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synced 2026-06-03 21:44:30 +08:00
Add SCSR parsing to RDKit (#8147)
* Parsing SCSR * add scsrol to mol * removed bad include file * loosen distGeom test slightly * add wrap test for SCSRMol * Add test for scsr in python * tests added for scsr and strict parsing removed * remove extra stuff * More fully specified use of SCSRMol for PR CI build * Added flags for SCSR expansion to not include any leaving groups * Added MolFromScsrParams to Wrap for python * added SCSRMol destructor * Added two tests for RNA macromols, and fixed a bug they revealed * Added new tests abd expected files * changes as per PR review * SCSR Chnages for leaving groups * fixed testScsr.py * hydrogen bond treatment * in SCSR expand, allow Hbond to be autoatically detected * changes as per code review * Adding new test file * chages for SCSR contructors, destructors for CI build * fixed pyton for SCSR hydrogen bond modes, and added tests * Added new test files * fixed edge case for SCSR * fix checksum for inchi * consistent capitalization of SCSR throughout * switch to enum class * make things shorter * simplify * get rid of the ATTCHORD class * New section for SCSR in RDKit_book * addeed section to RDKit_Book * SCSRMol is no longer exposed in Python * fix leak in MolFromSCSRFile() light refactoring * expose MolFromSCSRFile() to python make the MolFromSCSR functions work with default args a bit more testing * removed C++ access to SCSRMol * CXMsiles now ouputs hbonds, fix to template matching, and a few other things * Addl fix for bad aromaticity in Hbond rings * Test files needed * Test files needed * try to fix a CI build errors * CI error fix * Added missing test file * CMake version - for CI build * remove full file compoarison from macromol test file * accidental change to debug restored to release * Code review changes * As per PR review --------- Co-authored-by: Greg Landrum <greg.landrum@gmail.com>
This commit is contained in:
tadhurst-cdd
GitHub
@@ -415,7 +415,7 @@ void applyHuckelToFused(
|
||||
std::copy(curRs.begin(), curRs.end(),
|
||||
std::inserter(aromRings, aromRings.begin()));
|
||||
} // end check huckel rule
|
||||
} // end while(1)
|
||||
} // end while(1)
|
||||
narom += rdcast<int>(aromRings.size());
|
||||
}
|
||||
|
||||
@@ -682,6 +682,7 @@ int mdlAromaticityHelper(RWMol &mol, const VECT_INT_VECT &srings) {
|
||||
for (auto &sring : srings) {
|
||||
bool allAromatic = true;
|
||||
bool allDummy = true;
|
||||
|
||||
for (auto firstIdx : sring) {
|
||||
const auto at = mol.getAtomWithIdx(firstIdx);
|
||||
|
||||
@@ -831,7 +832,6 @@ int aromaticityHelper(RWMol &mol, const VECT_INT_VECT &srings,
|
||||
(maxRingSize && ringSz > maxRingSize)) {
|
||||
continue;
|
||||
}
|
||||
|
||||
bool allAromatic = true;
|
||||
bool allDummy = true;
|
||||
for (auto firstIdx : sring) {
|
||||
|
||||
@@ -191,6 +191,8 @@ double Bond::getValenceContrib(const Atom *atom) const {
|
||||
if ((getBondType() == DATIVE || getBondType() == DATIVEONE) &&
|
||||
atom->getIdx() != getEndAtomIdx()) {
|
||||
res = 0.0;
|
||||
} else if (getBondType() == HYDROGEN) {
|
||||
res = 0.0;
|
||||
} else {
|
||||
res = getBondTypeAsDouble();
|
||||
}
|
||||
|
||||
@@ -386,12 +386,16 @@ class RDKIT_GRAPHMOL_EXPORT Bond : public RDProps {
|
||||
void initBond();
|
||||
};
|
||||
|
||||
inline bool isDative(const Bond &bond) {
|
||||
auto bt = bond.getBondType();
|
||||
inline bool isDative(const Bond::BondType bt) {
|
||||
return bt == Bond::BondType::DATIVE || bt == Bond::BondType::DATIVEL ||
|
||||
bt == Bond::BondType::DATIVER || bt == Bond::BondType::DATIVEONE;
|
||||
}
|
||||
|
||||
inline bool isDative(const Bond &bond) {
|
||||
auto bt = bond.getBondType();
|
||||
return isDative(bt);
|
||||
}
|
||||
|
||||
inline bool canSetDoubleBondStereo(const Bond &bond) {
|
||||
auto bondType = bond.getBondType();
|
||||
return (bondType == Bond::SINGLE || bondType == Bond::AROMATIC ||
|
||||
|
||||
@@ -8,7 +8,7 @@ rdkit_library(GraphMol
|
||||
Renumber.cpp AdjustQuery.cpp Resonance.cpp StereoGroup.cpp
|
||||
new_canon.cpp SubstanceGroup.cpp FindStereo.cpp MonomerInfo.cpp
|
||||
NontetrahedralStereo.cpp Atropisomers.cpp
|
||||
WedgeBonds.cpp MolProps.cpp
|
||||
WedgeBonds.cpp MolProps.cpp
|
||||
SHARED
|
||||
LINK_LIBRARIES RDGeometryLib RDGeneral)
|
||||
target_compile_definitions(GraphMol PRIVATE RDKIT_GRAPHMOL_BUILD)
|
||||
|
||||
@@ -5,7 +5,8 @@ endif()
|
||||
|
||||
rdkit_library(FileParsers
|
||||
CDXMLParser.cpp
|
||||
Mol2FileParser.cpp MolFileParser.cpp
|
||||
Mol2FileParser.cpp MolFileParser.cpp
|
||||
SCSRMolFileParser.cpp
|
||||
MolSGroupParsing.cpp MolSGroupWriting.cpp
|
||||
MolFileStereochem.cpp MolFileWriter.cpp
|
||||
ForwardSDMolSupplier.cpp SDMolSupplier.cpp SDWriter.cpp
|
||||
@@ -23,7 +24,7 @@ rdkit_library(FileParsers
|
||||
MultithreadedMolSupplier.cpp
|
||||
MultithreadedSmilesMolSupplier.cpp
|
||||
MultithreadedSDMolSupplier.cpp
|
||||
LINK_LIBRARIES GenericGroups Depictor SmilesParse ChemTransforms GraphMol ${RDK_MAEPARSER_LIBS})
|
||||
LINK_LIBRARIES GenericGroups Depictor SmilesParse ChemTransforms GraphMol SubstructMatch ${RDK_MAEPARSER_LIBS})
|
||||
target_compile_definitions(FileParsers PRIVATE RDKIT_FILEPARSERS_BUILD)
|
||||
|
||||
rdkit_headers(CDXMLParser.h
|
||||
@@ -75,6 +76,9 @@ rdkit_test(testExtendedStereoParsing testExtendedStereoParsing.cpp
|
||||
rdkit_catch_test(fileParsersCatchTest file_parsers_catch.cpp
|
||||
LINK_LIBRARIES FileParsers)
|
||||
|
||||
rdkit_catch_test(macromolsCatchTest macromols_catch.cpp
|
||||
LINK_LIBRARIES FileParsers)
|
||||
|
||||
rdkit_catch_test(testPropertyLists testPropertyLists.cpp
|
||||
LINK_LIBRARIES FileParsers)
|
||||
|
||||
|
||||
@@ -83,7 +83,8 @@ RDKIT_FILEPARSERS_EXPORT std::string getV3000Line(std::istream *inStream,
|
||||
RDKIT_FILEPARSERS_EXPORT bool ParseV3000CTAB(
|
||||
std::istream *inStream, unsigned int &line, RWMol *mol, Conformer *&conf,
|
||||
bool &chiralityPossible, unsigned int &nAtoms, unsigned int &nBonds,
|
||||
bool strictParsing = true, bool expectMEND = true);
|
||||
bool strictParsing = true, bool expectMEND = true,
|
||||
bool expectMacroAtoms = false);
|
||||
|
||||
// nAtoms and nBonds are used
|
||||
RDKIT_FILEPARSERS_EXPORT bool ParseV2000CTAB(
|
||||
|
||||
@@ -52,6 +52,38 @@ struct RDKIT_FILEPARSERS_EXPORT MolFileParserParams {
|
||||
correctness of the contents. */
|
||||
bool expandAttachmentPoints =
|
||||
false; /**< toggle conversion of attachment points into dummy atoms */
|
||||
bool parsingSCSRMol = false; /**< if true, we are parsing a SCSR mol file */
|
||||
};
|
||||
enum class SCSRTemplateNames {
|
||||
AsEntered, //<! use the name of the temlate as entered in the SCSR Mol
|
||||
UseFirstName, //<!Use the first name in the template
|
||||
// def (For AA, the 3 letter code
|
||||
UseSecondName //<!use the second name in the tempate def (
|
||||
// For AA, the 1 letter code)
|
||||
};
|
||||
|
||||
enum class SCSRBaseHbondOptions {
|
||||
Ignore, //<! Do not include base Hbonds in expanded output
|
||||
UseSapAll, //<!use all hbonds defined in SAPs
|
||||
// can be more than one per base
|
||||
UseSapOne, //<!use only one SAP hbond per base
|
||||
// If multiple SAPs are defined, use the first
|
||||
// even if it is not the best
|
||||
//(this just maintains the relationship between
|
||||
// the to base pairs)
|
||||
Auto //<!For bases that are C,G,A,T,U,In (and
|
||||
// derivatives) use the standard Watson-Crick
|
||||
// Hbonding. No SAPs need to be defined, and if
|
||||
// defined, they are ignored.
|
||||
};
|
||||
|
||||
struct RDKIT_FILEPARSERS_EXPORT MolFromSCSRParams {
|
||||
bool includeLeavingGroups =
|
||||
true; /**< when true, leaving groups on atoms that are not exo-bonded are
|
||||
retained. When false, no leaving groups are retained */
|
||||
SCSRTemplateNames scsrTemplateNames = SCSRTemplateNames::AsEntered;
|
||||
|
||||
SCSRBaseHbondOptions scsrBaseHbondOptions = SCSRBaseHbondOptions::UseSapAll;
|
||||
};
|
||||
RDKIT_FILEPARSERS_EXPORT std::unique_ptr<RWMol> MolFromMolDataStream(
|
||||
std::istream &inStream, unsigned int &line,
|
||||
@@ -63,6 +95,19 @@ RDKIT_FILEPARSERS_EXPORT std::unique_ptr<RWMol> MolFromMolFile(
|
||||
const std::string &fName,
|
||||
const MolFileParserParams ¶ms = MolFileParserParams());
|
||||
|
||||
RDKIT_FILEPARSERS_EXPORT std::unique_ptr<RDKit::RWMol> MolFromSCSRDataStream(
|
||||
std::istream &inStream, unsigned int &line,
|
||||
const MolFileParserParams &molFileParserParams = MolFileParserParams(),
|
||||
const MolFromSCSRParams &molFromSCSRParams = MolFromSCSRParams());
|
||||
RDKIT_FILEPARSERS_EXPORT std::unique_ptr<RDKit::RWMol> MolFromSCSRBlock(
|
||||
const std::string &molBlock,
|
||||
const MolFileParserParams &molFileParserParams = MolFileParserParams(),
|
||||
const MolFromSCSRParams &molFromSCSRParams = MolFromSCSRParams());
|
||||
RDKIT_FILEPARSERS_EXPORT std::unique_ptr<RDKit::RWMol> MolFromSCSRFile(
|
||||
const std::string &fName,
|
||||
const MolFileParserParams &molFileParserParams = MolFileParserParams(),
|
||||
const MolFromSCSRParams &molFromSCSRParams = MolFromSCSRParams());
|
||||
|
||||
} // namespace FileParsers
|
||||
} // namespace v2
|
||||
|
||||
|
||||
@@ -1382,8 +1382,12 @@ void setRGPProps(const std::string_view symb, Atom *res) {
|
||||
|
||||
void lookupAtomicNumber(Atom *res, const std::string &symb,
|
||||
bool strictParsing) {
|
||||
std::string tCopy(symb);
|
||||
if (symb.size() == 2 && symb[1] >= 'A' && symb[1] <= 'Z') {
|
||||
tCopy[1] = static_cast<char>(tolower(symb[1]));
|
||||
}
|
||||
try {
|
||||
res->setAtomicNum(PeriodicTable::getTable()->getAtomicNumber(symb));
|
||||
res->setAtomicNum(PeriodicTable::getTable()->getAtomicNumber(tCopy));
|
||||
} catch (const Invar::Invariant &e) {
|
||||
if (strictParsing || symb.empty()) {
|
||||
throw FileParseException(e.what());
|
||||
@@ -1510,9 +1514,6 @@ Atom *ParseMolFileAtomLine(const std::string_view text, RDGeom::Point3D &pos,
|
||||
res.reset(new QueryAtom(0));
|
||||
res->setProp(common_properties::atomLabel, std::string(symb));
|
||||
} else {
|
||||
if (symb.size() == 2 && symb[1] >= 'A' && symb[1] <= 'Z') {
|
||||
symb[1] = static_cast<char>(tolower(symb[1]));
|
||||
}
|
||||
lookupAtomicNumber(res.get(), symb, strictParsing);
|
||||
}
|
||||
|
||||
@@ -2182,9 +2183,6 @@ Atom *ParseV3000AtomSymbol(std::string_view token, unsigned int &line,
|
||||
res->setProp(common_properties::atomLabel, std::string(token));
|
||||
} else {
|
||||
std::string tcopy(token);
|
||||
if (token.size() == 2 && token[1] >= 'A' && token[1] <= 'Z') {
|
||||
tcopy[1] = static_cast<char>(tolower(token[1]));
|
||||
}
|
||||
res.reset(new Atom(0));
|
||||
lookupAtomicNumber(res.get(), tcopy, strictParsing);
|
||||
}
|
||||
@@ -2381,7 +2379,45 @@ void ParseV3000AtomProps(RWMol *mol, Atom *&atom, typename T::iterator &token,
|
||||
}
|
||||
}
|
||||
} else if (prop == "ATTCHORD") {
|
||||
if (val != "0") {
|
||||
// there are two kinds of ATTCHORD
|
||||
// one is for template instances and looks like this: ATTCHORD=(4 1 Al 3
|
||||
// Br)
|
||||
|
||||
if (val.substr(0, 1) == "(") {
|
||||
// this is a template instance
|
||||
|
||||
val = val.substr(1, val.size() - 2);
|
||||
std::vector<std::string> splitToken;
|
||||
boost::split(splitToken, val, boost::is_any_of(" \t"));
|
||||
|
||||
unsigned int itemCount = 0;
|
||||
if (splitToken.size() > 0) {
|
||||
itemCount = FileParserUtils::toInt(splitToken[0]);
|
||||
}
|
||||
|
||||
if (itemCount == 0 || itemCount % 2 != 0 ||
|
||||
splitToken.size() != itemCount + 1) {
|
||||
errout << "Invalid ATTCHORD value: '" << val << "' for atom "
|
||||
<< atom->getIdx() + 1 << " on line " << line << std::endl;
|
||||
throw FileParseException(errout.str());
|
||||
}
|
||||
std::vector<std::pair<unsigned int, std::string>> attchOrds;
|
||||
for (unsigned int i = 1; i < itemCount; i += 2) {
|
||||
unsigned int idx = FileParserUtils::toInt(splitToken[i]);
|
||||
// check for uniqueness
|
||||
for (const auto &[aidx, lbl] : attchOrds) {
|
||||
if (idx == aidx + 1 || splitToken[i + 1] == lbl) {
|
||||
errout << "Invalid ATTCHORD value: '" << val << "' for atom "
|
||||
<< atom->getIdx() + 1 << " on line " << line << std::endl;
|
||||
|
||||
throw FileParseException(errout.str());
|
||||
}
|
||||
}
|
||||
attchOrds.emplace_back(idx - 1, splitToken[i + 1]);
|
||||
}
|
||||
atom->setProp(common_properties::molAttachOrderTemplate, attchOrds);
|
||||
} else {
|
||||
// this is a normal ATTCHORD
|
||||
auto ival = FileParserUtils::toInt(val);
|
||||
atom->setProp(common_properties::molAttachOrder, ival);
|
||||
}
|
||||
@@ -2483,7 +2519,7 @@ bool calculate3dFlag(const RWMol &mol, const Conformer &conf,
|
||||
|
||||
void ParseV3000AtomBlock(std::istream *inStream, unsigned int &line,
|
||||
unsigned int nAtoms, RWMol *mol, Conformer *conf,
|
||||
bool strictParsing) {
|
||||
bool strictParsing, bool expectMacroAtoms) {
|
||||
PRECONDITION(inStream, "bad stream");
|
||||
PRECONDITION(nAtoms > 0, "bad atom count");
|
||||
PRECONDITION(mol, "bad molecule");
|
||||
@@ -2523,7 +2559,35 @@ void ParseV3000AtomBlock(std::istream *inStream, unsigned int &line,
|
||||
errout << "Bad atom line : '" << tempStr << "' on line " << line;
|
||||
throw FileParseException(errout.str());
|
||||
}
|
||||
Atom *atom = ParseV3000AtomSymbol(*token, line, strictParsing);
|
||||
|
||||
// before we parse the symbol, we need to know if the atom has a class attr.
|
||||
// if it does, it is a macro atom reference, and we do not need to parse the
|
||||
// symbol. (the single letter codes can be the same as element sysmbols or
|
||||
// special query names)
|
||||
|
||||
auto isMacroAtom = false;
|
||||
if (expectMacroAtoms) {
|
||||
auto lookAheadToken = token + 1;
|
||||
while (lookAheadToken != tokens.end()) {
|
||||
std::string prop;
|
||||
std::string_view val;
|
||||
if (splitAssignToken(*lookAheadToken, prop, val) && prop == "CLASS") {
|
||||
isMacroAtom = true;
|
||||
break;
|
||||
}
|
||||
++lookAheadToken;
|
||||
}
|
||||
}
|
||||
|
||||
Atom *atom = nullptr;
|
||||
if (isMacroAtom) {
|
||||
atom = new Atom(0);
|
||||
atom->setAtomicNum(0);
|
||||
std::string tcopy(*token);
|
||||
atom->setProp(common_properties::dummyLabel, tcopy);
|
||||
} else {
|
||||
atom = ParseV3000AtomSymbol(*token, line, strictParsing);
|
||||
}
|
||||
|
||||
// now the position;
|
||||
RDGeom::Point3D pos;
|
||||
@@ -3118,7 +3182,8 @@ namespace FileParserUtils {
|
||||
bool ParseV3000CTAB(std::istream *inStream, unsigned int &line, RWMol *mol,
|
||||
Conformer *&conf, bool &chiralityPossible,
|
||||
unsigned int &nAtoms, unsigned int &nBonds,
|
||||
bool strictParsing, bool expectMEND) {
|
||||
bool strictParsing, bool expectMEND,
|
||||
bool expectMacroAtoms) {
|
||||
PRECONDITION(inStream, "bad stream");
|
||||
PRECONDITION(mol, "bad molecule");
|
||||
|
||||
@@ -3171,7 +3236,8 @@ bool ParseV3000CTAB(std::istream *inStream, unsigned int &line, RWMol *mol,
|
||||
mol->setProp(common_properties::_MolFileChiralFlag, chiralFlag);
|
||||
|
||||
if (nAtoms) {
|
||||
ParseV3000AtomBlock(inStream, line, nAtoms, mol, conf, strictParsing);
|
||||
ParseV3000AtomBlock(inStream, line, nAtoms, mol, conf, strictParsing,
|
||||
expectMacroAtoms);
|
||||
}
|
||||
if (nBonds) {
|
||||
ParseV3000BondBlock(inStream, line, nBonds, mol, chiralityPossible);
|
||||
@@ -3195,37 +3261,85 @@ bool ParseV3000CTAB(std::istream *inStream, unsigned int &line, RWMol *mol,
|
||||
tempStr = getV3000Line(inStream, line);
|
||||
}
|
||||
|
||||
if (nSgroups) {
|
||||
boost::to_upper(tempStr);
|
||||
if (tempStr.length() < 12 || tempStr.substr(0, 12) != "BEGIN SGROUP") {
|
||||
std::ostringstream errout;
|
||||
errout << "BEGIN SGROUP line not found on line " << line;
|
||||
if (strictParsing) {
|
||||
throw FileParseException(errout.str());
|
||||
} else {
|
||||
BOOST_LOG(rdWarningLog) << errout.str() << std::endl;
|
||||
}
|
||||
} else {
|
||||
tempStr =
|
||||
ParseV3000SGroupsBlock(inStream, line, nSgroups, mol, strictParsing);
|
||||
boost::to_upper(tempStr);
|
||||
if (tempStr.length() < 10 || tempStr.substr(0, 10) != "END SGROUP") {
|
||||
bool sgroupFound = false;
|
||||
bool obj3dFound = false;
|
||||
boost::to_upper(tempStr);
|
||||
while (tempStr.length() > 5 && tempStr.substr(0, 5) == "BEGIN") {
|
||||
if (tempStr.length() >= 12 && tempStr.substr(0, 12) == "BEGIN SGROUP") {
|
||||
if (sgroupFound) {
|
||||
std::ostringstream errout;
|
||||
errout << "END SGROUP line not found on line " << line;
|
||||
errout << "BEGIN SGROUP found more than once on line " << line;
|
||||
throw FileParseException(errout.str());
|
||||
|
||||
} else if (!nSgroups) {
|
||||
std::ostringstream errout;
|
||||
errout << "BEGIN SGROUP found but Sgroups NOT expected on line "
|
||||
<< line;
|
||||
if (strictParsing) {
|
||||
throw FileParseException(errout.str());
|
||||
} else {
|
||||
BOOST_LOG(rdWarningLog) << errout.str() << std::endl;
|
||||
}
|
||||
} else {
|
||||
sgroupFound = true;
|
||||
tempStr = ParseV3000SGroupsBlock(inStream, line, nSgroups, mol,
|
||||
strictParsing);
|
||||
boost::to_upper(tempStr);
|
||||
if (tempStr.length() < 10 || tempStr.substr(0, 10) != "END SGROUP") {
|
||||
std::ostringstream errout;
|
||||
errout << "END SGROUP line not found on line " << line;
|
||||
if (strictParsing) {
|
||||
throw FileParseException(errout.str());
|
||||
} else {
|
||||
BOOST_LOG(rdWarningLog) << errout.str() << std::endl;
|
||||
}
|
||||
} else {
|
||||
tempStr = getV3000Line(inStream, line);
|
||||
boost::to_upper(tempStr);
|
||||
}
|
||||
}
|
||||
|
||||
} else if (tempStr.length() >= 15 &&
|
||||
tempStr.substr(6, 10) == "COLLECTION") {
|
||||
tempStr = parseEnhancedStereo(inStream, line, mol);
|
||||
boost::to_upper(tempStr);
|
||||
} else if (tempStr.length() >= 11 &&
|
||||
tempStr.substr(0, 11) == "BEGIN OBJ3D") {
|
||||
if (obj3dFound) {
|
||||
std::ostringstream errout;
|
||||
errout << "BEGIN OBJ3D found more than once on line " << line;
|
||||
throw FileParseException(errout.str());
|
||||
}
|
||||
if (!n3DConstraints) {
|
||||
std::ostringstream errout;
|
||||
errout << "BEGIN OBJ3D found but 3n3DConstraints NOT expected on line "
|
||||
<< line;
|
||||
if (strictParsing) {
|
||||
throw FileParseException(errout.str());
|
||||
} else {
|
||||
BOOST_LOG(rdWarningLog) << errout.str() << std::endl;
|
||||
}
|
||||
}
|
||||
BOOST_LOG(rdWarningLog)
|
||||
<< "3D constraint information in mol block ignored at line " << line
|
||||
<< std::endl;
|
||||
obj3dFound = true;
|
||||
for (unsigned int i = 0; i < n3DConstraints; ++i) {
|
||||
tempStr = getV3000Line(inStream, line);
|
||||
}
|
||||
}
|
||||
}
|
||||
|
||||
while (tempStr.length() > 5 && tempStr.substr(0, 5) == "BEGIN") {
|
||||
if (tempStr.length() > 15 && tempStr.substr(6, 10) == "COLLECTION") {
|
||||
tempStr = parseEnhancedStereo(inStream, line, mol);
|
||||
tempStr = getV3000Line(inStream, line);
|
||||
boost::to_upper(tempStr);
|
||||
if (tempStr.length() < 9 || tempStr.substr(0, 9) != "END OBJ3D") {
|
||||
std::ostringstream errout;
|
||||
errout << "END OBJ3D line not found on line " << line;
|
||||
if (strictParsing) {
|
||||
throw FileParseException(errout.str());
|
||||
} else {
|
||||
BOOST_LOG(rdWarningLog) << errout.str() << std::endl;
|
||||
}
|
||||
}
|
||||
tempStr = getV3000Line(inStream, line);
|
||||
boost::to_upper(tempStr);
|
||||
} else {
|
||||
// skip blocks we don't know how to read
|
||||
BOOST_LOG(rdWarningLog) << "skipping block at line " << line << ": '"
|
||||
@@ -3234,38 +3348,27 @@ bool ParseV3000CTAB(std::istream *inStream, unsigned int &line, RWMol *mol,
|
||||
tempStr = getV3000Line(inStream, line);
|
||||
}
|
||||
tempStr = getV3000Line(inStream, line);
|
||||
boost::to_upper(tempStr);
|
||||
}
|
||||
}
|
||||
|
||||
if (n3DConstraints) {
|
||||
BOOST_LOG(rdWarningLog)
|
||||
<< "3D constraint information in mol block ignored at line " << line
|
||||
<< std::endl;
|
||||
boost::to_upper(tempStr);
|
||||
if (tempStr.length() < 11 || tempStr.substr(0, 11) != "BEGIN OBJ3D") {
|
||||
std::ostringstream errout;
|
||||
errout << "BEGIN OBJ3D line not found on line " << line;
|
||||
if (strictParsing) {
|
||||
throw FileParseException(errout.str());
|
||||
} else {
|
||||
BOOST_LOG(rdWarningLog) << errout.str() << std::endl;
|
||||
}
|
||||
}
|
||||
for (unsigned int i = 0; i < n3DConstraints; ++i) {
|
||||
tempStr = getV3000Line(inStream, line);
|
||||
}
|
||||
tempStr = getV3000Line(inStream, line);
|
||||
boost::to_upper(tempStr);
|
||||
if (tempStr.length() < 9 || tempStr.substr(0, 9) != "END OBJ3D") {
|
||||
std::ostringstream errout;
|
||||
errout << "END OBJ3D line not found on line " << line;
|
||||
if (strictParsing) {
|
||||
throw FileParseException(errout.str());
|
||||
} else {
|
||||
BOOST_LOG(rdWarningLog) << errout.str() << std::endl;
|
||||
}
|
||||
if (nSgroups && !sgroupFound) {
|
||||
std::ostringstream errout;
|
||||
errout << "BEGIN SGROUP line not found on line " << line;
|
||||
if (strictParsing) {
|
||||
throw FileParseException(errout.str());
|
||||
} else {
|
||||
tempStr = getV3000Line(inStream, line);
|
||||
BOOST_LOG(rdWarningLog) << errout.str() << std::endl;
|
||||
}
|
||||
}
|
||||
|
||||
if (n3DConstraints && !obj3dFound) {
|
||||
std::ostringstream errout;
|
||||
errout << "BEGIN OBJ3D line not found on line " << line;
|
||||
if (strictParsing) {
|
||||
throw FileParseException(errout.str());
|
||||
} else {
|
||||
BOOST_LOG(rdWarningLog) << errout.str() << std::endl;
|
||||
}
|
||||
}
|
||||
|
||||
@@ -3537,6 +3640,10 @@ std::unique_ptr<RWMol> MolFromMolDataStream(std::istream &inStream,
|
||||
} else {
|
||||
BOOST_LOG(rdWarningLog) << errout.str() << std::endl;
|
||||
}
|
||||
} else if (params.parsingSCSRMol) {
|
||||
std::ostringstream errout;
|
||||
errout << "SCSR Mol files is not V3000 at line" << line;
|
||||
throw FileParseException(errout.str());
|
||||
}
|
||||
}
|
||||
|
||||
@@ -3560,9 +3667,17 @@ std::unique_ptr<RWMol> MolFromMolDataStream(std::istream &inStream,
|
||||
BOOST_LOG(rdWarningLog) << errout.str() << std::endl;
|
||||
}
|
||||
}
|
||||
|
||||
auto expectMEND = true;
|
||||
auto expectMacroAtoms = false;
|
||||
if (params.parsingSCSRMol) {
|
||||
expectMEND = false;
|
||||
expectMacroAtoms = true;
|
||||
}
|
||||
|
||||
fileComplete = FileParserUtils::ParseV3000CTAB(
|
||||
&inStream, line, res.get(), conf, chiralityPossible, nAtoms, nBonds,
|
||||
params.strictParsing);
|
||||
params.strictParsing, expectMEND, expectMacroAtoms);
|
||||
}
|
||||
} catch (MolFileUnhandledFeatureException &e) {
|
||||
// unhandled mol file feature, show an error
|
||||
|
||||
@@ -267,7 +267,7 @@ void ParseSGroupV2000SDILine(IDX_TO_SGROUP_MAP &sGroupMap, RWMol *mol,
|
||||
}
|
||||
|
||||
void ParseSGroupV2000SSTLine(IDX_TO_SGROUP_MAP &sGroupMap, RWMol *mol,
|
||||
const std::string &text, unsigned int line,
|
||||
const std::string &text, unsigned int &line,
|
||||
bool strictParsing) {
|
||||
PRECONDITION(mol, "bad mol");
|
||||
PRECONDITION(text.substr(0, 6) == "M SST", "bad SST line");
|
||||
@@ -315,7 +315,7 @@ void ParseSGroupV2000SSTLine(IDX_TO_SGROUP_MAP &sGroupMap, RWMol *mol,
|
||||
}
|
||||
|
||||
void ParseSGroupV2000SMTLine(IDX_TO_SGROUP_MAP &sGroupMap, RWMol *mol,
|
||||
const std::string &text, unsigned int line,
|
||||
const std::string &text, unsigned int &line,
|
||||
bool strictParsing) {
|
||||
PRECONDITION(mol, "bad mol");
|
||||
PRECONDITION(text.substr(0, 6) == "M SMT", "bad SMT line");
|
||||
@@ -1177,7 +1177,14 @@ void ParseV3000ParseLabel(const std::string &label,
|
||||
errout << "Unsupported SGroup connection type '" << strValue
|
||||
<< "' on line " << line;
|
||||
throw FileParseException(errout.str());
|
||||
} else if (label == "CLASS" &&
|
||||
!SubstanceGroupChecks::isValidClass(strValue)) {
|
||||
std::ostringstream errout;
|
||||
errout << "Unsupported SGroup template class '" << strValue
|
||||
<< "' on line " << line;
|
||||
throw FileParseException(errout.str());
|
||||
}
|
||||
// NATREPLACE is not validated nor used
|
||||
|
||||
sgroup.setProp(label, strValue);
|
||||
}
|
||||
@@ -1188,7 +1195,7 @@ void ParseV3000ParseLabel(const std::string &label,
|
||||
}
|
||||
}
|
||||
|
||||
std::string ParseV3000SGroupsBlock(std::istream *inStream, unsigned int line,
|
||||
std::string ParseV3000SGroupsBlock(std::istream *inStream, unsigned int &line,
|
||||
unsigned int nSgroups, RWMol *mol,
|
||||
bool strictParsing) {
|
||||
PRECONDITION(inStream, "no stream");
|
||||
|
||||
@@ -63,11 +63,11 @@ void ParseSGroupV2000SDILine(IDX_TO_SGROUP_MAP &sGroupMap, RWMol *mol,
|
||||
bool strictParsing = true);
|
||||
|
||||
void ParseSGroupV2000SSTLine(IDX_TO_SGROUP_MAP &sGroupMap, RWMol *mol,
|
||||
const std::string &text, unsigned int line,
|
||||
const std::string &text, unsigned int &line,
|
||||
bool strictParsing = true);
|
||||
|
||||
void ParseSGroupV2000SMTLine(IDX_TO_SGROUP_MAP &sGroupMap, RWMol *mol,
|
||||
const std::string &text, unsigned int line,
|
||||
const std::string &text, unsigned int &line,
|
||||
bool strictParsing = true);
|
||||
|
||||
void ParseSGroupV2000SLBLine(IDX_TO_SGROUP_MAP &sGroupMap, RWMol *mol,
|
||||
@@ -154,7 +154,7 @@ void ParseV3000SAPLabel(RWMol *mol, SubstanceGroup &sgroup,
|
||||
std::string ParseV3000StringPropLabel(std::stringstream &stream);
|
||||
|
||||
// returns the last line read in the SGroups block
|
||||
std::string ParseV3000SGroupsBlock(std::istream *inStream, unsigned int line,
|
||||
std::string ParseV3000SGroupsBlock(std::istream *inStream, unsigned int &line,
|
||||
unsigned int nSgroups, RWMol *mol,
|
||||
bool strictParsing);
|
||||
|
||||
|
||||
1319
Code/GraphMol/FileParsers/SCSRMolFileParser.cpp
Normal file
1319
Code/GraphMol/FileParsers/SCSRMolFileParser.cpp
Normal file
File diff suppressed because it is too large
Load Diff
@@ -3431,7 +3431,7 @@ M END
|
||||
auto mb = MolToV3KMolBlock(*m);
|
||||
CHECK(mb.find("V30 8 10 5 8") != std::string::npos);
|
||||
CHECK(MolToSmiles(*m) ==
|
||||
"CC1=O~[H]OC(C)C1"); // the SMILES writer still doesn't know what to
|
||||
"CC1CC(C)O[H]~O=1"); // the SMILES writer still doesn't know what to
|
||||
// do with it
|
||||
}
|
||||
}
|
||||
|
||||
313
Code/GraphMol/FileParsers/macromols_catch.cpp
Normal file
313
Code/GraphMol/FileParsers/macromols_catch.cpp
Normal file
@@ -0,0 +1,313 @@
|
||||
//
|
||||
// Copyright (C) 2025 Tad Hurst and other RDKit contributors
|
||||
// @@ All Rights Reserved @@
|
||||
// This file is part of the RDKit.
|
||||
// The contents are covered by the terms of the BSD license
|
||||
// which is included in the file license.txt, found at the root
|
||||
// of the RDKit source tree.
