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||||
'PCA': 'E', 'PCC': 'P', 'PCE': 'X', 'PCS': 'F', 'PDL': 'X', 'PDU': 'U',
|
||||
'PEC': 'C', 'PF5': 'F', 'PFF': 'F', 'PFX': 'X', 'PG1': 'S', 'PG7': 'G',
|
||||
'PG9': 'G', 'PGL': 'X', 'PGN': 'G', 'PGP': 'G', 'PGY': 'G', 'PHA': 'F',
|
||||
'PHD': 'D', 'PHE': 'F', 'PHI': 'F', 'PHL': 'F', 'PHM': 'F', 'PIV': 'X',
|
||||
'PLE': 'L', 'PM3': 'F', 'PMT': 'C', 'POM': 'P', 'PPN': 'F', 'PPU': 'A',
|
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'PPW': 'G', 'PQ1': 'N', 'PR3': 'C', 'PR5': 'A', 'PR9': 'P', 'PRN': 'A',
|
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'PRO': 'P', 'PRS': 'P', 'PSA': 'F', 'PSH': 'H', 'PST': 'T', 'PSU': 'U',
|
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'PSW': 'C', 'PTA': 'X', 'PTH': 'Y', 'PTM': 'Y', 'PTR': 'Y', 'PU': 'A',
|
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'PUY': 'N', 'PVH': 'H', 'PVL': 'X', 'PYA': 'A', 'PYO': 'U', 'PYX': 'C',
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'PYY': 'N', 'QMM': 'Q', 'QPA': 'C', 'QPH': 'F', 'QUO': 'G', 'R': 'A',
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'R1A': 'C', 'R4K': 'W', 'RE0': 'W', 'RE3': 'W', 'RIA': 'A', 'RMP': 'A',
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'RON': 'X', 'RT': 'T', 'RTP': 'N', 'S1H': 'S', 'S2C': 'C', 'S2D': 'A',
|
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'S2M': 'T', 'S2P': 'A', 'S4A': 'A', 'S4C': 'C', 'S4G': 'G', 'S4U': 'U',
|
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'S6G': 'G', 'SAC': 'S', 'SAH': 'C', 'SAR': 'G', 'SBL': 'S', 'SC': 'C',
|
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'SCH': 'C', 'SCS': 'C', 'SCY': 'C', 'SD2': 'X', 'SDG': 'G', 'SDP': 'S',
|
||||
'SEB': 'S', 'SEC': 'A', 'SEG': 'A', 'SEL': 'S', 'SEM': 'S', 'SEN': 'S',
|
||||
'SEP': 'S', 'SER': 'S', 'SET': 'S', 'SGB': 'S', 'SHC': 'C', 'SHP': 'G',
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||||
'SHR': 'K', 'SIB': 'C', 'SLA': 'P', 'SLR': 'P', 'SLZ': 'K', 'SMC': 'C',
|
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'SME': 'M', 'SMF': 'F', 'SMP': 'A', 'SMT': 'T', 'SNC': 'C', 'SNN': 'N',
|
||||
'SOC': 'C', 'SOS': 'N', 'SOY': 'S', 'SPT': 'T', 'SRA': 'A', 'SSU': 'U',
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||||
'STY': 'Y', 'SUB': 'X', 'SUN': 'S', 'SUR': 'U', 'SVA': 'S', 'SVV': 'S',
|
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'SVW': 'S', 'SVX': 'S', 'SVY': 'S', 'SVZ': 'X', 'SYS': 'C', 'T': 'T',
|
||||
'T11': 'F', 'T23': 'T', 'T2S': 'T', 'T2T': 'N', 'T31': 'U', 'T32': 'T',
|
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'T36': 'T', 'T37': 'T', 'T38': 'T', 'T39': 'T', 'T3P': 'T', 'T41': 'T',
|
||||
'T48': 'T', 'T49': 'T', 'T4S': 'T', 'T5O': 'U', 'T5S': 'T', 'T66': 'X',
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||||
'T6A': 'A', 'TA3': 'T', 'TA4': 'X', 'TAF': 'T', 'TAL': 'N', 'TAV': 'D',
|
||||
'TBG': 'V', 'TBM': 'T', 'TC1': 'C', 'TCP': 'T', 'TCQ': 'Y', 'TCR': 'W',
|
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'TCY': 'A', 'TDD': 'L', 'TDY': 'T', 'TFE': 'T', 'TFO': 'A', 'TFQ': 'F',
|
||||
'TFT': 'T', 'TGP': 'G', 'TH6': 'T', 'THC': 'T', 'THO': 'X', 'THR': 'T',
|
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'THX': 'N', 'THZ': 'R', 'TIH': 'A', 'TLB': 'N', 'TLC': 'T', 'TLN': 'U',
|
