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#include <RDGeneral/test.h>
#include "RDFreeSASA.h"
#include <GraphMol/RDKitBase.h>
#include <GraphMol/QueryAtom.h>
#include <GraphMol/SmilesParse/SmilesParse.h>
#include <GraphMol/FileParsers/FileParsers.h>
using namespace RDKit;
struct ExpectedClasses {
unsigned int idx;
int cls;
const char *clsname;
double radius;
};
ExpectedClasses ExpectedProtor1d3z[] = {
{0, 1, "Polar", 1.64}, {1, 0, "Apolar", 1.88},
{2, 0, "Apolar", 1.61}, {3, 1, "Polar", 1.42},
{4, 0, "Apolar", 1.88}, {5, 0, "Apolar", 1.88},
{6, 1, "Polar", 1.77}, {7, 0, "Apolar", 1.88},
{8, 1, "Polar", 1.64}, {9, 0, "Apolar", 1.88},
{10, 0, "Apolar", 1.61}, {11, 1, "Polar", 1.42},
{12, 0, "Apolar", 1.88}, {13, 0, "Apolar", 1.88},
{14, 0, "Apolar", 1.61}, {15, 1, "Polar", 1.42},
{16, 1, "Polar", 1.64}, {17, 1, "Polar", 1.64},
{18, 0, "Apolar", 1.88}, {19, 0, "Apolar", 1.61},
{20, 1, "Polar", 1.42}, {21, 0, "Apolar", 1.88},
{22, 0, "Apolar", 1.88}, {23, 0, "Apolar", 1.88},
{24, 0, "Apolar", 1.88}, {25, 1, "Polar", 1.64},
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{406, 0, "Apolar", 1.88}, {407, 0, "Apolar", 1.61},
{408, 1, "Polar", 1.42}, {409, 1, "Polar", 1.46},
{410, 1, "Polar", 1.64}, {411, 0, "Apolar", 1.88},
{412, 0, "Apolar", 1.61}, {413, 1, "Polar", 1.42},
{414, 1, "Polar", 1.64}, {415, 0, "Apolar", 1.88},
{416, 0, "Apolar", 1.61}, {417, 1, "Polar", 1.42},
{418, 0, "Apolar", 1.88}, {419, 0, "Apolar", 1.88},
{420, 0, "Apolar", 1.88}, {421, 1, "Polar", 1.64},
{422, 0, "Apolar", 1.61}, {423, 1, "Polar", 1.64},
{424, 1, "Polar", 1.64}, {425, 1, "Polar", 1.64},
{426, 0, "Apolar", 1.88}, {427, 0, "Apolar", 1.61},
{428, 1, "Polar", 1.42}, {429, 0, "Apolar", 1.88},
{430, 1, "Polar", 1.46}, {431, 0, "Apolar", 1.88},
{432, 1, "Polar", 1.64}, {433, 0, "Apolar", 1.88},
{434, 0, "Apolar", 1.61}, {435, 1, "Polar", 1.42},
{436, 0, "Apolar", 1.88}, {437, 0, "Apolar", 1.88},
{438, 0, "Apolar", 1.88}, {439, 0, "Apolar", 1.88},
{440, 1, "Polar", 1.64}, {441, 0, "Apolar", 1.88},
{442, 0, "Apolar", 1.61}, {443, 1, "Polar", 1.42},
{444, 0, "Apolar", 1.88}, {445, 1, "Polar", 1.46},
{446, 1, "Polar", 1.64}, {447, 0, "Apolar", 1.88},
{448, 0, "Apolar", 1.61}, {449, 1, "Polar", 1.42},
{450, 0, "Apolar", 1.88}, {451, 0, "Apolar", 1.61},
{452, 1, "Polar", 1.42}, {453, 1, "Polar", 1.46},
{454, 1, "Polar", 1.64}, {455, 0, "Apolar", 1.88},
{456, 0, "Apolar", 1.61}, {457, 1, "Polar", 1.42},
{458, 0, "Apolar", 1.88}, {459, 0, "Apolar", 1.61},
{460, 0, "Apolar", 1.76}, {461, 0, "Apolar", 1.76},
{462, 0, "Apolar", 1.76}, {463, 0, "Apolar", 1.76},
{464, 0, "Apolar", 1.61}, {465, 1, "Polar", 1.46},
{466, 1, "Polar", 1.64}, {467, 0, "Apolar", 1.88},
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{470, 0, "Apolar", 1.88}, {471, 0, "Apolar", 1.61},
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{474, 1, "Polar", 1.64}, {475, 0, "Apolar", 1.88},