|
||||
//
|
||||
|
||||
#include <algorithm>
|
||||
#include <fstream>
|
||||
#include <string>
|
||||
#include <sstream>
|
||||
#include <streambuf>
|
||||
|
||||
#include "RDGeneral/test.h"
|
||||
#include <catch2/catch_all.hpp>
|
||||
#include <RDGeneral/Invariant.h>
|
||||
#include <GraphMol/RDKitBase.h>
|
||||
#include <GraphMol/FileParsers/FileParsers.h>
|
||||
#include <GraphMol/Atropisomers.h>
|
||||
#include <GraphMol/SmilesParse/SmilesWrite.h>
|
||||
|
||||
#include <RDGeneral/BoostStartInclude.h>
|
||||
#include <boost/lexical_cast.hpp>
|
||||
#include <RDGeneral/BoostEndInclude.h>
|
||||
#include <filesystem>
|
||||
using namespace RDKit;
|
||||
using namespace v2::FileParsers;
|
||||
|
||||
using namespace RDKit;
|
||||
|
||||
class ScsiMolTest {
|
||||
public:
|
||||
public:
|
||||
bool generateExpectedFiles = false;
|
||||
|
||||
ScsiMolTest() {}
|
||||
|
||||
class ScsiTest {
|
||||
public:
|
||||
std::string fileName;
|
||||
unsigned int totalAtomCount;
|
||||
unsigned int totalBondCount;
|
||||
unsigned int sgroupCount;
|
||||
unsigned int totalQueryAtomCount;
|
||||
unsigned int totalQueryBondCount;
|
||||
unsigned int querySgroupCount;
|
||||
bool scsrExpandResult;
|
||||
SCSRBaseHbondOptions scsrBaseHbondOptions;
|
||||
|
||||
ScsiTest(std::string fileNameInit, bool scsrExpandResult,
|
||||
SCSRBaseHbondOptions scsrBaseHbondOptions,
|
||||
unsigned int totalAtomCountInit, unsigned int totalBondCountInit,
|
||||
unsigned int sgroupCountInit, unsigned int totalQueryAtomCountInit,
|
||||
unsigned int totalQueryBondCountInit,
|
||||
unsigned int querySgroupCountInit = 0)
|
||||
: fileName(fileNameInit),
|
||||
|
||||
totalAtomCount(totalAtomCountInit),
|
||||
totalBondCount(totalBondCountInit),
|
||||
sgroupCount(sgroupCountInit),
|
||||
totalQueryAtomCount(totalQueryAtomCountInit),
|
||||
totalQueryBondCount(totalQueryBondCountInit),
|
||||
querySgroupCount(querySgroupCountInit),
|
||||
scsrExpandResult(scsrExpandResult),
|
||||
scsrBaseHbondOptions(scsrBaseHbondOptions) {};
|
||||
};
|
||||
|
||||
void testScsiFiles(const ScsiTest *scsiTest) {
|
||||
BOOST_LOG(rdInfoLog) << "testing scsr files" << std::endl;
|
||||
|
||||
INFO(scsiTest->fileName);
|
||||
|
||||
std::string rdbase = getenv("RDBASE");
|
||||
std::string fName = rdbase +
|
||||
"/Code/GraphMol/FileParsers/test_data/macromols/" +
|
||||
scsiTest->fileName;
|
||||
|
||||
RDKit::v2::FileParsers::MolFileParserParams pp;
|
||||
pp.sanitize = true;
|
||||
pp.removeHs = false;
|
||||
pp.strictParsing = true;
|
||||
|
||||
RDKit::v2::FileParsers::MolFromSCSRParams molFromSCSRParams;
|
||||
molFromSCSRParams.includeLeavingGroups = true;
|
||||
molFromSCSRParams.scsrBaseHbondOptions = scsiTest->scsrBaseHbondOptions;
|
||||
|
||||
std::unique_ptr<RDKit::RWMol> mol;
|
||||
if (scsiTest->scsrExpandResult) {
|
||||
REQUIRE_NOTHROW(mol = MolFromSCSRFile(fName, pp, molFromSCSRParams));
|
||||
} else {
|
||||
REQUIRE_THROWS(mol = MolFromSCSRFile(fName, pp, molFromSCSRParams));
|
||||
return;
|
||||
}
|
||||
|
||||
RDKit::Chirality::removeNonExplicit3DChirality(*(mol.get()));
|
||||
|
||||
CHECK(mol != nullptr);
|
||||
CHECK(mol->getNumAtoms() == scsiTest->totalAtomCount);
|
||||
CHECK(mol->getNumBonds() == scsiTest->totalBondCount);
|
||||
CHECK(getSubstanceGroups(*mol).size() == scsiTest->sgroupCount);
|
||||
|
||||
// now make the expanded mol in "query" mode - not including any leaving
|
||||
// groups
|
||||
|
||||
molFromSCSRParams.includeLeavingGroups = false;
|
||||
std::unique_ptr<RDKit::RWMol> molNoLeavingGroups;
|
||||
if (scsiTest->scsrExpandResult) {
|
||||
REQUIRE_NOTHROW(molNoLeavingGroups =
|
||||
MolFromSCSRFile(fName, pp, molFromSCSRParams));
|
||||
} else {
|
||||
REQUIRE_THROWS(molNoLeavingGroups =
|
||||
MolFromSCSRFile(fName, pp, molFromSCSRParams));
|
||||
return;
|
||||
}
|
||||
|
||||
CHECK(molNoLeavingGroups != nullptr);
|
||||
CHECK(molNoLeavingGroups->getNumAtoms() == scsiTest->totalQueryAtomCount);
|
||||
CHECK(molNoLeavingGroups->getNumBonds() == scsiTest->totalQueryBondCount);
|
||||
CHECK(getSubstanceGroups(*molNoLeavingGroups).size() ==
|
||||
scsiTest->querySgroupCount);
|
||||
}
|
||||
|
||||
void threeLetterCodeTest(const ScsiTest *scsiTest) {
|
||||
BOOST_LOG(rdInfoLog) << "testing scsr files with three letter codes"
|
||||
<< std::endl;
|
||||
|
||||
std::string rdbase = getenv("RDBASE");
|
||||
std::string fName = rdbase +
|
||||
"/Code/GraphMol/FileParsers/test_data/macromols/" +
|
||||
scsiTest->fileName;
|
||||
|
||||
RDKit::v2::FileParsers::MolFileParserParams pp;
|
||||
pp.sanitize = false;
|
||||
pp.removeHs = false;
|
||||
pp.strictParsing = false;
|
||||
|
||||
RDKit::v2::FileParsers::MolFromSCSRParams molFromSCSRParams;
|
||||
molFromSCSRParams.includeLeavingGroups = true;
|
||||
molFromSCSRParams.scsrTemplateNames =
|
||||
RDKit::v2::FileParsers::SCSRTemplateNames::AsEntered;
|
||||
molFromSCSRParams.scsrBaseHbondOptions = scsiTest->scsrBaseHbondOptions;
|
||||
|
||||
std::unique_ptr<RDKit::RWMol> mol;
|
||||
if (scsiTest->scsrExpandResult) {
|
||||
REQUIRE_NOTHROW(mol = MolFromSCSRFile(fName, pp, molFromSCSRParams));
|
||||
} else {
|
||||
REQUIRE_THROWS(mol = MolFromSCSRFile(fName, pp, molFromSCSRParams));
|
||||
return;
|
||||
}
|
||||
|
||||
RDKit::Chirality::removeNonExplicit3DChirality(*(mol.get()));
|
||||
|
||||
CHECK(mol);
|
||||
CHECK(mol->getNumAtoms() == scsiTest->totalAtomCount);
|
||||
CHECK(mol->getNumBonds() == scsiTest->totalBondCount);
|
||||
CHECK(getSubstanceGroups(*mol).size() == scsiTest->sgroupCount);
|
||||
|
||||
molFromSCSRParams.includeLeavingGroups = true;
|
||||
molFromSCSRParams.scsrTemplateNames =
|
||||
RDKit::v2::FileParsers::SCSRTemplateNames::UseFirstName;
|
||||
std::unique_ptr<RWMol> mol2;
|
||||
if (scsiTest->scsrExpandResult) {
|
||||
REQUIRE_NOTHROW(mol2 = MolFromSCSRFile(fName, pp, molFromSCSRParams));
|
||||
} else {
|
||||
REQUIRE_THROWS(mol2 = MolFromSCSRFile(fName, pp, molFromSCSRParams));
|
||||
}
|
||||
|
||||
// const std::unique_ptr<RDKit::RWMol> mol;
|
||||
CHECK(mol2);
|
||||
CHECK(mol2->getNumAtoms() == scsiTest->totalQueryAtomCount);
|
||||
CHECK(mol2->getNumBonds() == scsiTest->totalQueryBondCount);
|
||||
CHECK(getSubstanceGroups(*mol2).size() == scsiTest->querySgroupCount);
|
||||
};
|
||||
};
|
||||
|
||||
TEST_CASE("scsiTests", "scsiTests") {
|
||||
SECTION("basics") {
|
||||
std::list<ScsiMolTest::ScsiTest> scsiTests{
|
||||
ScsiMolTest::ScsiTest("ModifiedPeptide2.mol", true,
|
||||
SCSRBaseHbondOptions::Auto, 438, 444, 81, 407,
|
||||
413, 50),
|
||||
ScsiMolTest::ScsiTest("DnaBadPairs_NoCh.mol", true,
|
||||
SCSRBaseHbondOptions::Auto, 84, 94, 14, 80, 90,
|
||||
10),
|
||||
ScsiMolTest::ScsiTest("DnaBadPairs.mol", true,
|
||||
SCSRBaseHbondOptions::UseSapAll, 84, 94, 14, 80,
|
||||
90, 10),
|
||||
ScsiMolTest::ScsiTest("DnaTest.mol", false,
|
||||
SCSRBaseHbondOptions::UseSapAll, 254, 300, 14,
|
||||
250, 296, 10),
|
||||
ScsiMolTest::ScsiTest("wobblePairs2.mol", true,
|
||||
SCSRBaseHbondOptions::UseSapAll, 169, 196, 26,
|
||||
165, 192, 22),
|
||||
ScsiMolTest::ScsiTest("wobblePairs.mol", true,
|
||||
SCSRBaseHbondOptions::UseSapAll, 169, 196, 26,
|
||||
165, 192, 22),
|
||||
ScsiMolTest::ScsiTest("KellanRNA.mol", true,
|
||||
SCSRBaseHbondOptions::UseSapAll, 299, 353, 44,
|
||||
295, 349, 40),
|
||||
ScsiMolTest::ScsiTest("DnaTest2.mol", true,
|
||||
SCSRBaseHbondOptions::UseSapAll, 83, 97, 14, 79,
|
||||
93, 10),
|
||||
ScsiMolTest::ScsiTest("DnaTest3.mol", true,
|
||||
SCSRBaseHbondOptions::UseSapAll, 165, 194, 26,
|
||||
161, 190, 22),
|
||||
ScsiMolTest::ScsiTest("KellanError.mol", true,
|
||||
SCSRBaseHbondOptions::UseSapAll, 244, 263, 39,
|
||||
236, 255, 31),
|
||||
|
||||
ScsiMolTest::ScsiTest("TestRNA2_fixed.mol", true,
|
||||
SCSRBaseHbondOptions::UseSapAll, 106, 117, 17,
|
||||
104, 115, 15),
|
||||
|
||||
ScsiMolTest::ScsiTest("DnaTest.mol", true, SCSRBaseHbondOptions::Auto,
|
||||
254, 300, 38, 250, 296, 34),
|
||||
ScsiMolTest::ScsiTest("wobblePairs2.mol", true,
|
||||
SCSRBaseHbondOptions::Auto, 169, 196, 26, 165,
|
||||
192, 22),
|
||||
ScsiMolTest::ScsiTest("wobblePairs.mol", true,
|
||||
SCSRBaseHbondOptions::Auto, 169, 196, 26, 165,
|
||||
192, 22),
|
||||
ScsiMolTest::ScsiTest("DnaBadPairs.mol", true,
|
||||
SCSRBaseHbondOptions::Auto, 84, 94, 14, 80, 90,
|
||||
10),
|
||||
ScsiMolTest::ScsiTest("DnaTest2.mol", true, SCSRBaseHbondOptions::Auto,
|
||||
83, 97, 14, 79, 93, 10),
|
||||
ScsiMolTest::ScsiTest("DnaTest3.mol", true, SCSRBaseHbondOptions::Auto,
|
||||
165, 194, 26, 161, 190, 22),
|
||||
ScsiMolTest::ScsiTest("KellanError.mol", true,
|
||||
SCSRBaseHbondOptions::Auto, 244, 263, 39, 236,
|
||||
255, 31),
|
||||
ScsiMolTest::ScsiTest("TestRNA2_fixed.mol", true,
|
||||
SCSRBaseHbondOptions::Auto, 106, 117, 17, 104,
|
||||
115, 15),
|
||||
|
||||
ScsiMolTest::ScsiTest("TrastuzumabMaxPlus3Register.mol", true,
|
||||
SCSRBaseHbondOptions::UseSapAll, 7606, 7793, 1451,
|
||||
7080, 7267, 925),
|
||||
ScsiMolTest::ScsiTest("TrastuzumabMaxRegister.mol", true,
|
||||
SCSRBaseHbondOptions::UseSapAll, 7576, 7763, 1445,
|
||||
7053, 7240, 922),
|
||||
ScsiMolTest::ScsiTest("Mixed.mol", true,
|
||||
SCSRBaseHbondOptions::UseSapAll, 51, 54, 8, 51,
|
||||
54, 8),
|
||||
ScsiMolTest::ScsiTest("CrossLink.mol", true,
|
||||
SCSRBaseHbondOptions::UseSapAll, 47, 48, 10, 45,
|
||||
46, 8),
|
||||
ScsiMolTest::ScsiTest("cyclic.mol", true,
|
||||
SCSRBaseHbondOptions::UseSapAll, 45, 47, 8, 45,
|
||||
47, 8),
|
||||
|
||||
ScsiMolTest::ScsiTest("Triplet.mol", true,
|
||||
SCSRBaseHbondOptions::UseSapAll, 30, 30, 6, 27,
|
||||
27, 3),
|
||||
ScsiMolTest::ScsiTest("FromBioviaDoc.mol", true,
|
||||
SCSRBaseHbondOptions::UseSapAll, 27, 26, 7, 25,
|
||||
24, 5),
|
||||
ScsiMolTest::ScsiTest("testSCSR.mol", true,
|
||||
SCSRBaseHbondOptions::UseSapAll, 64, 66, 15, 57,
|
||||
59, 8),
|
||||
ScsiMolTest::ScsiTest("badAtomName.mol", false,
|
||||
SCSRBaseHbondOptions::UseSapAll, 0, 0, 0, 0, 0,
|
||||
0),
|
||||
ScsiMolTest::ScsiTest("badClass.mol", false,
|
||||
SCSRBaseHbondOptions::UseSapAll, 0, 0, 0, 0, 0,
|
||||
0),
|
||||
ScsiMolTest::ScsiTest("badClassTemplate.mol", false,
|
||||
SCSRBaseHbondOptions::UseSapAll, 0, 0, 0, 0, 0,
|
||||
0),
|
||||
ScsiMolTest::ScsiTest("badMissingTemplate.mol", false,
|
||||
SCSRBaseHbondOptions::UseSapAll, 0, 0, 0, 0, 0,
|
||||
0),
|
||||
ScsiMolTest::ScsiTest("obj3dTest.mol", true,
|
||||
SCSRBaseHbondOptions::UseSapAll, 27, 26, 7, 25,
|
||||
24, 5),
|
||||
ScsiMolTest::ScsiTest("obj3dTest2.mol", true,
|
||||
SCSRBaseHbondOptions::UseSapAll, 27, 26, 7, 25,
|
||||
24, 5),
|
||||
ScsiMolTest::ScsiTest("obj3dFoundTwice.mol", false,
|
||||
SCSRBaseHbondOptions::UseSapAll, 27, 26, 0, 27,
|
||||
26, 0),
|
||||
ScsiMolTest::ScsiTest("SgroupFoundTwice.mol", false,
|
||||
SCSRBaseHbondOptions::UseSapAll, 0, 0, 0, 0, 0,
|
||||
0),
|
||||
};
|
||||
ScsiMolTest scsiMolTest;
|
||||
for (auto scsiTest : scsiTests) {
|
||||
BOOST_LOG(rdInfoLog) << "Test: " << scsiTest.fileName << std::endl;
|
||||
|
||||
scsiMolTest.testScsiFiles(&scsiTest);
|
||||
}
|
||||
}
|
||||
}
|
||||
|
||||
TEST_CASE("threeLetterCodeTest", "threeLetterCodeTest") {
|
||||
SECTION("basics") {
|
||||
std::list<ScsiMolTest::ScsiTest> scsiTests{
|
||||
ScsiMolTest::ScsiTest("PepTla.mol", true,
|
||||
SCSRBaseHbondOptions::UseSapAll, 26, 25, 7, 26,
|
||||
25, 7),
|
||||
|
||||
};
|
||||
ScsiMolTest scsiMolTest;
|
||||
|
||||
for (auto scsiTest : scsiTests) {
|
||||
BOOST_LOG(rdInfoLog) << "Test: " << scsiTest.fileName << std::endl;
|
||||
|
||||
scsiMolTest.threeLetterCodeTest(&scsiTest);
|
||||
}
|
||||
}
|
||||
}
|
||||
@@ -32,7 +32,7 @@ M V30 10 1 7 11
|
||||
M V30 11 1 11 12
|
||||
M V30 END BOND
|
||||
M V30 BEGIN SGROUP
|
||||
M V30 DEFAULT CLASS=DEMOCLASS LABEL=overwritten
|
||||
M V30 DEFAULT CLASS=AA LABEL=overwritten
|
||||
M V30 1 SUP 0 ATOMS=(6 6 7 8 9 11 12) XBONDS=(1 5) LABEL=abbrev ESTATE=E
|
||||
M V30 END SGROUP
|
||||
M V30 END CTAB
|
||||
|
||||
220
Code/GraphMol/FileParsers/test_data/macromols/CrossLink.mol
Normal file
220
Code/GraphMol/FileParsers/test_data/macromols/CrossLink.mol
Normal file
@@ -0,0 +1,220 @@
|
||||
|
||||
-INDIGO-12312410022D
|
||||
|
||||
0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 V3000
|
||||
M V30 BEGIN CTAB
|
||||
M V30 COUNTS 8 8 0 0 0
|
||||
M V30 BEGIN ATOM
|
||||
M V30 1 A 1.15 -3.75 0.0 0 CLASS=AA SEQID=8 ATTCHORD=(2 8 Al)
|
||||
M V30 2 G 1.25 -1.25 0.0 0 CLASS=AA SEQID=1 ATTCHORD=(2 3 Br)
|
||||
M V30 3 G 2.75 -1.25 0.0 0 CLASS=AA SEQID=2 ATTCHORD=(4 2 Al 4 Br)
|
||||
M V30 4 C 4.075 -1.25 0.0 0 CLASS=AA SEQID=3 ATTCHORD=(6 3 Al 5 Br 7 Cx)
|
||||
M V30 5 L 5.75 -1.25 0.0 0 CLASS=AA SEQID=4 ATTCHORD=(4 4 Al 6 Br)
|
||||
M V30 6 P 6.45 -3.65 0.0 0 CLASS=AA SEQID=5 ATTCHORD=(4 5 Al 7 Br)
|
||||
M V30 7 C 4.5 -3.675 0.0 0 CLASS=AA SEQID=6 ATTCHORD=(6 6 Al 8 Br 4 Cx)
|
||||
M V30 8 A 3.05 -3.625 0.0 0 CLASS=AA SEQID=7 ATTCHORD=(4 7 Al 1 Br)
|
||||
M V30 END ATOM
|
||||
M V30 BEGIN BOND
|
||||
M V30 1 1 2 3
|
||||
M V30 2 1 3 4
|
||||
M V30 3 1 4 5
|
||||
M V30 4 1 5 6
|
||||
M V30 5 1 6 7
|
||||
M V30 6 1 7 8
|
||||
M V30 7 1 8 1
|
||||
M V30 8 1 4 7
|
||||
M V30 END BOND
|
||||
M V30 END CTAB
|
||||
M V30 BEGIN TEMPLATE
|
||||
M V30 TEMPLATE 1 AA/Ala/A/ NATREPLACE=AA/A
|
||||
M V30 BEGIN CTAB
|
||||
M V30 COUNTS 7 6 3 0 0
|
||||
M V30 BEGIN ATOM
|
||||
M V30 1 N -1.2549 -0.392 0.0 0
|
||||
M V30 2 C -0.272 0.2633 0.0 0 CFG=1
|
||||
M V30 3 C -0.3103 1.7393 0.0 0
|
||||
M V30 4 C 1.0523 -0.392 0.0 0
|
||||
M V30 5 O 1.0829 -1.5722 0.0 0
|
||||
M V30 6 O 2.0353 0.2633 0.0 0
|
||||
M V30 7 H -2.3334 0.0905 0.0 0
|
||||
M V30 END ATOM
|
||||
M V30 BEGIN BOND
|
||||
M V30 1 1 2 1
|
||||
M V30 2 1 2 3 CFG=1
|
||||
M V30 3 1 2 4
|
||||
M V30 4 2 4 5
|
||||
M V30 5 1 4 6
|
||||
M V30 6 1 1 7
|
||||
M V30 END BOND
|
||||
M V30 BEGIN COLLECTION
|
||||
M V30 MDLV30/STEABS ATOMS=(1 2)
|
||||
M V30 END COLLECTION
|
||||
M V30 BEGIN SGROUP
|
||||
M V30 1 SUP 1 ATOMS=(1 7) XBONDS=(1 6) BRKXYZ=(9 0.539250 -0.241250 0.000000-
|
||||
M V30 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000) LABEL=H CLASS=-
|
||||
M V30 LGRP
|
||||
M V30 2 SUP 2 ATOMS=(1 6) XBONDS=(1 5) BRKXYZ=(9 -0.491500 -0.327650 0.00000-
|
||||
M V30 0 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000) LABEL=OH CLAS-
|
||||
M V30 S=LGRP
|
||||
M V30 3 SUP 3 ATOMS=(5 1 2 3 4 5) XBONDS=(2 6 5) BRKXYZ=(9 -0.539250 0.24125-
|
||||
M V30 0 0.000000 0.491500 0.327650 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000) LABE-
|
||||
M V30 L=A CLASS=AA SAP=(3 1 7 Al) SAP=(3 4 6 Br) NATREPLACE=AA/A
|
||||
M V30 END SGROUP
|
||||
M V30 END CTAB
|
||||
M V30 TEMPLATE 2 AA/Gly/G/ NATREPLACE=AA/G
|
||||
M V30 BEGIN CTAB
|
||||
M V30 COUNTS 6 5 3 0 0
|
||||
M V30 BEGIN ATOM
|
||||
M V30 1 C -0.3363 0.5346 0.0 0
|
||||
M V30 2 C 0.9929 -0.1107 0.0 0
|
||||
M V30 3 O 1.0782 -1.289 0.0 0
|
||||
M V30 4 O 1.9709 0.552 0.0 0
|
||||
M V30 5 N -1.326 -0.1107 0.0 0
|
||||
M V30 6 H -2.3797 0.4238 0.0 0
|
||||
M V30 END ATOM
|
||||
M V30 BEGIN BOND
|
||||
M V30 1 1 1 2
|
||||
M V30 2 2 2 3
|
||||
M V30 3 1 2 4
|
||||
M V30 4 1 1 5
|
||||
M V30 5 1 5 6
|
||||
M V30 END BOND
|
||||
M V30 BEGIN SGROUP
|
||||
M V30 1 SUP 1 ATOMS=(1 6) XBONDS=(1 5) BRKXYZ=(9 0.526850 -0.267250 0.000000-
|
||||
M V30 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000) LABEL=H CLASS=-
|
||||
M V30 LGRP
|
||||
M V30 2 SUP 2 ATOMS=(1 4) XBONDS=(1 3) BRKXYZ=(9 -0.489000 -0.331350 0.00000-
|
||||
M V30 0 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000) LABEL=OH CLAS-
|
||||
M V30 S=LGRP
|
||||
M V30 3 SUP 3 ATOMS=(4 1 2 3 5) XBONDS=(2 3 5) BRKXYZ=(9 0.489000 0.331350 0-
|
||||
M V30 .000000 -0.526850 0.267250 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000) LABEL=-
|
||||
M V30 G CLASS=AA SAP=(3 5 6 Al) SAP=(3 2 4 Br) NATREPLACE=AA/G
|
||||
M V30 END SGROUP
|
||||
M V30 END CTAB
|
||||
M V30 TEMPLATE 3 AA/Cys/C/ NATREPLACE=AA/C
|
||||
M V30 BEGIN CTAB
|
||||
M V30 COUNTS 9 8 4 0 0
|
||||
M V30 BEGIN ATOM
|
||||
M V30 1 C 1.4457 -1.1333 0.0 0
|
||||
M V30 2 C 0.1453 -0.384 0.0 0 CFG=2
|
||||
M V30 3 C 0.143 1.1168 0.0 0
|
||||
M V30 4 S -1.1573 1.8661 0.0 0
|
||||
M V30 5 N -1.1551 -1.1333 0.0 0
|
||||
M V30 6 O 1.4475 -2.3333 0.0 0
|
||||
M V30 7 O 2.4842 -0.532 0.0 0
|
||||
M V30 8 H -2.1942 -0.5331 0.0 0
|
||||
M V30 9 H -1.1591 3.0661 0.0 0
|
||||
M V30 END ATOM
|
||||
M V30 BEGIN BOND
|
||||
M V30 1 2 6 1
|
||||
M V30 2 1 1 2
|
||||
M V30 3 1 1 7
|
||||
M V30 4 1 2 5
|
||||
M V30 5 1 2 3 CFG=1
|
||||
M V30 6 1 3 4
|
||||
M V30 7 1 5 8
|
||||
M V30 8 1 4 9
|
||||
M V30 END BOND
|
||||
M V30 BEGIN COLLECTION
|
||||
M V30 MDLV30/STEABS ATOMS=(1 2)
|
||||
M V30 END COLLECTION
|
||||
M V30 BEGIN SGROUP
|
||||
M V30 1 SUP 1 ATOMS=(1 8) XBONDS=(1 7) BRKXYZ=(9 0.519550 -0.300100 0.000000-
|
||||
M V30 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000) LABEL=H CLASS=-
|
||||
M V30 LGRP
|
||||
M V30 2 SUP 2 ATOMS=(1 7) XBONDS=(1 3) BRKXYZ=(9 -0.519250 -0.300650 0.00000-
|
||||
M V30 0 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000) LABEL=OH CLAS-
|
||||
M V30 S=LGRP
|
||||
M V30 3 SUP 3 ATOMS=(1 9) XBONDS=(1 8) BRKXYZ=(9 0.000900 -0.600000 0.000000-
|
||||
M V30 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000) LABEL=H CLASS=-
|
||||
M V30 LGRP
|
||||
M V30 4 SUP 4 ATOMS=(6 1 2 3 4 5 6) XBONDS=(3 3 8 7) BRKXYZ=(9 0.519250 0.30-
|
||||
M V30 0650 0.000000 -0.000900 0.600000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000) -
|
||||
M V30 BRKXYZ=(9 -0.519550 0.300100 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000-
|
||||
M V30 000 0.000000 0.000000) LABEL=C CLASS=AA SAP=(3 5 8 Al) SAP=(3 1 7 Br) -
|
||||
M V30 SAP=(3 4 9 Cx) NATREPLACE=AA/C
|
||||
M V30 END SGROUP
|
||||
M V30 END CTAB
|
||||
M V30 TEMPLATE 4 AA/Leu/L/ NATREPLACE=AA/L
|
||||
M V30 BEGIN CTAB
|
||||
M V30 COUNTS 10 9 3 0 0
|
||||
M V30 BEGIN ATOM
|
||||
M V30 1 C 0.3626 0.9903 0.0 0
|
||||
M V30 2 C -0.9395 2.9396 0.0 0
|
||||
M V30 3 C -0.9377 1.7396 0.0 0
|
||||
M V30 4 C -1.9763 1.1383 0.0 0
|
||||
M V30 5 C 0.3649 -0.5105 0.0 0 CFG=1
|
||||
M V30 6 C 1.6653 -1.2598 0.0 0
|
||||
M V30 7 O 1.6671 -2.4598 0.0 0
|
||||
M V30 8 N -0.9355 -1.2598 0.0 0
|
||||
M V30 9 O 2.7038 -0.6585 0.0 0
|
||||
M V30 10 H -1.9746 -0.6596 0.0 0
|
||||
M V30 END ATOM
|
||||
M V30 BEGIN BOND
|
||||
M V30 1 1 3 1
|
||||
M V30 2 1 5 1 CFG=1
|
||||
M V30 3 1 3 2
|
||||
M V30 4 1 3 4
|
||||
M V30 5 1 5 8
|
||||
M V30 6 1 5 6
|
||||
M V30 7 2 6 7
|
||||
M V30 8 1 6 9
|
||||
M V30 9 1 8 10
|
||||
M V30 END BOND
|
||||
M V30 BEGIN COLLECTION
|
||||
M V30 MDLV30/STEABS ATOMS=(1 5)
|
||||
M V30 END COLLECTION
|
||||
M V30 BEGIN SGROUP
|
||||
M V30 1 SUP 1 ATOMS=(1 10) XBONDS=(1 9) BRKXYZ=(9 0.519550 -0.300100 0.00000-
|
||||
M V30 0 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000) LABEL=H CLASS-
|
||||
M V30 =LGRP
|
||||
M V30 2 SUP 2 ATOMS=(1 9) XBONDS=(1 8) BRKXYZ=(9 -0.519250 -0.300650 0.00000-
|
||||
M V30 0 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000) LABEL=OH CLAS-
|
||||
M V30 S=LGRP
|
||||
M V30 3 SUP 3 ATOMS=(8 1 2 3 4 5 6 7 8) XBONDS=(2 8 9) BRKXYZ=(9 0.519250 0.-
|
||||
M V30 300650 0.000000 -0.519550 0.300100 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000-
|
||||
M V30 ) LABEL=L CLASS=AA SAP=(3 8 10 Al) SAP=(3 6 9 Br) NATREPLACE=AA/L
|
||||
M V30 END SGROUP
|
||||
M V30 END CTAB
|
||||
M V30 TEMPLATE 5 AA/Pro/P/ NATREPLACE=AA/P
|
||||
M V30 BEGIN CTAB
|
||||
M V30 COUNTS 9 9 3 0 0
|
||||
M V30 BEGIN ATOM
|
||||
M V30 1 C 0.0018 1.6555 0.0 0
|
||||
M V30 2 C -1.4799 1.889 0.0 0
|
||||
M V30 3 C -2.1599 0.5519 0.0 0
|
||||
M V30 4 N -1.0984 -0.5079 0.0 0
|
||||
M V30 5 C 0.2376 0.1741 0.0 0 CFG=2
|
||||
M V30 6 C 1.5717 -0.5079 0.0 0
|
||||
M V30 7 O 1.6336 -1.7063 0.0 0
|
||||
M V30 8 O 2.5787 0.1448 0.0 0
|
||||
M V30 9 H -1.2852 -1.6933 0.0 0
|
||||
M V30 END ATOM
|
||||
M V30 BEGIN BOND
|
||||
M V30 1 1 1 2
|
||||
M V30 2 1 5 1 CFG=1
|
||||
M V30 3 1 2 3
|
||||
M V30 4 1 3 4
|
||||
M V30 5 1 4 5
|
||||
M V30 6 1 5 6
|
||||
M V30 7 2 6 7
|
||||
M V30 8 1 6 8
|
||||
M V30 9 1 4 9
|
||||
M V30 END BOND
|
||||
M V30 BEGIN COLLECTION
|
||||
M V30 MDLV30/STEABS ATOMS=(1 5)
|
||||
M V30 END COLLECTION
|
||||
M V30 BEGIN SGROUP
|
||||
M V30 1 SUP 1 ATOMS=(1 9) XBONDS=(1 9) BRKXYZ=(9 0.093400 0.592700 0.000000 -
|
||||
M V30 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000) LABEL=H CLASS=L-
|
||||
M V30 GRP
|
||||
M V30 2 SUP 2 ATOMS=(1 8) XBONDS=(1 8) BRKXYZ=(9 -0.503500 -0.326350 0.00000-
|
||||
M V30 0 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000) LABEL=OH CLAS-
|
||||
M V30 S=LGRP
|
||||
M V30 3 SUP 3 ATOMS=(7 1 2 3 4 5 6 7) XBONDS=(2 9 8) BRKXYZ=(9 -0.093400 -0.-
|
||||
M V30 592700 0.000000 0.503500 0.326350 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000)-
|
||||
M V30 LABEL=P CLASS=AA SAP=(3 4 9 Al) SAP=(3 6 8 Br) NATREPLACE=AA/P
|
||||
M V30 END SGROUP
|
||||
M V30 END CTAB
|
||||
M V30 END TEMPLATE
|
||||
M END
|
||||
299
Code/GraphMol/FileParsers/test_data/macromols/DnaBadPairs.mol
Normal file
299
Code/GraphMol/FileParsers/test_data/macromols/DnaBadPairs.mol
Normal file
@@ -0,0 +1,299 @@
|
||||
|
||||
-INDIGO-01222508162D
|
||||
|
||||
0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 V3000
|
||||
M V30 BEGIN CTAB
|
||||
M V30 COUNTS 10 10 0 0 0
|
||||
M V30 BEGIN ATOM
|
||||
M V30 1 R 32.9805 -18.1796 0.0 0 CLASS=SUGAR SEQID=1 ATTCHORD=(4 2 Cx 5 Br)
|
||||
M V30 2 A 32.9805 -19.6796 0.0 0 CLASS=BASE SEQID=1 ATTCHORD=(4 1 Al 6 Ch)
|
||||
M V30 3 R 35.9805 -18.1796 0.0 0 CLASS=SUGAR SEQID=2 ATTCHORD=(4 4 Cx 5 Al)
|
||||
M V30 4 C 35.9805 -19.6796 0.0 0 CLASS=BASE SEQID=2 ATTCHORD=(4 3 Al 9 Ch)
|
||||
M V30 5 P 34.4805 -18.1796 0.0 0 CLASS=PHOSPHATE SEQID=1 ATTCHORD=(4 1 Al 3 -
|
||||
M V30 Br)
|
||||
M V30 6 G 32.9805 -21.1796 0.0 0 CLASS=BASE SEQID=1 ATTCHORD=(4 7 Al 2 Ch)
|
||||
M V30 7 R 32.9805 -22.6796 0.0 0 CLASS=SUGAR SEQID=1 ATTCHORD=(4 6 Cx 8 Br)
|
||||
M V30 8 P 34.4805 -22.6796 0.0 0 CLASS=PHOSPHATE SEQID=1 ATTCHORD=(4 7 Al 10-
|
||||
M V30 Br)
|
||||
M V30 9 T 35.9805 -21.1796 0.0 0 CLASS=BASE SEQID=2 ATTCHORD=(4 10 Al 4 Ch)
|
||||
M V30 10 R 35.9805 -22.6796 0.0 0 CLASS=SUGAR SEQID=2 ATTCHORD=(4 9 Cx 8 Al)
|
||||
M V30 END ATOM
|
||||
M V30 BEGIN BOND
|
||||
M V30 1 1 1 2
|
||||
M V30 2 1 3 4
|
||||
M V30 3 1 1 5
|
||||
M V30 4 1 5 3
|
||||
M V30 5 1 6 7
|
||||
M V30 6 1 7 8
|
||||
M V30 7 10 2 6
|
||||
M V30 8 1 9 10
|
||||
M V30 9 1 8 10
|
||||
M V30 10 10 4 9
|
||||
M V30 END BOND
|
||||
M V30 END CTAB
|
||||
M V30 BEGIN TEMPLATE
|
||||
M V30 TEMPLATE 1 SUGAR/Rib/R NATREPLACE=SUGAR/R
|
||||
M V30 BEGIN CTAB
|
||||
M V30 COUNTS 12 12 4 0 0
|
||||
M V30 BEGIN ATOM
|
||||
M V30 1 O -1.1017 -1.0663 0.0 0
|
||||
M V30 2 C -0.5897 0.3436 0.0 0 CFG=1
|
||||
M V30 3 C 0.0809 -1.9889 0.0 0 CFG=2
|
||||
M V30 4 C 0.9095 0.2924 0.0 0 CFG=2
|
||||
M V30 5 C 1.3239 -1.1493 0.0 0 CFG=1
|
||||
M V30 6 O 1.8285 1.4755 0.0 0
|
||||
M V30 7 O 2.4518 -1.5589 0.0 0
|
||||
M V30 8 C -1.431 1.5834 0.0 0
|
||||
M V30 9 O 0.0399 -3.1881 0.0 0
|
||||
M V30 10 O -2.9279 1.4755 0.0 0
|
||||
M V30 11 H -3.6017 2.4684 0.0 0
|
||||
M V30 12 H 3.0174 1.3125 0.0 0
|
||||
M V30 END ATOM
|
||||
M V30 BEGIN BOND
|
||||
M V30 1 1 1 2
|
||||
M V30 2 1 1 3
|
||||
M V30 3 1 2 4
|
||||
M V30 4 1 2 8 CFG=3
|
||||
M V30 5 1 3 5
|
||||
M V30 6 1 3 9 CFG=3
|
||||
M V30 7 1 4 5
|
||||
M V30 8 1 4 6 CFG=1
|
||||
M V30 9 1 5 7 CFG=1
|
||||
M V30 10 1 6 12
|
||||
M V30 11 1 8 10
|
||||
M V30 12 1 10 11
|
||||
M V30 END BOND
|
||||
M V30 BEGIN COLLECTION
|
||||
M V30 MDLV30/STEABS ATOMS=(4 2 3 4 5)
|
||||
M V30 END COLLECTION
|
||||
M V30 BEGIN SGROUP
|
||||
M V30 1 SUP 1 ATOMS=(1 11) XBONDS=(1 12) BRKXYZ=(9 0.336900 -0.496450 0.0000-
|
||||
M V30 00 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000) LABEL=H CLAS-
|
||||
M V30 S=LGRP
|
||||
M V30 2 SUP 2 ATOMS=(1 12) XBONDS=(1 10) BRKXYZ=(9 -0.594450 0.081500 0.0000-
|
||||
M V30 00 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000) LABEL=H CLAS-
|
||||
M V30 S=LGRP
|
||||
M V30 3 SUP 3 ATOMS=(1 9) XBONDS=(1 6) BRKXYZ=(9 0.020500 0.599600 0.000000 -
|
||||
M V30 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000) LABEL=OH CLASS=-
|
||||
M V30 LGRP
