv1,
}
template <typename T1, typename T2>
const double
double
McConnaugheySimilarity(const T1& bv1,
const T2& bv2)
{
@@ -343,7 +343,7 @@ inline T tmax(T v1,T v2) {
}
template <typename T1, typename T2>
const double
double
AsymmetricSimilarity(const T1& bv1,
const T2& bv2)
{
@@ -361,7 +361,7 @@ AsymmetricSimilarity(const T1& bv1,
}
template <typename T1, typename T2>
const double
double
BraunBlanquetSimilarity(const T1& bv1,
const T2& bv2)
{
@@ -379,7 +379,7 @@ BraunBlanquetSimilarity(const T1& bv1,
}
template <typename T1, typename T2>
const double
double
RusselSimilarity(const T1& bv1,
const T2& bv2)
{
@@ -405,7 +405,7 @@ RusselSimilarity(const T1& bv1,
//
// """ -------------------------------------------------------
template <typename T1, typename T2>
const double
double
OnBitSimilarity(const T1& bv1,
const T2& bv2)
{
@@ -436,7 +436,7 @@ OnBitSimilarity(const T1& bv1,
//
// """ -------------------------------------------------------
template <typename T1, typename T2>
const int
int
NumBitsInCommon(const T1& bv1,
const T2& bv2)
{
@@ -462,7 +462,7 @@ NumBitsInCommon(const T1& bv1,
//
// """ -------------------------------------------------------
template <typename T1, typename T2>
const double
double
AllBitSimilarity(const T1& bv1,
const T2& bv2)
{
@@ -644,38 +644,38 @@ BitVectToText(const T1& bv1){
template const double TanimotoSimilarity(const SparseBitVect& bv1,const SparseBitVect& bv2);
template const double TverskySimilarity(const SparseBitVect& bv1,const SparseBitVect& bv2,double a, double b);
template const double CosineSimilarity(const SparseBitVect& bv1,const SparseBitVect& bv2);
template const double KulczynskiSimilarity(const SparseBitVect& bv1,const SparseBitVect& bv2);
template const double DiceSimilarity(const SparseBitVect& bv1,const SparseBitVect& bv2);
template const double SokalSimilarity(const SparseBitVect& bv1,const SparseBitVect& bv2);
template const double McConnaugheySimilarity(const SparseBitVect& bv1,const SparseBitVect& bv2);
template const double AsymmetricSimilarity(const SparseBitVect& bv1,const SparseBitVect& bv2);
template const double BraunBlanquetSimilarity(const SparseBitVect& bv1,const SparseBitVect& bv2);
template const double RusselSimilarity(const SparseBitVect& bv1,const SparseBitVect& bv2);
template const double OnBitSimilarity(const SparseBitVect& bv1,const SparseBitVect& bv2);
template const int NumBitsInCommon(const SparseBitVect& bv1,const SparseBitVect& bv2);
template const double AllBitSimilarity(const SparseBitVect& bv1,const SparseBitVect& bv2);
template double TanimotoSimilarity(const SparseBitVect& bv1,const SparseBitVect& bv2);
template double TverskySimilarity(const SparseBitVect& bv1,const SparseBitVect& bv2,double a, double b);
template double CosineSimilarity(const SparseBitVect& bv1,const SparseBitVect& bv2);
template double KulczynskiSimilarity(const SparseBitVect& bv1,const SparseBitVect& bv2);
template double DiceSimilarity(const SparseBitVect& bv1,const SparseBitVect& bv2);
template double SokalSimilarity(const SparseBitVect& bv1,const SparseBitVect& bv2);
template double McConnaugheySimilarity(const SparseBitVect& bv1,const SparseBitVect& bv2);
template double AsymmetricSimilarity(const SparseBitVect& bv1,const SparseBitVect& bv2);
template double BraunBlanquetSimilarity(const SparseBitVect& bv1,const SparseBitVect& bv2);
template double RusselSimilarity(const SparseBitVect& bv1,const SparseBitVect& bv2);