{476, 0, "Apolar", 1.61}, {477, 1, "Polar", 1.42},
{478, 0, "Apolar", 1.88}, {479, 0, "Apolar", 1.88},
{480, 0, "Apolar", 1.88}, {481, 0, "Apolar", 1.88},
{482, 1, "Polar", 1.64}, {483, 0, "Apolar", 1.88},
{484, 0, "Apolar", 1.61}, {485, 1, "Polar", 1.42},
{486, 0, "Apolar", 1.88}, {487, 0, "Apolar", 1.88},
{488, 0, "Apolar", 1.61}, {489, 1, "Polar", 1.42},
{490, 1, "Polar", 1.64}, {491, 1, "Polar", 1.64},
{492, 0, "Apolar", 1.88}, {493, 0, "Apolar", 1.61},
{494, 1, "Polar", 1.42}, {495, 0, "Apolar", 1.88},
{496, 0, "Apolar", 1.88}, {497, 0, "Apolar", 1.88},
{498, 0, "Apolar", 1.88}, {499, 1, "Polar", 1.64},
{500, 1, "Polar", 1.64}, {501, 0, "Apolar", 1.88},
{502, 0, "Apolar", 1.61}, {503, 1, "Polar", 1.42},
{504, 0, "Apolar", 1.88}, {505, 0, "Apolar", 1.88},
{506, 0, "Apolar", 1.61}, {507, 1, "Polar", 1.42},
{508, 1, "Polar", 1.46}, {509, 1, "Polar", 1.64},
{510, 0, "Apolar", 1.88}, {511, 0, "Apolar", 1.61},
{512, 1, "Polar", 1.42}, {513, 0, "Apolar", 1.88},
{514, 1, "Polar", 1.46}, {515, 1, "Polar", 1.64},
{516, 0, "Apolar", 1.88}, {517, 0, "Apolar", 1.61},
{518, 1, "Polar", 1.42}, {519, 0, "Apolar", 1.88},
{520, 1, "Polar", 1.46}, {521, 0, "Apolar", 1.88},
{522, 1, "Polar", 1.64}, {523, 0, "Apolar", 1.88},
{524, 0, "Apolar", 1.61}, {525, 1, "Polar", 1.42},
{526, 0, "Apolar", 1.88}, {527, 0, "Apolar", 1.88},
{528, 0, "Apolar", 1.88}, {529, 0, "Apolar", 1.88},
{530, 1, "Polar", 1.64}, {531, 0, "Apolar", 1.88},
{532, 0, "Apolar", 1.61}, {533, 1, "Polar", 1.42},
{534, 0, "Apolar", 1.88}, {535, 0, "Apolar", 1.61},
{536, 1, "Polar", 1.64}, {537, 0, "Apolar", 1.76},
{538, 0, "Apolar", 1.76}, {539, 1, "Polar", 1.64},
{540, 1, "Polar", 1.64}, {541, 0, "Apolar", 1.88},
{542, 0, "Apolar", 1.61}, {543, 1, "Polar", 1.42},
{544, 0, "Apolar", 1.88}, {545, 0, "Apolar", 1.88},
{546, 0, "Apolar", 1.88}, {547, 0, "Apolar", 1.88},
{548, 1, "Polar", 1.64}, {549, 0, "Apolar", 1.88},
{550, 0, "Apolar", 1.61}, {551, 1, "Polar", 1.42},
{552, 0, "Apolar", 1.88}, {553, 0, "Apolar", 1.88},
{554, 0, "Apolar", 1.88}, {555, 1, "Polar", 1.64},
{556, 0, "Apolar", 1.88}, {557, 0, "Apolar", 1.61},
{558, 1, "Polar", 1.42}, {559, 0, "Apolar", 1.88},
{560, 0, "Apolar", 1.88}, {561, 0, "Apolar", 1.88},
{562, 0, "Apolar", 1.88}, {563, 1, "Polar", 1.64},
{564, 0, "Apolar", 1.88}, {565, 0, "Apolar", 1.61},
{566, 1, "Polar", 1.42}, {567, 0, "Apolar", 1.88},
{568, 0, "Apolar", 1.88}, {569, 0, "Apolar", 1.88},
{570, 1, "Polar", 1.64}, {571, 0, "Apolar", 1.61},
{572, 1, "Polar", 1.64}, {573, 1, "Polar", 1.64},
{574, 1, "Polar", 1.64}, {575, 0, "Apolar", 1.88},
{576, 0, "Apolar", 1.61}, {577, 1, "Polar", 1.42},
{578, 0, "Apolar", 1.88}, {579, 0, "Apolar", 1.88},
{580, 0, "Apolar", 1.88}, {581, 0, "Apolar", 1.88},
{582, 1, "Polar", 1.64}, {583, 0, "Apolar", 1.88},
{584, 0, "Apolar", 1.61}, {585, 1, "Polar", 1.42},
{586, 0, "Apolar", 1.88}, {587, 0, "Apolar", 1.88},