|
||||
M V30 4 SUP 4 ATOMS=(9 1 2 3 4 5 6 7 8 10) XBONDS=(3 6 10 12) BRKXYZ=(9 -0.0-
|
||||
M V30 20500 -0.599600 0.000000 0.594450 -0.081500 0.000000 0.000000 0.000000-
|
||||
M V30 0.000000) BRKXYZ=(9 -0.336900 0.496450 0.000000 0.000000 0.000000 0.0-
|
||||
M V30 00000 0.000000 0.000000 0.000000) LABEL=R CLASS=SUGAR SAP=(3 10 11 Al)-
|
||||
M V30 SAP=(3 6 12 Br) SAP=(3 3 9 Cx) NATREPLACE=SUGAR/R
|
||||
M V30 END SGROUP
|
||||
M V30 END CTAB
|
||||
M V30 TEMPLATE 2 BASE/Ade/A NATREPLACE=BASE/A
|
||||
M V30 BEGIN CTAB
|
||||
M V30 COUNTS 11 12 2 0 0
|
||||
M V30 BEGIN ATOM
|
||||
M V30 1 C 1.0354 0.2498 0.0 0
|
||||
M V30 2 C -0.0792 -0.754 0.0 0
|
||||
M V30 3 C -1.5057 -0.2906 0.0 0
|
||||
M V30 4 N -1.8177 1.1766 0.0 0
|
||||
M V30 5 C -0.7031 2.1804 0.0 0
|
||||
M V30 6 N 0.7235 1.717 0.0 0
|
||||
M V30 7 N -2.3871 -1.5034 0.0 0
|
||||
M V30 8 C -1.5053 -2.7168 0.0 0
|
||||
M V30 9 N -0.0787 -2.2532 0.0 0
|
||||
M V30 10 N 2.1768 -0.1209 0.0 0
|
||||
M V30 11 H -3.5871 -1.5034 0.0 0
|
||||
M V30 END ATOM
|
||||
M V30 BEGIN BOND
|
||||
M V30 1 1 1 10
|
||||
M V30 2 2 1 6
|
||||
M V30 3 1 1 2
|
||||
M V30 4 1 9 2
|
||||
M V30 5 2 2 3
|
||||
M V30 6 1 7 3
|
||||
M V30 7 1 3 4
|
||||
M V30 8 2 4 5
|
||||
M V30 9 1 5 6
|
||||
M V30 10 1 7 8
|
||||
M V30 11 1 7 11
|
||||
M V30 12 2 8 9
|
||||
M V30 END BOND
|
||||
M V30 BEGIN SGROUP
|
||||
M V30 1 SUP 1 ATOMS=(1 11) XBONDS=(1 11) BRKXYZ=(9 0.600000 0.000000 0.00000-
|
||||
M V30 0 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000) LABEL=H CLASS-
|
||||
M V30 =LGRP
|
||||
M V30 2 SUP 2 ATOMS=(10 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10) XBONDS=(1 11) BRKXYZ=(9 -0.600-
|
||||
M V30 000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.0-
|
||||
M V30 00000) LABEL=A CLASS=BASE SAP=(3 7 11 Al) SAP=(3 5 0 Ch) SAP=(3 6 0 Ch) SAP=(3 10 0 Ch) NATREPLACE=BASE/A
|
||||
M V30 END SGROUP
|
||||
M V30 END CTAB
|
||||
M V30 TEMPLATE 3 BASE/Gua/G NATREPLACE=BASE/G
|
||||
M V30 BEGIN CTAB
|
||||
M V30 COUNTS 12 13 2 0 0
|
||||
M V30 BEGIN ATOM
|
||||
M V30 1 C 1.0354 0.2498 0.0 0
|
||||
M V30 2 C -0.0792 -0.754 0.0 0
|
||||
M V30 3 C -1.5057 -0.2906 0.0 0
|
||||
M V30 4 N -1.8177 1.1766 0.0 0
|
||||
M V30 5 C -0.7031 2.1804 0.0 0
|
||||
M V30 6 N 0.7235 1.717 0.0 0
|
||||
M V30 7 N -2.3871 -1.5034 0.0 0
|
||||
M V30 8 C -1.5053 -2.7168 0.0 0
|
||||
M V30 9 N -0.0787 -2.2532 0.0 0
|
||||
M V30 10 O 2.1768 -0.1209 0.0 0
|
||||
M V30 11 N -0.9527 3.3542 0.0 0
|
||||
M V30 12 H -3.5871 -1.5034 0.0 0
|
||||
M V30 END ATOM
|
||||
M V30 BEGIN BOND
|
||||
M V30 1 2 1 10
|
||||
M V30 2 1 1 6
|
||||
M V30 3 1 1 2
|
||||
M V30 4 1 9 2
|
||||
M V30 5 2 2 3
|
||||
M V30 6 1 7 3
|
||||
M V30 7 1 3 4
|
||||
M V30 8 2 4 5
|
||||
M V30 9 1 5 6
|
||||
M V30 10 1 5 11
|
||||
M V30 11 1 7 8
|
||||
M V30 12 1 7 12
|
||||
M V30 13 2 8 9
|
||||
M V30 END BOND
|
||||
M V30 BEGIN SGROUP
|
||||
M V30 1 SUP 1 ATOMS=(1 12) XBONDS=(1 12) BRKXYZ=(9 0.600000 0.000000 0.00000-
|
||||
M V30 0 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000) LABEL=H CLASS-
|
||||
M V30 =LGRP
|
||||
M V30 2 SUP 2 ATOMS=(11 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11) XBONDS=(1 12) BRKXYZ=(9 -0.-
|
||||
M V30 600000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 -
|
||||
M V30 0.000000) LABEL=G CLASS=BASE SAP=(3 7 12 Al) SAP=(3 11 0 Ch) SAP=(3 6 0 Ch) SAP=(3 10 0 Ch) NATREPLACE=BASE/G
|
||||
M V30 END SGROUP
|
||||
M V30 END CTAB
|
||||
M V30 TEMPLATE 4 PHOSPHATE/P/P NATREPLACE=PHOSPHATE/P
|
||||
M V30 BEGIN CTAB
|
||||
M V30 COUNTS 5 4 3 0 0
|
||||
M V30 BEGIN ATOM
|
||||
M V30 1 P -0.2399 0.0 0.0 0
|
||||
M V30 2 O -1.4399 0.0 0.0 0
|
||||
M V30 3 O 0.3598 -1.0394 0.0 0
|
||||
M V30 4 O 0.9601 0.0 0.0 0
|
||||
M V30 5 O 0.3598 1.0394 0.0 0
|
||||
M V30 END ATOM
|
||||
M V30 BEGIN BOND
|
||||
M V30 1 1 1 2
|
||||
M V30 2 2 1 3
|
||||
M V30 3 1 1 4
|
||||
M V30 4 1 1 5
|
||||
M V30 END BOND
|
||||
M V30 BEGIN SGROUP
|
||||
M V30 1 SUP 1 ATOMS=(1 2) XBONDS=(1 1) BRKXYZ=(9 0.600000 0.000000 0.000000 -
|
||||
M V30 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000) LABEL=OH CLASS=-
|
||||
M V30 LGRP
|
||||
M V30 2 SUP 2 ATOMS=(1 4) XBONDS=(1 3) BRKXYZ=(9 -0.600000 0.000000 0.000000-
|
||||
M V30 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000) LABEL=OH CLASS-
|
||||
M V30 =LGRP
|
||||
M V30 3 SUP 3 ATOMS=(3 1 3 5) XBONDS=(2 1 3) BRKXYZ=(9 -0.600000 0.000000 0.-
|
||||
M V30 000000 0.600000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000) LABEL=P -
|
||||
M V30 CLASS=PHOSPHATE SAP=(3 1 2 Al) SAP=(3 1 4 Br) NATREPLACE=PHOSPHATE/P
|
||||
M V30 END SGROUP
|
||||
M V30 END CTAB
|
||||
M V30 TEMPLATE 5 BASE/Thy/T NATREPLACE=BASE/T
|
||||
M V30 BEGIN CTAB
|
||||
M V30 COUNTS 10 10 2 0 0
|
||||
M V30 BEGIN ATOM
|
||||
M V30 1 C 1.8617 1.3499 0.0 0
|
||||
M V30 2 C 1.1117 0.0509 0.0 0
|
||||
M V30 3 C -0.3883 0.0509 0.0 0
|
||||
M V30 4 N -1.1382 1.35 0.0 0
|
||||
M V30 5 C -0.3882 2.649 0.0 0
|
||||
M V30 6 N 1.1117 2.6489 0.0 0
|
||||
M V30 7 O 3.0618 1.3499 0.0 0
|
||||
M V30 8 O -0.9882 3.6882 0.0 0
|
||||
M V30 9 H -2.3383 1.35 0.0 0
|
||||
M V30 10 C 1.7117 -0.9884 0.0 0
|
||||
M V30 END ATOM
|
||||
M V30 BEGIN BOND
|
||||
M V30 1 2 1 7
|
||||
M V30 2 1 1 6
|
||||
M V30 3 1 1 2
|
||||
M V30 4 2 2 3
|
||||
M V30 5 1 3 4
|
||||
M V30 6 1 4 5
|
||||
M V30 7 1 4 9
|
||||
M V30 8 2 5 8
|
||||
M V30 9 1 5 6
|
||||
M V30 10 1 2 10
|
||||
M V30 END BOND
|
||||
M V30 BEGIN SGROUP
|
||||
M V30 1 SUP 1 ATOMS=(1 9) XBONDS=(1 7) BRKXYZ=(9 0.600050 0.000000 0.000000 -
|
||||
M V30 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000) LABEL=H CLASS=L-
|
||||
M V30 GRP
|
||||
M V30 2 SUP 2 ATOMS=(9 1 2 3 4 5 6 7 8 10) XBONDS=(1 7) BRKXYZ=(9 -0.600050 -
|
||||
M V30 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.00000-
|
||||
M V30 0) LABEL=T CLASS=BASE SAP=(3 4 9 Al) SAP=(3 8 0 Ch) SAP=(3 6 0 Ch) SAP=(3 7 0 Ch) NATREPLACE=BASE/T
|
||||
M V30 END SGROUP
|
||||
M V30 END CTAB
|
||||
M V30 TEMPLATE 6 BASE/Cyt/C NATREPLACE=BASE/C
|
||||
M V30 BEGIN CTAB
|
||||
M V30 COUNTS 9 9 2 0 0
|
||||
M V30 BEGIN ATOM
|
||||
M V30 1 C 1.8617 1.3499 0.0 0
|
||||
M V30 2 C 1.1117 2.6489 0.0 0
|
||||
M V30 3 C -0.3882 2.649 0.0 0
|
||||
M V30 4 N -1.1382 1.35 0.0 0
|
||||
M V30 5 C -0.3883 0.0509 0.0 0
|
||||
M V30 6 N 1.1117 0.0509 0.0 0
|
||||
M V30 7 N 3.0618 1.3499 0.0 0
|
||||
M V30 8 O -0.9884 -0.9883 0.0 0
|
||||
M V30 9 H -2.3383 1.35 0.0 0
|
||||
M V30 END ATOM
|
||||
M V30 BEGIN BOND
|
||||
M V30 1 1 1 2
|
||||
M V30 2 2 1 6
|
||||
M V30 3 1 1 7
|
||||
M V30 4 2 2 3
|
||||
M V30 5 1 3 4
|
||||
M V30 6 1 4 5
|
||||
M V30 7 1 4 9
|
||||
M V30 8 1 5 6
|
||||
M V30 9 2 5 8
|
||||
M V30 END BOND
|
||||
M V30 BEGIN SGROUP
|
||||
M V30 1 SUP 1 ATOMS=(1 9) XBONDS=(1 7) BRKXYZ=(9 0.600050 0.000000 0.000000 -
|
||||
M V30 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000) LABEL=H CLASS=L-
|
||||
M V30 GRP
|
||||
M V30 2 SUP 2 ATOMS=(8 1 2 3 4 5 6 7 8) XBONDS=(1 7) BRKXYZ=(9 -0.600050 0.0-
|
||||
M V30 00000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000) -
|
||||
M V30 LABEL=C CLASS=BASE SAP=(3 4 9 Al) SAP=(3 8 0 Ch) SAP=(3 6 0 Ch) SAP=(3 7 0 Ch) NATREPLACE=BASE/C
|
||||
M V30 END SGROUP
|
||||
M V30 END CTAB
|
||||
M V30 TEMPLATE 7 BASE/Cyt/C NATREPLACE=BASE/C
|
||||
M V30 BEGIN CTAB
|
||||
M V30 COUNTS 9 9 2 0 0
|
||||
M V30 BEGIN ATOM
|
||||
M V30 1 C 1.8617 1.3499 0.0 0
|
||||
M V30 2 C 1.1117 2.6489 0.0 0
|
||||
M V30 3 C -0.3882 2.649 0.0 0
|
||||
M V30 4 N -1.1382 1.35 0.0 0
|
||||
M V30 5 C -0.3883 0.0509 0.0 0
|
||||
M V30 6 N 1.1117 0.0509 0.0 0
|
||||
M V30 7 N 3.0618 1.3499 0.0 0
|
||||
M V30 8 O -0.9884 -0.9883 0.0 0
|
||||
M V30 9 H -2.3383 1.35 0.0 0
|
||||
M V30 END ATOM
|
||||
M V30 BEGIN BOND
|
||||
M V30 1 1 1 2
|
||||
M V30 2 2 1 6
|
||||
M V30 3 1 1 7
|
||||
M V30 4 2 2 3
|
||||
M V30 5 1 3 4
|
||||
M V30 6 1 4 5
|
||||
M V30 7 1 4 9
|
||||
M V30 8 1 5 6
|
||||
M V30 9 2 5 8
|
||||
M V30 END BOND
|
||||
M V30 BEGIN SGROUP
|
||||
M V30 1 SUP 1 ATOMS=(1 9) XBONDS=(1 7) BRKXYZ=(9 0.600050 0.000000 0.000000 -
|
||||
M V30 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000) LABEL=H CLASS=L-
|
||||
M V30 GRP
|
||||
M V30 2 SUP 2 ATOMS=(8 1 2 3 4 5 6 7 8) XBONDS=(1 7) BRKXYZ=(9 -0.600050 0.0-
|
||||
M V30 00000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000) -
|
||||
M V30 LABEL=C CLASS=BASE SAP=(3 4 9 Al) SAP=(3 8 0 Ch) SAP=(3 6 0 Ch) SAP=(3 7 0 Ch) NATREPLACE=BASE/C
|
||||
M V30 END SGROUP
|
||||
M V30 END CTAB
|
||||
M V30 END TEMPLATE
|
||||
M END
|
||||
@@ -0,0 +1,299 @@
|
||||
|
||||
-INDIGO-01222508162D
|
||||
|
||||
0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 V3000
|
||||
M V30 BEGIN CTAB
|
||||
M V30 COUNTS 10 10 0 0 0
|
||||
M V30 BEGIN ATOM
|
||||
M V30 1 R 32.9805 -18.1796 0.0 0 CLASS=SUGAR SEQID=1 ATTCHORD=(4 2 Cx 5 Br)
|
||||
M V30 2 A 32.9805 -19.6796 0.0 0 CLASS=BASE SEQID=1 ATTCHORD=(2 1 Al)
|
||||
M V30 3 R 35.9805 -18.1796 0.0 0 CLASS=SUGAR SEQID=2 ATTCHORD=(4 4 Cx 5 Al)
|
||||
M V30 4 C 35.9805 -19.6796 0.0 0 CLASS=BASE SEQID=2 ATTCHORD=(2 3 Al)
|
||||
M V30 5 P 34.4805 -18.1796 0.0 0 CLASS=PHOSPHATE SEQID=1 ATTCHORD=(4 1 Al 3 -
|
||||
M V30 Br)
|
||||
M V30 6 G 32.9805 -21.1796 0.0 0 CLASS=BASE SEQID=1 ATTCHORD=(2 7 Al)
|
||||
M V30 7 R 32.9805 -22.6796 0.0 0 CLASS=SUGAR SEQID=1 ATTCHORD=(4 6 Cx 8 Br)
|
||||
M V30 8 P 34.4805 -22.6796 0.0 0 CLASS=PHOSPHATE SEQID=1 ATTCHORD=(4 7 Al 10-
|
||||
M V30 Br)
|
||||
M V30 9 T 35.9805 -21.1796 0.0 0 CLASS=BASE SEQID=2 ATTCHORD=(2 10 Al)
|
||||
M V30 10 R 35.9805 -22.6796 0.0 0 CLASS=SUGAR SEQID=2 ATTCHORD=(4 9 Cx 8 Al)
|
||||
M V30 END ATOM
|
||||
M V30 BEGIN BOND
|
||||
M V30 1 1 1 2
|
||||
M V30 2 1 3 4
|
||||
M V30 3 1 1 5
|
||||
M V30 4 1 5 3
|
||||
M V30 5 1 6 7
|
||||
M V30 6 1 7 8
|
||||
M V30 7 10 2 6
|
||||
M V30 8 1 9 10
|
||||
M V30 9 1 8 10
|
||||
M V30 10 10 4 9
|
||||
M V30 END BOND
|
||||
M V30 END CTAB
|
||||
M V30 BEGIN TEMPLATE
|
||||
M V30 TEMPLATE 1 SUGAR/Rib/R NATREPLACE=SUGAR/R
|
||||
M V30 BEGIN CTAB
|
||||
M V30 COUNTS 12 12 4 0 0
|
||||
M V30 BEGIN ATOM
|
||||
M V30 1 O -1.1017 -1.0663 0.0 0
|
||||
M V30 2 C -0.5897 0.3436 0.0 0 CFG=1
|
||||
M V30 3 C 0.0809 -1.9889 0.0 0 CFG=2
|
||||
M V30 4 C 0.9095 0.2924 0.0 0 CFG=2
|
||||
M V30 5 C 1.3239 -1.1493 0.0 0 CFG=1
|
||||
M V30 6 O 1.8285 1.4755 0.0 0
|
||||
M V30 7 O 2.4518 -1.5589 0.0 0
|
||||
M V30 8 C -1.431 1.5834 0.0 0
|
||||
M V30 9 O 0.0399 -3.1881 0.0 0
|
||||
M V30 10 O -2.9279 1.4755 0.0 0
|
||||
M V30 11 H -3.6017 2.4684 0.0 0
|
||||
M V30 12 H 3.0174 1.3125 0.0 0
|
||||
M V30 END ATOM
|
||||
M V30 BEGIN BOND
|
||||
M V30 1 1 1 2
|
||||
M V30 2 1 1 3
|
||||
M V30 3 1 2 4
|
||||
M V30 4 1 2 8 CFG=3
|
||||
M V30 5 1 3 5
|
||||
M V30 6 1 3 9 CFG=3
|
||||
M V30 7 1 4 5
|
||||
M V30 8 1 4 6 CFG=1
|
||||
M V30 9 1 5 7 CFG=1
|
||||
M V30 10 1 6 12
|
||||
M V30 11 1 8 10
|
||||
M V30 12 1 10 11
|
||||
M V30 END BOND
|
||||
M V30 BEGIN COLLECTION
|
||||
M V30 MDLV30/STEABS ATOMS=(4 2 3 4 5)
|
||||
M V30 END COLLECTION
|
||||
M V30 BEGIN SGROUP
|
||||
M V30 1 SUP 1 ATOMS=(1 11) XBONDS=(1 12) BRKXYZ=(9 0.336900 -0.496450 0.0000-
|
||||
M V30 00 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000) LABEL=H CLAS-
|
||||
M V30 S=LGRP
|
||||
M V30 2 SUP 2 ATOMS=(1 12) XBONDS=(1 10) BRKXYZ=(9 -0.594450 0.081500 0.0000-
|
||||
M V30 00 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000) LABEL=H CLAS-
|
||||
M V30 S=LGRP
|
||||
M V30 3 SUP 3 ATOMS=(1 9) XBONDS=(1 6) BRKXYZ=(9 0.020500 0.599600 0.000000 -
|
||||
M V30 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000) LABEL=OH CLASS=-
|
||||
M V30 LGRP
|
||||
M V30 4 SUP 4 ATOMS=(9 1 2 3 4 5 6 7 8 10) XBONDS=(3 6 10 12) BRKXYZ=(9 -0.0-
|
||||
M V30 20500 -0.599600 0.000000 0.594450 -0.081500 0.000000 0.000000 0.000000-
|
||||
M V30 0.000000) BRKXYZ=(9 -0.336900 0.496450 0.000000 0.000000 0.000000 0.0-
|
||||
M V30 00000 0.000000 0.000000 0.000000) LABEL=R CLASS=SUGAR SAP=(3 10 11 Al)-
|
||||
M V30 SAP=(3 6 12 Br) SAP=(3 3 9 Cx) NATREPLACE=SUGAR/R
|
||||
M V30 END SGROUP
|
||||
M V30 END CTAB
|
||||
M V30 TEMPLATE 2 BASE/Ade/A NATREPLACE=BASE/A
|
||||
M V30 BEGIN CTAB
|
||||
M V30 COUNTS 11 12 2 0 0
|
||||
M V30 BEGIN ATOM
|
||||
M V30 1 C 1.0354 0.2498 0.0 0
|
||||
M V30 2 C -0.0792 -0.754 0.0 0
|
||||
M V30 3 C -1.5057 -0.2906 0.0 0
|
||||
M V30 4 N -1.8177 1.1766 0.0 0
|
||||
M V30 5 C -0.7031 2.1804 0.0 0
|
||||
M V30 6 N 0.7235 1.717 0.0 0
|
||||
M V30 7 N -2.3871 -1.5034 0.0 0
|
||||
M V30 8 C -1.5053 -2.7168 0.0 0
|
||||
M V30 9 N -0.0787 -2.2532 0.0 0
|
||||
M V30 10 N 2.1768 -0.1209 0.0 0
|
||||
M V30 11 H -3.5871 -1.5034 0.0 0
|
||||
M V30 END ATOM
|
||||
M V30 BEGIN BOND
|
||||
M V30 1 1 1 10
|
||||
M V30 2 2 1 6
|
||||
M V30 3 1 1 2
|
||||
M V30 4 1 9 2
|
||||
M V30 5 2 2 3
|
||||
M V30 6 1 7 3
|
||||
M V30 7 1 3 4
|
||||
M V30 8 2 4 5
|
||||
M V30 9 1 5 6
|
||||
M V30 10 1 7 8
|
||||
M V30 11 1 7 11
|
||||
M V30 12 2 8 9
|
||||
M V30 END BOND
|
||||
M V30 BEGIN SGROUP
|
||||
M V30 1 SUP 1 ATOMS=(1 11) XBONDS=(1 11) BRKXYZ=(9 0.600000 0.000000 0.00000-
|
||||
M V30 0 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000) LABEL=H CLASS-
|
||||
M V30 =LGRP
|
||||
M V30 2 SUP 2 ATOMS=(10 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10) XBONDS=(1 11) BRKXYZ=(9 -0.600-
|
||||
M V30 000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.0-
|
||||
M V30 00000) LABEL=A CLASS=BASE SAP=(3 7 11 Al) NATREPLACE=BASE/A
|
||||
M V30 END SGROUP
|
||||
M V30 END CTAB
|
||||
M V30 TEMPLATE 3 BASE/Gua/G NATREPLACE=BASE/G
|
||||
M V30 BEGIN CTAB
|
||||
M V30 COUNTS 12 13 2 0 0
|
||||
M V30 BEGIN ATOM
|
||||
M V30 1 C 1.0354 0.2498 0.0 0
|
||||
M V30 2 C -0.0792 -0.754 0.0 0
|
||||
M V30 3 C -1.5057 -0.2906 0.0 0
|
||||
M V30 4 N -1.8177 1.1766 0.0 0
|
||||
M V30 5 C -0.7031 2.1804 0.0 0
|
||||
M V30 6 N 0.7235 1.717 0.0 0
|
||||
M V30 7 N -2.3871 -1.5034 0.0 0
|
||||
M V30 8 C -1.5053 -2.7168 0.0 0
|
||||
M V30 9 N -0.0787 -2.2532 0.0 0
|
||||
M V30 10 O 2.1768 -0.1209 0.0 0
|
||||
M V30 11 N -0.9527 3.3542 0.0 0
|
||||
M V30 12 H -3.5871 -1.5034 0.0 0
|
||||
M V30 END ATOM
|
||||
M V30 BEGIN BOND
|
||||
M V30 1 2 1 10
|
||||
M V30 2 1 1 6
|
||||
M V30 3 1 1 2
|
||||
M V30 4 1 9 2
|
||||
M V30 5 2 2 3
|
||||
M V30 6 1 7 3
|
||||
M V30 7 1 3 4
|
||||
M V30 8 2 4 5
|
||||
M V30 9 1 5 6
|
||||
M V30 10 1 5 11
|
||||
M V30 11 1 7 8
|
||||
M V30 12 1 7 12
|
||||
M V30 13 2 8 9
|
||||
M V30 END BOND
|
||||
M V30 BEGIN SGROUP
|
||||
M V30 1 SUP 1 ATOMS=(1 12) XBONDS=(1 12) BRKXYZ=(9 0.600000 0.000000 0.00000-
|
||||
M V30 0 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000) LABEL=H CLASS-
|
||||
M V30 =LGRP
|
||||
M V30 2 SUP 2 ATOMS=(11 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11) XBONDS=(1 12) BRKXYZ=(9 -0.-
|
||||
M V30 600000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 -
|
||||
M V30 0.000000) LABEL=G CLASS=BASE SAP=(3 7 12 Al) NATREPLACE=BASE/G
|
||||
M V30 END SGROUP
|
||||
M V30 END CTAB
|
||||
M V30 TEMPLATE 4 PHOSPHATE/P/P NATREPLACE=PHOSPHATE/P
|
||||
M V30 BEGIN CTAB
|
||||
M V30 COUNTS 5 4 3 0 0
|
||||
M V30 BEGIN ATOM
|
||||
M V30 1 P -0.2399 0.0 0.0 0
|
||||
M V30 2 O -1.4399 0.0 0.0 0
|
||||
M V30 3 O 0.3598 -1.0394 0.0 0
|
||||
M V30 4 O 0.9601 0.0 0.0 0
|
||||
M V30 5 O 0.3598 1.0394 0.0 0
|
||||
M V30 END ATOM
|
||||
M V30 BEGIN BOND
|
||||
M V30 1 1 1 2
|
||||
M V30 2 2 1 3
|
||||
M V30 3 1 1 4
|
||||
M V30 4 1 1 5
|
||||
M V30 END BOND
|
||||
M V30 BEGIN SGROUP
|
||||
M V30 1 SUP 1 ATOMS=(1 2) XBONDS=(1 1) BRKXYZ=(9 0.600000 0.000000 0.000000 -
|
||||
M V30 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000) LABEL=OH CLASS=-
|
||||
M V30 LGRP
|
||||
M V30 2 SUP 2 ATOMS=(1 4) XBONDS=(1 3) BRKXYZ=(9 -0.600000 0.000000 0.000000-
|
||||
M V30 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000) LABEL=OH CLASS-
|
||||
M V30 =LGRP
|
||||
M V30 3 SUP 3 ATOMS=(3 1 3 5) XBONDS=(2 1 3) BRKXYZ=(9 -0.600000 0.000000 0.-
|
||||
M V30 000000 0.600000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000) LABEL=P -
|
||||
M V30 CLASS=PHOSPHATE SAP=(3 1 2 Al) SAP=(3 1 4 Br) NATREPLACE=PHOSPHATE/P
|
||||
M V30 END SGROUP
|
||||
M V30 END CTAB
|
||||
M V30 TEMPLATE 5 BASE/Thy/T NATREPLACE=BASE/T
|
||||
M V30 BEGIN CTAB
|
||||
M V30 COUNTS 10 10 2 0 0
|
||||
M V30 BEGIN ATOM
|
||||
M V30 1 C 1.8617 1.3499 0.0 0
|
||||
M V30 2 C 1.1117 0.0509 0.0 0
|
||||
M V30 3 C -0.3883 0.0509 0.0 0
|
||||
M V30 4 N -1.1382 1.35 0.0 0
|
||||
M V30 5 C -0.3882 2.649 0.0 0
|
||||
M V30 6 N 1.1117 2.6489 0.0 0
|
||||
M V30 7 O 3.0618 1.3499 0.0 0
|
||||
M V30 8 O -0.9882 3.6882 0.0 0
|
||||
M V30 9 H -2.3383 1.35 0.0 0
|
||||
M V30 10 C 1.7117 -0.9884 0.0 0
|
||||
M V30 END ATOM
|
||||
M V30 BEGIN BOND
|
||||
M V30 1 2 1 7
|
||||
M V30 2 1 1 6
|
||||
M V30 3 1 1 2
|
||||
M V30 4 2 2 3
|
||||
M V30 5 1 3 4
|
||||
M V30 6 1 4 5
|
||||
M V30 7 1 4 9
|
||||
M V30 8 2 5 8
|
||||
M V30 9 1 5 6
|
||||
M V30 10 1 2 10
|
||||
M V30 END BOND
|
||||
M V30 BEGIN SGROUP
|
||||
M V30 1 SUP 1 ATOMS=(1 9) XBONDS=(1 7) BRKXYZ=(9 0.600050 0.000000 0.000000 -
|
||||
M V30 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000) LABEL=H CLASS=L-
|
||||
M V30 GRP
|
||||
M V30 2 SUP 2 ATOMS=(9 1 2 3 4 5 6 7 8 10) XBONDS=(1 7) BRKXYZ=(9 -0.600050 -
|
||||
M V30 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.00000-
|
||||
M V30 0) LABEL=T CLASS=BASE SAP=(3 4 9 Al) NATREPLACE=BASE/T
|
||||
M V30 END SGROUP
|
||||
M V30 END CTAB
|
||||
M V30 TEMPLATE 6 BASE/Cyt/C NATREPLACE=BASE/C
|
||||
M V30 BEGIN CTAB
|
||||
M V30 COUNTS 9 9 2 0 0
|
||||
M V30 BEGIN ATOM
|
||||
M V30 1 C 1.8617 1.3499 0.0 0
|
||||
M V30 2 C 1.1117 2.6489 0.0 0
|
||||
M V30 3 C -0.3882 2.649 0.0 0
|
||||
M V30 4 N -1.1382 1.35 0.0 0
|
||||
M V30 5 C -0.3883 0.0509 0.0 0
|
||||
M V30 6 N 1.1117 0.0509 0.0 0
|
||||
M V30 7 N 3.0618 1.3499 0.0 0
|
||||
M V30 8 O -0.9884 -0.9883 0.0 0
|
||||
M V30 9 H -2.3383 1.35 0.0 0
|
||||
M V30 END ATOM
|
||||
M V30 BEGIN BOND
|
||||
M V30 1 1 1 2
|
||||
M V30 2 2 1 6
|
||||
M V30 3 1 1 7
|
||||
M V30 4 2 2 3
|
||||
M V30 5 1 3 4
|
||||
M V30 6 1 4 5
|
||||
M V30 7 1 4 9
|
||||
M V30 8 1 5 6
|
||||
M V30 9 2 5 8
|
||||
M V30 END BOND
|
||||
M V30 BEGIN SGROUP
|
||||
M V30 1 SUP 1 ATOMS=(1 9) XBONDS=(1 7) BRKXYZ=(9 0.600050 0.000000 0.000000 -
|
||||
M V30 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000) LABEL=H CLASS=L-
|
||||
M V30 GRP
|
||||
M V30 2 SUP 2 ATOMS=(8 1 2 3 4 5 6 7 8) XBONDS=(1 7) BRKXYZ=(9 -0.600050 0.0-
|
||||
M V30 00000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000) -
|
||||
M V30 LABEL=C CLASS=BASE SAP=(3 4 9 Al) NATREPLACE=BASE/C
|
||||
M V30 END SGROUP
|
||||
M V30 END CTAB
|
||||
M V30 TEMPLATE 7 BASE/Cyt/C NATREPLACE=BASE/C
|
||||
M V30 BEGIN CTAB
|
||||
M V30 COUNTS 9 9 2 0 0
|
||||
M V30 BEGIN ATOM
|
||||
M V30 1 C 1.8617 1.3499 0.0 0
|
||||
M V30 2 C 1.1117 2.6489 0.0 0
|
||||
M V30 3 C -0.3882 2.649 0.0 0
|
||||
M V30 4 N -1.1382 1.35 0.0 0
|
||||
M V30 5 C -0.3883 0.0509 0.0 0
|
||||
M V30 6 N 1.1117 0.0509 0.0 0
|
||||
M V30 7 N 3.0618 1.3499 0.0 0
|
||||
M V30 8 O -0.9884 -0.9883 0.0 0
|
||||
M V30 9 H -2.3383 1.35 0.0 0
|
||||
M V30 END ATOM
|
||||
M V30 BEGIN BOND
|
||||
M V30 1 1 1 2
|
||||
M V30 2 2 1 6
|
||||
M V30 3 1 1 7
|
||||
M V30 4 2 2 3
|
||||
M V30 5 1 3 4
|
||||
M V30 6 1 4 5
|
||||
M V30 7 1 4 9
|
||||
M V30 8 1 5 6
|
||||
M V30 9 2 5 8
|
||||
M V30 END BOND
|
||||
M V30 BEGIN SGROUP
|
||||
M V30 1 SUP 1 ATOMS=(1 9) XBONDS=(1 7) BRKXYZ=(9 0.600050 0.000000 0.000000 -
|
||||
M V30 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000) LABEL=H CLASS=L-
|
||||
M V30 GRP
|
||||
M V30 2 SUP 2 ATOMS=(8 1 2 3 4 5 6 7 8) XBONDS=(1 7) BRKXYZ=(9 -0.600050 0.0-
|
||||
M V30 00000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000) -
|
||||
M V30 LABEL=C CLASS=BASE SAP=(3 4 9 Al) NATREPLACE=BASE/C
|
||||
M V30 END SGROUP
|
||||
M V30 END CTAB
|
||||
M V30 END TEMPLATE
|
||||
M END
|
||||
358
Code/GraphMol/FileParsers/test_data/macromols/DnaTest.mol
Normal file
358
Code/GraphMol/FileParsers/test_data/macromols/DnaTest.mol
Normal file
@@ -0,0 +1,358 @@
|
||||
|
||||
-INDIGO-01162517422D
|
||||
|
||||
0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 V3000
|
||||
M V30 BEGIN CTAB
|
||||
M V30 COUNTS 34 38 0 0 0
|
||||
M V30 BEGIN ATOM
|
||||
M V30 1 R 1.25 -1.25 0.0 0 CLASS=SUGAR SEQID=1 ATTCHORD=(4 2 Cx 5 Br)
|
||||
M V30 2 A 1.25 -2.75 0.0 0 CLASS=BASE SEQID=1 ATTCHORD=(2 1 Al)
|
||||
M V30 3 R 4.25 -1.25 0.0 0 CLASS=SUGAR SEQID=2 ATTCHORD=(6 4 Cx 5 Al 8 Br)
|
||||
M V30 4 G 4.25 -2.75 0.0 0 CLASS=BASE SEQID=2 ATTCHORD=(2 3 Al)
|
||||
M V30 5 P 2.75 -1.25 0.0 0 CLASS=PHOSPHATE SEQID=1 ATTCHORD=(4 1 Al 3 Br)
|
||||
M V30 6 R 7.25 -1.25 0.0 0 CLASS=SUGAR SEQID=3 ATTCHORD=(6 7 Cx 8 Al 11 Br)
|
||||
M V30 7 C 7.25 -2.75 0.0 0 CLASS=BASE SEQID=3 ATTCHORD=(2 6 Al)
|
||||
M V30 8 P 5.75 -1.25 0.0 0 CLASS=PHOSPHATE SEQID=2 ATTCHORD=(4 3 Al 6 Br)
|
||||
M V30 9 R 10.25 -1.25 0.0 0 CLASS=SUGAR SEQID=4 ATTCHORD=(6 10 Cx 11 Al 14 B-
|
||||
M V30 r)
|
||||
M V30 10 T 10.25 -2.75 0.0 0 CLASS=BASE SEQID=4 ATTCHORD=(2 9 Al)
|
||||
M V30 11 P 8.75 -1.25 0.0 0 CLASS=PHOSPHATE SEQID=3 ATTCHORD=(4 6 Al 9 Br)
|
||||
M V30 12 R 13.25 -1.25 0.0 0 CLASS=SUGAR SEQID=5 ATTCHORD=(6 13 Cx 14 Al 17 -
|
||||
M V30 Br)
|
||||
M V30 13 A 13.25 -2.75 0.0 0 CLASS=BASE SEQID=5 ATTCHORD=(2 12 Al)
|
||||
M V30 14 P 11.75 -1.25 0.0 0 CLASS=PHOSPHATE SEQID=4 ATTCHORD=(4 9 Al 12 Br)
|
||||
M V30 15 R 16.25 -1.25 0.0 0 CLASS=SUGAR SEQID=6 ATTCHORD=(4 16 Cx 17 Al)
|
||||
M V30 16 G 16.25 -2.75 0.0 0 CLASS=BASE SEQID=6 ATTCHORD=(2 15 Al)
|
||||
M V30 17 P 14.75 -1.25 0.0 0 CLASS=PHOSPHATE SEQID=5 ATTCHORD=(4 12 Al 15 Br-
|
||||
M V30 )
|
||||
M V30 18 U 1.25 -4.25 0.0 0 CLASS=BASE SEQID=1 ATTCHORD=(2 19 Al)
|
||||
M V30 19 R 1.25 -5.75 0.0 0 CLASS=SUGAR SEQID=1 ATTCHORD=(4 18 Cx 20 Br)
|
||||
M V30 20 P 2.75 -5.75 0.0 0 CLASS=PHOSPHATE SEQID=1 ATTCHORD=(4 19 Al 22 Br)
|
||||
M V30 21 C 4.25 -4.25 0.0 0 CLASS=BASE SEQID=2 ATTCHORD=(2 22 Al)
|
||||
M V30 22 R 4.25 -5.75 0.0 0 CLASS=SUGAR SEQID=2 ATTCHORD=(6 21 Cx 23 Br 20 A-
|
||||
M V30 l)
|
||||
M V30 23 P 5.75 -5.75 0.0 0 CLASS=PHOSPHATE SEQID=2 ATTCHORD=(4 22 Al 25 Br)
|
||||
M V30 24 G 7.25 -4.25 0.0 0 CLASS=BASE SEQID=3 ATTCHORD=(2 25 Al)
|
||||
M V30 25 R 7.25 -5.75 0.0 0 CLASS=SUGAR SEQID=3 ATTCHORD=(6 24 Cx 26 Br 23 A-
|
||||
M V30 l)
|
||||
M V30 26 P 8.75 -5.75 0.0 0 CLASS=PHOSPHATE SEQID=3 ATTCHORD=(4 25 Al 28 Br)
|
||||
M V30 27 A 10.25 -4.25 0.0 0 CLASS=BASE SEQID=4 ATTCHORD=(2 28 Al)
|
||||
M V30 28 R 10.25 -5.75 0.0 0 CLASS=SUGAR SEQID=4 ATTCHORD=(6 27 Cx 29 Br 26 -
|
||||
M V30 Al)
|
||||
M V30 29 P 11.75 -5.75 0.0 0 CLASS=PHOSPHATE SEQID=4 ATTCHORD=(4 28 Al 31 Br-
|
||||
M V30 )
|
||||
M V30 30 U 13.25 -4.25 0.0 0 CLASS=BASE SEQID=5 ATTCHORD=(2 31 Al)
|
||||
M V30 31 R 13.25 -5.75 0.0 0 CLASS=SUGAR SEQID=5 ATTCHORD=(6 30 Cx 32 Br 29 -
|
||||
M V30 Al)
|
||||
M V30 32 P 14.75 -5.75 0.0 0 CLASS=PHOSPHATE SEQID=5 ATTCHORD=(4 31 Al 33 Br-
|
||||
M V30 )
|
||||
M V30 33 R 16.25 -5.75 0.0 0 CLASS=SUGAR SEQID=6 ATTCHORD=(4 34 Cx 32 Al)
|
||||
M V30 34 C 16.25 -4.25 0.0 0 CLASS=BASE SEQID=6 ATTCHORD=(2 33 Al)
|
||||
M V30 END ATOM
|
||||
M V30 BEGIN BOND
|
||||
M V30 1 1 1 2
|
||||
M V30 2 1 3 4
|
||||
M V30 3 1 1 5
|
||||
M V30 4 1 5 3
|
||||
M V30 5 1 6 7
|
||||
M V30 6 1 3 8
|
||||
M V30 7 1 8 6
|
||||
M V30 8 1 9 10
|
||||
M V30 9 1 6 11
|
||||
M V30 10 1 11 9
|
||||
M V30 11 1 12 13
|
||||
M V30 12 1 9 14
|
||||
M V30 13 1 14 12
|
||||
M V30 14 1 15 16
|
||||
M V30 15 1 12 17
|
||||
M V30 16 1 17 15
|
||||
M V30 17 1 18 19
|
||||
M V30 18 1 19 20
|
||||
M V30 19 10 2 18
|
||||
M V30 20 1 21 22
|
||||
M V30 21 1 22 23
|
||||
M V30 22 1 20 22
|
||||
M V30 23 10 4 21
|
||||
M V30 24 1 24 25
|
||||
M V30 25 1 25 26
|
||||
M V30 26 1 23 25
|
||||
M V30 27 10 7 24
|
||||
M V30 28 1 27 28
|
||||
M V30 29 1 28 29
|
||||
M V30 30 1 26 28
|
||||
M V30 31 10 10 27
|
||||
M V30 32 1 30 31
|
||||
M V30 33 1 31 32
|
||||
M V30 34 1 29 31
|
||||
M V30 35 10 13 30
|
||||
M V30 36 1 33 34
|
||||
M V30 37 1 32 33
|
||||
M V30 38 10 16 34
|
||||
M V30 END BOND
|
||||
M V30 END CTAB
|
||||
M V30 BEGIN TEMPLATE
|
||||
M V30 TEMPLATE 1 SUGAR/Rib/R NATREPLACE=SUGAR/R
|
||||
M V30 BEGIN CTAB
|
||||
M V30 COUNTS 12 12 4 0 0
|
||||
M V30 BEGIN ATOM
|