template double OnBitSimilarity(const SparseBitVect& bv1,const SparseBitVect& bv2);
template int NumBitsInCommon(const SparseBitVect& bv1,const SparseBitVect& bv2);
template double AllBitSimilarity(const SparseBitVect& bv1,const SparseBitVect& bv2);
template int NumOnBitsInCommon(const SparseBitVect& bv1,const SparseBitVect& bv2);
template IntVect OnBitsInCommon(const SparseBitVect& bv1,const SparseBitVect& bv2);
template IntVect OffBitsInCommon(const SparseBitVect& bv1,const SparseBitVect& bv2);
template DoubleVect OnBitProjSimilarity(const SparseBitVect& bv1,const SparseBitVect& bv2);
template DoubleVect OffBitProjSimilarity(const SparseBitVect& bv1,const SparseBitVect& bv2);
template const double TanimotoSimilarity(const ExplicitBitVect& bv1,const ExplicitBitVect& bv2);
template const double TverskySimilarity(const ExplicitBitVect& bv1,const ExplicitBitVect& bv2,double a, double b);
template const double CosineSimilarity(const ExplicitBitVect& bv1,const ExplicitBitVect& bv2);
template const double KulczynskiSimilarity(const ExplicitBitVect& bv1,const ExplicitBitVect& bv2);
template const double DiceSimilarity(const ExplicitBitVect& bv1,const ExplicitBitVect& bv2);
template const double SokalSimilarity(const ExplicitBitVect& bv1,const ExplicitBitVect& bv2);
template const double McConnaugheySimilarity(const ExplicitBitVect& bv1,const ExplicitBitVect& bv2);
template const double AsymmetricSimilarity(const ExplicitBitVect& bv1,const ExplicitBitVect& bv2);
template const double BraunBlanquetSimilarity(const ExplicitBitVect& bv1,const ExplicitBitVect& bv2);
template const double RusselSimilarity(const ExplicitBitVect& bv1,const ExplicitBitVect& bv2);
template const double OnBitSimilarity(const ExplicitBitVect& bv1,const ExplicitBitVect& bv2);
template const int NumBitsInCommon(const ExplicitBitVect& bv1,const ExplicitBitVect& bv2);
template const double AllBitSimilarity(const ExplicitBitVect& bv1,const ExplicitBitVect& bv2);
template double TanimotoSimilarity(const ExplicitBitVect& bv1,const ExplicitBitVect& bv2);
template double TverskySimilarity(const ExplicitBitVect& bv1,const ExplicitBitVect& bv2,double a, double b);
template double CosineSimilarity(const ExplicitBitVect& bv1,const ExplicitBitVect& bv2);
template double KulczynskiSimilarity(const ExplicitBitVect& bv1,const ExplicitBitVect& bv2);
template double DiceSimilarity(const ExplicitBitVect& bv1,const ExplicitBitVect& bv2);
template double SokalSimilarity(const ExplicitBitVect& bv1,const ExplicitBitVect& bv2);
template double McConnaugheySimilarity(const ExplicitBitVect& bv1,const ExplicitBitVect& bv2);
template double AsymmetricSimilarity(const ExplicitBitVect& bv1,const ExplicitBitVect& bv2);
template double BraunBlanquetSimilarity(const ExplicitBitVect& bv1,const ExplicitBitVect& bv2);
template double RusselSimilarity(const ExplicitBitVect& bv1,const ExplicitBitVect& bv2);
template double OnBitSimilarity(const ExplicitBitVect& bv1,const ExplicitBitVect& bv2);
template int NumBitsInCommon(const ExplicitBitVect& bv1,const ExplicitBitVect& bv2);
template double AllBitSimilarity(const ExplicitBitVect& bv1,const ExplicitBitVect& bv2);
template IntVect OnBitsInCommon(const ExplicitBitVect& bv1,const ExplicitBitVect& bv2);
template IntVect OffBitsInCommon(const ExplicitBitVect& bv1,const ExplicitBitVect& bv2);
template DoubleVect OnBitProjSimilarity(const ExplicitBitVect& bv1,const ExplicitBitVect& bv2);