{588, 0, "Apolar", 1.88}, {589, 1, "Polar", 1.64},
{590, 0, "Apolar", 1.61}, {591, 1, "Polar", 1.64},
{592, 1, "Polar", 1.64}, {593, 1, "Polar", 1.64},
{594, 0, "Apolar", 1.88}, {595, 0, "Apolar", 1.61},
{596, 1, "Polar", 1.42}, {597, 1, "Polar", 1.64},
{598, 0, "Apolar", 1.88}, {599, 0, "Apolar", 1.61},
{600, 1, "Polar", 1.42}, {601, 1, "Polar", 1.46}};
void testPDB() {
BOOST_LOG(rdInfoLog) << "-----------------------\n Testing FreeSASA basics"
<< std::endl;
std::string rdbase = getenv("RDBASE");
std::string fName = rdbase += "/External/FreeSASA/test_data/1d3z.pdb";
ROMol *m;
{
const bool sanitize = true;
const bool removeHs = true;
m = PDBFileToMol(fName, sanitize, removeHs);
}
std::vector<double> radii;
FreeSASA::classifyAtoms(*m, radii);
for (ROMol::AtomIterator at = m->beginAtoms(); at != m->endAtoms(); ++at) {
Atom *atom = (*at);
unsigned int idx = atom->getIdx();
TEST_ASSERT(idx == ExpectedProtor1d3z[idx].idx);
TEST_ASSERT(atom->getProp<int>(common_properties::Atom::SASAClass) ==
ExpectedProtor1d3z[idx].cls);
TEST_ASSERT(
atom->getProp<std::string>(common_properties::Atom::SASAClassName) ==
ExpectedProtor1d3z[idx].clsname);
TEST_ASSERT(radii[idx] == ExpectedProtor1d3z[idx].radius);
}
{
FreeSASA::SASAOpts opts;
opts.algorithm = FreeSASA::SASAOpts::ShrakeRupley;
double sasa = FreeSASA::calcSASA(*m, radii, -1, nullptr, opts);
TEST_ASSERT(fabs(sasa - 5000.340175) < 1e-5);
}
{
FreeSASA::SASAOpts opts;
opts.algorithm = FreeSASA::SASAOpts::ShrakeRupley;
opts.probeRadius = 2.0;
double sasa = FreeSASA::calcSASA(*m, radii, -1, nullptr, opts);
TEST_ASSERT(fabs(sasa - 4977.770911) < 1e-5);
}
delete m;
{
const bool sanitize = false;
const bool removeHs = false;
m = PDBFileToMol(fName, sanitize, removeHs);
}
ROMol *mnoh = MolOps::removeHs(*m);
FreeSASA::classifyAtoms(*mnoh, radii);
{
FreeSASA::SASAOpts opts;
opts.algorithm = FreeSASA::SASAOpts::ShrakeRupley;
double sasa = FreeSASA::calcSASA(*mnoh, radii, -1, nullptr, opts);
TEST_ASSERT(fabs(sasa - 5000.340175) < 1e-5);
}
{
FreeSASA::SASAOpts opts;
opts.algorithm = FreeSASA::SASAOpts::ShrakeRupley;
opts.probeRadius = 2.0;
double sasa = FreeSASA::calcSASA(*mnoh, radii, -1, nullptr, opts);
TEST_ASSERT(fabs(sasa - 4977.770911) < 1e-5);
}
const QueryAtom *apolar = FreeSASA::makeFreeSasaAPolarAtomQuery();
const QueryAtom *polar = FreeSASA::makeFreeSasaPolarAtomQuery();
{
FreeSASA::SASAOpts opts;
opts.algorithm = FreeSASA::SASAOpts::ShrakeRupley;
double apolard = FreeSASA::calcSASA(*mnoh, radii, -1, apolar, opts);
double polard = FreeSASA::calcSASA(*mnoh, radii, -1, polar, opts);
std::cerr << " polar " << polard << std::endl;
std::cerr << " apolar " << apolard << std::endl;
TEST_ASSERT(fabs(polard + apolard - 5000.340175) < 1e-5);
}
delete polar;
delete apolar;
delete m;
delete mnoh;
BOOST_LOG(rdInfoLog) << "Done" << std::endl;
}
int main() {
RDLog::InitLogs();
testPDB();
}
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