||||
M V30 1 O -1.1017 -1.0663 0.0 0
|
||||
M V30 2 C -0.5897 0.3436 0.0 0 CFG=1
|
||||
M V30 3 C 0.0809 -1.9889 0.0 0 CFG=2
|
||||
M V30 4 C 0.9095 0.2924 0.0 0 CFG=2
|
||||
M V30 5 C 1.3239 -1.1493 0.0 0 CFG=1
|
||||
M V30 6 O 1.8285 1.4755 0.0 0
|
||||
M V30 7 O 2.4518 -1.5589 0.0 0
|
||||
M V30 8 C -1.431 1.5834 0.0 0
|
||||
M V30 9 O 0.0399 -3.1881 0.0 0
|
||||
M V30 10 O -2.9279 1.4755 0.0 0
|
||||
M V30 11 H -3.6017 2.4684 0.0 0
|
||||
M V30 12 H 3.0174 1.3125 0.0 0
|
||||
M V30 END ATOM
|
||||
M V30 BEGIN BOND
|
||||
M V30 1 1 1 2
|
||||
M V30 2 1 1 3
|
||||
M V30 3 1 2 4
|
||||
M V30 4 1 2 8 CFG=3
|
||||
M V30 5 1 3 5
|
||||
M V30 6 1 3 9 CFG=3
|
||||
M V30 7 1 4 5
|
||||
M V30 8 1 4 6 CFG=1
|
||||
M V30 9 1 5 7 CFG=1
|
||||
M V30 10 1 6 12
|
||||
M V30 11 1 8 10
|
||||
M V30 12 1 10 11
|
||||
M V30 END BOND
|
||||
M V30 BEGIN COLLECTION
|
||||
M V30 MDLV30/STEABS ATOMS=(4 2 3 4 5)
|
||||
M V30 END COLLECTION
|
||||
M V30 BEGIN SGROUP
|
||||
M V30 1 SUP 1 ATOMS=(1 11) XBONDS=(1 12) BRKXYZ=(9 0.336900 -0.496450 0.0000-
|
||||
M V30 00 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000) LABEL=H CLAS-
|
||||
M V30 S=LGRP
|
||||
M V30 2 SUP 2 ATOMS=(1 12) XBONDS=(1 10) BRKXYZ=(9 -0.594450 0.081500 0.0000-
|
||||
M V30 00 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000) LABEL=H CLAS-
|
||||
M V30 S=LGRP
|
||||
M V30 3 SUP 3 ATOMS=(1 9) XBONDS=(1 6) BRKXYZ=(9 0.020500 0.599600 0.000000 -
|
||||
M V30 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000) LABEL=OH CLASS=-
|
||||
M V30 LGRP
|
||||
M V30 4 SUP 4 ATOMS=(9 1 2 3 4 5 6 7 8 10) XBONDS=(3 6 10 12) BRKXYZ=(9 -0.0-
|
||||
M V30 20500 -0.599600 0.000000 0.594450 -0.081500 0.000000 0.000000 0.000000-
|
||||
M V30 0.000000) BRKXYZ=(9 -0.336900 0.496450 0.000000 0.000000 0.000000 0.0-
|
||||
M V30 00000 0.000000 0.000000 0.000000) LABEL=R CLASS=SUGAR SAP=(3 10 11 Al)-
|
||||
M V30 SAP=(3 6 12 Br) SAP=(3 3 9 Cx) NATREPLACE=SUGAR/R
|
||||
M V30 END SGROUP
|
||||
M V30 END CTAB
|
||||
M V30 TEMPLATE 2 BASE/Ade/A NATREPLACE=BASE/A
|
||||
M V30 BEGIN CTAB
|
||||
M V30 COUNTS 11 12 2 0 0
|
||||
M V30 BEGIN ATOM
|
||||
M V30 1 C 1.0354 0.2498 0.0 0
|
||||
M V30 2 C -0.0792 -0.754 0.0 0
|
||||
M V30 3 C -1.5057 -0.2906 0.0 0
|
||||
M V30 4 N -1.8177 1.1766 0.0 0
|
||||
M V30 5 C -0.7031 2.1804 0.0 0
|
||||
M V30 6 N 0.7235 1.717 0.0 0
|
||||
M V30 7 N -2.3871 -1.5034 0.0 0
|
||||
M V30 8 C -1.5053 -2.7168 0.0 0
|
||||
M V30 9 N -0.0787 -2.2532 0.0 0
|
||||
M V30 10 N 2.1768 -0.1209 0.0 0
|
||||
M V30 11 H -3.5871 -1.5034 0.0 0
|
||||
M V30 END ATOM
|
||||
M V30 BEGIN BOND
|
||||
M V30 1 1 1 10
|
||||
M V30 2 2 1 6
|
||||
M V30 3 1 1 2
|
||||
M V30 4 1 9 2
|
||||
M V30 5 2 2 3
|
||||
M V30 6 1 7 3
|
||||
M V30 7 1 3 4
|
||||
M V30 8 2 4 5
|
||||
M V30 9 1 5 6
|
||||
M V30 10 1 7 8
|
||||
M V30 11 1 7 11
|
||||
M V30 12 2 8 9
|
||||
M V30 END BOND
|
||||
M V30 BEGIN SGROUP
|
||||
M V30 1 SUP 1 ATOMS=(1 11) XBONDS=(1 11) BRKXYZ=(9 0.600000 0.000000 0.00000-
|
||||
M V30 0 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000) LABEL=H CLASS-
|
||||
M V30 =LGRP
|
||||
M V30 2 SUP 2 ATOMS=(10 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10) XBONDS=(1 11) BRKXYZ=(9 -0.600-
|
||||
M V30 000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.0-
|
||||
M V30 00000) LABEL=A CLASS=BASE SAP=(3 7 11 Al) NATREPLACE=BASE/A
|
||||
M V30 END SGROUP
|
||||
M V30 END CTAB
|
||||
M V30 TEMPLATE 3 BASE/Gua/G NATREPLACE=BASE/G
|
||||
M V30 BEGIN CTAB
|
||||
M V30 COUNTS 12 13 2 0 0
|
||||
M V30 BEGIN ATOM
|
||||
M V30 1 C 1.0354 0.2498 0.0 0
|
||||
M V30 2 C -0.0792 -0.754 0.0 0
|
||||
M V30 3 C -1.5057 -0.2906 0.0 0
|
||||
M V30 4 N -1.8177 1.1766 0.0 0
|
||||
M V30 5 C -0.7031 2.1804 0.0 0
|
||||
M V30 6 N 0.7235 1.717 0.0 0
|
||||
M V30 7 N -2.3871 -1.5034 0.0 0
|
||||
M V30 8 C -1.5053 -2.7168 0.0 0
|
||||
M V30 9 N -0.0787 -2.2532 0.0 0
|
||||
M V30 10 O 2.1768 -0.1209 0.0 0
|
||||
M V30 11 N -0.9527 3.3542 0.0 0
|
||||
M V30 12 H -3.5871 -1.5034 0.0 0
|
||||
M V30 END ATOM
|
||||
M V30 BEGIN BOND
|
||||
M V30 1 2 1 10
|
||||
M V30 2 1 1 6
|
||||
M V30 3 1 1 2
|
||||
M V30 4 1 9 2
|
||||
M V30 5 2 2 3
|
||||
M V30 6 1 7 3
|
||||
M V30 7 1 3 4
|
||||
M V30 8 2 4 5
|
||||
M V30 9 1 5 6
|
||||
M V30 10 1 5 11
|
||||
M V30 11 1 7 8
|
||||
M V30 12 1 7 12
|
||||
M V30 13 2 8 9
|
||||
M V30 END BOND
|
||||
M V30 BEGIN SGROUP
|
||||
M V30 1 SUP 1 ATOMS=(1 12) XBONDS=(1 12) BRKXYZ=(9 0.600000 0.000000 0.00000-
|
||||
M V30 0 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000) LABEL=H CLASS-
|
||||
M V30 =LGRP
|
||||
M V30 2 SUP 2 ATOMS=(11 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11) XBONDS=(1 12) BRKXYZ=(9 -0.-
|
||||
M V30 600000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 -
|
||||
M V30 0.000000) LABEL=G CLASS=BASE SAP=(3 7 12 Al) NATREPLACE=BASE/G
|
||||
M V30 END SGROUP
|
||||
M V30 END CTAB
|
||||
M V30 TEMPLATE 4 PHOSPHATE/P/P NATREPLACE=PHOSPHATE/P
|
||||
M V30 BEGIN CTAB
|
||||
M V30 COUNTS 5 4 3 0 0
|
||||
M V30 BEGIN ATOM
|
||||
M V30 1 P -0.2399 0.0 0.0 0
|
||||
M V30 2 O -1.4399 0.0 0.0 0
|
||||
M V30 3 O 0.3598 -1.0394 0.0 0
|
||||
M V30 4 O 0.9601 0.0 0.0 0
|
||||
M V30 5 O 0.3598 1.0394 0.0 0
|
||||
M V30 END ATOM
|
||||
M V30 BEGIN BOND
|
||||
M V30 1 1 1 2
|
||||
M V30 2 2 1 3
|
||||
M V30 3 1 1 4
|
||||
M V30 4 1 1 5
|
||||
M V30 END BOND
|
||||
M V30 BEGIN SGROUP
|
||||
M V30 1 SUP 1 ATOMS=(1 2) XBONDS=(1 1) BRKXYZ=(9 0.600000 0.000000 0.000000 -
|
||||
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|
||||
M V30 LGRP
|
||||
M V30 2 SUP 2 ATOMS=(1 4) XBONDS=(1 3) BRKXYZ=(9 -0.600000 0.000000 0.000000-
|
||||
M V30 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000) LABEL=OH CLASS-
|
||||
M V30 =LGRP
|
||||
M V30 3 SUP 3 ATOMS=(3 1 3 5) XBONDS=(2 1 3) BRKXYZ=(9 -0.600000 0.000000 0.-
|
||||
M V30 000000 0.600000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000) LABEL=P -
|
||||
M V30 CLASS=PHOSPHATE SAP=(3 1 2 Al) SAP=(3 1 4 Br) NATREPLACE=PHOSPHATE/P
|
||||
M V30 END SGROUP
|
||||
M V30 END CTAB
|
||||
M V30 TEMPLATE 5 BASE/Cyt/C NATREPLACE=BASE/C
|
||||
M V30 BEGIN CTAB
|
||||
M V30 COUNTS 9 9 2 0 0
|
||||
M V30 BEGIN ATOM
|
||||
M V30 1 C 1.8617 1.3499 0.0 0
|
||||
M V30 2 C 1.1117 2.6489 0.0 0
|
||||
M V30 3 C -0.3882 2.649 0.0 0
|
||||
M V30 4 N -1.1382 1.35 0.0 0
|
||||
M V30 5 C -0.3883 0.0509 0.0 0
|
||||
M V30 6 N 1.1117 0.0509 0.0 0
|
||||
M V30 7 N 3.0618 1.3499 0.0 0
|
||||
M V30 8 O -0.9884 -0.9883 0.0 0
|
||||
M V30 9 H -2.3383 1.35 0.0 0
|
||||
M V30 END ATOM
|
||||
M V30 BEGIN BOND
|
||||
M V30 1 1 1 2
|
||||
M V30 2 2 1 6
|
||||
M V30 3 1 1 7
|
||||
M V30 4 2 2 3
|
||||
M V30 5 1 3 4
|
||||
M V30 6 1 4 5
|
||||
M V30 7 1 4 9
|
||||
M V30 8 1 5 6
|
||||
M V30 9 2 5 8
|
||||
M V30 END BOND
|
||||
M V30 BEGIN SGROUP
|
||||
M V30 1 SUP 1 ATOMS=(1 9) XBONDS=(1 7) BRKXYZ=(9 0.600050 0.000000 0.000000 -
|
||||
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|
||||
M V30 GRP
|
||||
M V30 2 SUP 2 ATOMS=(8 1 2 3 4 5 6 7 8) XBONDS=(1 7) BRKXYZ=(9 -0.600050 0.0-
|
||||
M V30 00000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000) -
|
||||
M V30 LABEL=C CLASS=BASE SAP=(3 4 9 Al) NATREPLACE=BASE/C
|
||||
M V30 END SGROUP
|
||||
M V30 END CTAB
|
||||
M V30 TEMPLATE 6 BASE/Thy/T NATREPLACE=BASE/T
|
||||
M V30 BEGIN CTAB
|
||||
M V30 COUNTS 10 10 2 0 0
|
||||
M V30 BEGIN ATOM
|
||||
M V30 1 C 1.8617 1.3499 0.0 0
|
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M V30 2 C 1.1117 0.0509 0.0 0
|
||||
M V30 3 C -0.3883 0.0509 0.0 0
|
||||
M V30 4 N -1.1382 1.35 0.0 0
|
||||
M V30 5 C -0.3882 2.649 0.0 0
|
||||
M V30 6 N 1.1117 2.6489 0.0 0
|
||||
M V30 7 O 3.0618 1.3499 0.0 0
|
||||
M V30 8 O -0.9882 3.6882 0.0 0
|
||||
M V30 9 H -2.3383 1.35 0.0 0
|
||||
M V30 10 C 1.7117 -0.9884 0.0 0
|
||||
M V30 END ATOM
|
||||
M V30 BEGIN BOND
|
||||
M V30 1 2 1 7
|
||||
M V30 2 1 1 6
|
||||
M V30 3 1 1 2
|
||||
M V30 4 2 2 3
|
||||
M V30 5 1 3 4
|
||||
M V30 6 1 4 5
|
||||
M V30 7 1 4 9
|
||||
M V30 8 2 5 8
|
||||
M V30 9 1 5 6
|
||||
M V30 10 1 2 10
|
||||
M V30 END BOND
|
||||
M V30 BEGIN SGROUP
|
||||
M V30 1 SUP 1 ATOMS=(1 9) XBONDS=(1 7) BRKXYZ=(9 0.600050 0.000000 0.000000 -
|
||||
M V30 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000) LABEL=H CLASS=L-
|
||||
M V30 GRP
|
||||
M V30 2 SUP 2 ATOMS=(9 1 2 3 4 5 6 7 8 10) XBONDS=(1 7) BRKXYZ=(9 -0.600050 -
|
||||
M V30 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.00000-
|
||||
M V30 0) LABEL=T CLASS=BASE SAP=(3 4 9 Al) NATREPLACE=BASE/T
|
||||
M V30 END SGROUP
|
||||
M V30 END CTAB
|
||||
M V30 TEMPLATE 7 BASE/Ura/U NATREPLACE=BASE/U
|
||||
M V30 BEGIN CTAB
|
||||
M V30 COUNTS 9 9 2 0 0
|
||||
M V30 BEGIN ATOM
|
||||
M V30 1 C 1.8617 1.3499 0.0 0
|
||||
M V30 2 C 1.1117 0.0509 0.0 0
|
||||
M V30 3 C -0.3883 0.0509 0.0 0
|
||||
M V30 4 N -1.1382 1.35 0.0 0
|
||||
M V30 5 C -0.3882 2.649 0.0 0
|
||||
M V30 6 N 1.1117 2.6489 0.0 0
|
||||
M V30 7 O 3.0618 1.3499 0.0 0
|
||||
M V30 8 O -0.9882 3.6882 0.0 0
|
||||
M V30 9 H -2.3383 1.35 0.0 0
|
||||
M V30 END ATOM
|
||||
M V30 BEGIN BOND
|
||||
M V30 1 2 1 7
|
||||
M V30 2 1 1 6
|
||||
M V30 3 1 1 2
|
||||
M V30 4 2 2 3
|
||||
M V30 5 1 3 4
|
||||
M V30 6 1 4 5
|
||||
M V30 7 1 4 9
|
||||
M V30 8 2 5 8
|
||||
M V30 9 1 5 6
|
||||
M V30 END BOND
|
||||
M V30 BEGIN SGROUP
|
||||
M V30 1 SUP 1 ATOMS=(1 9) XBONDS=(1 7) BRKXYZ=(9 0.600050 0.000000 0.000000 -
|
||||
M V30 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000) LABEL=H CLASS=L-
|
||||
M V30 GRP
|
||||
M V30 2 SUP 2 ATOMS=(8 1 2 3 4 5 6 7 8) XBONDS=(1 7) BRKXYZ=(9 -0.600050 0.0-
|
||||
M V30 00000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000) -
|
||||
M V30 LABEL=U CLASS=BASE SAP=(3 4 9 Al) NATREPLACE=BASE/U
|
||||
M V30 END SGROUP
|
||||
M V30 END CTAB
|
||||
M V30 END TEMPLATE
|
||||
M END
|
||||
263
Code/GraphMol/FileParsers/test_data/macromols/DnaTest2.mol
Normal file
263
Code/GraphMol/FileParsers/test_data/macromols/DnaTest2.mol
Normal file
@@ -0,0 +1,263 @@
|
||||
|
||||
-INDIGO-01222508162D
|
||||
|
||||
0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 V3000
|
||||
M V30 BEGIN CTAB
|
||||
M V30 COUNTS 10 10 0 0 0
|
||||
M V30 BEGIN ATOM
|
||||
M V30 1 R 32.9805 -18.1796 0.0 0 CLASS=SUGAR SEQID=1 ATTCHORD=(4 2 Cx 5 Br)
|
||||
M V30 2 A 32.9805 -19.6796 0.0 0 CLASS=BASE SEQID=1 ATTCHORD=(4 1 Al 6 Ch)
|
||||
M V30 3 R 35.9805 -18.1796 0.0 0 CLASS=SUGAR SEQID=2 ATTCHORD=(4 4 Cx 5 Al)
|
||||
M V30 4 G 35.9805 -19.6796 0.0 0 CLASS=BASE SEQID=2 ATTCHORD=(4 3 Al 9 Ch)
|
||||
M V30 5 P 34.4805 -18.1796 0.0 0 CLASS=PHOSPHATE SEQID=1 ATTCHORD=(4 1 Al 3 -
|
||||
M V30 Br)
|
||||
M V30 6 U 32.9805 -21.1796 0.0 0 CLASS=BASE SEQID=1 ATTCHORD=(4 7 Al 2 Ch)
|
||||
M V30 7 R 32.9805 -22.6796 0.0 0 CLASS=SUGAR SEQID=1 ATTCHORD=(4 6 Cx 8 Br)
|
||||
M V30 8 P 34.4805 -22.6796 0.0 0 CLASS=PHOSPHATE SEQID=1 ATTCHORD=(4 7 Al 10-
|
||||
M V30 Br)
|
||||
M V30 9 C 35.9805 -21.1796 0.0 0 CLASS=BASE SEQID=2 ATTCHORD=(4 10 Al 4 Ch)
|
||||
M V30 10 R 35.9805 -22.6796 0.0 0 CLASS=SUGAR SEQID=2 ATTCHORD=(4 9 Cx 8 Al)
|
||||
M V30 END ATOM
|
||||
M V30 BEGIN BOND
|
||||
M V30 1 1 1 2
|
||||
M V30 2 1 3 4
|
||||
M V30 3 1 1 5
|
||||
M V30 4 1 5 3
|
||||
M V30 5 1 6 7
|
||||
M V30 6 1 7 8
|
||||
M V30 7 10 2 6
|
||||
M V30 8 1 9 10
|
||||
M V30 9 1 8 10
|
||||
M V30 10 10 4 9
|
||||
M V30 END BOND
|
||||
M V30 END CTAB
|
||||
M V30 BEGIN TEMPLATE
|
||||
M V30 TEMPLATE 1 SUGAR/Rib/R NATREPLACE=SUGAR/R
|
||||
M V30 BEGIN CTAB
|
||||
M V30 COUNTS 12 12 4 0 0
|
||||
M V30 BEGIN ATOM
|
||||
M V30 1 O -1.1017 -1.0663 0.0 0
|
||||
M V30 2 C -0.5897 0.3436 0.0 0 CFG=1
|
||||
M V30 3 C 0.0809 -1.9889 0.0 0 CFG=2
|
||||
M V30 4 C 0.9095 0.2924 0.0 0 CFG=2
|
||||
M V30 5 C 1.3239 -1.1493 0.0 0 CFG=1
|
||||
M V30 6 O 1.8285 1.4755 0.0 0
|
||||
M V30 7 O 2.4518 -1.5589 0.0 0
|
||||
M V30 8 C -1.431 1.5834 0.0 0
|
||||
M V30 9 O 0.0399 -3.1881 0.0 0
|
||||
M V30 10 O -2.9279 1.4755 0.0 0
|
||||
M V30 11 H -3.6017 2.4684 0.0 0
|
||||
M V30 12 H 3.0174 1.3125 0.0 0
|
||||
M V30 END ATOM
|
||||
M V30 BEGIN BOND
|
||||
M V30 1 1 1 2
|
||||
M V30 2 1 1 3
|
||||
M V30 3 1 2 4
|
||||
M V30 4 1 2 8 CFG=3
|
||||
M V30 5 1 3 5
|
||||
M V30 6 1 3 9 CFG=3
|
||||
M V30 7 1 4 5
|
||||
M V30 8 1 4 6 CFG=1
|
||||
M V30 9 1 5 7 CFG=1
|
||||
M V30 10 1 6 12
|
||||
M V30 11 1 8 10
|
||||
M V30 12 1 10 11
|
||||
M V30 END BOND
|
||||
M V30 BEGIN COLLECTION
|
||||
M V30 MDLV30/STEABS ATOMS=(4 2 3 4 5)
|
||||
M V30 END COLLECTION
|
||||
M V30 BEGIN SGROUP
|
||||
M V30 1 SUP 1 ATOMS=(1 11) XBONDS=(1 12) BRKXYZ=(9 0.336900 -0.496450 0.0000-
|
||||
M V30 00 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000) LABEL=H CLAS-
|
||||
M V30 S=LGRP
|
||||
M V30 2 SUP 2 ATOMS=(1 12) XBONDS=(1 10) BRKXYZ=(9 -0.594450 0.081500 0.0000-
|
||||
M V30 00 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000) LABEL=H CLAS-
|
||||
M V30 S=LGRP
|
||||
M V30 3 SUP 3 ATOMS=(1 9) XBONDS=(1 6) BRKXYZ=(9 0.020500 0.599600 0.000000 -
|
||||
M V30 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000) LABEL=OH CLASS=-
|
||||
M V30 LGRP
|
||||
M V30 4 SUP 4 ATOMS=(9 1 2 3 4 5 6 7 8 10) XBONDS=(3 6 10 12) BRKXYZ=(9 -0.0-
|
||||
M V30 20500 -0.599600 0.000000 0.594450 -0.081500 0.000000 0.000000 0.000000-
|
||||
M V30 0.000000) BRKXYZ=(9 -0.336900 0.496450 0.000000 0.000000 0.000000 0.0-
|
||||
M V30 00000 0.000000 0.000000 0.000000) LABEL=R CLASS=SUGAR SAP=(3 10 11 Al)-
|
||||
M V30 SAP=(3 6 12 Br) SAP=(3 3 9 Cx) NATREPLACE=SUGAR/R
|
||||
M V30 END SGROUP
|
||||
M V30 END CTAB
|
||||
M V30 TEMPLATE 2 BASE/Ade/A NATREPLACE=BASE/A
|
||||
M V30 BEGIN CTAB
|
||||
M V30 COUNTS 11 12 2 0 0
|
||||
M V30 BEGIN ATOM
|
||||
M V30 1 C 1.0354 0.2498 0.0 0
|
||||
M V30 2 C -0.0792 -0.754 0.0 0
|
||||
M V30 3 C -1.5057 -0.2906 0.0 0
|
||||
M V30 4 N -1.8177 1.1766 0.0 0
|
||||
M V30 5 C -0.7031 2.1804 0.0 0
|
||||
M V30 6 N 0.7235 1.717 0.0 0
|
||||
M V30 7 N -2.3871 -1.5034 0.0 0
|
||||
M V30 8 C -1.5053 -2.7168 0.0 0
|
||||
M V30 9 N -0.0787 -2.2532 0.0 0
|
||||
M V30 10 N 2.1768 -0.1209 0.0 0
|
||||
M V30 11 H -3.5871 -1.5034 0.0 0
|
||||
M V30 END ATOM
|
||||
M V30 BEGIN BOND
|
||||
M V30 1 1 1 10
|
||||
M V30 2 2 1 6
|
||||
M V30 3 1 1 2
|
||||
M V30 4 1 9 2
|
||||
M V30 5 2 2 3
|
||||
M V30 6 1 7 3
|
||||
M V30 7 1 3 4
|
||||
M V30 8 2 4 5
|
||||
M V30 9 1 5 6
|
||||
M V30 10 1 7 8
|
||||
M V30 11 1 7 11
|
||||
M V30 12 2 8 9
|
||||
M V30 END BOND
|
||||
M V30 BEGIN SGROUP
|
||||
M V30 1 SUP 1 ATOMS=(1 11) XBONDS=(1 11) BRKXYZ=(9 0.600000 0.000000 0.00000-
|
||||
M V30 0 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000) LABEL=H CLASS-
|
||||
M V30 =LGRP
|
||||
M V30 2 SUP 2 ATOMS=(10 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10) XBONDS=(1 11) BRKXYZ=(9 -0.600-
|
||||
M V30 000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.0-
|
||||
M V30 00000) LABEL=A CLASS=BASE SAP=(3 7 11 Al) SAP=(3 5 0 Ch) SAP=(3 6 0 Ch) SAP=(3 10 0 Ch) NATREPLACE=BASE/A
|
||||
M V30 END SGROUP
|
||||
M V30 END CTAB
|
||||
M V30 TEMPLATE 3 BASE/Gua/G NATREPLACE=BASE/G
|
||||
M V30 BEGIN CTAB
|
||||
M V30 COUNTS 12 13 2 0 0
|
||||
M V30 BEGIN ATOM
|
||||
M V30 1 C 1.0354 0.2498 0.0 0
|
||||
M V30 2 C -0.0792 -0.754 0.0 0
|
||||
M V30 3 C -1.5057 -0.2906 0.0 0
|
||||
M V30 4 N -1.8177 1.1766 0.0 0
|
||||
M V30 5 C -0.7031 2.1804 0.0 0
|
||||
M V30 6 N 0.7235 1.717 0.0 0
|
||||
M V30 7 N -2.3871 -1.5034 0.0 0
|
||||
M V30 8 C -1.5053 -2.7168 0.0 0
|
||||
M V30 9 N -0.0787 -2.2532 0.0 0
|
||||
M V30 10 O 2.1768 -0.1209 0.0 0
|
||||
M V30 11 N -0.9527 3.3542 0.0 0
|
||||
M V30 12 H -3.5871 -1.5034 0.0 0
|
||||
M V30 END ATOM
|
||||
M V30 BEGIN BOND
|
||||
M V30 1 2 1 10
|
||||
M V30 2 1 1 6
|
||||
M V30 3 1 1 2
|
||||
M V30 4 1 9 2
|
||||
M V30 5 2 2 3
|
||||
M V30 6 1 7 3
|
||||
M V30 7 1 3 4
|
||||
M V30 8 2 4 5
|
||||
M V30 9 1 5 6
|
||||
M V30 10 1 5 11
|
||||
M V30 11 1 7 8
|
||||
M V30 12 1 7 12
|
||||
M V30 13 2 8 9
|
||||
M V30 END BOND
|
||||
M V30 BEGIN SGROUP
|
||||
M V30 1 SUP 1 ATOMS=(1 12) XBONDS=(1 12) BRKXYZ=(9 0.600000 0.000000 0.00000-
|
||||
M V30 0 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000) LABEL=H CLASS-
|
||||
M V30 =LGRP
|
||||
M V30 2 SUP 2 ATOMS=(11 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11) XBONDS=(1 12) BRKXYZ=(9 -0.-
|
||||
M V30 600000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 -
|
||||
M V30 0.000000) LABEL=G CLASS=BASE SAP=(3 7 12 Al) SAP=(3 11 0 Ch) SAP=(3 6 0 Ch) SAP=(3 10 0 Ch) NATREPLACE=BASE/G
|
||||
M V30 END SGROUP
|
||||
M V30 END CTAB
|
||||
M V30 TEMPLATE 4 PHOSPHATE/P/P NATREPLACE=PHOSPHATE/P
|
||||
M V30 BEGIN CTAB
|
||||
M V30 COUNTS 5 4 3 0 0
|
||||
M V30 BEGIN ATOM
|
||||
M V30 1 P -0.2399 0.0 0.0 0
|
||||
M V30 2 O -1.4399 0.0 0.0 0
|
||||
M V30 3 O 0.3598 -1.0394 0.0 0
|
||||
M V30 4 O 0.9601 0.0 0.0 0
|
||||
M V30 5 O 0.3598 1.0394 0.0 0
|
||||
M V30 END ATOM
|
||||
M V30 BEGIN BOND
|
||||
M V30 1 1 1 2
|
||||
M V30 2 2 1 3
|
||||
M V30 3 1 1 4
|
||||
M V30 4 1 1 5
|
||||
M V30 END BOND
|
||||
M V30 BEGIN SGROUP
|
||||
M V30 1 SUP 1 ATOMS=(1 2) XBONDS=(1 1) BRKXYZ=(9 0.600000 0.000000 0.000000 -
|
||||
M V30 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000) LABEL=OH CLASS=-
|
||||
M V30 LGRP
|
||||
M V30 2 SUP 2 ATOMS=(1 4) XBONDS=(1 3) BRKXYZ=(9 -0.600000 0.000000 0.000000-
|
||||
M V30 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000) LABEL=OH CLASS-
|
||||
M V30 =LGRP
|
||||
M V30 3 SUP 3 ATOMS=(3 1 3 5) XBONDS=(2 1 3) BRKXYZ=(9 -0.600000 0.000000 0.-
|
||||
M V30 000000 0.600000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000) LABEL=P -
|
||||
M V30 CLASS=PHOSPHATE SAP=(3 1 2 Al) SAP=(3 1 4 Br) NATREPLACE=PHOSPHATE/P
|
||||
M V30 END SGROUP
|
||||
M V30 END CTAB
|
||||
M V30 TEMPLATE 5 BASE/Ura/U NATREPLACE=BASE/U
|
||||
M V30 BEGIN CTAB
|
||||
M V30 COUNTS 9 9 2 0 0
|
||||
M V30 BEGIN ATOM
|
||||
M V30 1 C 1.8617 1.3499 0.0 0
|
||||
M V30 2 C 1.1117 0.0509 0.0 0
|
||||
M V30 3 C -0.3883 0.0509 0.0 0
|
||||
M V30 4 N -1.1382 1.35 0.0 0
|
||||
M V30 5 C -0.3882 2.649 0.0 0
|
||||
M V30 6 N 1.1117 2.6489 0.0 0
|
||||
M V30 7 O 3.0618 1.3499 0.0 0
|
||||
M V30 8 O -0.9882 3.6882 0.0 0
|
||||
M V30 9 H -2.3383 1.35 0.0 0
|
||||
M V30 END ATOM
|
||||
M V30 BEGIN BOND
|
||||
M V30 1 2 1 7
|
||||
M V30 2 1 1 6
|
||||
M V30 3 1 1 2
|
||||
M V30 4 2 2 3
|
||||
M V30 5 1 3 4
|
||||
M V30 6 1 4 5
|
||||
M V30 7 1 4 9
|
||||
M V30 8 2 5 8
|
||||
M V30 9 1 5 6
|
||||
M V30 END BOND
|
||||
M V30 BEGIN SGROUP
|
||||
M V30 1 SUP 1 ATOMS=(1 9) XBONDS=(1 7) BRKXYZ=(9 0.600050 0.000000 0.000000 -
|
||||
M V30 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000) LABEL=H CLASS=L-
|
||||
M V30 GRP
|
||||
M V30 2 SUP 2 ATOMS=(8 1 2 3 4 5 6 7 8) XBONDS=(1 7) BRKXYZ=(9 -0.600050 0.0-
|
||||
M V30 00000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000) -
|
||||
M V30 LABEL=U CLASS=BASE SAP=(3 4 9 Al) SAP=(3 8 0 Ch) SAP=(3 6 0 Ch) SAP=(3 7 0 Ch) NATREPLACE=BASE/U
|
||||
M V30 END SGROUP
|
||||
M V30 END CTAB
|
||||
M V30 TEMPLATE 6 BASE/Cyt/C NATREPLACE=BASE/C
|
||||
M V30 BEGIN CTAB
|
||||
M V30 COUNTS 9 9 2 0 0
|
||||
M V30 BEGIN ATOM
|
||||
M V30 1 C 1.8617 1.3499 0.0 0
|
||||
M V30 2 C 1.1117 2.6489 0.0 0
|
||||
M V30 3 C -0.3882 2.649 0.0 0
|
||||
M V30 4 N -1.1382 1.35 0.0 0
|
||||
M V30 5 C -0.3883 0.0509 0.0 0
|
||||
M V30 6 N 1.1117 0.0509 0.0 0
|
||||
M V30 7 N 3.0618 1.3499 0.0 0
|
||||
M V30 8 O -0.9884 -0.9883 0.0 0
|
||||
M V30 9 H -2.3383 1.35 0.0 0
|
||||
M V30 END ATOM
|
||||
M V30 BEGIN BOND
|
||||
M V30 1 1 1 2
|
||||
M V30 2 2 1 6
|
||||
M V30 3 1 1 7
|
||||
M V30 4 2 2 3
|
||||
M V30 5 1 3 4
|
||||
M V30 6 1 4 5
|
||||
M V30 7 1 4 9
|
||||
M V30 8 1 5 6
|
||||
M V30 9 2 5 8
|
||||
M V30 END BOND
|
||||
M V30 BEGIN SGROUP
|
||||
M V30 1 SUP 1 ATOMS=(1 9) XBONDS=(1 7) BRKXYZ=(9 0.600050 0.000000 0.000000 -
|
||||
M V30 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000) LABEL=H CLASS=L-
|
||||
M V30 GRP
|
||||
M V30 2 SUP 2 ATOMS=(8 1 2 3 4 5 6 7 8) XBONDS=(1 7) BRKXYZ=(9 -0.600050 0.0-
|
||||
M V30 00000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000) -
|
||||
M V30 LABEL=C CLASS=BASE SAP=(3 4 9 Al) SAP=(3 8 0 Ch) SAP=(3 6 0 Ch) SAP=(3 7 0 Ch) NATREPLACE=BASE/C
|
||||
M V30 END SGROUP
|
||||
M V30 END CTAB
|
||||
M V30 END TEMPLATE
|
||||
M END
|
||||
374
Code/GraphMol/FileParsers/test_data/macromols/DnaTest3.mol
Normal file
374
Code/GraphMol/FileParsers/test_data/macromols/DnaTest3.mol
Normal file
@@ -0,0 +1,374 @@
|
||||
|
||||
-INDIGO-01232511012D
|
||||
|
||||
0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 V3000
|
||||
M V30 BEGIN CTAB
|
||||
M V30 COUNTS 22 24 0 0 0
|
||||
M V30 BEGIN ATOM
|
||||
M V30 1 dR 1.25 -1.25 0.0 0 CLASS=SUGAR SEQID=1 ATTCHORD=(4 2 Cx 5 Br)
|
||||
M V30 2 A 1.25 -2.75 0.0 0 CLASS=BASE SEQID=1 ATTCHORD=(4 1 Al 11 Ch)
|
||||
M V30 3 dR 4.25 -1.25 0.0 0 CLASS=SUGAR SEQID=2 ATTCHORD=(6 4 Cx 5 Al 8 Br)
|
||||
M V30 4 C 4.25 -2.75 0.0 0 CLASS=BASE SEQID=2 ATTCHORD=(4 3 Al 14 Ch)
|
||||
M V30 5 P 2.75 -1.25 0.0 0 CLASS=PHOSPHATE SEQID=1 ATTCHORD=(4 1 Al 3 Br)
|
||||
M V30 6 dR 7.25 -1.25 0.0 0 CLASS=SUGAR SEQID=3 ATTCHORD=(6 7 Cx 8 Al 10 Br)
|
||||
M V30 7 T 7.25 -2.75 0.0 0 CLASS=BASE SEQID=3 ATTCHORD=(4 6 Al 17 Ch)
|
||||
M V30 8 P 5.75 -1.25 0.0 0 CLASS=PHOSPHATE SEQID=2 ATTCHORD=(4 6 Br 3 Al)
|
||||
M V30 9 dR 10.25 -1.25 0.0 0 CLASS=SUGAR SEQID=4 ATTCHORD=(4 10 Al 21 Cx)
|
||||
M V30 10 P 8.75 -1.25 0.0 0 CLASS=PHOSPHATE SEQID=3 ATTCHORD=(4 6 Al 9 Br)
|
||||
M V30 11 U 1.25 -4.25 0.0 0 CLASS=BASE SEQID=1 ATTCHORD=(4 12 Al 2 Ch)
|
||||
M V30 12 R 1.25 -5.75 0.0 0 CLASS=SUGAR SEQID=1 ATTCHORD=(4 11 Cx 13 Br)
|
||||
M V30 13 P 2.75 -5.75 0.0 0 CLASS=PHOSPHATE SEQID=1 ATTCHORD=(4 12 Al 15 Br)
|
||||
M V30 14 G 4.25 -4.25 0.0 0 CLASS=BASE SEQID=2 ATTCHORD=(4 15 Al 4 Ch)
|
||||
M V30 15 R 4.25 -5.75 0.0 0 CLASS=SUGAR SEQID=2 ATTCHORD=(6 14 Cx 13 Al 16 B-
|
||||
M V30 r)
|
||||
M V30 16 P 5.75 -5.75 0.0 0 CLASS=PHOSPHATE SEQID=2 ATTCHORD=(4 18 Br 15 Al)
|
||||
M V30 17 A 7.25 -4.25 0.0 0 CLASS=BASE SEQID=3 ATTCHORD=(4 18 Al 7 Ch)
|
||||
M V30 18 R 7.25 -5.75 0.0 0 CLASS=SUGAR SEQID=3 ATTCHORD=(6 17 Cx 19 Br 16 A-
|
||||
M V30 l)
|
||||
M V30 19 P 8.75 -5.75 0.0 0 CLASS=PHOSPHATE SEQID=3 ATTCHORD=(4 18 Al 20 Br)
|
||||
M V30 20 R 10.25 -5.75 0.0 0 CLASS=SUGAR SEQID=4 ATTCHORD=(4 19 Al 22 Cx)
|
||||
M V30 21 G 10.25 -2.75 0.0 0 CLASS=BASE SEQID=4 ATTCHORD=(4 9 Al 22 Ch)
|
||||
M V30 22 U 10.25 -4.25 0.0 0 CLASS=BASE SEQID=4 ATTCHORD=(4 20 Al 21 Ch)
|
||||
M V30 END ATOM
|
||||
M V30 BEGIN BOND
|
||||
M V30 1 1 1 2
|
||||
M V30 2 1 3 4
|
||||
M V30 3 1 1 5
|
||||
M V30 4 1 5 3
|
||||
M V30 5 1 6 7
|
||||
M V30 6 1 8 6
|
||||
M V30 7 1 6 10
|
||||
M V30 8 1 10 9
|
||||
M V30 9 1 11 12
|
||||
M V30 10 1 12 13
|
||||
M V30 11 10 2 11
|
||||
M V30 12 1 14 15
|
||||
M V30 13 1 13 15
|
||||
M V30 14 10 4 14
|
||||
M V30 15 1 17 18
|
||||
M V30 16 1 18 19
|
||||
M V30 17 1 16 18
|
||||
M V30 18 10 7 17
|
||||
M V30 19 1 19 20
|
||||
M V30 20 1 22 20
|
||||
M V30 21 1 9 21
|
||||
M V30 22 10 21 22
|
||||
M V30 23 1 3 8
|
||||
M V30 24 1 15 16
|
||||
M V30 END BOND
|
||||
M V30 END CTAB
|
||||
M V30 BEGIN TEMPLATE
|
||||
M V30 TEMPLATE 1 SUGAR/dRib/dR NATREPLACE=SUGAR/R
|
||||
M V30 BEGIN CTAB
|
||||
M V30 COUNTS 11 11 4 0 0
|
||||
M V30 BEGIN ATOM
|
||||
M V30 1 O -0.8788 -1.208 0.0 0
|
||||
M V30 2 C -0.3668 0.2019 0.0 0 CFG=1
|
||||
M V30 3 C 0.3038 -2.1307 0.0 0 CFG=2
|
||||
M V30 4 C 1.1323 0.1506 0.0 0 CFG=2
|
||||
M V30 5 C 1.5468 -1.291 0.0 0
|
||||
M V30 6 O 2.0515 1.3338 0.0 0
|
||||
M V30 7 C -1.2081 1.4417 0.0 0
|
||||
M V30 8 O 0.2628 -3.3299 0.0 0
|
||||
M V30 9 O -2.705 1.3338 0.0 0
|
||||
M V30 10 H -3.3788 2.3267 0.0 0
|
||||
M V30 11 H 3.2403 1.1709 0.0 0
|
||||
M V30 END ATOM
|
||||
M V30 BEGIN BOND
|
||||
M V30 1 1 1 2
|
||||
M V30 2 1 1 3
|
||||
M V30 3 1 2 4
|
||||
M V30 4 1 2 7 CFG=3
|
||||
M V30 5 1 3 5
|
||||
M V30 6 1 3 8 CFG=3
|
||||
M V30 7 1 4 5
|
||||
M V30 8 1 4 6 CFG=1
|
||||
M V30 9 1 6 11
|
||||
M V30 10 1 7 9
|
||||
M V30 11 1 9 10
|
||||
M V30 END BOND
|
||||
M V30 BEGIN COLLECTION
|
||||
M V30 MDLV30/STEABS ATOMS=(3 2 3 4)
|
||||
M V30 END COLLECTION
|
||||
M V30 BEGIN SGROUP
|
||||
M V30 1 SUP 1 ATOMS=(1 10) XBONDS=(1 11) BRKXYZ=(9 0.336900 -0.496450 0.0000-
|
||||