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'TMB': 'T', 'TMD': 'T', 'TNB': 'C', 'TNR': 'S', 'TOX': 'W', 'TP1': 'T',
|
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'TPC': 'C', 'TPG': 'G', 'TPH': 'X', 'TPL': 'W', 'TPO': 'T', 'TPQ': 'Y',
|
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'TQI': 'W', 'TQQ': 'W', 'TRF': 'W', 'TRG': 'K', 'TRN': 'W', 'TRO': 'W',
|
||||
'TRP': 'W', 'TRQ': 'W', 'TRW': 'W', 'TRX': 'W', 'TS': 'N', 'TST': 'X',
|
||||
'TT': 'N', 'TTD': 'T', 'TTI': 'U', 'TTM': 'T', 'TTQ': 'W', 'TTS': 'Y',
|
||||
'TY1': 'Y', 'TY2': 'Y', 'TY3': 'Y', 'TY5': 'Y', 'TYB': 'Y', 'TYI': 'Y',
|
||||
'TYJ': 'Y', 'TYN': 'Y', 'TYO': 'Y', 'TYQ': 'Y', 'TYR': 'Y', 'TYS': 'Y',
|
||||
'TYT': 'Y', 'TYU': 'N', 'TYW': 'Y', 'TYX': 'X', 'TYY': 'Y', 'TZB': 'X',
|
||||
'TZO': 'X', 'U': 'U', 'U25': 'U', 'U2L': 'U', 'U2N': 'U', 'U2P': 'U',
|
||||
'U31': 'U', 'U33': 'U', 'U34': 'U', 'U36': 'U', 'U37': 'U', 'U8U': 'U',
|
||||
'UAR': 'U', 'UCL': 'U', 'UD5': 'U', 'UDP': 'N', 'UFP': 'N', 'UFR': 'U',
|
||||
'UFT': 'U', 'UMA': 'A', 'UMP': 'U', 'UMS': 'U', 'UN1': 'X', 'UN2': 'X',
|
||||
'UNK': 'X', 'UR3': 'U', 'URD': 'U', 'US1': 'U', 'US2': 'U', 'US3': 'T',
|
||||
'US5': 'U', 'USM': 'U', 'VAD': 'V', 'VAF': 'V', 'VAL': 'V', 'VB1': 'K',
|
||||
'VDL': 'X', 'VLL': 'X', 'VLM': 'X', 'VMS': 'X', 'VOL': 'X', 'X': 'G',
|
||||
'X2W': 'E', 'X4A': 'N', 'XAD': 'A', 'XAE': 'N', 'XAL': 'A', 'XAR': 'N',
|
||||
'XCL': 'C', 'XCN': 'C', 'XCP': 'X', 'XCR': 'C', 'XCS': 'N', 'XCT': 'C',
|
||||
'XCY': 'C', 'XGA': 'N', 'XGL': 'G', 'XGR': 'G', 'XGU': 'G', 'XPR': 'P',
|
||||
'XSN': 'N', 'XTH': 'T', 'XTL': 'T', 'XTR': 'T', 'XTS': 'G', 'XTY': 'N',
|
||||
'XUA': 'A', 'XUG': 'G', 'XX1': 'K', 'Y': 'A', 'YCM': 'C', 'YG': 'G',
|
||||
'YOF': 'Y', 'YRR': 'N', 'YYG': 'G', 'Z': 'C', 'Z01': 'A', 'ZAD': 'A',
|
||||
'ZAL': 'A', 'ZBC': 'C', 'ZBU': 'U', 'ZCL': 'F', 'ZCY': 'C', 'ZDU': 'U',
|
||||
'ZFB': 'X', 'ZGU': 'G', 'ZHP': 'N', 'ZTH': 'T', 'ZU0': 'T', 'ZZJ': 'A',
|
||||
}
|
||||
|
||||
@@ -20,8 +20,8 @@ import io
|
||||
from typing import Any, Mapping, Optional, Sequence, Tuple
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||||
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||||
from absl import logging
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||||
from alphafold.common import residue_constants
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||||
from Bio import PDB
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||||
from Bio.Data import SCOPData
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||||
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||||
# Type aliases:
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||||
ChainId = str
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@@ -258,7 +258,7 @@ def parse(*,
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author_chain = mmcif_to_author_chain_id[chain_id]
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||||
seq = []
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||||
for monomer in seq_info:
|
||||
code = SCOPData.protein_letters_3to1.get(monomer.id, 'X')
|
||||
code = residue_constants.CCD_NAME_TO_ONE_LETTER.get(monomer.id, 'X')
|
||||
seq.append(code if len(code) == 1 else 'X')
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||||
seq = ''.join(seq)
|
||||
author_chain_to_sequence[author_chain] = seq
|
||||
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