M V30 00 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000) LABEL=H CLAS-
|
||||
M V30 S=LGRP
|
||||
M V30 2 SUP 2 ATOMS=(1 11) XBONDS=(1 9) BRKXYZ=(9 -0.594400 0.081450 0.00000-
|
||||
M V30 0 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000) LABEL=H CLASS-
|
||||
M V30 =LGRP
|
||||
M V30 3 SUP 3 ATOMS=(1 8) XBONDS=(1 6) BRKXYZ=(9 0.020500 0.599600 0.000000 -
|
||||
M V30 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000) LABEL=OH CLASS=-
|
||||
M V30 LGRP
|
||||
M V30 4 SUP 4 ATOMS=(8 1 2 3 4 5 6 7 9) XBONDS=(3 6 9 11) BRKXYZ=(9 -0.02050-
|
||||
M V30 0 -0.599600 0.000000 0.594400 -0.081450 0.000000 0.000000 0.000000 0.0-
|
||||
M V30 00000) BRKXYZ=(9 -0.336900 0.496450 0.000000 0.000000 0.000000 0.00000-
|
||||
M V30 0 0.000000 0.000000 0.000000) LABEL=dR CLASS=SUGAR SAP=(3 9 10 Al) SAP-
|
||||
M V30 =(3 6 11 Br) SAP=(3 3 8 Cx) NATREPLACE=SUGAR/R
|
||||
M V30 END SGROUP
|
||||
M V30 END CTAB
|
||||
M V30 TEMPLATE 2 BASE/Ade/A NATREPLACE=BASE/A
|
||||
M V30 BEGIN CTAB
|
||||
M V30 COUNTS 11 12 2 0 0
|
||||
M V30 BEGIN ATOM
|
||||
M V30 1 C 1.0354 0.2498 0.0 0
|
||||
M V30 2 C -0.0792 -0.754 0.0 0
|
||||
M V30 3 C -1.5057 -0.2906 0.0 0
|
||||
M V30 4 N -1.8177 1.1766 0.0 0
|
||||
M V30 5 C -0.7031 2.1804 0.0 0
|
||||
M V30 6 N 0.7235 1.717 0.0 0
|
||||
M V30 7 N -2.3871 -1.5034 0.0 0
|
||||
M V30 8 C -1.5053 -2.7168 0.0 0
|
||||
M V30 9 N -0.0787 -2.2532 0.0 0
|
||||
M V30 10 N 2.1768 -0.1209 0.0 0
|
||||
M V30 11 H -3.5871 -1.5034 0.0 0
|
||||
M V30 END ATOM
|
||||
M V30 BEGIN BOND
|
||||
M V30 1 1 1 10
|
||||
M V30 2 2 1 6
|
||||
M V30 3 1 1 2
|
||||
M V30 4 1 9 2
|
||||
M V30 5 2 2 3
|
||||
M V30 6 1 7 3
|
||||
M V30 7 1 3 4
|
||||
M V30 8 2 4 5
|
||||
M V30 9 1 5 6
|
||||
M V30 10 1 7 8
|
||||
M V30 11 1 7 11
|
||||
M V30 12 2 8 9
|
||||
M V30 END BOND
|
||||
M V30 BEGIN SGROUP
|
||||
M V30 1 SUP 1 ATOMS=(1 11) XBONDS=(1 11) BRKXYZ=(9 0.600000 0.000000 0.00000-
|
||||
M V30 0 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000) LABEL=H CLASS-
|
||||
M V30 =LGRP
|
||||
M V30 2 SUP 2 ATOMS=(10 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10) XBONDS=(1 11) BRKXYZ=(9 -0.600-
|
||||
M V30 000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.0-
|
||||
M V30 00000) LABEL=A CLASS=BASE SAP=(3 7 11 Al) SAP=(3 5 0 Ch) SAP=(3 6 0 Ch) SAP=(3 10 0 Ch) NATREPLACE=BASE/A
|
||||
M V30 END SGROUP
|
||||
M V30 END CTAB
|
||||
M V30 TEMPLATE 3 BASE/Cyt/C NATREPLACE=BASE/C
|
||||
M V30 BEGIN CTAB
|
||||
M V30 COUNTS 9 9 2 0 0
|
||||
M V30 BEGIN ATOM
|
||||
M V30 1 C 1.8617 1.3499 0.0 0
|
||||
M V30 2 C 1.1117 2.6489 0.0 0
|
||||
M V30 3 C -0.3882 2.649 0.0 0
|
||||
M V30 4 N -1.1382 1.35 0.0 0
|
||||
M V30 5 C -0.3883 0.0509 0.0 0
|
||||
M V30 6 N 1.1117 0.0509 0.0 0
|
||||
M V30 7 N 3.0618 1.3499 0.0 0
|
||||
M V30 8 O -0.9884 -0.9883 0.0 0
|
||||
M V30 9 H -2.3383 1.35 0.0 0
|
||||
M V30 END ATOM
|
||||
M V30 BEGIN BOND
|
||||
M V30 1 1 1 2
|
||||
M V30 2 2 1 6
|
||||
M V30 3 1 1 7
|
||||
M V30 4 2 2 3
|
||||
M V30 5 1 3 4
|
||||
M V30 6 1 4 5
|
||||
M V30 7 1 4 9
|
||||
M V30 8 1 5 6
|
||||
M V30 9 2 5 8
|
||||
M V30 END BOND
|
||||
M V30 BEGIN SGROUP
|
||||
M V30 1 SUP 1 ATOMS=(1 9) XBONDS=(1 7) BRKXYZ=(9 0.600050 0.000000 0.000000 -
|
||||
M V30 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000) LABEL=H CLASS=L-
|
||||
M V30 GRP
|
||||
M V30 2 SUP 2 ATOMS=(8 1 2 3 4 5 6 7 8) XBONDS=(1 7) BRKXYZ=(9 -0.600050 0.0-
|
||||
M V30 00000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000) -
|
||||
M V30 LABEL=C CLASS=BASE SAP=(3 4 9 Al) SAP=(3 8 0 Ch) SAP=(3 6 0 Ch) SAP=(3 7 0 Ch) NATREPLACE=BASE/C
|
||||
M V30 END SGROUP
|
||||
M V30 END CTAB
|
||||
M V30 TEMPLATE 4 PHOSPHATE/P/P NATREPLACE=PHOSPHATE/P
|
||||
M V30 BEGIN CTAB
|
||||
M V30 COUNTS 5 4 3 0 0
|
||||
M V30 BEGIN ATOM
|
||||
M V30 1 P -0.2399 0.0 0.0 0
|
||||
M V30 2 O -1.4399 0.0 0.0 0
|
||||
M V30 3 O 0.3598 -1.0394 0.0 0
|
||||
M V30 4 O 0.9601 0.0 0.0 0
|
||||
M V30 5 O 0.3598 1.0394 0.0 0
|
||||
M V30 END ATOM
|
||||
M V30 BEGIN BOND
|
||||
M V30 1 1 1 2
|
||||
M V30 2 2 1 3
|
||||
M V30 3 1 1 4
|
||||
M V30 4 1 1 5
|
||||
M V30 END BOND
|
||||
M V30 BEGIN SGROUP
|
||||
M V30 1 SUP 1 ATOMS=(1 2) XBONDS=(1 1) BRKXYZ=(9 0.600000 0.000000 0.000000 -
|
||||
M V30 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000) LABEL=OH CLASS=-
|
||||
M V30 LGRP
|
||||
M V30 2 SUP 2 ATOMS=(1 4) XBONDS=(1 3) BRKXYZ=(9 -0.600000 0.000000 0.000000-
|
||||
M V30 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000) LABEL=OH CLASS-
|
||||
M V30 =LGRP
|
||||
M V30 3 SUP 3 ATOMS=(3 1 3 5) XBONDS=(2 1 3) BRKXYZ=(9 -0.600000 0.000000 0.-
|
||||
M V30 000000 0.600000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000) LABEL=P -
|
||||
M V30 CLASS=PHOSPHATE SAP=(3 1 2 Al) SAP=(3 1 4 Br) NATREPLACE=PHOSPHATE/P
|
||||
M V30 END SGROUP
|
||||
M V30 END CTAB
|
||||
M V30 TEMPLATE 5 BASE/Thy/T NATREPLACE=BASE/T
|
||||
M V30 BEGIN CTAB
|
||||
M V30 COUNTS 10 10 2 0 0
|
||||
M V30 BEGIN ATOM
|
||||
M V30 1 C 1.8617 1.3499 0.0 0
|
||||
M V30 2 C 1.1117 0.0509 0.0 0
|
||||
M V30 3 C -0.3883 0.0509 0.0 0
|
||||
M V30 4 N -1.1382 1.35 0.0 0
|
||||
M V30 5 C -0.3882 2.649 0.0 0
|
||||
M V30 6 N 1.1117 2.6489 0.0 0
|
||||
M V30 7 O 3.0618 1.3499 0.0 0
|
||||
M V30 8 O -0.9882 3.6882 0.0 0
|
||||
M V30 9 H -2.3383 1.35 0.0 0
|
||||
M V30 10 C 1.7117 -0.9884 0.0 0
|
||||
M V30 END ATOM
|
||||
M V30 BEGIN BOND
|
||||
M V30 1 2 1 7
|
||||
M V30 2 1 1 6
|
||||
M V30 3 1 1 2
|
||||
M V30 4 2 2 3
|
||||
M V30 5 1 3 4
|
||||
M V30 6 1 4 5
|
||||
M V30 7 1 4 9
|
||||
M V30 8 2 5 8
|
||||
M V30 9 1 5 6
|
||||
M V30 10 1 2 10
|
||||
M V30 END BOND
|
||||
M V30 BEGIN SGROUP
|
||||
M V30 1 SUP 1 ATOMS=(1 9) XBONDS=(1 7) BRKXYZ=(9 0.600050 0.000000 0.000000 -
|
||||
M V30 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000) LABEL=H CLASS=L-
|
||||
M V30 GRP
|
||||
M V30 2 SUP 2 ATOMS=(9 1 2 3 4 5 6 7 8 10) XBONDS=(1 7) BRKXYZ=(9 -0.600050 -
|
||||
M V30 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.00000-
|
||||
M V30 0) LABEL=T CLASS=BASE SAP=(3 4 9 Al) SAP=(3 8 0 Ch) SAP=(3 6 0 Ch) SAP=(3 7 0 Ch) NATREPLACE=BASE/T
|
||||
M V30 END SGROUP
|
||||
M V30 END CTAB
|
||||
M V30 TEMPLATE 6 BASE/Ura/U NATREPLACE=BASE/U
|
||||
M V30 BEGIN CTAB
|
||||
M V30 COUNTS 9 9 2 0 0
|
||||
M V30 BEGIN ATOM
|
||||
M V30 1 C 1.8617 1.3499 0.0 0
|
||||
M V30 2 C 1.1117 0.0509 0.0 0
|
||||
M V30 3 C -0.3883 0.0509 0.0 0
|
||||
M V30 4 N -1.1382 1.35 0.0 0
|
||||
M V30 5 C -0.3882 2.649 0.0 0
|
||||
M V30 6 N 1.1117 2.6489 0.0 0
|
||||
M V30 7 O 3.0618 1.3499 0.0 0
|
||||
M V30 8 O -0.9882 3.6882 0.0 0
|
||||
M V30 9 H -2.3383 1.35 0.0 0
|
||||
M V30 END ATOM
|
||||
M V30 BEGIN BOND
|
||||
M V30 1 2 1 7
|
||||
M V30 2 1 1 6
|
||||
M V30 3 1 1 2
|
||||
M V30 4 2 2 3
|
||||
M V30 5 1 3 4
|
||||
M V30 6 1 4 5
|
||||
M V30 7 1 4 9
|
||||
M V30 8 2 5 8
|
||||
M V30 9 1 5 6
|
||||
M V30 END BOND
|
||||
M V30 BEGIN SGROUP
|
||||
M V30 1 SUP 1 ATOMS=(1 9) XBONDS=(1 7) BRKXYZ=(9 0.600050 0.000000 0.000000 -
|
||||
M V30 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000) LABEL=H CLASS=L-
|
||||
M V30 GRP
|
||||
M V30 2 SUP 2 ATOMS=(8 1 2 3 4 5 6 7 8) XBONDS=(1 7) BRKXYZ=(9 -0.600050 0.0-
|
||||
M V30 00000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000) -
|
||||
M V30 LABEL=U CLASS=BASE SAP=(3 4 9 Al) SAP=(3 8 0 Ch) SAP=(3 6 0 Ch) SAP=(3 7 0 Ch) NATREPLACE=BASE/U
|
||||
M V30 END SGROUP
|
||||
M V30 END CTAB
|
||||
M V30 TEMPLATE 7 SUGAR/Rib/R NATREPLACE=SUGAR/R
|
||||
M V30 BEGIN CTAB
|
||||
M V30 COUNTS 12 12 4 0 0
|
||||
M V30 BEGIN ATOM
|
||||
M V30 1 O -1.1017 -1.0663 0.0 0
|
||||
M V30 2 C -0.5897 0.3436 0.0 0 CFG=1
|
||||
M V30 3 C 0.0809 -1.9889 0.0 0 CFG=2
|
||||
M V30 4 C 0.9095 0.2924 0.0 0 CFG=2
|
||||
M V30 5 C 1.3239 -1.1493 0.0 0 CFG=1
|
||||
M V30 6 O 1.8285 1.4755 0.0 0
|
||||
M V30 7 O 2.4518 -1.5589 0.0 0
|
||||
M V30 8 C -1.431 1.5834 0.0 0
|
||||
M V30 9 O 0.0399 -3.1881 0.0 0
|
||||
M V30 10 O -2.9279 1.4755 0.0 0
|
||||
M V30 11 H -3.6017 2.4684 0.0 0
|
||||
M V30 12 H 3.0174 1.3125 0.0 0
|
||||
M V30 END ATOM
|
||||
M V30 BEGIN BOND
|
||||
M V30 1 1 1 2
|
||||
M V30 2 1 1 3
|
||||
M V30 3 1 2 4
|
||||
M V30 4 1 2 8 CFG=3
|
||||
M V30 5 1 3 5
|
||||
M V30 6 1 3 9 CFG=3
|
||||
M V30 7 1 4 5
|
||||
M V30 8 1 4 6 CFG=1
|
||||
M V30 9 1 5 7 CFG=1
|
||||
M V30 10 1 6 12
|
||||
M V30 11 1 8 10
|
||||
M V30 12 1 10 11
|
||||
M V30 END BOND
|
||||
M V30 BEGIN COLLECTION
|
||||
M V30 MDLV30/STEABS ATOMS=(4 2 3 4 5)
|
||||
M V30 END COLLECTION
|
||||
M V30 BEGIN SGROUP
|
||||
M V30 1 SUP 1 ATOMS=(1 11) XBONDS=(1 12) BRKXYZ=(9 0.336900 -0.496450 0.0000-
|
||||
M V30 00 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000) LABEL=H CLAS-
|
||||
M V30 S=LGRP
|
||||
M V30 2 SUP 2 ATOMS=(1 12) XBONDS=(1 10) BRKXYZ=(9 -0.594450 0.081500 0.0000-
|
||||
M V30 00 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000) LABEL=H CLAS-
|
||||
M V30 S=LGRP
|
||||
M V30 3 SUP 3 ATOMS=(1 9) XBONDS=(1 6) BRKXYZ=(9 0.020500 0.599600 0.000000 -
|
||||
M V30 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000) LABEL=OH CLASS=-
|
||||
M V30 LGRP
|
||||
M V30 4 SUP 4 ATOMS=(9 1 2 3 4 5 6 7 8 10) XBONDS=(3 6 10 12) BRKXYZ=(9 -0.0-
|
||||
M V30 20500 -0.599600 0.000000 0.594450 -0.081500 0.000000 0.000000 0.000000-
|
||||
M V30 0.000000) BRKXYZ=(9 -0.336900 0.496450 0.000000 0.000000 0.000000 0.0-
|
||||
M V30 00000 0.000000 0.000000 0.000000) LABEL=R CLASS=SUGAR SAP=(3 10 11 Al)-
|
||||
M V30 SAP=(3 6 12 Br) SAP=(3 3 9 Cx) NATREPLACE=SUGAR/R
|
||||
M V30 END SGROUP
|
||||
M V30 END CTAB
|
||||
M V30 TEMPLATE 8 BASE/Gua/G NATREPLACE=BASE/G
|
||||
M V30 BEGIN CTAB
|
||||
M V30 COUNTS 12 13 2 0 0
|
||||
M V30 BEGIN ATOM
|
||||
M V30 1 C 1.0354 0.2498 0.0 0
|
||||
M V30 2 C -0.0792 -0.754 0.0 0
|
||||
M V30 3 C -1.5057 -0.2906 0.0 0
|
||||
M V30 4 N -1.8177 1.1766 0.0 0
|
||||
M V30 5 C -0.7031 2.1804 0.0 0
|
||||
M V30 6 N 0.7235 1.717 0.0 0
|
||||
M V30 7 N -2.3871 -1.5034 0.0 0
|
||||
M V30 8 C -1.5053 -2.7168 0.0 0
|
||||
M V30 9 N -0.0787 -2.2532 0.0 0
|
||||
M V30 10 O 2.1768 -0.1209 0.0 0
|
||||
M V30 11 N -0.9527 3.3542 0.0 0
|
||||
M V30 12 H -3.5871 -1.5034 0.0 0
|
||||
M V30 END ATOM
|
||||
M V30 BEGIN BOND
|
||||
M V30 1 2 1 10
|
||||
M V30 2 1 1 6
|
||||
M V30 3 1 1 2
|
||||
M V30 4 1 9 2
|
||||
M V30 5 2 2 3
|
||||
M V30 6 1 7 3
|
||||
M V30 7 1 3 4
|
||||
M V30 8 2 4 5
|
||||
M V30 9 1 5 6
|
||||
M V30 10 1 5 11
|
||||
M V30 11 1 7 8
|
||||
M V30 12 1 7 12
|
||||
M V30 13 2 8 9
|
||||
M V30 END BOND
|
||||
M V30 BEGIN SGROUP
|
||||
M V30 1 SUP 1 ATOMS=(1 12) XBONDS=(1 12) BRKXYZ=(9 0.600000 0.000000 0.00000-
|
||||
M V30 0 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000) LABEL=H CLASS-
|
||||
M V30 =LGRP
|
||||
M V30 2 SUP 2 ATOMS=(11 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11) XBONDS=(1 12) BRKXYZ=(9 -0.-
|
||||
M V30 600000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 -
|
||||
M V30 0.000000) LABEL=G CLASS=BASE SAP=(3 7 12 Al) SAP=(3 11 0 Ch) SAP=(3 6 0 Ch) SAP=(3 10 0 Ch) NATREPLACE=BASE/G
|
||||
M V30 END SGROUP
|
||||
M V30 END CTAB
|
||||
M V30 END TEMPLATE
|
||||
M END
|
||||
125
Code/GraphMol/FileParsers/test_data/macromols/FromBioviaDoc.mol
Normal file
125
Code/GraphMol/FileParsers/test_data/macromols/FromBioviaDoc.mol
Normal file
@@ -0,0 +1,125 @@
|
||||
1 A G meS A G
|
||||
ACCLDraw03281611052D
|
||||
|
||||
0 0 0 0 0 999 V3000
|
||||
M V30 BEGIN CTAB
|
||||
M V30 COUNTS 5 4 1 0 1
|
||||
M V30 BEGIN ATOM
|
||||
M V30 1 Ala 1.5563 -9.2328 0 0 CLASS=AA ATTCHORD=(2 2 Br) SEQID=1
|
||||
M V30 2 Gly 2.7137 -9.23 0 0 CLASS=AA ATTCHORD=(4 3 Br 1 Al) SEQID=2
|
||||
M V30 3 meS 3.8712 -9.23 0 0 CLASS=AA ATTCHORD=(4 4 Br 2 Al) SEQID=3
|
||||
M V30 4 Ala 5.4539 -9.23 0 0 CLASS=AA ATTCHORD=(4 3 Al 5 Br) SEQID=4
|
||||
M V30 5 Gly 6.6114 -9.23 0 0 CLASS=AA ATTCHORD=(2 4 Al) SEQID=5
|
||||
M V30 END ATOM
|
||||
M V30 BEGIN BOND
|
||||
M V30 1 1 2 1
|
||||
M V30 2 1 3 2
|
||||
M V30 3 1 4 3
|
||||
M V30 4 1 5 4
|
||||
M V30 END BOND
|
||||
M V30 BEGIN SGROUP
|
||||
M V30 1 DAT 1 ATOMS=(1 1) FIELDNAME="SMMX:sequence position data" -
|
||||
M V30 FIELDDISP=" 1.5563 -9.2328 DA ALL 1 "
|
||||
M V30 END SGROUP
|
||||
M V30 END CTAB
|
||||
M V30 BEGIN TEMPLATE
|
||||
M V30 TEMPLATE 1 AA/Ala/A/
|
||||
M V30 BEGIN CTAB
|
||||
M V30 COUNTS 7 6 3 0 1
|
||||
M V30 BEGIN ATOM
|
||||
M V30 1 O 6.6266 -2.0662 0 0
|
||||
M V30 2 H 5.0016 -2.0876 0 0
|
||||
M V30 3 N 5.1358 -2.0784 0 0 CFG=3
|
||||
M V30 4 C 5.7844 -1.5983 0 0 CFG=2
|
||||
M V30 5 C 6.4753 -2.0653 0 0
|
||||
M V30 6 O 6.4753 -2.8977 0 0
|
||||
M V30 7 C 5.7844 -0.7662 0 0
|
||||
M V30 END ATOM
|
||||
M V30 BEGIN BOND
|
||||
M V30 1 1 3 4
|
||||
M V30 2 1 4 5
|
||||
M V30 3 2 5 6
|
||||
M V30 4 1 4 7 CFG=1
|
||||
M V30 5 1 3 2
|
||||
M V30 6 1 5 1
|
||||
M V30 END BOND
|
||||
M V30 BEGIN SGROUP
|
||||
M V30 1 SUP 1 ATOMS=(1 1) XBONDS=(1 6) BRKXYZ=(9 7.02 -2.26 0 7.02 -1.85 0 -
|
||||
M V30 0 0 0) CSTATE=(4 6 -0.82 -0.01 0) LABEL=OH CLASS=LGRP
|
||||
M V30 2 SUP 2 ATOMS=(1 2) XBONDS=(1 5) BRKXYZ=(9 4.58 -1.87 0 4.6 -2.28 0 -
|
||||
M V30 0 0 0) CSTATE=(4 5 0.8 0.02 0) LABEL=H CLASS=LGRP
|
||||
M V30 3 SUP 3 ATOMS=(5 3 4 5 6 7) XBONDS=(2 5 6) BRKXYZ=(9 3.95 -3.33 0 3.95 -
|
||||
M V30 -0.38 0 0 0 0) CSTATE=(4 5 -0.8 -0.02 0) CSTATE=(4 6 0.82 0.01 -
|
||||
M V30 0) LABEL=A CLASS=AA SAP=(3 3 2 Al) SAP=(3 5 1 Br)
|
||||
M V30 END SGROUP
|
||||
M V30 BEGIN COLLECTION
|
||||
M V30 MDLV30/STEABS ATOMS=(1 4)
|
||||
M V30 END COLLECTION
|
||||
M V30 END CTAB
|
||||
M V30 TEMPLATE 2 AA/Gly/G/
|
||||
M V30 BEGIN CTAB
|
||||
M V30 COUNTS 6 5 3 0 0
|
||||
M V30 BEGIN ATOM
|
||||
M V30 1 N 3.676 -12.5274 0 0 CFG=3
|
||||
M V30 2 C 4.2675 -12.095 0 0
|
||||
M V30 3 O 4.8932 -13.2691 0 0
|
||||
M V30 4 C 4.8904 -12.5161 0 0
|
||||
M V30 5 O 5.1042 -12.5167 0 0
|
||||
M V30 6 H 3.4542 -12.5125 0 0
|
||||
M V30 END ATOM
|
||||
M V30 BEGIN BOND
|
||||
M V30 1 1 1 2
|
||||
M V30 2 1 2 4
|
||||
M V30 3 2 4 3
|
||||
M V30 4 1 4 5
|
||||
M V30 5 1 1 6
|
||||
M V30 END BOND
|
||||
M V30 BEGIN SGROUP
|
||||
M V30 1 SUP 1 ATOMS=(1 5) XBONDS=(1 4) CSTATE=(4 4 -0.82 -0.01 0) LABEL=OH -
|
||||
M V30 CLASS=LGRP
|
||||
M V30 2 SUP 2 ATOMS=(4 1 2 3 4) XBONDS=(2 4 5) CSTATE=(4 4 0.82 0.01 0) -
|
||||
M V30 CSTATE=(4 5 -0.83 0.01 0) LABEL=G CLASS=AA SAP=(3 4 5 Br) -
|
||||
M V30 SAP=(3 1 6 Al)
|
||||
M V30 3 SUP 3 ATOMS=(1 6) XBONDS=(1 5) CSTATE=(4 5 0.83 -0.01 0) LABEL=H -
|
||||
M V30 CLASS=LGRP
|
||||
M V30 END SGROUP
|
||||
M V30 END CTAB
|
||||
M V30 TEMPLATE 3 AA/meS/meS/ NATREPLACE=AA/S
|
||||
M V30 BEGIN CTAB
|
||||
M V30 COUNTS 9 8 3 0 1
|
||||
M V30 BEGIN ATOM
|
||||
M V30 1 C 9.9525 -5.6641 0 0
|
||||
M V30 2 O 9.9451 -6.8641 0 0
|
||||
M V30 3 N 7.3518 -5.6442 0 0 CFG=3
|
||||
M V30 4 C 8.6579 -4.9049 0 0 CFG=1
|
||||
M V30 5 C 8.6671 -3.4041 0 0
|
||||
M V30 6 O 7.6319 -2.7971 0 0
|
||||
M V30 7 C 6.3173 -5.0361 0 0
|
||||
M V30 8 O 10.8217 -5.1697 0 0
|
||||
M V30 9 H 7.3436 -6.6442 0 0
|
||||
M V30 END ATOM
|
||||
M V30 BEGIN BOND
|
||||
M V30 1 2 2 1
|
||||
M V30 2 1 1 4
|
||||
M V30 3 1 4 3
|
||||
M V30 4 1 4 5 CFG=1
|
||||
M V30 5 1 5 6
|
||||
M V30 6 1 3 7
|
||||
M V30 7 1 1 8
|
||||
M V30 8 1 3 9
|
||||
M V30 END BOND
|
||||
M V30 BEGIN SGROUP
|
||||
M V30 1 SUP 1 ATOMS=(7 1 2 3 4 5 6 7) XBONDS=(2 7 8) CSTATE=(4 7 2.17 0.48 -
|
||||
M V30 0) CSTATE=(4 8 -1.31 -0.99 0) LABEL=meS CLASS=AA SAP=(3 1 8 Br) -
|
||||
M V30 SAP=(3 3 9 Al) NATREPLACE=AA/S
|
||||
M V30 2 SUP 2 ATOMS=(1 8) XBONDS=(1 7) CSTATE=(4 7 -2.17 -0.48 0) LABEL=OH -
|
||||
M V30 CLASS=LGRP
|
||||
M V30 3 SUP 3 ATOMS=(1 9) XBONDS=(1 8) CSTATE=(4 8 1.31 0.99 0) LABEL=H -
|
||||
M V30 CLASS=LGRP
|
||||
M V30 END SGROUP
|
||||
M V30 BEGIN COLLECTION
|
||||
M V30 MDLV30/STEABS ATOMS=(1 4)
|
||||
M V30 END COLLECTION
|
||||
M V30 END CTAB
|
||||
M V30 END TEMPLATE
|
||||
M END
|
||||
725
Code/GraphMol/FileParsers/test_data/macromols/KellanError.mol
Normal file
725
Code/GraphMol/FileParsers/test_data/macromols/KellanError.mol
Normal file
@@ -0,0 +1,725 @@
|
||||
|
||||
-INDIGO-01142511432D
|
||||
|
||||
0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 V3000
|
||||
M V30 BEGIN CTAB
|
||||
M V30 COUNTS 31 30 0 0 0
|
||||
M V30 BEGIN ATOM
|
||||
M V30 1 am6 8.22427 -12.7812 0.0 0 CLASS=SUGAR SEQID=1 ATTCHORD=(4 2 Br 31 A-
|
||||
M V30 l)
|
||||
M V30 2 P 9.72427 -12.7812 0.0 0 CLASS=PHOSPHATE SEQID=1 ATTCHORD=(4 1 Al 3 -
|
||||
M V30 Br)
|
||||
M V30 3 R 11.2243 -12.7812 0.0 0 CLASS=SUGAR SEQID=2 ATTCHORD=(6 2 Al 4 Cx 5-
|
||||
M V30 Br)
|
||||
M V30 4 C 11.2243 -14.2812 0.0 0 CLASS=BASE SEQID=2 ATTCHORD=(2 3 Al)
|
||||
M V30 5 P 12.7243 -12.7812 0.0 0 CLASS=PHOSPHATE SEQID=2 ATTCHORD=(4 3 Al 6 -
|
||||
M V30 Br)
|
||||
M V30 6 R 14.2243 -12.7812 0.0 0 CLASS=SUGAR SEQID=3 ATTCHORD=(6 5 Al 7 Cx 8-
|
||||
M V30 Br)
|
||||
M V30 7 U 14.2243 -14.2812 0.0 0 CLASS=BASE SEQID=3 ATTCHORD=(2 6 Al)
|
||||
M V30 8 P 15.7243 -12.7812 0.0 0 CLASS=PHOSPHATE SEQID=3 ATTCHORD=(4 6 Al 9 -
|
||||
M V30 Br)
|
||||
M V30 9 R 17.2243 -12.7812 0.0 0 CLASS=SUGAR SEQID=4 ATTCHORD=(6 8 Al 10 Cx -
|
||||
M V30 11 Br)
|
||||
M V30 10 U 17.2243 -14.2812 0.0 0 CLASS=BASE SEQID=4 ATTCHORD=(2 9 Al)
|
||||
M V30 11 P 18.7243 -12.7812 0.0 0 CLASS=PHOSPHATE SEQID=4 ATTCHORD=(4 9 Al 1-
|
||||
M V30 2 Br)
|
||||
M V30 12 R 20.2243 -12.7812 0.0 0 CLASS=SUGAR SEQID=5 ATTCHORD=(6 11 Al 13 C-
|
||||
M V30 x 14 Br)
|
||||
M V30 13 G 20.2243 -14.2812 0.0 0 CLASS=BASE SEQID=5 ATTCHORD=(2 12 Al)
|
||||
M V30 14 P 21.7243 -12.7812 0.0 0 CLASS=PHOSPHATE SEQID=5 ATTCHORD=(4 12 Al -
|
||||
M V30 15 Br)
|
||||
M V30 15 R 23.2243 -12.7812 0.0 0 CLASS=SUGAR SEQID=6 ATTCHORD=(6 14 Al 16 C-
|
||||
M V30 x 17 Br)
|
||||
M V30 16 A 23.2243 -14.2812 0.0 0 CLASS=BASE SEQID=6 ATTCHORD=(2 15 Al)
|
||||
M V30 17 P 24.7243 -12.7812 0.0 0 CLASS=PHOSPHATE SEQID=6 ATTCHORD=(4 15 Al -
|
||||
M V30 18 Br)
|
||||
M V30 18 R 26.2243 -12.7812 0.0 0 CLASS=SUGAR SEQID=7 ATTCHORD=(6 17 Al 19 C-
|
||||
M V30 x 20 Br)
|
||||
M V30 19 G 26.2243 -14.2812 0.0 0 CLASS=BASE SEQID=7 ATTCHORD=(2 18 Al)
|
||||
M V30 20 P 27.7243 -12.7812 0.0 0 CLASS=PHOSPHATE SEQID=7 ATTCHORD=(4 18 Al -
|
||||
M V30 21 Br)
|
||||
M V30 21 R 29.2243 -12.7812 0.0 0 CLASS=SUGAR SEQID=8 ATTCHORD=(4 20 Al 22 C-
|
||||
M V30 x)
|
||||
M V30 22 G 29.2243 -14.2812 0.0 0 CLASS=BASE SEQID=8 ATTCHORD=(2 21 Al)
|
||||
M V30 23 A 8.22427 -15.7812 0.0 0 CLASS=AA SEQID=1 ATTCHORD=(2 24 Br)
|
||||
M V30 24 C 9.72427 -15.7812 0.0 0 CLASS=AA SEQID=2 ATTCHORD=(6 23 Al 25 Br 3-
|
||||
M V30 1 Cx)
|
||||
M V30 25 G 11.2243 -15.7812 0.0 0 CLASS=AA SEQID=3 ATTCHORD=(4 24 Al 26 Br)
|
||||
M V30 26 K 12.7243 -15.7812 0.0 0 CLASS=AA SEQID=4 ATTCHORD=(4 25 Al 27 Br)
|
||||
M V30 27 E 14.2243 -15.7812 0.0 0 CLASS=AA SEQID=5 ATTCHORD=(4 26 Al 28 Br)
|
||||
M V30 28 D 15.7243 -15.7812 0.0 0 CLASS=AA SEQID=6 ATTCHORD=(4 27 Al 29 Br)
|
||||
M V30 29 K 17.2243 -15.7812 0.0 0 CLASS=AA SEQID=7 ATTCHORD=(4 28 Al 30 Br)
|
||||
M V30 30 R 18.7243 -15.7812 0.0 0 CLASS=AA SEQID=8 ATTCHORD=(2 29 Al)
|
||||
M V30 31 SMCC 8.22427 -17.2812 0.0 0 CLASS=LINKER ATTCHORD=(4 24 Br 1 Al)
|
||||
M V30 END ATOM
|
||||
M V30 BEGIN BOND
|
||||
M V30 1 1 1 2
|
||||
M V30 2 1 2 3
|
||||
M V30 3 1 3 4
|
||||
M V30 4 1 3 5
|
||||
M V30 5 1 5 6
|
||||
M V30 6 1 6 7
|
||||
M V30 7 1 6 8
|
||||
M V30 8 1 8 9
|
||||
M V30 9 1 9 10
|
||||
M V30 10 1 9 11
|
||||
M V30 11 1 11 12
|
||||
M V30 12 1 12 13
|
||||
M V30 13 1 12 14
|
||||
M V30 14 1 14 15
|
||||
M V30 15 1 15 16
|
||||
M V30 16 1 15 17
|
||||
M V30 17 1 17 18
|
||||
M V30 18 1 18 19
|
||||
M V30 19 1 18 20
|
||||
M V30 20 1 20 21
|
||||
M V30 21 1 21 22
|
||||
M V30 22 1 23 24
|
||||
M V30 23 1 24 25
|
||||
M V30 24 1 25 26
|
||||
M V30 25 1 26 27
|
||||
M V30 26 1 27 28
|
||||
M V30 27 1 28 29
|
||||
M V30 28 1 29 30
|
||||
M V30 29 1 24 31
|
||||
M V30 30 1 1 31
|
||||
M V30 END BOND
|
||||
M V30 END CTAB
|
||||
M V30 BEGIN TEMPLATE
|
||||
M V30 TEMPLATE 1 SUGAR/am6/am6 NATREPLACE=SUGAR/R
|
||||
M V30 BEGIN CTAB
|
||||
M V30 COUNTS 10 9 3 0 0
|
||||
M V30 BEGIN ATOM
|
||||
M V30 1 N -4.5654 0.0 0.0 0
|
||||
M V30 2 C -3.2082 -0.6407 0.0 0
|
||||
M V30 3 H -5.552 -0.6831 0.0 0
|
||||
M V30 4 C -1.9742 0.2136 0.0 0
|
||||
M V30 5 C -0.617 -0.4271 0.0 0
|
||||
M V30 6 C 0.617 0.4271 0.0 0
|
||||
M V30 7 C 1.9742 -0.2136 0.0 0
|
||||
M V30 8 C 3.2082 0.6407 0.0 0
|
||||
M V30 9 O 4.5654 0.0 0.0 0
|
||||
M V30 10 H 5.552 0.683 0.0 0
|
||||
M V30 END ATOM
|
||||
M V30 BEGIN BOND
|
||||
M V30 1 1 1 3
|
||||
M V30 2 1 2 4
|
||||
M V30 3 1 4 5
|
||||
M V30 4 1 5 6
|
||||
M V30 5 1 6 7
|
||||
M V30 6 1 7 8
|
||||
M V30 7 1 8 9
|
||||
M V30 8 1 9 10
|
||||
M V30 9 1 2 1
|
||||
M V30 END BOND
|
||||
M V30 BEGIN SGROUP
|
||||
M V30 1 SUP 1 ATOMS=(1 3) XBONDS=(1 1) BRKXYZ=(9 0.493300 0.341550 0.000000 -
|
||||
M V30 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000) LABEL=H CLASS=L-
|
||||
M V30 GRP
|
||||
M V30 2 SUP 2 ATOMS=(1 10) XBONDS=(1 8) BRKXYZ=(9 -0.493300 -0.341500 0.0000-
|
||||
M V30 00 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000) LABEL=H CLAS-
|
||||
M V30 S=LGRP
|
||||
M V30 3 SUP 3 ATOMS=(8 1 2 4 5 6 7 8 9) XBONDS=(2 1 8) BRKXYZ=(9 -0.493300 --
|
||||
M V30 0.341550 0.000000 0.493300 0.341500 0.000000 0.000000 0.000000 0.00000-
|
||||
M V30 0) LABEL=am6 CLASS=SUGAR SAP=(3 1 3 Al) SAP=(3 9 10 Br) NATREPLACE=SUG-
|
||||
M V30 AR/R
|
||||
M V30 END SGROUP
|
||||
M V30 END CTAB
|
||||
M V30 TEMPLATE 2 PHOSPHATE/P/P NATREPLACE=PHOSPHATE/P
|
||||
M V30 BEGIN CTAB
|
||||
M V30 COUNTS 5 4 3 0 0
|
||||
M V30 BEGIN ATOM
|
||||
M V30 1 P -0.2399 0.0 0.0 0
|
||||
M V30 2 O -1.4399 0.0 0.0 0
|
||||
M V30 3 O 0.3598 -1.0394 0.0 0
|
||||
M V30 4 O 0.9601 0.0 0.0 0
|
||||
M V30 5 O 0.3598 1.0394 0.0 0
|
||||
M V30 END ATOM
|
||||
M V30 BEGIN BOND
|
||||
M V30 1 1 1 2
|
||||
M V30 2 2 1 3
|
||||
M V30 3 1 1 4
|
||||
M V30 4 1 1 5
|
||||
M V30 END BOND
|
||||
M V30 BEGIN SGROUP
|
||||
M V30 1 SUP 1 ATOMS=(1 2) XBONDS=(1 1) BRKXYZ=(9 0.600000 0.000000 0.000000 -
|
||||
M V30 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000) LABEL=OH CLASS=-
|
||||
M V30 LGRP
|
||||
M V30 2 SUP 2 ATOMS=(1 4) XBONDS=(1 3) BRKXYZ=(9 -0.600000 0.000000 0.000000-
|
||||
M V30 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000) LABEL=OH CLASS-
|
||||
M V30 =LGRP
|
||||
M V30 3 SUP 3 ATOMS=(3 1 3 5) XBONDS=(2 1 3) BRKXYZ=(9 -0.600000 0.000000 0.-
|
||||
M V30 000000 0.600000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000) LABEL=P -
|
||||
M V30 CLASS=PHOSPHATE SAP=(3 1 2 Al) SAP=(3 1 4 Br) NATREPLACE=PHOSPHATE/P
|
||||
M V30 END SGROUP
|
||||
M V30 END CTAB
|
||||
M V30 TEMPLATE 3 SUGAR/Rib/R NATREPLACE=SUGAR/R
|
||||
M V30 BEGIN CTAB
|
||||
M V30 COUNTS 12 12 4 0 0
|
||||
M V30 BEGIN ATOM
|
||||
M V30 1 O -1.1017 -1.0663 0.0 0
|
||||
M V30 2 C -0.5897 0.3436 0.0 0 CFG=1
|
||||
M V30 3 C 0.0809 -1.9889 0.0 0 CFG=2
|
||||
M V30 4 C 0.9095 0.2924 0.0 0 CFG=2
|
||||
M V30 5 C 1.3239 -1.1493 0.0 0 CFG=1
|
||||
M V30 6 O 1.8285 1.4755 0.0 0
|
||||
M V30 7 O 2.4518 -1.5589 0.0 0
|
||||
M V30 8 C -1.431 1.5834 0.0 0
|
||||
M V30 9 O 0.0399 -3.1881 0.0 0
|
||||
M V30 10 O -2.9279 1.4755 0.0 0
|
||||
M V30 11 H -3.6017 2.4684 0.0 0
|
||||
M V30 12 H 3.0174 1.3125 0.0 0
|
||||
M V30 END ATOM
|
||||
M V30 BEGIN BOND
|
||||
M V30 1 1 1 2
|
||||
M V30 2 1 1 3
|
||||
M V30 3 1 2 4
|
||||
M V30 4 1 2 8 CFG=3
|
||||
M V30 5 1 3 5
|
||||
M V30 6 1 3 9 CFG=3
|
||||
M V30 7 1 4 5
|
||||
M V30 8 1 4 6 CFG=1
|
||||
M V30 9 1 5 7 CFG=1
|
||||
M V30 10 1 6 12
|
||||
M V30 11 1 8 10
|
||||
M V30 12 1 10 11
|
||||
M V30 END BOND
|
||||
M V30 BEGIN COLLECTION
|
||||
M V30 MDLV30/STEABS ATOMS=(4 2 3 4 5)
|
||||
M V30 END COLLECTION
|
||||
M V30 BEGIN SGROUP
|
||||
M V30 1 SUP 1 ATOMS=(1 11) XBONDS=(1 12) BRKXYZ=(9 0.336900 -0.496450 0.0000-
|
||||
M V30 00 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000) LABEL=H CLAS-
|
||||
M V30 S=LGRP
|
||||
M V30 2 SUP 2 ATOMS=(1 12) XBONDS=(1 10) BRKXYZ=(9 -0.594450 0.081500 0.0000-
|
||||
M V30 00 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000) LABEL=H CLAS-
|
||||
M V30 S=LGRP
|
||||
M V30 3 SUP 3 ATOMS=(1 9) XBONDS=(1 6) BRKXYZ=(9 0.020500 0.599600 0.000000 -
|
||||
M V30 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000) LABEL=OH CLASS=-
|
||||
M V30 LGRP
|
||||
M V30 4 SUP 4 ATOMS=(9 1 2 3 4 5 6 7 8 10) XBONDS=(3 6 10 12) BRKXYZ=(9 -0.0-
|
||||
M V30 20500 -0.599600 0.000000 0.594450 -0.081500 0.000000 0.000000 0.000000-
|
||||
M V30 0.000000) BRKXYZ=(9 -0.336900 0.496450 0.000000 0.000000 0.000000 0.0-
|
||||
M V30 00000 0.000000 0.000000 0.000000) LABEL=R CLASS=SUGAR SAP=(3 10 11 Al)-
|
||||
M V30 SAP=(3 6 12 Br) SAP=(3 3 9 Cx) NATREPLACE=SUGAR/R
|
||||
M V30 END SGROUP
|
||||
M V30 END CTAB
|
||||
M V30 TEMPLATE 4 BASE/Cyt/C NATREPLACE=BASE/C
|
||||
M V30 BEGIN CTAB
|
||||
M V30 COUNTS 9 9 2 0 0
|
||||
M V30 BEGIN ATOM
|
||||
M V30 1 C 1.8617 1.3499 0.0 0
|
||||
M V30 2 C 1.1117 2.6489 0.0 0
|
||||
M V30 3 C -0.3882 2.649 0.0 0
|
||||
M V30 4 N -1.1382 1.35 0.0 0
|
||||
M V30 5 C -0.3883 0.0509 0.0 0
|
||||
M V30 6 N 1.1117 0.0509 0.0 0
|
||||
M V30 7 N 3.0618 1.3499 0.0 0
|
||||
M V30 8 O -0.9884 -0.9883 0.0 0
|
||||
M V30 9 H -2.3383 1.35 0.0 0
|
||||
M V30 END ATOM
|
||||
M V30 BEGIN BOND
|
||||
M V30 1 1 1 2
|
||||
M V30 2 2 1 6
|
||||
M V30 3 1 1 7
|
||||
M V30 4 2 2 3
|
||||
M V30 5 1 3 4
|
||||
M V30 6 1 4 5
|
||||
M V30 7 1 4 9
|
||||
M V30 8 1 5 6
|
||||
M V30 9 2 5 8
|
||||
M V30 END BOND
|
||||
M V30 BEGIN SGROUP
|
||||
M V30 1 SUP 1 ATOMS=(1 9) XBONDS=(1 7) BRKXYZ=(9 0.600050 0.000000 0.000000 -
|
||||
M V30 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000) LABEL=H CLASS=L-
|
||||
M V30 GRP
|
||||
M V30 2 SUP 2 ATOMS=(8 1 2 3 4 5 6 7 8) XBONDS=(1 7) BRKXYZ=(9 -0.600050 0.0-
|
||||
M V30 00000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000) -
|
||||
M V30 LABEL=C CLASS=BASE SAP=(3 4 9 Al) NATREPLACE=BASE/C
|
||||
M V30 END SGROUP
|
||||
M V30 END CTAB
|
||||
M V30 TEMPLATE 5 BASE/Ura/U NATREPLACE=BASE/U
|
||||
M V30 BEGIN CTAB
|
||||
M V30 COUNTS 9 9 2 0 0
|
||||
M V30 BEGIN ATOM
|
||||
M V30 1 C 1.8617 1.3499 0.0 0
|
||||
M V30 2 C 1.1117 0.0509 0.0 0
|
||||
M V30 3 C -0.3883 0.0509 0.0 0
|
||||
M V30 4 N -1.1382 1.35 0.0 0
|
||||
M V30 5 C -0.3882 2.649 0.0 0
|
||||
M V30 6 N 1.1117 2.6489 0.0 0
|
||||
M V30 7 O 3.0618 1.3499 0.0 0
|
||||
M V30 8 O -0.9882 3.6882 0.0 0
|
||||
M V30 9 H -2.3383 1.35 0.0 0
|
||||
M V30 END ATOM
|
||||
M V30 BEGIN BOND
|
||||
M V30 1 2 1 7
|
||||
M V30 2 1 1 6
|
||||
M V30 3 1 1 2
|
||||
M V30 4 2 2 3
|
||||
M V30 5 1 3 4
|
||||
M V30 6 1 4 5
|
||||
M V30 7 1 4 9
|
||||
M V30 8 2 5 8
|
||||
M V30 9 1 5 6
|
||||
M V30 END BOND
|
||||
M V30 BEGIN SGROUP
|
||||
M V30 1 SUP 1 ATOMS=(1 9) XBONDS=(1 7) BRKXYZ=(9 0.600050 0.000000 0.000000 -
|
||||
M V30 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000) LABEL=H CLASS=L-
|
||||
M V30 GRP
|
||||
M V30 2 SUP 2 ATOMS=(8 1 2 3 4 5 6 7 8) XBONDS=(1 7) BRKXYZ=(9 -0.600050 0.0-
|
||||
M V30 00000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000) -
|
||||
M V30 LABEL=U CLASS=BASE SAP=(3 4 9 Al) NATREPLACE=BASE/U
|
||||
M V30 END SGROUP
|
||||
M V30 END CTAB
|
||||
M V30 TEMPLATE 6 BASE/Gua/G NATREPLACE=BASE/G
|
||||
M V30 BEGIN CTAB
|
||||
M V30 COUNTS 12 13 2 0 0
|
||||
M V30 BEGIN ATOM
|
||||
M V30 1 C 1.0354 0.2498 0.0 0
|
||||
M V30 2 C -0.0792 -0.754 0.0 0
|
||||
M V30 3 C -1.5057 -0.2906 0.0 0
|
||||
M V30 4 N -1.8177 1.1766 0.0 0
|
||||
M V30 5 C -0.7031 2.1804 0.0 0
|
||||
M V30 6 N 0.7235 1.717 0.0 0
|
||||
M V30 7 N -2.3871 -1.5034 0.0 0
|
||||
M V30 8 C -1.5053 -2.7168 0.0 0
|
||||
M V30 9 N -0.0787 -2.2532 0.0 0
|
||||
M V30 10 O 2.1768 -0.1209 0.0 0
|
||||
M V30 11 N -0.9527 3.3542 0.0 0
|
||||
M V30 12 H -3.5871 -1.5034 0.0 0
|
||||
M V30 END ATOM
|
||||
M V30 BEGIN BOND
|
||||
M V30 1 2 1 10
|
||||
M V30 2 1 1 6
|
||||
M V30 3 1 1 2
|
||||
M V30 4 1 9 2
|
||||
M V30 5 2 2 3
|
||||
M V30 6 1 7 3
|
||||
M V30 7 1 3 4
|
||||
M V30 8 2 4 5
|
||||
M V30 9 1 5 6
|
||||
M V30 10 1 5 11
|
||||
M V30 11 1 7 8
|
||||
M V30 12 1 7 12
|
||||
M V30 13 2 8 9
|
||||
M V30 END BOND
|
||||
M V30 BEGIN SGROUP
|
||||
M V30 1 SUP 1 ATOMS=(1 12) XBONDS=(1 12) BRKXYZ=(9 0.600000 0.000000 0.00000-
|
||||
M V30 0 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000) LABEL=H CLASS-
|
||||
M V30 =LGRP
|
||||
M V30 2 SUP 2 ATOMS=(11 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11) XBONDS=(1 12) BRKXYZ=(9 -0.-
|
||||
M V30 600000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 -
|
||||
M V30 0.000000) LABEL=G CLASS=BASE SAP=(3 7 12 Al) NATREPLACE=BASE/G
|
||||
M V30 END SGROUP
|
||||
M V30 END CTAB
|
||||
M V30 TEMPLATE 7 BASE/Ade/A NATREPLACE=BASE/A
|
||||
M V30 BEGIN CTAB
|
||||
M V30 COUNTS 11 12 2 0 0
|
||||
M V30 BEGIN ATOM
|
||||
M V30 1 C 1.0354 0.2498 0.0 0
|
||||
M V30 2 C -0.0792 -0.754 0.0 0
|
||||
M V30 3 C -1.5057 -0.2906 0.0 0
|
||||
M V30 4 N -1.8177 1.1766 0.0 0
|
||||
M V30 5 C -0.7031 2.1804 0.0 0
|
||||
M V30 6 N 0.7235 1.717 0.0 0
|
||||
M V30 7 N -2.3871 -1.5034 0.0 0
|
||||
M V30 8 C -1.5053 -2.7168 0.0 0
|
||||
M V30 9 N -0.0787 -2.2532 0.0 0
|
||||
M V30 10 N 2.1768 -0.1209 0.0 0
|
||||
M V30 11 H -3.5871 -1.5034 0.0 0
|
||||
M V30 END ATOM
|
||||
M V30 BEGIN BOND
|
||||
M V30 1 1 1 10
|
||||
M V30 2 2 1 6
|
||||
M V30 3 1 1 2
|
||||
M V30 4 1 9 2
|
||||
M V30 5 2 2 3
|
||||
M V30 6 1 7 3
|
||||
M V30 7 1 3 4
|
||||
M V30 8 2 4 5
|
||||
M V30 9 1 5 6
|
||||
M V30 10 1 7 8
|
||||
M V30 11 1 7 11
|
||||
M V30 12 2 8 9
|
||||
M V30 END BOND
|
||||
M V30 BEGIN SGROUP
|
||||
M V30 1 SUP 1 ATOMS=(1 11) XBONDS=(1 11) BRKXYZ=(9 0.600000 0.000000 0.00000-
|
||||
M V30 0 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000) LABEL=H CLASS-
|
||||
M V30 =LGRP
|
||||
M V30 2 SUP 2 ATOMS=(10 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10) XBONDS=(1 11) BRKXYZ=(9 -0.600-
|
||||
M V30 000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.0-
|
||||
M V30 00000) LABEL=A CLASS=BASE SAP=(3 7 11 Al) NATREPLACE=BASE/A
|
||||
M V30 END SGROUP
|
||||
M V30 END CTAB
|
||||
M V30 TEMPLATE 8 AA/Ala/A/ NATREPLACE=AA/A
|
||||
M V30 BEGIN CTAB
|
||||
M V30 COUNTS 7 6 3 0 0
|
||||
M V30 BEGIN ATOM
|
||||
M V30 1 N -1.2549 -0.392 0.0 0
|
||||
M V30 2 C -0.272 0.2633 0.0 0 CFG=1
|
||||
M V30 3 C -0.3103 1.7393 0.0 0
|
||||
M V30 4 C 1.0523 -0.392 0.0 0
|
||||
M V30 5 O 1.0829 -1.5722 0.0 0
|
||||
M V30 6 O 2.0353 0.2633 0.0 0
|
||||
M V30 7 H -2.3334 0.0905 0.0 0
|
||||
M V30 END ATOM
|
||||
M V30 BEGIN BOND
|
||||
M V30 1 1 2 1
|
||||
M V30 2 1 2 3 CFG=1
|
||||
M V30 3 1 2 4
|
||||
M V30 4 2 4 5
|
||||
M V30 5 1 4 6
|
||||
M V30 6 1 1 7
|
||||
M V30 END BOND
|
||||
M V30 BEGIN COLLECTION
|
||||
M V30 MDLV30/STEABS ATOMS=(1 2)
|
||||
M V30 END COLLECTION
|
||||
M V30 BEGIN SGROUP
|
||||
M V30 1 SUP 1 ATOMS=(1 7) XBONDS=(1 6) BRKXYZ=(9 0.539250 -0.241250 0.000000-
|
||||
M V30 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000) LABEL=H CLASS=-
|
||||
M V30 LGRP
|
||||
M V30 2 SUP 2 ATOMS=(1 6) XBONDS=(1 5) BRKXYZ=(9 -0.491500 -0.327650 0.00000-
|
||||
M V30 0 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000) LABEL=OH CLAS-
|
||||
M V30 S=LGRP
|
||||
M V30 3 SUP 3 ATOMS=(5 1 2 3 4 5) XBONDS=(2 6 5) BRKXYZ=(9 -0.539250 0.24125-
|
||||
M V30 0 0.000000 0.491500 0.327650 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000) LABE-
|
||||
M V30 L=A CLASS=AA SAP=(3 1 7 Al) SAP=(3 4 6 Br) NATREPLACE=AA/A
|
||||
M V30 END SGROUP
|
||||
M V30 END CTAB
|
||||
M V30 TEMPLATE 9 AA/Cys/C/ NATREPLACE=AA/C
|
||||
M V30 BEGIN CTAB
|
||||
M V30 COUNTS 9 8 4 0 0
|
||||
M V30 BEGIN ATOM
|
||||
M V30 1 C 1.4457 -1.1333 0.0 0
|
||||
M V30 2 C 0.1453 -0.384 0.0 0 CFG=2
|
||||
M V30 3 C 0.143 1.1168 0.0 0
|
||||
M V30 4 S -1.1573 1.8661 0.0 0
|
||||
M V30 5 N -1.1551 -1.1333 0.0 0
|
||||
M V30 6 O 1.4475 -2.3333 0.0 0
|
||||
M V30 7 O 2.4842 -0.532 0.0 0
|
||||
M V30 8 H -2.1942 -0.5331 0.0 0
|
||||
M V30 9 H -1.1591 3.0661 0.0 0
|
||||
M V30 END ATOM
|
||||
M V30 BEGIN BOND
|
||||
M V30 1 2 6 1
|
||||
M V30 2 1 1 2
|
||||
M V30 3 1 1 7
|
||||
M V30 4 1 2 5
|
||||
M V30 5 1 2 3 CFG=1
|
||||
M V30 6 1 3 4
|
||||
M V30 7 1 5 8
|
||||
M V30 8 1 4 9
|
||||
M V30 END BOND
|
||||
M V30 BEGIN COLLECTION
|
||||
M V30 MDLV30/STEABS ATOMS=(1 2)
|
||||
M V30 END COLLECTION
|
||||
M V30 BEGIN SGROUP
|
||||
M V30 1 SUP 1 ATOMS=(1 8) XBONDS=(1 7) BRKXYZ=(9 0.519550 -0.300100 0.000000-
|
||||
M V30 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000) LABEL=H CLASS=-
|
||||
M V30 LGRP
|
||||
M V30 2 SUP 2 ATOMS=(1 7) XBONDS=(1 3) BRKXYZ=(9 -0.519250 -0.300650 0.00000-
|
||||
M V30 0 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000) LABEL=OH CLAS-
|
||||
M V30 S=LGRP
|
||||
M V30 3 SUP 3 ATOMS=(1 9) XBONDS=(1 8) BRKXYZ=(9 0.000900 -0.600000 0.000000-
|
||||
M V30 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000) LABEL=H CLASS=-
|
||||
M V30 LGRP
|
||||
M V30 4 SUP 4 ATOMS=(6 1 2 3 4 5 6) XBONDS=(3 3 8 7) BRKXYZ=(9 0.519250 0.30-
|
||||
M V30 0650 0.000000 -0.000900 0.600000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000) -
|
||||
M V30 BRKXYZ=(9 -0.519550 0.300100 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000-
|
||||
M V30 000 0.000000 0.000000) LABEL=C CLASS=AA SAP=(3 5 8 Al) SAP=(3 1 7 Br) -
|
||||
M V30 SAP=(3 4 9 Cx) NATREPLACE=AA/C
|
||||
M V30 END SGROUP
|
||||
M V30 END CTAB
|
||||
M V30 TEMPLATE 10 AA/Gly/G/ NATREPLACE=AA/G
|
||||
M V30 BEGIN CTAB
|
||||
M V30 COUNTS 6 5 3 0 0
|
||||
M V30 BEGIN ATOM
|
||||
M V30 1 C -0.3363 0.5346 0.0 0
|
||||
M V30 2 C 0.9929 -0.1107 0.0 0
|
||||
M V30 3 O 1.0782 -1.289 0.0 0
|
||||
M V30 4 O 1.9709 0.552 0.0 0
|
||||
M V30 5 N -1.326 -0.1107 0.0 0
|
||||
M V30 6 H -2.3797 0.4238 0.0 0
|
||||
M V30 END ATOM
|
||||
M V30 BEGIN BOND
|
||||
M V30 1 1 1 2
|
||||
M V30 2 2 2 3
|
||||
M V30 3 1 2 4
|
||||
M V30 4 1 1 5
|
||||
M V30 5 1 5 6
|
||||
M V30 END BOND
|
||||
M V30 BEGIN SGROUP
|
||||
M V30 1 SUP 1 ATOMS=(1 6) XBONDS=(1 5) BRKXYZ=(9 0.526850 -0.267250 0.000000-
|
||||
M V30 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000) LABEL=H CLASS=-
|
||||
M V30 LGRP
|
||||
M V30 2 SUP 2 ATOMS=(1 4) XBONDS=(1 3) BRKXYZ=(9 -0.489000 -0.331350 0.00000-
|
||||
M V30 0 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000) LABEL=OH CLAS-
|
||||
M V30 S=LGRP
|
||||
M V30 3 SUP 3 ATOMS=(4 1 2 3 5) XBONDS=(2 3 5) BRKXYZ=(9 0.489000 0.331350 0-
|
||||
M V30 .000000 -0.526850 0.267250 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000) LABEL=-
|
||||
M V30 G CLASS=AA SAP=(3 5 6 Al) SAP=(3 2 4 Br) NATREPLACE=AA/G
|
||||
M V30 END SGROUP
|
||||
M V30 END CTAB
|
||||
M V30 TEMPLATE 11 AA/Lys/K/ NATREPLACE=AA/K
|
||||
M V30 BEGIN CTAB
|
||||
M V30 COUNTS 12 11 4 0 0
|
||||
M V30 BEGIN ATOM
|
||||
M V30 1 C 2.1478 -2.4874 0.0 0
|
||||
M V30 2 C 0.8474 -1.7382 0.0 0 CFG=2
|
||||
M V30 3 C 0.8451 -0.2373 0.0 0
|
||||
M V30 4 C -0.4553 0.5119 0.0 0
|
||||
M V30 5 C -0.4575 2.0128 0.0 0
|
||||
M V30 6 C -1.7579 2.7619 0.0 0
|
||||
M V30 7 N -1.7602 4.2628 0.0 0
|
||||
M V30 8 N -0.453 -2.4874 0.0 0
|
||||
M V30 9 O 2.1495 -3.6875 0.0 0
|
||||
M V30 10 O 3.1863 -1.8862 0.0 0
|
||||
M V30 11 H -1.4921 -1.8873 0.0 0
|
||||
M V30 12 H -2.8 4.8619 0.0 0
|
||||
M V30 END ATOM
|
||||
M V30 BEGIN BOND
|
||||
M V30 1 2 9 1
|
||||
M V30 2 1 1 2
|
||||
M V30 3 1 1 10
|
||||
M V30 4 1 2 8
|
||||
M V30 5 1 2 3 CFG=1
|
||||
M V30 6 1 3 4
|
||||
M V30 7 1 4 5
|
||||
M V30 8 1 5 6
|
||||
M V30 9 1 6 7
|
||||
M V30 10 1 8 11
|
||||
M V30 11 1 7 12
|
||||
M V30 END BOND
|
||||
M V30 BEGIN COLLECTION
|
||||
M V30 MDLV30/STEABS ATOMS=(1 2)
|
||||
M V30 END COLLECTION
|
||||
M V30 BEGIN SGROUP
|
||||
M V30 1 SUP 1 ATOMS=(1 11) XBONDS=(1 10) BRKXYZ=(9 0.519550 -0.300050 0.0000-
|
||||
M V30 00 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000) LABEL=H CLAS-
|
||||
M V30 S=LGRP
|
||||
M V30 2 SUP 2 ATOMS=(1 10) XBONDS=(1 3) BRKXYZ=(9 -0.519250 -0.300600 0.0000-
|
||||
M V30 00 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000) LABEL=OH CLA-
|
||||
M V30 SS=LGRP
|
||||
M V30 3 SUP 3 ATOMS=(1 12) XBONDS=(1 11) BRKXYZ=(9 0.519900 -0.299550 0.0000-
|
||||
M V30 00 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000) LABEL=H CLAS-
|
||||
M V30 S=LGRP
|
||||
M V30 4 SUP 4 ATOMS=(9 1 2 3 4 5 6 7 8 9) XBONDS=(3 3 11 10) BRKXYZ=(9 0.519-
|
||||
M V30 250 0.300600 0.000000 -0.519900 0.299550 0.000000 0.000000 0.000000 0.-
|
||||
M V30 000000) BRKXYZ=(9 -0.519550 0.300050 0.000000 0.000000 0.000000 0.0000-
|
||||
M V30 00 0.000000 0.000000 0.000000) LABEL=K CLASS=AA SAP=(3 8 11 Al) SAP=(3-
|
||||
M V30 1 10 Br) SAP=(3 7 12 Cx) NATREPLACE=AA/K
|
||||
M V30 END SGROUP
|
||||
M V30 END CTAB
|
||||
M V30 TEMPLATE 12 AA/Glu/E/ NATREPLACE=AA/E
|
||||
M V30 BEGIN CTAB
|
||||
M V30 COUNTS 12 11 4 0 0
|
||||
M V30 BEGIN ATOM
|
||||
M V30 1 C 0.3442 -1.4777 0.0 0 CFG=1
|
||||
M V30 2 C 1.6244 -2.2154 0.0 0
|
||||
M V30 3 O 1.6261 -3.3968 0.0 0
|
||||
M V30 4 O 2.6469 -1.6234 0.0 0
|
||||
M V30 5 N -0.9361 -2.2154 0.0 0
|
||||
M V30 6 H -1.9591 -1.6245 0.0 0
|
||||
M V30 7 C 0.3419 -0.0001 0.0 0
|
||||
M V30 8 C -0.9383 0.7375 0.0 0
|
||||
M V30 9 C -0.9406 2.2151 0.0 0
|
||||
M V30 10 O -1.9642 2.8049 0.0 0
|
||||
M V30 11 O 0.0819 2.8071 0.0 0
|
||||
M V30 12 H 0.0729 3.9885 0.0 0
|
||||
M V30 END ATOM
|
||||
M V30 BEGIN BOND
|
||||
M V30 1 1 2 1
|
||||
M V30 2 2 2 3
|
||||
M V30 3 1 2 4
|
||||
M V30 4 1 1 5
|
||||
M V30 5 1 5 6
|
||||
M V30 6 1 1 7 CFG=1
|
||||
M V30 7 1 7 8
|
||||
M V30 8 1 8 9
|
||||
M V30 9 2 9 10
|
||||
M V30 10 1 9 11
|
||||
M V30 11 1 11 12
|
||||
M V30 END BOND
|
||||
M V30 BEGIN COLLECTION
|
||||
M V30 MDLV30/STEABS ATOMS=(1 1)
|
||||
M V30 END COLLECTION
|
||||
M V30 BEGIN SGROUP
|
||||
M V30 1 SUP 1 ATOMS=(1 6) XBONDS=(1 5) BRKXYZ=(9 0.511500 -0.295450 0.000000-
|
||||
M V30 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000) LABEL=H CLASS=-
|
||||
M V30 LGRP
|
||||
M V30 2 SUP 2 ATOMS=(1 4) XBONDS=(1 3) BRKXYZ=(9 -0.511250 -0.296000 0.00000-
|
||||
M V30 0 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000) LABEL=OH CLAS-
|
||||
M V30 S=LGRP
|
||||
M V30 3 SUP 3 ATOMS=(1 12) XBONDS=(1 11) BRKXYZ=(9 0.004500 -0.590700 0.0000-
|
||||
M V30 00 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000) LABEL=H CLAS-
|
||||
M V30 S=LGRP
|
||||
M V30 4 SUP 4 ATOMS=(9 1 2 3 5 7 8 9 10 11) XBONDS=(3 3 5 11) BRKXYZ=(9 0.51-
|
||||
M V30 1250 0.296000 0.000000 -0.511500 0.295450 0.000000 0.000000 0.000000 0-
|
||||
M V30 .000000) BRKXYZ=(9 -0.004500 0.590700 0.000000 0.000000 0.000000 0.000-
|
||||
M V30 000 0.000000 0.000000 0.000000) LABEL=E CLASS=AA SAP=(3 5 6 Al) SAP=(3-
|
||||
M V30 2 4 Br) SAP=(3 11 12 Cx) NATREPLACE=AA/E
|
||||
M V30 END SGROUP
|
||||
M V30 END CTAB
|
||||
M V30 TEMPLATE 13 AA/Asp/D/ NATREPLACE=AA/D
|
||||
M V30 BEGIN CTAB
|
||||
M V30 COUNTS 11 10 4 0 0
|
||||
M V30 BEGIN ATOM
|
||||
M V30 1 C 1.631 -1.5578 0.0 0
|
||||
M V30 2 O 1.6327 -2.7392 0.0 0
|
||||
M V30 3 C 0.3507 -0.8201 0.0 0 CFG=1
|
||||
M V30 4 N -0.9295 -1.5578 0.0 0
|
||||
M V30 5 H -1.9525 -0.9669 0.0 0
|
||||
M V30 6 C 0.3485 0.6575 0.0 0
|
||||
M V30 7 C -0.9317 1.3952 0.0 0
|
||||
M V30 8 O -1.9542 0.8032 0.0 0
|
||||
M V30 9 O -0.9335 2.5766 0.0 0
|
||||
M V30 10 O 2.6534 -0.9658 0.0 0
|
||||
M V30 11 H 0.0851 3.1751 0.0 0
|
||||
M V30 END ATOM
|
||||
M V30 BEGIN BOND
|
||||
M V30 1 2 2 1
|
||||
M V30 2 1 1 3
|
||||
M V30 3 1 3 4
|
||||
M V30 4 1 4 5
|
||||
M V30 5 1 3 6 CFG=1
|
||||
M V30 6 1 6 7
|
||||
M V30 7 2 7 8
|
||||
M V30 8 1 7 9
|
||||
M V30 9 1 1 10
|
||||
M V30 10 1 9 11
|
||||
M V30 END BOND
|
||||
M V30 BEGIN COLLECTION
|
||||
M V30 MDLV30/STEABS ATOMS=(1 3)
|
||||
M V30 END COLLECTION
|
||||
M V30 BEGIN SGROUP
|
||||
M V30 1 SUP 1 ATOMS=(1 5) XBONDS=(1 4) BRKXYZ=(9 0.511500 -0.295450 0.000000-
|
||||
M V30 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000) LABEL=H CLASS=-
|
||||
M V30 LGRP
|
||||
M V30 2 SUP 2 ATOMS=(1 10) XBONDS=(1 9) BRKXYZ=(9 -0.511200 -0.296000 0.0000-
|
||||
M V30 00 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000) LABEL=OH CLA-
|
||||
M V30 SS=LGRP
|
||||
M V30 3 SUP 3 ATOMS=(1 11) XBONDS=(1 10) BRKXYZ=(9 -0.509300 -0.299250 0.000-
|
||||
M V30 000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000) LABEL=H CLA-
|
||||
M V30 SS=LGRP
|
||||
M V30 4 SUP 4 ATOMS=(8 1 2 3 4 6 7 8 9) XBONDS=(3 9 4 10) BRKXYZ=(9 0.511200-
|
||||
M V30 0.296000 0.000000 -0.511500 0.295450 0.000000 0.000000 0.000000 0.000-
|
||||
M V30 000) BRKXYZ=(9 0.509300 0.299250 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0-
|
||||
M V30 .000000 0.000000 0.000000) LABEL=D CLASS=AA SAP=(3 4 5 Al) SAP=(3 1 10-
|
||||
M V30 Br) SAP=(3 9 11 Cx) NATREPLACE=AA/D
|
||||
M V30 END SGROUP
|
||||
M V30 END CTAB
|
||||
M V30 TEMPLATE 14 AA/Arg/R/ NATREPLACE=AA/R
|
||||
M V30 BEGIN CTAB
|
||||
M V30 COUNTS 14 13 4 0 0
|
||||
M V30 BEGIN ATOM
|
||||
M V30 1 C 1.7718 -2.5891 0.0 0
|
||||
M V30 2 O 1.7732 -3.5337 0.0 0
|
||||
M V30 3 C 0.7483 -1.9994 0.0 0 CFG=1
|
||||
M V30 4 N -0.2752 -2.5891 0.0 0
|
||||
M V30 5 H -1.0932 -2.1168 0.0 0
|
||||
M V30 6 C 0.7464 -0.8182 0.0 0
|
||||
M V30 7 C -0.2771 -0.2284 0.0 0
|
||||
M V30 8 C -0.2789 0.9529 0.0 0
|
||||
M V30 9 N -1.3024 1.5426 0.0 0
|
||||
M V30 10 C -1.3042 2.7238 0.0 0
|
||||
M V30 11 N -0.4868 3.1971 0.0 0
|
||||
M V30 12 N -2.1227 3.1955 0.0 0
|
||||
M V30 13 O 2.5892 -2.1159 0.0 0
|
||||
M V30 14 H -0.4883 4.3786 0.0 0
|
||||
M V30 END ATOM
|
||||
M V30 BEGIN BOND
|
||||
M V30 1 2 2 1
|
||||
M V30 2 1 1 3
|
||||
M V30 3 1 3 4
|
||||
M V30 4 1 4 5
|
||||
M V30 5 1 3 6 CFG=1
|
||||
M V30 6 1 6 7
|
||||
M V30 7 1 7 8
|
||||
M V30 8 1 8 9
|
||||
M V30 9 1 9 10
|
||||
M V30 10 1 10 11
|
||||
M V30 11 2 10 12
|
||||
M V30 12 1 1 13
|
||||
M V30 13 1 11 14
|
||||
M V30 END BOND
|
||||
M V30 BEGIN COLLECTION
|
||||
M V30 MDLV30/STEABS ATOMS=(1 3)
|
||||
M V30 END COLLECTION
|
||||
M V30 BEGIN SGROUP
|
||||
M V30 1 SUP 1 ATOMS=(1 5) XBONDS=(1 4) BRKXYZ=(9 0.409000 -0.236150 0.000000-
|
||||
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|
||||
M V30 LGRP
|
||||
M V30 2 SUP 2 ATOMS=(1 13) XBONDS=(1 12) BRKXYZ=(9 -0.408700 -0.236600 0.000-
|
||||
M V30 000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000) LABEL=OH CL-
|
||||
M V30 ASS=LGRP
|
||||
M V30 3 SUP 3 ATOMS=(1 14) XBONDS=(1 13) BRKXYZ=(9 0.000750 -0.590750 0.0000-
|
||||
M V30 00 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000) LABEL=H CLAS-
|
||||
M V30 S=LGRP
|
||||
M V30 4 SUP 4 ATOMS=(11 1 2 3 4 6 7 8 9 10 11 12) XBONDS=(3 12 4 13) BRKXYZ=-
|
||||
M V30 (9 0.408700 0.236600 0.000000 -0.409000 0.236150 0.000000 0.000000 0.0-
|
||||
M V30 00000 0.000000) BRKXYZ=(9 -0.000750 0.590750 0.000000 0.000000 0.00000-
|
||||
M V30 0 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000) LABEL=R CLASS=AA SAP=(3 4 5 Al)-
|
||||
M V30 SAP=(3 1 13 Br) SAP=(3 11 14 Cx) NATREPLACE=AA/R
|
||||
M V30 END SGROUP
|
||||
M V30 END CTAB
|
||||
M V30 TEMPLATE 15 LINKER/SMCC/SMCC
|
||||
M V30 BEGIN CTAB
|
||||
M V30 COUNTS 18 19 3 0 0
|
||||
M V30 BEGIN ATOM
|
||||
M V30 1 C 0.4966 -1.0108 0.0 0
|
||||
M V30 2 C -0.8438 -1.686 0.0 0
|
||||
M V30 3 N -2.0992 -0.8637 0.0 0
|
||||
M V30 4 C -4.4215 -0.2334 0.0 0
|
||||
M V30 5 C -3.4845 -1.4048 0.0 0
|
||||
M V30 6 C -2.1504 0.6228 0.0 0
|
||||
M V30 7 C -3.597 1.0196 0.0 0
|
||||
M V30 8 O -1.209 1.3667 0.0 0
|
||||
M V30 9 O -3.7953 -2.5638 0.0 0
|
||||
M V30 10 H -4.0204 2.1426 0.0 0
|
||||
M V30 11 C 1.9171 1.1645 0.0 0
|
||||
M V30 12 C 3.173 0.3443 0.0 0
|
||||
M V30 13 C 3.0908 -1.1534 0.0 0
|
||||
M V30 14 C 1.7526 -1.831 0.0 0
|
||||
M V30 15 C 0.5789 0.487 0.0 0
|
||||
M V30 16 C 4.5135 1.0196 0.0 0
|
||||
M V30 17 O 5.5173 0.3621 0.0 0
|
||||
M V30 18 O 4.5813 2.2177 0.0 0
|
||||
M V30 END ATOM
|
||||
M V30 BEGIN BOND
|
||||
M V30 1 1 1 2
|
||||
M V30 2 1 2 3
|
||||
M V30 3 1 5 3
|
||||
M V30 4 1 3 6
|
||||
M V30 5 1 4 5
|
||||
M V30 6 1 6 7
|
||||
M V30 7 1 4 7
|
||||
M V30 8 2 6 8
|
||||
M V30 9 2 5 9
|
||||
M V30 10 1 7 10
|
||||
M V30 11 1 14 1
|
||||
M V30 12 1 1 15
|
||||
M V30 13 1 11 12
|
||||
M V30 14 1 12 13
|
||||
M V30 15 1 13 14
|
||||
M V30 16 1 11 15
|
||||
M V30 17 1 12 16
|
||||
M V30 18 2 16 17
|
||||
M V30 19 1 16 18
|
||||
M V30 END BOND
|
||||
M V30 BEGIN SGROUP
|
||||
M V30 1 SUP 1 ATOMS=(1 10) XBONDS=(1 10) BRKXYZ=(9 0.211700 -0.561500 0.0000-
|
||||
M V30 00 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000) LABEL=H CLAS-
|
||||
M V30 S=LGRP
|
||||
M V30 2 SUP 2 ATOMS=(1 18) XBONDS=(1 19) BRKXYZ=(9 -0.033900 -0.599050 0.000-
|
||||
M V30 000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000) LABEL=OH CL-
|
||||
M V30 ASS=LGRP
|
||||
M V30 3 SUP 3 ATOMS=(16 1 2 3 4 5 6 7 8 9 11 12 13 14 15 16 17) XBONDS=(2 10-
|
||||
M V30 19) BRKXYZ=(9 -0.211700 0.561500 0.000000 0.033900 0.599050 0.000000 -
|
||||
M V30 0.000000 0.000000 0.000000) LABEL=SMCC CLASS=LINKER SAP=(3 7 10 Al) SA-
|
||||
M V30 P=(3 16 18 Br)
|
||||
M V30 END SGROUP
|
||||
M V30 END CTAB
|
||||
M V30 END TEMPLATE
|
||||
M END
|
||||
353
Code/GraphMol/FileParsers/test_data/macromols/KellanRNA.mol
Normal file
353
Code/GraphMol/FileParsers/test_data/macromols/KellanRNA.mol
Normal file
@@ -0,0 +1,353 @@
|
||||
|
||||
-INDIGO-01302515192D
|
||||
|
||||
0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 V3000
|
||||
M V30 BEGIN CTAB
|
||||
M V30 COUNTS 40 45 0 0 0
|
||||
M V30 BEGIN ATOM
|
||||
M V30 1 R 14.5586 -7.61172 0.0 0 CLASS=SUGAR SEQID=1 ATTCHORD=(4 2 Cx 5 Br)
|
||||
M V30 2 T 14.5586 -9.11172 0.0 0 CLASS=BASE SEQID=1 ATTCHORD=(4 1 Al 21 Ch)
|
||||
M V30 3 R 17.5586 -7.61172 0.0 0 CLASS=SUGAR SEQID=2 ATTCHORD=(6 4 Cx 5 Al 8-
|
||||
M V30 Br)
|
||||
M V30 4 C 17.5586 -9.11172 0.0 0 CLASS=BASE SEQID=2 ATTCHORD=(4 3 Al 24 Ch)
|
||||
M V30 5 P 16.0586 -7.61172 0.0 0 CLASS=PHOSPHATE SEQID=1 ATTCHORD=(4 1 Al 3 -
|
||||
M V30 Br)
|
||||
M V30 6 R 20.5586 -7.61172 0.0 0 CLASS=SUGAR SEQID=3 ATTCHORD=(6 7 Cx 8 Al 1-
|
||||
M V30 1 Br)
|
||||
M V30 7 G 20.5586 -9.11172 0.0 0 CLASS=BASE SEQID=3 ATTCHORD=(4 6 Al 27 Ch)
|
||||
M V30 8 P 19.0586 -7.61172 0.0 0 CLASS=PHOSPHATE SEQID=2 ATTCHORD=(4 3 Al 6 -
|
||||
M V30 Br)
|
||||
M V30 9 R 23.5586 -7.61172 0.0 0 CLASS=SUGAR SEQID=4 ATTCHORD=(6 10 Cx 11 Al-
|
||||
M V30 14 Br)
|
||||
M V30 10 C 23.5586 -9.11172 0.0 0 CLASS=BASE SEQID=4 ATTCHORD=(4 9 Al 30 Ch)
|
||||
M V30 11 P 22.0586 -7.61172 0.0 0 CLASS=PHOSPHATE SEQID=3 ATTCHORD=(4 6 Al 9-
|
||||
M V30 Br)
|
||||
M V30 12 R 26.5586 -7.61172 0.0 0 CLASS=SUGAR SEQID=5 ATTCHORD=(6 13 Cx 14 A-
|
||||
M V30 l 17 Br)
|
||||
M V30 13 C 26.5586 -9.11172 0.0 0 CLASS=BASE SEQID=5 ATTCHORD=(4 12 Al 33 Ch)
|
||||
M V30 14 P 25.0586 -7.61172 0.0 0 CLASS=PHOSPHATE SEQID=4 ATTCHORD=(4 9 Al 1-
|
||||
M V30 2 Br)
|
||||
M V30 15 R 29.5586 -7.61172 0.0 0 CLASS=SUGAR SEQID=6 ATTCHORD=(6 16 Cx 17 A-
|
||||
M V30 l 20 Br)
|
||||
M V30 16 C 29.5586 -9.11172 0.0 0 CLASS=BASE SEQID=6 ATTCHORD=(4 15 Al 36 Ch)
|
||||
M V30 17 P 28.0586 -7.61172 0.0 0 CLASS=PHOSPHATE SEQID=5 ATTCHORD=(4 12 Al -
|
||||
M V30 15 Br)
|
||||
M V30 18 R 32.5586 -7.61172 0.0 0 CLASS=SUGAR SEQID=7 ATTCHORD=(4 19 Cx 20 A-
|
||||
M V30 l)
|
||||
M V30 19 T 32.5586 -9.11172 0.0 0 CLASS=BASE SEQID=7 ATTCHORD=(4 18 Al 40 Ch)
|
||||
M V30 20 P 31.0586 -7.61172 0.0 0 CLASS=PHOSPHATE SEQID=6 ATTCHORD=(4 15 Al -
|
||||
M V30 18 Br)
|
||||
M V30 21 A 14.5586 -10.6117 0.0 0 CLASS=BASE SEQID=1 ATTCHORD=(4 22 Al 2 Ch)
|
||||
M V30 22 R 14.5586 -12.1117 0.0 0 CLASS=SUGAR SEQID=1 ATTCHORD=(4 21 Cx 23 B-
|
||||
M V30 r)
|
||||
M V30 23 P 16.0586 -12.1117 0.0 0 CLASS=PHOSPHATE SEQID=1 ATTCHORD=(4 22 Al -
|
||||
M V30 25 Br)
|
||||
M V30 24 G 17.5586 -10.6117 0.0 0 CLASS=BASE SEQID=2 ATTCHORD=(4 25 Al 4 Ch)
|
||||
M V30 25 R 17.5586 -12.1117 0.0 0 CLASS=SUGAR SEQID=2 ATTCHORD=(6 24 Cx 26 B-
|
||||
M V30 r 23 Al)
|
||||
M V30 26 P 19.0586 -12.1117 0.0 0 CLASS=PHOSPHATE SEQID=2 ATTCHORD=(4 25 Al -
|
||||
M V30 28 Br)
|
||||
M V30 27 C 20.5586 -10.6117 0.0 0 CLASS=BASE SEQID=3 ATTCHORD=(4 28 Al 7 Ch)
|
||||
M V30 28 R 20.5586 -12.1117 0.0 0 CLASS=SUGAR SEQID=3 ATTCHORD=(6 27 Cx 29 B-
|
||||
M V30 r 26 Al)
|
||||
M V30 29 P 22.0586 -12.1117 0.0 0 CLASS=PHOSPHATE SEQID=3 ATTCHORD=(4 28 Al -
|
||||
M V30 31 Br)
|
||||
M V30 30 G 23.5586 -10.6117 0.0 0 CLASS=BASE SEQID=4 ATTCHORD=(4 31 Al 10 Ch)
|
||||
M V30 31 R 23.5586 -12.1117 0.0 0 CLASS=SUGAR SEQID=4 ATTCHORD=(6 30 Cx 32 B-
|
||||
M V30 r 29 Al)
|
||||
M V30 32 P 25.0586 -12.1117 0.0 0 CLASS=PHOSPHATE SEQID=4 ATTCHORD=(4 31 Al -
|
||||
M V30 34 Br)
|
||||
M V30 33 G 26.5586 -10.6117 0.0 0 CLASS=BASE SEQID=5 ATTCHORD=(4 34 Al 13 Ch)
|
||||
M V30 34 R 26.5586 -12.1117 0.0 0 CLASS=SUGAR SEQID=5 ATTCHORD=(6 33 Cx 35 B-
|
||||
M V30 r 32 Al)
|
||||
M V30 35 P 28.0586 -12.1117 0.0 0 CLASS=PHOSPHATE SEQID=5 ATTCHORD=(4 34 Al -
|
||||
M V30 37 Br)
|
||||
M V30 36 G 29.5586 -10.6117 0.0 0 CLASS=BASE SEQID=6 ATTCHORD=(4 37 Al 16 Ch)
|
||||
M V30 37 R 29.5586 -12.1117 0.0 0 CLASS=SUGAR SEQID=6 ATTCHORD=(6 36 Cx 38 B-
|
||||
M V30 r 35 Al)
|
||||
M V30 38 P 31.0586 -12.1117 0.0 0 CLASS=PHOSPHATE SEQID=6 ATTCHORD=(4 37 Al -
|
||||
M V30 39 Br)
|
||||
M V30 39 R 32.5586 -12.1117 0.0 0 CLASS=SUGAR SEQID=7 ATTCHORD=(4 40 Cx 38 A-
|
||||
M V30 l)
|
||||
M V30 40 A 32.5586 -10.6117 0.0 0 CLASS=BASE SEQID=7 ATTCHORD=(4 39 Al 19 Ch)
|
||||
M V30 END ATOM
|
||||
M V30 BEGIN BOND
|
||||
M V30 1 1 1 2
|
||||
M V30 2 1 3 4
|
||||
M V30 3 1 1 5
|
||||
M V30 4 1 5 3
|
||||
M V30 5 1 6 7
|
||||
M V30 6 1 3 8
|
||||
M V30 7 1 8 6
|
||||
M V30 8 1 9 10
|
||||
M V30 9 1 6 11
|
||||
M V30 10 1 11 9
|
||||
M V30 11 1 12 13
|
||||
M V30 12 1 9 14
|
||||
M V30 13 1 14 12
|
||||
M V30 14 1 15 16
|
||||
M V30 15 1 12 17
|
||||
M V30 16 1 17 15
|
||||
M V30 17 1 18 19
|
||||
M V30 18 1 15 20
|
||||
M V30 19 1 20 18
|
||||
M V30 20 1 21 22
|
||||
M V30 21 1 22 23
|
||||
M V30 22 10 2 21
|
||||
M V30 23 1 24 25
|
||||
M V30 24 1 25 26
|
||||
M V30 25 1 23 25
|
||||
M V30 26 10 4 24
|
||||
M V30 27 1 27 28
|
||||
M V30 28 1 28 29
|
||||
M V30 29 1 26 28
|
||||
M V30 30 10 7 27
|
||||
M V30 31 1 30 31
|
||||
M V30 32 1 31 32
|
||||
M V30 33 1 29 31
|
||||
M V30 34 10 10 30
|
||||
M V30 35 1 33 34
|
||||
M V30 36 1 34 35
|
||||
M V30 37 1 32 34
|
||||
M V30 38 10 13 33
|
||||
M V30 39 1 36 37
|
||||
M V30 40 1 37 38
|
||||
M V30 41 1 35 37
|
||||
M V30 42 10 16 36
|
||||
M V30 43 1 39 40
|
||||
M V30 44 1 38 39
|
||||
M V30 45 10 19 40
|
||||
M V30 END BOND
|
||||
M V30 END CTAB
|
||||
M V30 BEGIN TEMPLATE
|
||||
M V30 TEMPLATE 1 SUGAR/Rib/R NATREPLACE=SUGAR/R
|
||||
M V30 BEGIN CTAB
|
||||
M V30 COUNTS 12 12 4 0 0
|
||||
M V30 BEGIN ATOM
|
||||
M V30 1 O -1.1017 -1.0663 0.0 0
|
||||
M V30 2 C -0.5897 0.3436 0.0 0 CFG=1
|
||||
M V30 3 C 0.0809 -1.9889 0.0 0 CFG=2
|
||||
M V30 4 C 0.9095 0.2924 0.0 0 CFG=2
|
||||
M V30 5 C 1.3239 -1.1493 0.0 0 CFG=1
|
||||
M V30 6 O 1.8285 1.4755 0.0 0
|
||||
M V30 7 O 2.4518 -1.5589 0.0 0
|
||||
M V30 8 C -1.431 1.5834 0.0 0
|
||||
M V30 9 O 0.0399 -3.1881 0.0 0
|
||||
M V30 10 O -2.9279 1.4755 0.0 0
|
||||
M V30 11 H -3.6017 2.4684 0.0 0
|
||||
M V30 12 H 3.0174 1.3125 0.0 0
|
||||
M V30 END ATOM
|
||||
M V30 BEGIN BOND
|
||||
M V30 1 1 1 2
|
||||
M V30 2 1 1 3
|
||||
M V30 3 1 2 4
|
||||
M V30 4 1 2 8 CFG=3
|
||||
M V30 5 1 3 5
|
||||
M V30 6 1 3 9 CFG=3
|
||||
M V30 7 1 4 5
|
||||
M V30 8 1 4 6 CFG=1
|
||||
M V30 9 1 5 7 CFG=1
|
||||
M V30 10 1 6 12
|
||||
M V30 11 1 8 10
|
||||
M V30 12 1 10 11
|
||||
M V30 END BOND
|
||||
M V30 BEGIN COLLECTION
|
||||
M V30 MDLV30/STEABS ATOMS=(4 2 3 4 5)
|
||||
M V30 END COLLECTION
|
||||
M V30 BEGIN SGROUP
|
||||
M V30 1 SUP 1 ATOMS=(1 11) XBONDS=(1 12) BRKXYZ=(9 0.336900 -0.496450 0.0000-
|
||||
M V30 00 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000) LABEL=H CLAS-
|
||||
M V30 S=LGRP
|
||||
M V30 2 SUP 2 ATOMS=(1 12) XBONDS=(1 10) BRKXYZ=(9 -0.594450 0.081500 0.0000-
|
||||
M V30 00 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000) LABEL=H CLAS-
|
||||
M V30 S=LGRP
|
||||
M V30 3 SUP 3 ATOMS=(1 9) XBONDS=(1 6) BRKXYZ=(9 0.020500 0.599600 0.000000 -
|
||||
M V30 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000) LABEL=OH CLASS=-
|
||||
M V30 LGRP
|
||||
M V30 4 SUP 4 ATOMS=(9 1 2 3 4 5 6 7 8 10) XBONDS=(3 6 10 12) BRKXYZ=(9 -0.0-
|
||||
M V30 20500 -0.599600 0.000000 0.594450 -0.081500 0.000000 0.000000 0.000000-
|
||||
M V30 0.000000) BRKXYZ=(9 -0.336900 0.496450 0.000000 0.000000 0.000000 0.0-
|
||||
M V30 00000 0.000000 0.000000 0.000000) LABEL=R CLASS=SUGAR SAP=(3 10 11 Al)-
|
||||
M V30 SAP=(3 6 12 Br) SAP=(3 3 9 Cx) NATREPLACE=SUGAR/R
|
||||
M V30 END SGROUP
|
||||
M V30 END CTAB
|
||||
M V30 TEMPLATE 2 BASE/Thy/T NATREPLACE=BASE/T
|
||||
M V30 BEGIN CTAB
|
||||
M V30 COUNTS 10 10 2 0 0
|
||||
M V30 BEGIN ATOM
|
||||
M V30 1 C 1.8617 1.3499 0.0 0
|
||||
M V30 2 C 1.1117 0.0509 0.0 0
|
||||
M V30 3 C -0.3883 0.0509 0.0 0
|
||||
M V30 4 N -1.1382 1.35 0.0 0
|
||||
M V30 5 C -0.3882 2.649 0.0 0
|
||||
M V30 6 N 1.1117 2.6489 0.0 0
|
||||
M V30 7 O 3.0618 1.3499 0.0 0
|
||||
M V30 8 O -0.9882 3.6882 0.0 0
|
||||
M V30 9 H -2.3383 1.35 0.0 0
|
||||
M V30 10 C 1.7117 -0.9884 0.0 0
|
||||
M V30 END ATOM
|
||||
M V30 BEGIN BOND
|
||||
M V30 1 2 1 7
|
||||
M V30 2 1 1 6
|
||||
M V30 3 1 1 2
|
||||
M V30 4 2 2 3
|
||||
M V30 5 1 3 4
|
||||
M V30 6 1 4 5
|
||||
M V30 7 1 4 9
|
||||
M V30 8 2 5 8
|
||||
M V30 9 1 5 6
|
||||
M V30 10 1 2 10
|
||||
M V30 END BOND
|
||||
M V30 BEGIN SGROUP
|
||||
M V30 1 SUP 1 ATOMS=(1 9) XBONDS=(1 7) BRKXYZ=(9 0.600050 0.000000 0.000000 -
|
||||
M V30 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000) LABEL=H CLASS=L-
|
||||
M V30 GRP
|
||||
M V30 2 SUP 2 ATOMS=(9 1 2 3 4 5 6 7 8 10) XBONDS=(1 7) BRKXYZ=(9 -0.600050 -
|
||||
M V30 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.00000-
|
||||
M V30 0) LABEL=T CLASS=BASE SAP=(3 4 9 Al) SAP=(3 8 0 Ch) SAP=(3 6 0 Ch) SAP=(3 7 0 Ch) NATREPLACE=BASE/T
|
||||
M V30 END SGROUP
|
||||
M V30 END CTAB
|
||||
M V30 TEMPLATE 3 BASE/Cyt/C NATREPLACE=BASE/C
|
||||
M V30 BEGIN CTAB
|
||||
M V30 COUNTS 9 9 2 0 0
|
||||
M V30 BEGIN ATOM
|
||||
M V30 1 C 1.8617 1.3499 0.0 0
|
||||
M V30 2 C 1.1117 2.6489 0.0 0
|
||||
M V30 3 C -0.3882 2.649 0.0 0
|
||||
M V30 4 N -1.1382 1.35 0.0 0
|
||||
M V30 5 C -0.3883 0.0509 0.0 0
|
||||
M V30 6 N 1.1117 0.0509 0.0 0
|
||||
M V30 7 N 3.0618 1.3499 0.0 0
|
||||
M V30 8 O -0.9884 -0.9883 0.0 0
|
||||
M V30 9 H -2.3383 1.35 0.0 0
|
||||
M V30 END ATOM
|
||||
M V30 BEGIN BOND
|
||||
M V30 1 1 1 2
|
||||
M V30 2 2 1 6
|
||||
M V30 3 1 1 7
|
||||
M V30 4 2 2 3
|
||||
M V30 5 1 3 4
|
||||
M V30 6 1 4 5
|
||||
M V30 7 1 4 9
|
||||
M V30 8 1 5 6
|
||||
M V30 9 2 5 8
|
||||
M V30 END BOND
|
||||
M V30 BEGIN SGROUP
|
||||
M V30 1 SUP 1 ATOMS=(1 9) XBONDS=(1 7) BRKXYZ=(9 0.600050 0.000000 0.000000 -
|
||||
M V30 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000) LABEL=H CLASS=L-
|
||||
M V30 GRP
|
||||
M V30 2 SUP 2 ATOMS=(8 1 2 3 4 5 6 7 8) XBONDS=(1 7) BRKXYZ=(9 -0.600050 0.0-
|
||||
M V30 00000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000) -
|
||||
M V30 LABEL=C CLASS=BASE SAP=(3 4 9 Al) SAP=(3 8 0 Ch) SAP=(3 6 0 Ch) SAP=(3 7 0 Ch) NATREPLACE=BASE/C
|
||||
M V30 END SGROUP
|
||||
M V30 END CTAB
|
||||
M V30 TEMPLATE 4 PHOSPHATE/P/P NATREPLACE=PHOSPHATE/P
|
||||
M V30 BEGIN CTAB
|
||||
M V30 COUNTS 5 4 3 0 0
|
||||
M V30 BEGIN ATOM
|
||||
M V30 1 P -0.2399 0.0 0.0 0
|
||||
M V30 2 O -1.4399 0.0 0.0 0
|
||||
M V30 3 O 0.3598 -1.0394 0.0 0
|
||||
M V30 4 O 0.9601 0.0 0.0 0
|
||||
M V30 5 O 0.3598 1.0394 0.0 0
|
||||
M V30 END ATOM
|
||||
M V30 BEGIN BOND
|
||||
M V30 1 1 1 2
|
||||
M V30 2 2 1 3
|
||||
M V30 3 1 1 4
|
||||
M V30 4 1 1 5
|
||||
M V30 END BOND
|
||||
M V30 BEGIN SGROUP
|
||||
M V30 1 SUP 1 ATOMS=(1 2) XBONDS=(1 1) BRKXYZ=(9 0.600000 0.000000 0.000000 -
|
||||
M V30 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000) LABEL=OH CLASS=-
|
||||
M V30 LGRP
|
||||
M V30 2 SUP 2 ATOMS=(1 4) XBONDS=(1 3) BRKXYZ=(9 -0.600000 0.000000 0.000000-
|
||||
M V30 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000) LABEL=OH CLASS-
|
||||
M V30 =LGRP
|
||||
M V30 3 SUP 3 ATOMS=(3 1 3 5) XBONDS=(2 1 3) BRKXYZ=(9 -0.600000 0.000000 0.-
|
||||
M V30 000000 0.600000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000) LABEL=P -
|
||||
M V30 CLASS=PHOSPHATE SAP=(3 1 2 Al) SAP=(3 1 4 Br) NATREPLACE=PHOSPHATE/P
|
||||
M V30 END SGROUP
|
||||
M V30 END CTAB
|
||||
M V30 TEMPLATE 5 BASE/Gua/G NATREPLACE=BASE/G
|
||||
M V30 BEGIN CTAB
|
||||
M V30 COUNTS 12 13 2 0 0
|
||||
M V30 BEGIN ATOM
|
||||
M V30 1 C 1.0354 0.2498 0.0 0
|
||||
M V30 2 C -0.0792 -0.754 0.0 0
|
||||
M V30 3 C -1.5057 -0.2906 0.0 0
|
||||
M V30 4 N -1.8177 1.1766 0.0 0
|
||||
M V30 5 C -0.7031 2.1804 0.0 0
|
||||
M V30 6 N 0.7235 1.717 0.0 0
|
||||
M V30 7 N -2.3871 -1.5034 0.0 0
|
||||
M V30 8 C -1.5053 -2.7168 0.0 0
|
||||
M V30 9 N -0.0787 -2.2532 0.0 0
|
||||
M V30 10 O 2.1768 -0.1209 0.0 0
|
||||
M V30 11 N -0.9527 3.3542 0.0 0
|
||||
M V30 12 H -3.5871 -1.5034 0.0 0
|
||||
M V30 END ATOM
|
||||
M V30 BEGIN BOND
|
||||
M V30 1 2 1 10
|
||||
M V30 2 1 1 6
|
||||
M V30 3 1 1 2
|
||||
M V30 4 1 9 2
|
||||
M V30 5 2 2 3
|
||||
M V30 6 1 7 3
|
||||
M V30 7 1 3 4
|
||||
M V30 8 2 4 5
|
||||
M V30 9 1 5 6
|
||||
M V30 10 1 5 11
|
||||
M V30 11 1 7 8
|
||||
M V30 12 1 7 12
|
||||
M V30 13 2 8 9
|
||||
M V30 END BOND
|
||||
M V30 BEGIN SGROUP
|
||||
M V30 1 SUP 1 ATOMS=(1 12) XBONDS=(1 12) BRKXYZ=(9 0.600000 0.000000 0.00000-
|
||||
M V30 0 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000) LABEL=H CLASS-
|
||||
M V30 =LGRP
|
||||
M V30 2 SUP 2 ATOMS=(11 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11) XBONDS=(1 12) BRKXYZ=(9 -0.-
|
||||
M V30 600000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 -
|
||||
M V30 0.000000) LABEL=G CLASS=BASE SAP=(3 7 12 Al) SAP=(3 11 0 Ch) SAP=(3 6 0 Ch) SAP=(3 10 0 Ch) NATREPLACE=BASE/G
|
||||
M V30 END SGROUP
|
||||
M V30 END CTAB
|
||||
M V30 TEMPLATE 6 BASE/Ade/A NATREPLACE=BASE/A
|
||||
M V30 BEGIN CTAB
|
||||
M V30 COUNTS 11 12 2 0 0
|
||||
M V30 BEGIN ATOM
|
||||
M V30 1 C 1.0354 0.2498 0.0 0
|
||||
M V30 2 C -0.0792 -0.754 0.0 0
|
||||
M V30 3 C -1.5057 -0.2906 0.0 0
|
||||
M V30 4 N -1.8177 1.1766 0.0 0
|
||||
M V30 5 C -0.7031 2.1804 0.0 0
|
||||
M V30 6 N 0.7235 1.717 0.0 0
|
||||
M V30 7 N -2.3871 -1.5034 0.0 0
|
||||
M V30 8 C -1.5053 -2.7168 0.0 0
|
||||
M V30 9 N -0.0787 -2.2532 0.0 0
|
||||
M V30 10 N 2.1768 -0.1209 0.0 0
|
||||
M V30 11 H -3.5871 -1.5034 0.0 0
|
||||
M V30 END ATOM
|
||||
M V30 BEGIN BOND
|
||||
M V30 1 1 1 10
|
||||
M V30 2 2 1 6
|
||||
M V30 3 1 1 2
|
||||
M V30 4 1 9 2
|
||||
M V30 5 2 2 3
|
||||
M V30 6 1 7 3
|
||||
M V30 7 1 3 4
|
||||
M V30 8 2 4 5
|
||||
M V30 9 1 5 6
|
||||
M V30 10 1 7 8
|
||||
M V30 11 1 7 11
|
||||
M V30 12 2 8 9
|
||||
M V30 END BOND
|
||||
M V30 BEGIN SGROUP
|
||||
M V30 1 SUP 1 ATOMS=(1 11) XBONDS=(1 11) BRKXYZ=(9 0.600000 0.000000 0.00000-
|
||||
M V30 0 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000) LABEL=H CLASS-
|
||||
M V30 =LGRP
|
||||
M V30 2 SUP 2 ATOMS=(10 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10) XBONDS=(1 11) BRKXYZ=(9 -0.600-
|
||||
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|
||||
M V30 00000) LABEL=A CLASS=BASE SAP=(3 7 11 Al) SAP=(3 5 0 Ch) SAP=(3 6 0 Ch) SAP=(3 10 0 Ch) NATREPLACE=BASE/A
|
||||
M V30 END SGROUP
|
||||
M V30 END CTAB
|
||||
M V30 END TEMPLATE
|
||||
M END
|
||||
234
Code/GraphMol/FileParsers/test_data/macromols/Mixed.mol
Normal file
234
Code/GraphMol/FileParsers/test_data/macromols/Mixed.mol
Normal file
@@ -0,0 +1,234 @@
|
||||
|
||||
-INDIGO-12312410102D
|
||||
|
||||
0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 V3000
|
||||
M V30 BEGIN CTAB
|
||||
M V30 COUNTS 14 16 0 0 0
|
||||
M V30 BEGIN ATOM
|
||||
M V30 1 C 4.45064 -7.65797 0.0 0
|
||||
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|
||||
M V30 3 C 5.31743 -7.15786 0.0 0
|
||||
M V30 4 C 6.18094 -8.65843 0.0 0
|
||||
M V30 5 C 4.45064 -8.66292 0.0 0
|
||||
M V30 6 C 5.31961 -9.15793 0.0 0
|
||||
M V30 7 A 11.75 -1.25 0.0 0 CLASS=AA SEQID=8 ATTCHORD=(4 14 Al 3 Br)
|
||||
M V30 8 G 1.25 -1.25 0.0 0 CLASS=AA SEQID=1 ATTCHORD=(4 9 Br 1 Al)
|
||||
M V30 9 G 2.75 -1.25 0.0 0 CLASS=AA SEQID=2 ATTCHORD=(4 8 Al 10 Br)
|
||||
M V30 10 C 4.25 -1.25 0.0 0 CLASS=AA SEQID=3 ATTCHORD=(6 9 Al 11 Br 13 Cx)
|
||||
M V30 11 L 5.75 -1.25 0.0 0 CLASS=AA SEQID=4 ATTCHORD=(4 10 Al 12 Br)
|
||||
M V30 12 P 7.25 -1.25 0.0 0 CLASS=AA SEQID=5 ATTCHORD=(4 11 Al 13 Br)
|
||||
M V30 13 C 8.75 -1.25 0.0 0 CLASS=AA SEQID=6 ATTCHORD=(6 12 Al 14 Br 10 Cx)
|
||||
M V30 14 A 10.25 -1.25 0.0 0 CLASS=AA SEQID=7 ATTCHORD=(4 13 Al 7 Br)
|
||||
M V30 END ATOM
|
||||
M V30 BEGIN BOND
|
||||
M V30 1 1 3 1
|
||||
M V30 2 2 1 5
|
||||
M V30 3 1 5 6
|
||||
M V30 4 2 6 4
|
||||
M V30 5 1 4 2
|
||||
M V30 6 2 2 3
|
||||
M V30 7 1 8 9
|
||||
M V30 8 1 9 10
|
||||
M V30 9 1 10 11
|
||||
M V30 10 1 11 12
|
||||
M V30 11 1 12 13
|
||||
M V30 12 1 13 14
|
||||
M V30 13 1 14 7
|
||||
M V30 14 1 10 13
|
||||
M V30 15 1 7 3
|
||||
M V30 16 1 8 1
|
||||
M V30 END BOND
|
||||
M V30 END CTAB
|
||||
M V30 BEGIN TEMPLATE
|
||||
M V30 TEMPLATE 1 AA/Ala/A/ NATREPLACE=AA/A
|
||||
M V30 BEGIN CTAB
|
||||
M V30 COUNTS 7 6 3 0 0
|
||||
M V30 BEGIN ATOM
|
||||
M V30 1 N -1.2549 -0.392 0.0 0
|
||||
M V30 2 C -0.272 0.2633 0.0 0 CFG=1
|
||||
M V30 3 C -0.3103 1.7393 0.0 0
|
||||
M V30 4 C 1.0523 -0.392 0.0 0
|
||||
M V30 5 O 1.0829 -1.5722 0.0 0
|
||||
M V30 6 O 2.0353 0.2633 0.0 0
|
||||
M V30 7 H -2.3334 0.0905 0.0 0
|
||||
M V30 END ATOM
|
||||
M V30 BEGIN BOND
|
||||
M V30 1 1 2 1
|
||||
M V30 2 1 2 3 CFG=1
|
||||
M V30 3 1 2 4
|
||||
M V30 4 2 4 5
|
||||
M V30 5 1 4 6
|
||||
M V30 6 1 1 7
|
||||
M V30 END BOND
|
||||
M V30 BEGIN COLLECTION
|
||||
M V30 MDLV30/STEABS ATOMS=(1 2)
|
||||
M V30 END COLLECTION
|
||||
M V30 BEGIN SGROUP
|
||||
M V30 1 SUP 1 ATOMS=(1 7) XBONDS=(1 6) BRKXYZ=(9 0.539250 -0.241250 0.000000-
|
||||
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|
||||
M V30 LGRP
|
||||
M V30 2 SUP 2 ATOMS=(1 6) XBONDS=(1 5) BRKXYZ=(9 -0.491500 -0.327650 0.00000-
|
||||
M V30 0 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000) LABEL=OH CLAS-
|
||||
M V30 S=LGRP
|
||||
M V30 3 SUP 3 ATOMS=(5 1 2 3 4 5) XBONDS=(2 6 5) BRKXYZ=(9 -0.539250 0.24125-
|
||||
M V30 0 0.000000 0.491500 0.327650 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000) LABE-
|
||||
M V30 L=A CLASS=AA SAP=(3 1 7 Al) SAP=(3 4 6 Br) NATREPLACE=AA/A
|
||||
M V30 END SGROUP
|
||||
M V30 END CTAB
|
||||
M V30 TEMPLATE 2 AA/Gly/G/ NATREPLACE=AA/G
|
||||
M V30 BEGIN CTAB
|
||||
M V30 COUNTS 6 5 3 0 0
|
||||
M V30 BEGIN ATOM
|
||||
M V30 1 C -0.3363 0.5346 0.0 0
|
||||
M V30 2 C 0.9929 -0.1107 0.0 0
|
||||
M V30 3 O 1.0782 -1.289 0.0 0
|
||||
M V30 4 O 1.9709 0.552 0.0 0
|
||||
M V30 5 N -1.326 -0.1107 0.0 0
|
||||
M V30 6 H -2.3797 0.4238 0.0 0
|
||||
M V30 END ATOM
|
||||
M V30 BEGIN BOND
|
||||
M V30 1 1 1 2
|
||||
M V30 2 2 2 3
|
||||
M V30 3 1 2 4
|
||||
M V30 4 1 1 5
|
||||
M V30 5 1 5 6
|
||||
M V30 END BOND
|
||||
M V30 BEGIN SGROUP
|
||||
M V30 1 SUP 1 ATOMS=(1 6) XBONDS=(1 5) BRKXYZ=(9 0.526850 -0.267250 0.000000-
|
||||
M V30 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000) LABEL=H CLASS=-
|
||||
M V30 LGRP
|
||||
M V30 2 SUP 2 ATOMS=(1 4) XBONDS=(1 3) BRKXYZ=(9 -0.489000 -0.331350 0.00000-
|
||||
M V30 0 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000) LABEL=OH CLAS-
|
||||
M V30 S=LGRP
|
||||
M V30 3 SUP 3 ATOMS=(4 1 2 3 5) XBONDS=(2 3 5) BRKXYZ=(9 0.489000 0.331350 0-
|
||||
M V30 .000000 -0.526850 0.267250 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000) LABEL=-
|
||||
M V30 G CLASS=AA SAP=(3 5 6 Al) SAP=(3 2 4 Br) NATREPLACE=AA/G
|
||||
M V30 END SGROUP
|
||||
M V30 END CTAB
|
||||
M V30 TEMPLATE 3 AA/Cys/C/ NATREPLACE=AA/C
|
||||
M V30 BEGIN CTAB
|
||||
M V30 COUNTS 9 8 4 0 0
|
||||
M V30 BEGIN ATOM
|
||||
M V30 1 C 1.4457 -1.1333 0.0 0
|
||||
M V30 2 C 0.1453 -0.384 0.0 0 CFG=2
|
||||
M V30 3 C 0.143 1.1168 0.0 0
|
||||
M V30 4 S -1.1573 1.8661 0.0 0
|
||||
M V30 5 N -1.1551 -1.1333 0.0 0
|
||||
M V30 6 O 1.4475 -2.3333 0.0 0
|
||||
M V30 7 O 2.4842 -0.532 0.0 0
|
||||
M V30 8 H -2.1942 -0.5331 0.0 0
|
||||
M V30 9 H -1.1591 3.0661 0.0 0
|
||||
M V30 END ATOM
|
||||
M V30 BEGIN BOND
|
||||
M V30 1 2 6 1
|
||||
M V30 2 1 1 2
|
||||
M V30 3 1 1 7
|
||||
M V30 4 1 2 5
|
||||
M V30 5 1 2 3 CFG=1
|
||||
M V30 6 1 3 4
|
||||
M V30 7 1 5 8
|
||||
M V30 8 1 4 9
|
||||
M V30 END BOND
|
||||
M V30 BEGIN COLLECTION
|
||||
M V30 MDLV30/STEABS ATOMS=(1 2)
|
||||
M V30 END COLLECTION
|
||||
M V30 BEGIN SGROUP
|
||||
M V30 1 SUP 1 ATOMS=(1 8) XBONDS=(1 7) BRKXYZ=(9 0.519550 -0.300100 0.000000-
|
||||
M V30 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000) LABEL=H CLASS=-
|
||||
M V30 LGRP
|
||||
M V30 2 SUP 2 ATOMS=(1 7) XBONDS=(1 3) BRKXYZ=(9 -0.519250 -0.300650 0.00000-
|
||||
M V30 0 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000) LABEL=OH CLAS-
|
||||
M V30 S=LGRP
|
||||
M V30 3 SUP 3 ATOMS=(1 9) XBONDS=(1 8) BRKXYZ=(9 0.000900 -0.600000 0.000000-
|
||||
M V30 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000) LABEL=H CLASS=-
|
||||
M V30 LGRP
|
||||
M V30 4 SUP 4 ATOMS=(6 1 2 3 4 5 6) XBONDS=(3 3 8 7) BRKXYZ=(9 0.519250 0.30-
|
||||
M V30 0650 0.000000 -0.000900 0.600000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000) -
|
||||
M V30 BRKXYZ=(9 -0.519550 0.300100 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000-
|
||||
M V30 000 0.000000 0.000000) LABEL=C CLASS=AA SAP=(3 5 8 Al) SAP=(3 1 7 Br) -
|
||||
M V30 SAP=(3 4 9 Cx) NATREPLACE=AA/C
|
||||
M V30 END SGROUP
|
||||
M V30 END CTAB
|
||||
M V30 TEMPLATE 4 AA/Leu/L/ NATREPLACE=AA/L
|
||||
M V30 BEGIN CTAB
|
||||
M V30 COUNTS 10 9 3 0 0
|
||||
M V30 BEGIN ATOM
|
||||
M V30 1 C 0.3626 0.9903 0.0 0
|
||||
M V30 2 C -0.9395 2.9396 0.0 0
|
||||
M V30 3 C -0.9377 1.7396 0.0 0
|
||||
M V30 4 C -1.9763 1.1383 0.0 0
|
||||
M V30 5 C 0.3649 -0.5105 0.0 0 CFG=1
|
||||
M V30 6 C 1.6653 -1.2598 0.0 0
|
||||
M V30 7 O 1.6671 -2.4598 0.0 0
|
||||
M V30 8 N -0.9355 -1.2598 0.0 0
|
||||
M V30 9 O 2.7038 -0.6585 0.0 0
|
||||
M V30 10 H -1.9746 -0.6596 0.0 0
|
||||
M V30 END ATOM
|
||||
M V30 BEGIN BOND
|
||||
M V30 1 1 3 1
|
||||
M V30 2 1 5 1 CFG=1
|
||||
M V30 3 1 3 2
|
||||
M V30 4 1 3 4
|
||||
M V30 5 1 5 8
|
||||
M V30 6 1 5 6
|
||||
M V30 7 2 6 7
|
||||
M V30 8 1 6 9
|
||||
M V30 9 1 8 10
|
||||
M V30 END BOND
|
||||
M V30 BEGIN COLLECTION
|
||||
M V30 MDLV30/STEABS ATOMS=(1 5)
|
||||
M V30 END COLLECTION
|
||||
M V30 BEGIN SGROUP
|
||||
M V30 1 SUP 1 ATOMS=(1 10) XBONDS=(1 9) BRKXYZ=(9 0.519550 -0.300100 0.00000-
|
||||
M V30 0 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000) LABEL=H CLASS-
|
||||
M V30 =LGRP
|
||||
M V30 2 SUP 2 ATOMS=(1 9) XBONDS=(1 8) BRKXYZ=(9 -0.519250 -0.300650 0.00000-
|
||||
M V30 0 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000) LABEL=OH CLAS-
|
||||
M V30 S=LGRP
|
||||
M V30 3 SUP 3 ATOMS=(8 1 2 3 4 5 6 7 8) XBONDS=(2 8 9) BRKXYZ=(9 0.519250 0.-
|
||||
M V30 300650 0.000000 -0.519550 0.300100 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000-
|
||||
M V30 ) LABEL=L CLASS=AA SAP=(3 8 10 Al) SAP=(3 6 9 Br) NATREPLACE=AA/L
|
||||
M V30 END SGROUP
|
||||
M V30 END CTAB
|
||||
M V30 TEMPLATE 5 AA/Pro/P/ NATREPLACE=AA/P
|
||||
M V30 BEGIN CTAB
|
||||
M V30 COUNTS 9 9 3 0 0
|
||||
M V30 BEGIN ATOM
|
||||
M V30 1 C 0.0018 1.6555 0.0 0
|
||||
M V30 2 C -1.4799 1.889 0.0 0
|
||||
M V30 3 C -2.1599 0.5519 0.0 0
|
||||
M V30 4 N -1.0984 -0.5079 0.0 0
|
||||
M V30 5 C 0.2376 0.1741 0.0 0 CFG=2
|
||||
M V30 6 C 1.5717 -0.5079 0.0 0
|
||||
M V30 7 O 1.6336 -1.7063 0.0 0
|
||||
M V30 8 O 2.5787 0.1448 0.0 0
|
||||
M V30 9 H -1.2852 -1.6933 0.0 0
|
||||
M V30 END ATOM
|
||||
M V30 BEGIN BOND
|
||||
M V30 1 1 1 2
|
||||
M V30 2 1 5 1 CFG=1
|
||||
M V30 3 1 2 3
|
||||
M V30 4 1 3 4
|
||||
M V30 5 1 4 5
|
||||
M V30 6 1 5 6
|
||||
M V30 7 2 6 7
|
||||
M V30 8 1 6 8
|
||||
M V30 9 1 4 9
|
||||
M V30 END BOND
|
||||
M V30 BEGIN COLLECTION
|
||||
M V30 MDLV30/STEABS ATOMS=(1 5)
|
||||
M V30 END COLLECTION
|
||||
M V30 BEGIN SGROUP
|
||||
M V30 1 SUP 1 ATOMS=(1 9) XBONDS=(1 9) BRKXYZ=(9 0.093400 0.592700 0.000000 -
|
||||
M V30 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000) LABEL=H CLASS=L-
|
||||
M V30 GRP
|
||||
M V30 2 SUP 2 ATOMS=(1 8) XBONDS=(1 8) BRKXYZ=(9 -0.503500 -0.326350 0.00000-
|
||||
M V30 0 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000) LABEL=OH CLAS-
|
||||
M V30 S=LGRP
|
||||
M V30 3 SUP 3 ATOMS=(7 1 2 3 4 5 6 7) XBONDS=(2 9 8) BRKXYZ=(9 -0.093400 -0.-
|
||||
M V30 592700 0.000000 0.503500 0.326350 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000)-
|
||||
M V30 LABEL=P CLASS=AA SAP=(3 4 9 Al) SAP=(3 6 8 Br) NATREPLACE=AA/P
|
||||
M V30 END SGROUP
|
||||
M V30 END CTAB
|
||||
M V30 END TEMPLATE
|
||||
M END
|
||||
1031
Code/GraphMol/FileParsers/test_data/macromols/ModifiedPeptide2.mol
Normal file
1031
Code/GraphMol/FileParsers/test_data/macromols/ModifiedPeptide2.mol
Normal file
File diff suppressed because it is too large
Load Diff
171
Code/GraphMol/FileParsers/test_data/macromols/PepTla.mol
Normal file
171
Code/GraphMol/FileParsers/test_data/macromols/PepTla.mol
Normal file
@@ -0,0 +1,171 @@
|
||||
|
||||
-INDIGO-01202515452D
|
||||
|
||||
0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 V3000
|
||||
M V30 BEGIN CTAB
|
||||
M V30 COUNTS 4 3 0 0 0
|
||||
M V30 BEGIN ATOM
|
||||
M V30 1 Ala 5.75 -1.25 0.0 0 CLASS=AA SEQID=4 ATTCHORD=(2 4 Al)
|
||||
M V30 2 Cys 1.25 -1.25 0.0 0 CLASS=AA SEQID=1 ATTCHORD=(2 3 Br)
|
||||
M V30 3 Gly 2.75 -1.25 0.0 0 CLASS=AA SEQID=2 ATTCHORD=(4 2 Al 4 Br)
|
||||
M V30 4 Leu 4.25 -1.25 0.0 0 CLASS=AA SEQID=3 ATTCHORD=(4 3 Al 1 Br)
|
||||
M V30 END ATOM
|
||||
M V30 BEGIN BOND
|
||||
M V30 1 1 2 3
|
||||
M V30 2 1 3 4
|
||||
M V30 3 1 4 1
|
||||
M V30 END BOND
|
||||
M V30 END CTAB
|
||||
M V30 BEGIN TEMPLATE
|
||||
M V30 TEMPLATE 1 AA/Ala/A/ NATREPLACE=AA/A
|
||||
M V30 BEGIN CTAB
|
||||
M V30 COUNTS 7 6 3 0 0
|
||||
M V30 BEGIN ATOM
|
||||
M V30 1 N -1.2549 -0.392 0.0 0
|
||||
M V30 2 C -0.272 0.2633 0.0 0 CFG=1
|
||||
M V30 3 C -0.3103 1.7393 0.0 0
|
||||
M V30 4 C 1.0523 -0.392 0.0 0
|
||||
M V30 5 O 1.0829 -1.5722 0.0 0
|
||||
M V30 6 O 2.0353 0.2633 0.0 0
|
||||
M V30 7 H -2.3334 0.0905 0.0 0
|
||||
M V30 END ATOM
|
||||
M V30 BEGIN BOND
|
||||
M V30 1 1 2 1
|
||||
M V30 2 1 2 3 CFG=1
|
||||
M V30 3 1 2 4
|
||||
M V30 4 2 4 5
|
||||
M V30 5 1 4 6
|
||||
M V30 6 1 1 7
|
||||
M V30 END BOND
|
||||
M V30 BEGIN COLLECTION
|
||||
M V30 MDLV30/STEABS ATOMS=(1 2)
|
||||
M V30 END COLLECTION
|
||||
M V30 BEGIN SGROUP
|
||||
M V30 1 SUP 1 ATOMS=(1 7) XBONDS=(1 6) BRKXYZ=(9 0.539250 -0.241250 0.000000-
|
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|
||||
M V30 LGRP
|
||||
M V30 2 SUP 2 ATOMS=(1 6) XBONDS=(1 5) BRKXYZ=(9 -0.491500 -0.327650 0.00000-
|
||||
M V30 0 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000) LABEL=OH CLAS-
|
||||
M V30 S=LGRP
|
||||
M V30 3 SUP 3 ATOMS=(5 1 2 3 4 5) XBONDS=(2 6 5) BRKXYZ=(9 -0.539250 0.24125-
|
||||
M V30 0 0.000000 0.491500 0.327650 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000) LABE-
|
||||
M V30 L=A CLASS=AA SAP=(3 1 7 Al) SAP=(3 4 6 Br) NATREPLACE=AA/A
|
||||
M V30 END SGROUP
|
||||
M V30 END CTAB
|
||||
M V30 TEMPLATE 2 AA/Cys/C/ NATREPLACE=AA/C
|
||||
M V30 BEGIN CTAB
|
||||
M V30 COUNTS 9 8 4 0 0
|
||||
M V30 BEGIN ATOM
|
||||
M V30 1 C 1.4457 -1.1333 0.0 0
|
||||
M V30 2 C 0.1453 -0.384 0.0 0 CFG=2
|
||||
M V30 3 C 0.143 1.1168 0.0 0
|
||||
M V30 4 S -1.1573 1.8661 0.0 0
|
||||
M V30 5 N -1.1551 -1.1333 0.0 0
|
||||
M V30 6 O 1.4475 -2.3333 0.0 0
|
||||
M V30 7 O 2.4842 -0.532 0.0 0
|
||||
M V30 8 H -2.1942 -0.5331 0.0 0
|
||||
M V30 9 H -1.1591 3.0661 0.0 0
|
||||
M V30 END ATOM
|
||||
M V30 BEGIN BOND
|
||||
M V30 1 2 6 1
|
||||
M V30 2 1 1 2
|
||||
M V30 3 1 1 7
|
||||
M V30 4 1 2 5
|
||||
M V30 5 1 2 3 CFG=1
|
||||
M V30 6 1 3 4
|
||||
M V30 7 1 5 8
|
||||
M V30 8 1 4 9
|
||||
M V30 END BOND
|
||||
M V30 BEGIN COLLECTION
|
||||
M V30 MDLV30/STEABS ATOMS=(1 2)
|
||||
M V30 END COLLECTION
|
||||
M V30 BEGIN SGROUP
|
||||
M V30 1 SUP 1 ATOMS=(1 8) XBONDS=(1 7) BRKXYZ=(9 0.519550 -0.300100 0.000000-
|
||||
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|
||||
M V30 LGRP
|
||||
M V30 2 SUP 2 ATOMS=(1 7) XBONDS=(1 3) BRKXYZ=(9 -0.519250 -0.300650 0.00000-
|
||||
M V30 0 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000) LABEL=OH CLAS-
|
||||
M V30 S=LGRP
|
||||
M V30 3 SUP 3 ATOMS=(1 9) XBONDS=(1 8) BRKXYZ=(9 0.000900 -0.600000 0.000000-
|
||||
M V30 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000) LABEL=H CLASS=-
|
||||
M V30 LGRP
|
||||
M V30 4 SUP 4 ATOMS=(6 1 2 3 4 5 6) XBONDS=(3 3 8 7) BRKXYZ=(9 0.519250 0.30-
|
||||
M V30 0650 0.000000 -0.000900 0.600000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000) -
|
||||
M V30 BRKXYZ=(9 -0.519550 0.300100 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000-
|
||||
M V30 000 0.000000 0.000000) LABEL=C CLASS=AA SAP=(3 5 8 Al) SAP=(3 1 7 Br) -
|
||||
M V30 SAP=(3 4 9 Cx) NATREPLACE=AA/C
|
||||
M V30 END SGROUP
|
||||
M V30 END CTAB
|
||||
M V30 TEMPLATE 3 AA/Gly/G/ NATREPLACE=AA/G
|
||||
M V30 BEGIN CTAB
|
||||
M V30 COUNTS 6 5 3 0 0
|
||||
M V30 BEGIN ATOM
|
||||
M V30 1 C -0.3363 0.5346 0.0 0
|
||||
M V30 2 C 0.9929 -0.1107 0.0 0
|
||||
M V30 3 O 1.0782 -1.289 0.0 0
|
||||
M V30 4 O 1.9709 0.552 0.0 0
|
||||
M V30 5 N -1.326 -0.1107 0.0 0
|
||||
M V30 6 H -2.3797 0.4238 0.0 0
|
||||
M V30 END ATOM
|
||||
M V30 BEGIN BOND
|
||||
M V30 1 1 1 2
|
||||
M V30 2 2 2 3
|
||||
M V30 3 1 2 4
|
||||
M V30 4 1 1 5
|
||||
M V30 5 1 5 6
|
||||
M V30 END BOND
|
||||
M V30 BEGIN SGROUP
|
||||
M V30 1 SUP 1 ATOMS=(1 6) XBONDS=(1 5) BRKXYZ=(9 0.526850 -0.267250 0.000000-
|
||||
M V30 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000) LABEL=H CLASS=-
|
||||
M V30 LGRP
|
||||
M V30 2 SUP 2 ATOMS=(1 4) XBONDS=(1 3) BRKXYZ=(9 -0.489000 -0.331350 0.00000-
|
||||
M V30 0 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000) LABEL=OH CLAS-
|
||||
M V30 S=LGRP
|
||||
M V30 3 SUP 3 ATOMS=(4 1 2 3 5) XBONDS=(2 3 5) BRKXYZ=(9 0.489000 0.331350 0-
|
||||
M V30 .000000 -0.526850 0.267250 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000) LABEL=-
|
||||
M V30 G CLASS=AA SAP=(3 5 6 Al) SAP=(3 2 4 Br) NATREPLACE=AA/G
|
||||
M V30 END SGROUP
|
||||
M V30 END CTAB
|
||||
M V30 TEMPLATE 4 AA/Leu/L/ NATREPLACE=AA/L
|
||||
M V30 BEGIN CTAB
|
||||
M V30 COUNTS 10 9 3 0 0
|
||||
M V30 BEGIN ATOM
|
||||
M V30 1 C 0.3626 0.9903 0.0 0
|
||||
M V30 2 C -0.9395 2.9396 0.0 0
|
||||
M V30 3 C -0.9377 1.7396 0.0 0
|
||||
M V30 4 C -1.9763 1.1383 0.0 0
|
||||
M V30 5 C 0.3649 -0.5105 0.0 0 CFG=1
|
||||
M V30 6 C 1.6653 -1.2598 0.0 0
|
||||
M V30 7 O 1.6671 -2.4598 0.0 0
|
||||
M V30 8 N -0.9355 -1.2598 0.0 0
|
||||
M V30 9 O 2.7038 -0.6585 0.0 0
|
||||
M V30 10 H -1.9746 -0.6596 0.0 0
|
||||
M V30 END ATOM
|
||||
M V30 BEGIN BOND
|
||||
M V30 1 1 3 1
|
||||
M V30 2 1 5 1 CFG=1
|
||||
M V30 3 1 3 2
|
||||
M V30 4 1 3 4
|
||||
M V30 5 1 5 8
|
||||
M V30 6 1 5 6
|
||||
M V30 7 2 6 7
|
||||
M V30 8 1 6 9
|
||||
M V30 9 1 8 10
|
||||
M V30 END BOND
|
||||
M V30 BEGIN COLLECTION
|
||||
M V30 MDLV30/STEABS ATOMS=(1 5)
|
||||
M V30 END COLLECTION
|
||||
M V30 BEGIN SGROUP
|
||||
M V30 1 SUP 1 ATOMS=(1 10) XBONDS=(1 9) BRKXYZ=(9 0.519550 -0.300100 0.00000-
|
||||
M V30 0 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000) LABEL=H CLASS-
|
||||
M V30 =LGRP
|
||||
M V30 2 SUP 2 ATOMS=(1 9) XBONDS=(1 8) BRKXYZ=(9 -0.519250 -0.300650 0.00000-
|
||||
M V30 0 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000) LABEL=OH CLAS-
|
||||
M V30 S=LGRP
|
||||
M V30 3 SUP 3 ATOMS=(8 1 2 3 4 5 6 7 8) XBONDS=(2 8 9) BRKXYZ=(9 0.519250 0.-
|
||||
M V30 300650 0.000000 -0.519550 0.300100 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000-
|
||||
M V30 ) LABEL=L CLASS=AA SAP=(3 8 10 Al) SAP=(3 6 9 Br) NATREPLACE=AA/L
|
||||
M V30 END SGROUP
|
||||
M V30 END CTAB
|
||||
M V30 END TEMPLATE
|
||||
M END
|
||||
@@ -0,0 +1,134 @@
|
||||
1 A G meS A G
|
||||
ACCLDraw03281611052D
|
||||
|
||||
0 0 0 0 0 999 V3000
|
||||
M V30 BEGIN CTAB
|
||||
M V30 COUNTS 5 4 1 0 1
|
||||
M V30 BEGIN ATOM
|
||||
M V30 1 Ala 1.5563 -9.2328 0 0 CLASS=AA ATTCHORD=(2 2 Br) SEQID=1
|
||||
M V30 2 Gly 2.7137 -9.23 0 0 CLASS=AA ATTCHORD=(4 3 Br 1 Al) SEQID=2
|
||||
M V30 3 meS 3.8712 -9.23 0 0 CLASS=AA ATTCHORD=(4 4 Br 2 Al) SEQID=3
|
||||
M V30 4 Ala 5.4539 -9.23 0 0 CLASS=AA ATTCHORD=(4 3 Al 5 Br) SEQID=4
|
||||
M V30 5 Gly 6.6114 -9.23 0 0 CLASS=AA ATTCHORD=(2 4 Al) SEQID=5
|
||||
M V30 END ATOM
|
||||
M V30 BEGIN BOND
|
||||
M V30 1 1 2 1
|
||||
M V30 2 1 3 2
|
||||
M V30 3 1 4 3
|
||||
M V30 4 1 5 4
|
||||
M V30 END BOND
|
||||
M V30 BEGIN SGROUP
|
||||
M V30 1 DAT 1 ATOMS=(1 1) FIELDNAME="SMMX:sequence position data" -
|
||||
M V30 FIELDDISP=" 1.5563 -9.2328 DA ALL 1 "
|
||||
M V30 END SGROUP
|
||||
M V30 END CTAB
|
||||
M V30 BEGIN TEMPLATE
|
||||
M V30 TEMPLATE 1 AA/Ala/A/
|
||||
M V30 BEGIN CTAB
|
||||
M V30 COUNTS 7 6 3 0 1
|
||||
M V30 BEGIN ATOM
|
||||
M V30 1 O 6.6266 -2.0662 0 0
|
||||
M V30 2 H 5.0016 -2.0876 0 0
|
||||
M V30 3 N 5.1358 -2.0784 0 0 CFG=3
|
||||
M V30 4 C 5.7844 -1.5983 0 0 CFG=2
|
||||
M V30 5 C 6.4753 -2.0653 0 0
|
||||
M V30 6 O 6.4753 -2.8977 0 0
|
||||
M V30 7 C 5.7844 -0.7662 0 0
|
||||
M V30 END ATOM
|
||||
M V30 BEGIN BOND
|
||||
M V30 1 1 3 4
|
||||
M V30 2 1 4 5
|
||||
M V30 3 2 5 6
|
||||
M V30 4 1 4 7 CFG=1
|
||||
M V30 5 1 3 2
|
||||
M V30 6 1 5 1
|
||||
M V30 END BOND
|
||||
M V30 BEGIN SGROUP
|
||||
M V30 1 SUP 1 ATOMS=(1 1) XBONDS=(1 6) BRKXYZ=(9 7.02 -2.26 0 7.02 -1.85 0 -
|
||||
M V30 0 0 0) CSTATE=(4 6 -0.82 -0.01 0) LABEL=OH CLASS=LGRP
|
||||
M V30 2 SUP 2 ATOMS=(1 2) XBONDS=(1 5) BRKXYZ=(9 4.58 -1.87 0 4.6 -2.28 0 -
|
||||
M V30 0 0 0) CSTATE=(4 5 0.8 0.02 0) LABEL=H CLASS=LGRP
|
||||
M V30 3 SUP 3 ATOMS=(5 3 4 5 6 7) XBONDS=(2 5 6) BRKXYZ=(9 3.95 -3.33 0 3.95 -
|
||||
M V30 -0.38 0 0 0 0) CSTATE=(4 5 -0.8 -0.02 0) CSTATE=(4 6 0.82 0.01 -
|
||||
M V30 0) LABEL=A CLASS=AA SAP=(3 3 2 Al) SAP=(3 5 1 Br)
|
||||
M V30 END SGROUP
|
||||
M V30 BEGIN COLLECTION
|
||||
M V30 MDLV30/STEABS ATOMS=(1 4)
|
||||
M V30 END COLLECTION
|
||||
M V30 BEGIN SGROUP
|
||||
M V30 1 SUP 1 ATOMS=(1 1) XBONDS=(1 6) BRKXYZ=(9 7.02 -2.26 0 7.02 -1.85 0 -
|
||||
M V30 0 0 0) CSTATE=(4 6 -0.82 -0.01 0) LABEL=OH CLASS=LGRP
|
||||
M V30 2 SUP 2 ATOMS=(1 2) XBONDS=(1 5) BRKXYZ=(9 4.58 -1.87 0 4.6 -2.28 0 -
|
||||
M V30 0 0 0) CSTATE=(4 5 0.8 0.02 0) LABEL=H CLASS=LGRP
|
||||
M V30 3 SUP 3 ATOMS=(5 3 4 5 6 7) XBONDS=(2 5 6) BRKXYZ=(9 3.95 -3.33 0 3.95 -
|
||||
M V30 -0.38 0 0 0 0) CSTATE=(4 5 -0.8 -0.02 0) CSTATE=(4 6 0.82 0.01 -
|
||||
M V30 0) LABEL=A CLASS=AA SAP=(3 3 2 Al) SAP=(3 5 1 Br)
|
||||
M V30 END SGROUP
|
||||
M V30 END CTAB
|
||||
M V30 TEMPLATE 2 AA/Gly/G/
|
||||
M V30 BEGIN CTAB
|
||||
M V30 COUNTS 6 5 3 0 0
|
||||
M V30 BEGIN ATOM
|
||||
M V30 1 N 3.676 -12.5274 0 0 CFG=3
|
||||
M V30 2 C 4.2675 -12.095 0 0
|
||||
M V30 3 O 4.8932 -13.2691 0 0
|
||||
M V30 4 C 4.8904 -12.5161 0 0
|
||||
M V30 5 O 5.1042 -12.5167 0 0
|
||||
M V30 6 H 3.4542 -12.5125 0 0
|
||||
M V30 END ATOM
|
||||
M V30 BEGIN BOND
|
||||
M V30 1 1 1 2
|
||||
M V30 2 1 2 4
|
||||
M V30 3 2 4 3
|
||||
M V30 4 1 4 5
|
||||
M V30 5 1 1 6
|
||||
M V30 END BOND
|
||||
M V30 BEGIN SGROUP
|
||||
M V30 1 SUP 1 ATOMS=(1 5) XBONDS=(1 4) CSTATE=(4 4 -0.82 -0.01 0) LABEL=OH -
|
||||
M V30 CLASS=LGRP
|
||||
M V30 2 SUP 2 ATOMS=(4 1 2 3 4) XBONDS=(2 4 5) CSTATE=(4 4 0.82 0.01 0) -
|
||||
M V30 CSTATE=(4 5 -0.83 0.01 0) LABEL=G CLASS=AA SAP=(3 4 5 Br) -
|
||||
M V30 SAP=(3 1 6 Al)
|
||||
M V30 3 SUP 3 ATOMS=(1 6) XBONDS=(1 5) CSTATE=(4 5 0.83 -0.01 0) LABEL=H -
|
||||
M V30 CLASS=LGRP
|
||||
M V30 END SGROUP
|
||||
M V30 END CTAB
|
||||
M V30 TEMPLATE 3 AA/meS/meS/ NATREPLACE=AA/S
|
||||
M V30 BEGIN CTAB
|
||||
M V30 COUNTS 9 8 3 0 1
|
||||
M V30 BEGIN ATOM
|
||||
M V30 1 C 9.9525 -5.6641 0 0
|
||||
M V30 2 O 9.9451 -6.8641 0 0
|
||||
M V30 3 N 7.3518 -5.6442 0 0 CFG=3
|
||||
M V30 4 C 8.6579 -4.9049 0 0 CFG=1
|
||||
M V30 5 C 8.6671 -3.4041 0 0
|
||||
M V30 6 O 7.6319 -2.7971 0 0
|
||||
M V30 7 C 6.3173 -5.0361 0 0
|
||||
M V30 8 O 10.8217 -5.1697 0 0
|
||||
M V30 9 H 7.3436 -6.6442 0 0
|
||||
M V30 END ATOM
|
||||
M V30 BEGIN BOND
|
||||
M V30 1 2 2 1
|
||||
M V30 2 1 1 4
|
||||
M V30 3 1 4 3
|
||||
M V30 4 1 4 5 CFG=1
|
||||
M V30 5 1 5 6
|
||||
M V30 6 1 3 7
|
||||
M V30 7 1 1 8
|
||||
M V30 8 1 3 9
|
||||
M V30 END BOND
|
||||
M V30 BEGIN SGROUP
|
||||
M V30 1 SUP 1 ATOMS=(7 1 2 3 4 5 6 7) XBONDS=(2 7 8) CSTATE=(4 7 2.17 0.48 -
|
||||
M V30 0) CSTATE=(4 8 -1.31 -0.99 0) LABEL=meS CLASS=AA SAP=(3 1 8 Br) -
|
||||
M V30 SAP=(3 3 9 Al) NATREPLACE=AA/S
|
||||
M V30 2 SUP 2 ATOMS=(1 8) XBONDS=(1 7) CSTATE=(4 7 -2.17 -0.48 0) LABEL=OH -
|
||||
M V30 CLASS=LGRP
|
||||
M V30 3 SUP 3 ATOMS=(1 9) XBONDS=(1 8) CSTATE=(4 8 1.31 0.99 0) LABEL=H -
|
||||
M V30 CLASS=LGRP
|
||||
M V30 END SGROUP
|
||||
M V30 BEGIN COLLECTION
|
||||
M V30 MDLV30/STEABS ATOMS=(1 4)
|
||||
M V30 END COLLECTION
|
||||
M V30 END CTAB
|
||||
M V30 END TEMPLATE
|
||||
M END
|
||||
232
Code/GraphMol/FileParsers/test_data/macromols/TestRNA2.mol
Normal file
232
Code/GraphMol/FileParsers/test_data/macromols/TestRNA2.mol
Normal file
@@ -0,0 +1,232 @@
|
||||
|
||||
-INDIGO-01112511292D
|
||||
|
||||
0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 V3000
|
||||
M V30 BEGIN CTAB
|
||||
M V30 COUNTS 15 14 0 0 0
|
||||
M V30 BEGIN ATOM
|
||||
M V30 1 A 1.25 -2.75 0.0 0 CLASS=BASE SEQID=1 ATTCHORD=(2 2 Al)
|
||||
M V30 2 R 1.25 -1.25 0.0 0 CLASS=SUGAR SEQID=1 ATTCHORD=(4 1 Cx 5 Br)
|
||||
M V30 3 P 14.75 -1.25 0.0 0 CLASS=PHOSPHATE SEQID=5 ATTCHORD=(2 15 Al)
|
||||
M V30 4 U 2.75 -2.75 0.0 0 CLASS=BASE SEQID=1 ATTCHORD=(2 5 Al)
|
||||
M V30 5 R 2.75 -1.25 0.0 0 CLASS=SUGAR SEQID=1 ATTCHORD=(6 4 Cx 6 Br 2 Al)
|
||||
M V30 6 P 4.25 -1.25 0.0 0 CLASS=PHOSPHATE SEQID=1 ATTCHORD=(4 5 Al 8 Br)
|
||||
M V30 7 C 5.75 -2.75 0.0 0 CLASS=BASE SEQID=2 ATTCHORD=(2 8 Al)
|
||||
M V30 8 R 5.75 -1.25 0.0 0 CLASS=SUGAR SEQID=2 ATTCHORD=(6 7 Cx 9 Br 6 Al)
|
||||
M V30 9 P 7.25 -1.25 0.0 0 CLASS=PHOSPHATE SEQID=2 ATTCHORD=(4 8 Al 11 Br)
|
||||
M V30 10 A 8.75 -2.75 0.0 0 CLASS=BASE SEQID=3 ATTCHORD=(2 11 Al)
|
||||
M V30 11 R 8.75 -1.25 0.0 0 CLASS=SUGAR SEQID=3 ATTCHORD=(6 10 Cx 12 Br 9 Al-
|
||||
M V30 )
|
||||
M V30 12 P 10.25 -1.25 0.0 0 CLASS=PHOSPHATE SEQID=3 ATTCHORD=(4 11 Al 14 Br-
|
||||
M V30 )
|
||||
M V30 13 U 11.75 -2.75 0.0 0 CLASS=BASE SEQID=4 ATTCHORD=(2 14 Al)
|
||||
M V30 14 R 11.75 -1.25 0.0 0 CLASS=SUGAR SEQID=4 ATTCHORD=(6 13 Cx 15 Br 12 -
|
||||
M V30 Al)
|
||||
M V30 15 P 13.25 -1.25 0.0 0 CLASS=PHOSPHATE SEQID=4 ATTCHORD=(4 14 Al 3 Br)
|
||||
M V30 END ATOM
|
||||
M V30 BEGIN BOND
|
||||
M V30 1 1 1 2
|
||||
M V30 2 1 4 5
|
||||
M V30 3 1 5 6
|
||||
M V30 4 1 2 5
|
||||
M V30 5 1 7 8
|
||||
M V30 6 1 8 9
|
||||
M V30 7 1 6 8
|
||||
M V30 8 1 10 11
|
||||
M V30 9 1 11 12
|
||||
M V30 10 1 9 11
|
||||
M V30 11 1 13 14
|
||||
M V30 12 1 14 15
|
||||
M V30 13 1 12 14
|
||||
M V30 14 1 15 3
|
||||
M V30 END BOND
|
||||
M V30 END CTAB
|
||||
M V30 BEGIN TEMPLATE
|
||||
M V30 TEMPLATE 1 BASE/Ade/A NATREPLACE=BASE/A
|
||||
M V30 BEGIN CTAB
|
||||
M V30 COUNTS 11 12 2 0 0
|
||||
M V30 BEGIN ATOM
|
||||
M V30 1 C 1.0354 0.2498 0.0 0
|
||||
M V30 2 C -0.0792 -0.754 0.0 0
|
||||
M V30 3 C -1.5057 -0.2906 0.0 0
|
||||
M V30 4 N -1.8177 1.1766 0.0 0
|
||||
M V30 5 C -0.7031 2.1804 0.0 0
|
||||
M V30 6 N 0.7235 1.717 0.0 0
|
||||
M V30 7 N -2.3871 -1.5034 0.0 0
|
||||
M V30 8 C -1.5053 -2.7168 0.0 0
|
||||
M V30 9 N -0.0787 -2.2532 0.0 0
|
||||
M V30 10 N 2.1768 -0.1209 0.0 0
|
||||
M V30 11 H -3.5871 -1.5034 0.0 0
|
||||
M V30 END ATOM
|
||||
M V30 BEGIN BOND
|
||||
M V30 1 1 1 10
|
||||
M V30 2 2 1 6
|
||||
M V30 3 1 1 2
|
||||
M V30 4 1 9 2
|
||||
M V30 5 2 2 3
|
||||
M V30 6 1 7 3
|
||||
M V30 7 1 3 4
|
||||
M V30 8 2 4 5
|
||||
M V30 9 1 5 6
|
||||
M V30 10 1 7 8
|
||||
M V30 11 1 7 11
|
||||
M V30 12 2 8 9
|
||||
M V30 END BOND
|
||||
M V30 BEGIN SGROUP
|
||||
M V30 1 SUP 1 ATOMS=(1 11) XBONDS=(1 11) BRKXYZ=(9 0.600000 0.000000 0.00000-
|
||||
M V30 0 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000) LABEL=H CLASS-
|
||||
M V30 =LGRP
|
||||
M V30 2 SUP 2 ATOMS=(10 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10) XBONDS=(1 11) BRKXYZ=(9 -0.600-
|
||||
M V30 000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.0-
|
||||
M V30 00000) LABEL=A CLASS=BASE SAP=(3 7 11 Al) NATREPLACE=BASE/A
|
||||
M V30 END SGROUP
|
||||
M V30 END CTAB
|
||||
M V30 TEMPLATE 2 SUGAR/Rib/R NATREPLACE=SUGAR/R
|
||||
M V30 BEGIN CTAB
|
||||
M V30 COUNTS 12 12 4 0 0
|
||||
M V30 BEGIN ATOM
|
||||
M V30 1 O -1.1017 -1.0663 0.0 0
|
||||
M V30 2 C -0.5897 0.3436 0.0 0 CFG=1
|
||||
M V30 3 C 0.0809 -1.9889 0.0 0 CFG=2
|
||||
M V30 4 C 0.9095 0.2924 0.0 0 CFG=2
|
||||
M V30 5 C 1.3239 -1.1493 0.0 0 CFG=1
|
||||
M V30 6 O 1.8285 1.4755 0.0 0
|
||||
M V30 7 O 2.4518 -1.5589 0.0 0
|
||||
M V30 8 C -1.431 1.5834 0.0 0
|
||||
M V30 9 O 0.0399 -3.1881 0.0 0
|
||||
M V30 10 O -2.9279 1.4755 0.0 0
|
||||
M V30 11 H -3.6017 2.4684 0.0 0
|
||||
M V30 12 H 3.0174 1.3125 0.0 0
|
||||
M V30 END ATOM
|
||||
M V30 BEGIN BOND
|
||||
M V30 1 1 1 2
|
||||
M V30 2 1 1 3
|
||||
M V30 3 1 2 4
|
||||
M V30 4 1 2 8 CFG=3
|
||||
M V30 5 1 3 5
|
||||
M V30 6 1 3 9 CFG=3
|
||||
M V30 7 1 4 5
|
||||
M V30 8 1 4 6 CFG=1
|
||||
M V30 9 1 5 7 CFG=1
|
||||
M V30 10 1 6 12
|
||||
M V30 11 1 8 10
|
||||
M V30 12 1 10 11
|
||||
M V30 END BOND
|
||||
M V30 BEGIN COLLECTION
|
||||
M V30 MDLV30/STEABS ATOMS=(4 2 3 4 5)
|
||||
M V30 END COLLECTION
|
||||
M V30 BEGIN SGROUP
|
||||
M V30 1 SUP 1 ATOMS=(1 11) XBONDS=(1 12) BRKXYZ=(9 0.336900 -0.496450 0.0000-
|
||||
M V30 00 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000) LABEL=H CLAS-
|
||||
M V30 S=LGRP
|
||||
M V30 2 SUP 2 ATOMS=(1 12) XBONDS=(1 10) BRKXYZ=(9 -0.594450 0.081500 0.0000-
|
||||
M V30 00 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000) LABEL=H CLAS-
|
||||
M V30 S=LGRP
|
||||
M V30 3 SUP 3 ATOMS=(1 9) XBONDS=(1 6) BRKXYZ=(9 0.020500 0.599600 0.000000 -
|
||||
M V30 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000) LABEL=OH CLASS=-
|
||||
M V30 LGRP
|
||||
M V30 4 SUP 4 ATOMS=(9 1 2 3 4 5 6 7 8 10) XBONDS=(3 6 10 12) BRKXYZ=(9 -0.0-
|
||||
M V30 20500 -0.599600 0.000000 0.594450 -0.081500 0.000000 0.000000 0.000000-
|
||||
M V30 0.000000) BRKXYZ=(9 -0.336900 0.496450 0.000000 0.000000 0.000000 0.0-
|
||||
M V30 00000 0.000000 0.000000 0.000000) LABEL=R CLASS=SUGAR SAP=(3 10 11 Al)-
|
||||
M V30 SAP=(3 6 12 Br) SAP=(3 3 9 Cx) NATREPLACE=SUGAR/R
|
||||
M V30 END SGROUP
|
||||
M V30 END CTAB
|
||||
M V30 TEMPLATE 3 PHOSPHATE/P/P NATREPLACE=PHOSPHATE/P
|
||||
M V30 BEGIN CTAB
|
||||
M V30 COUNTS 5 4 3 0 0
|
||||
M V30 BEGIN ATOM
|
||||
M V30 1 P -0.2399 0.0 0.0 0
|
||||
M V30 2 O -1.4399 0.0 0.0 0
|
||||
M V30 3 O 0.3598 -1.0394 0.0 0
|
||||
M V30 4 O 0.9601 0.0 0.0 0
|
||||
M V30 5 O 0.3598 1.0394 0.0 0
|
||||
M V30 END ATOM
|
||||
M V30 BEGIN BOND
|
||||
M V30 1 1 1 2
|
||||
M V30 2 2 1 3
|
||||
M V30 3 1 1 4
|
||||
M V30 4 1 1 5
|
||||
M V30 END BOND
|
||||
M V30 BEGIN SGROUP
|
||||
M V30 1 SUP 1 ATOMS=(1 2) XBONDS=(1 1) BRKXYZ=(9 0.600000 0.000000 0.000000 -
|
||||
M V30 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000) LABEL=OH CLASS=-
|
||||
M V30 LGRP
|
||||
M V30 2 SUP 2 ATOMS=(1 4) XBONDS=(1 3) BRKXYZ=(9 -0.600000 0.000000 0.000000-
|
||||
M V30 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000) LABEL=OH CLASS-
|
||||
M V30 =LGRP
|
||||
M V30 3 SUP 3 ATOMS=(3 1 3 5) XBONDS=(2 1 3) BRKXYZ=(9 -0.600000 0.000000 0.-
|
||||
M V30 000000 0.600000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000) LABEL=P -
|
||||
M V30 CLASS=PHOSPHATE SAP=(3 1 2 Al) SAP=(3 1 4 Br) NATREPLACE=PHOSPHATE/P
|
||||
M V30 END SGROUP
|
||||
M V30 END CTAB
|
||||
M V30 TEMPLATE 4 BASE/Ura/U NATREPLACE=BASE/U
|
||||
M V30 BEGIN CTAB
|
||||
M V30 COUNTS 9 9 2 0 0
|
||||
M V30 BEGIN ATOM
|
||||
M V30 1 C 1.8617 1.3499 0.0 0
|
||||
M V30 2 C 1.1117 0.0509 0.0 0
|
||||
M V30 3 C -0.3883 0.0509 0.0 0
|
||||
M V30 4 N -1.1382 1.35 0.0 0
|
||||
M V30 5 C -0.3882 2.649 0.0 0
|
||||
M V30 6 N 1.1117 2.6489 0.0 0
|
||||
M V30 7 O 3.0618 1.3499 0.0 0
|
||||
M V30 8 O -0.9882 3.6882 0.0 0
|
||||
M V30 9 H -2.3383 1.35 0.0 0
|
||||
M V30 END ATOM
|
||||
M V30 BEGIN BOND
|
||||
M V30 1 2 1 7
|
||||
M V30 2 1 1 6
|
||||
M V30 3 1 1 2
|
||||
M V30 4 2 2 3
|
||||
M V30 5 1 3 4
|
||||
M V30 6 1 4 5
|
||||
M V30 7 1 4 9
|
||||
M V30 8 2 5 8
|
||||
M V30 9 1 5 6
|
||||
M V30 END BOND
|
||||
M V30 BEGIN SGROUP
|
||||
M V30 1 SUP 1 ATOMS=(1 9) XBONDS=(1 7) BRKXYZ=(9 0.600050 0.000000 0.000000 -
|
||||
M V30 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000) LABEL=H CLASS=L-
|
||||
M V30 GRP
|
||||
M V30 2 SUP 2 ATOMS=(8 1 2 3 4 5 6 7 8) XBONDS=(1 7) BRKXYZ=(9 -0.600050 0.0-
|
||||
M V30 00000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000) -
|
||||
M V30 LABEL=U CLASS=BASE SAP=(3 4 9 Al) NATREPLACE=BASE/U
|
||||
M V30 END SGROUP
|
||||
M V30 END CTAB
|
||||
M V30 TEMPLATE 5 BASE/Cyt/C NATREPLACE=BASE/C
|
||||
M V30 BEGIN CTAB
|
||||
M V30 COUNTS 9 9 2 0 0
|
||||
M V30 BEGIN ATOM
|
||||
M V30 1 C 1.8617 1.3499 0.0 0
|
||||
M V30 2 C 1.1117 2.6489 0.0 0
|
||||
M V30 3 C -0.3882 2.649 0.0 0
|
||||
M V30 4 N -1.1382 1.35 0.0 0
|
||||
M V30 5 C -0.3883 0.0509 0.0 0
|
||||
M V30 6 N 1.1117 0.0509 0.0 0
|
||||
M V30 7 N 3.0618 1.3499 0.0 0
|
||||
M V30 8 O -0.9884 -0.9883 0.0 0
|
||||
M V30 9 H -2.3383 1.35 0.0 0
|
||||
M V30 END ATOM
|
||||
M V30 BEGIN BOND
|
||||
M V30 1 1 1 2
|
||||
M V30 2 2 1 6
|
||||
M V30 3 1 1 7
|
||||
M V30 4 2 2 3
|
||||
M V30 5 1 3 4
|
||||
M V30 6 1 4 5
|
||||
M V30 7 1 4 9
|
||||
M V30 8 1 5 6
|
||||
M V30 9 2 5 8
|
||||
M V30 END BOND
|
||||
M V30 BEGIN SGROUP
|
||||
M V30 1 SUP 1 ATOMS=(1 9) XBONDS=(1 7) BRKXYZ=(9 0.600050 0.000000 0.000000 -
|
||||
M V30 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000) LABEL=H CLASS=L-
|
||||
M V30 GRP
|
||||
M V30 2 SUP 2 ATOMS=(8 1 2 3 4 5 6 7 8) XBONDS=(1 7) BRKXYZ=(9 -0.600050 0.0-
|
||||
M V30 00000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000) -
|
||||
M V30 LABEL=C CLASS=BASE SAP=(3 4 9 Al) NATREPLACE=BASE/C
|
||||
M V30 END SGROUP
|
||||
M V30 END CTAB
|
||||
M V30 END TEMPLATE
|
||||
M END
|
||||
232
Code/GraphMol/FileParsers/test_data/macromols/TestRNA2_fixed.mol
Normal file
232
Code/GraphMol/FileParsers/test_data/macromols/TestRNA2_fixed.mol
Normal file
@@ -0,0 +1,232 @@
|
||||
|
||||
-INDIGO-01112511292D
|
||||
|
||||
0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 V3000
|
||||
M V30 BEGIN CTAB
|
||||
M V30 COUNTS 15 14 0 0 0
|
||||
M V30 BEGIN ATOM
|
||||
M V30 1 A 1.25 -2.75 0.0 0 CLASS=BASE SEQID=1 ATTCHORD=(2 2 Al)
|
||||
M V30 2 R 1.25 -1.25 0.0 0 CLASS=SUGAR SEQID=1 ATTCHORD=(4 1 Cx 5 Br)
|
||||
M V30 3 P 14.75 -1.25 0.0 0 CLASS=PHOSPHATE SEQID=1 ATTCHORD=(2 15 Al)
|
||||
M V30 4 U 2.75 -2.75 0.0 0 CLASS=BASE SEQID=2 ATTCHORD=(2 5 Al)
|
||||
M V30 5 R 2.75 -1.25 0.0 0 CLASS=SUGAR SEQID=2 ATTCHORD=(6 4 Cx 6 Br 2 Al)
|
||||
M V30 6 P 4.25 -1.25 0.0 0 CLASS=PHOSPHATE SEQID=2 ATTCHORD=(4 5 Al 8 Br)
|
||||
M V30 7 C 5.75 -2.75 0.0 0 CLASS=BASE SEQID=3 ATTCHORD=(2 8 Al)
|
||||
M V30 8 R 5.75 -1.25 0.0 0 CLASS=SUGAR SEQID=3 ATTCHORD=(6 7 Cx 9 Br 6 Al)
|
||||
M V30 9 P 7.25 -1.25 0.0 0 CLASS=PHOSPHATE SEQID=3 ATTCHORD=(4 8 Al 11 Br)
|
||||
M V30 10 A 8.75 -2.75 0.0 0 CLASS=BASE SEQID=4 ATTCHORD=(2 11 Al)
|
||||
M V30 11 R 8.75 -1.25 0.0 0 CLASS=SUGAR SEQID=4 ATTCHORD=(6 10 Cx 12 Br 9 Al-
|
||||
M V30 )
|
||||
M V30 12 P 10.25 -1.25 0.0 0 CLASS=PHOSPHATE SEQID=4 ATTCHORD=(4 11 Al 14 Br-
|
||||
M V30 )
|
||||
M V30 13 U 11.75 -2.75 0.0 0 CLASS=BASE SEQID=5 ATTCHORD=(2 14 Al)
|
||||
M V30 14 R 11.75 -1.25 0.0 0 CLASS=SUGAR SEQID=5 ATTCHORD=(6 13 Cx 15 Br 12 -
|
||||
M V30 Al)
|
||||
M V30 15 P 13.25 -1.25 0.0 0 CLASS=PHOSPHATE SEQID=5 ATTCHORD=(4 14 Al 3 Br)
|
||||
M V30 END ATOM
|
||||
M V30 BEGIN BOND
|
||||
M V30 1 1 1 2
|
||||
M V30 2 1 4 5
|
||||
M V30 3 1 5 6
|
||||
M V30 4 1 2 5
|
||||
M V30 5 1 7 8
|
||||
M V30 6 1 8 9
|
||||
M V30 7 1 6 8
|
||||
M V30 8 1 10 11
|
||||
M V30 9 1 11 12
|
||||
M V30 10 1 9 11
|
||||
M V30 11 1 13 14
|
||||
M V30 12 1 14 15
|
||||
M V30 13 1 12 14
|
||||
M V30 14 1 15 3
|
||||
M V30 END BOND
|
||||
M V30 END CTAB
|
||||
M V30 BEGIN TEMPLATE
|
||||
M V30 TEMPLATE 1 BASE/Ade/A NATREPLACE=BASE/A
|
||||
M V30 BEGIN CTAB
|
||||
M V30 COUNTS 11 12 2 0 0
|
||||
M V30 BEGIN ATOM
|
||||
M V30 1 C 1.0354 0.2498 0.0 0
|
||||
M V30 2 C -0.0792 -0.754 0.0 0
|
||||
M V30 3 C -1.5057 -0.2906 0.0 0
|
||||
M V30 4 N -1.8177 1.1766 0.0 0
|
||||
M V30 5 C -0.7031 2.1804 0.0 0
|
||||
M V30 6 N 0.7235 1.717 0.0 0
|
||||
M V30 7 N -2.3871 -1.5034 0.0 0
|
||||
M V30 8 C -1.5053 -2.7168 0.0 0
|
||||
M V30 9 N -0.0787 -2.2532 0.0 0
|
||||
M V30 10 N 2.1768 -0.1209 0.0 0
|
||||
M V30 11 H -3.5871 -1.5034 0.0 0
|
||||
M V30 END ATOM
|
||||
M V30 BEGIN BOND
|
||||
M V30 1 1 1 10
|
||||
M V30 2 2 1 6
|
||||
M V30 3 1 1 2
|
||||
M V30 4 1 9 2
|
||||
M V30 5 2 2 3
|
||||
M V30 6 1 7 3
|
||||
M V30 7 1 3 4
|
||||
M V30 8 2 4 5
|
||||
M V30 9 1 5 6
|
||||
M V30 10 1 7 8
|
||||
M V30 11 1 7 11
|
||||
M V30 12 2 8 9
|
||||
M V30 END BOND
|
||||
M V30 BEGIN SGROUP
|
||||
M V30 1 SUP 1 ATOMS=(1 11) XBONDS=(1 11) BRKXYZ=(9 0.600000 0.000000 0.00000-
|
||||
M V30 0 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000) LABEL=H CLASS-
|
||||
M V30 =LGRP
|
||||
M V30 2 SUP 2 ATOMS=(10 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10) XBONDS=(1 11) BRKXYZ=(9 -0.600-
|
||||
M V30 000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.0-
|
||||
M V30 00000) LABEL=A CLASS=BASE SAP=(3 7 11 Al) NATREPLACE=BASE/A
|
||||
M V30 END SGROUP
|
||||
M V30 END CTAB
|
||||
M V30 TEMPLATE 2 SUGAR/Rib/R NATREPLACE=SUGAR/R
|
||||
M V30 BEGIN CTAB
|
||||
M V30 COUNTS 12 12 4 0 0
|
||||
M V30 BEGIN ATOM
|
||||
M V30 1 O -1.1017 -1.0663 0.0 0
|
||||
M V30 2 C -0.5897 0.3436 0.0 0 CFG=1
|
||||
M V30 3 C 0.0809 -1.9889 0.0 0 CFG=2
|
||||
M V30 4 C 0.9095 0.2924 0.0 0 CFG=2
|
||||
M V30 5 C 1.3239 -1.1493 0.0 0 CFG=1
|
||||
M V30 6 O 1.8285 1.4755 0.0 0
|
||||
M V30 7 O 2.4518 -1.5589 0.0 0
|
||||
M V30 8 C -1.431 1.5834 0.0 0
|
||||
M V30 9 O 0.0399 -3.1881 0.0 0
|
||||
M V30 10 O -2.9279 1.4755 0.0 0
|
||||
M V30 11 H -3.6017 2.4684 0.0 0
|
||||
M V30 12 H 3.0174 1.3125 0.0 0
|
||||
M V30 END ATOM
|
||||
M V30 BEGIN BOND
|
||||
M V30 1 1 1 2
|
||||
M V30 2 1 1 3
|
||||
M V30 3 1 2 4
|
||||
M V30 4 1 2 8 CFG=3
|
||||
M V30 5 1 3 5
|
||||
M V30 6 1 3 9 CFG=3
|
||||
M V30 7 1 4 5
|
||||
M V30 8 1 4 6 CFG=1
|
||||
M V30 9 1 5 7 CFG=1
|
||||
M V30 10 1 6 12
|
||||
M V30 11 1 8 10
|
||||
M V30 12 1 10 11
|
||||
M V30 END BOND
|
||||
M V30 BEGIN COLLECTION
|
||||
M V30 MDLV30/STEABS ATOMS=(4 2 3 4 5)
|
||||
M V30 END COLLECTION
|
||||
M V30 BEGIN SGROUP
|
||||
M V30 1 SUP 1 ATOMS=(1 11) XBONDS=(1 12) BRKXYZ=(9 0.336900 -0.496450 0.0000-
|
||||
M V30 00 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000) LABEL=H CLAS-
|
||||
M V30 S=LGRP
|
||||
M V30 2 SUP 2 ATOMS=(1 12) XBONDS=(1 10) BRKXYZ=(9 -0.594450 0.081500 0.0000-
|
||||
M V30 00 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000) LABEL=H CLAS-
|
||||
M V30 S=LGRP
|
||||
M V30 3 SUP 3 ATOMS=(1 9) XBONDS=(1 6) BRKXYZ=(9 0.020500 0.599600 0.000000 -
|
||||
M V30 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000) LABEL=OH CLASS=-
|
||||
M V30 LGRP
|
||||
M V30 4 SUP 4 ATOMS=(9 1 2 3 4 5 6 7 8 10) XBONDS=(3 6 10 12) BRKXYZ=(9 -0.0-
|
||||
M V30 20500 -0.599600 0.000000 0.594450 -0.081500 0.000000 0.000000 0.000000-
|
||||
M V30 0.000000) BRKXYZ=(9 -0.336900 0.496450 0.000000 0.000000 0.000000 0.0-
|
||||
M V30 00000 0.000000 0.000000 0.000000) LABEL=R CLASS=SUGAR SAP=(3 10 11 Al)-
|
||||
M V30 SAP=(3 6 12 Br) SAP=(3 3 9 Cx) NATREPLACE=SUGAR/R
|
||||
M V30 END SGROUP
|
||||
M V30 END CTAB
|
||||
M V30 TEMPLATE 3 PHOSPHATE/P/P NATREPLACE=PHOSPHATE/P
|
||||
M V30 BEGIN CTAB
|
||||
M V30 COUNTS 5 4 3 0 0
|
||||
M V30 BEGIN ATOM
|
||||
M V30 1 P -0.2399 0.0 0.0 0
|
||||
M V30 2 O -1.4399 0.0 0.0 0
|
||||
M V30 3 O 0.3598 -1.0394 0.0 0
|
||||
M V30 4 O 0.9601 0.0 0.0 0
|
||||
M V30 5 O 0.3598 1.0394 0.0 0
|
||||
M V30 END ATOM
|
||||
M V30 BEGIN BOND
|
||||
M V30 1 1 1 2
|
||||
M V30 2 2 1 3
|
||||
M V30 3 1 1 4
|
||||
M V30 4 1 1 5
|
||||
M V30 END BOND
|
||||
M V30 BEGIN SGROUP
|
||||
M V30 1 SUP 1 ATOMS=(1 2) XBONDS=(1 1) BRKXYZ=(9 0.600000 0.000000 0.000000 -
|
||||
M V30 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000) LABEL=OH CLASS=-
|
||||
M V30 LGRP
|
||||
M V30 2 SUP 2 ATOMS=(1 4) XBONDS=(1 3) BRKXYZ=(9 -0.600000 0.000000 0.000000-
|
||||
M V30 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000) LABEL=OH CLASS-
|
||||
M V30 =LGRP
|
||||
M V30 3 SUP 3 ATOMS=(3 1 3 5) XBONDS=(2 1 3) BRKXYZ=(9 -0.600000 0.000000 0.-
|
||||
M V30 000000 0.600000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000) LABEL=P -
|
||||
M V30 CLASS=PHOSPHATE SAP=(3 1 2 Al) SAP=(3 1 4 Br) NATREPLACE=PHOSPHATE/P
|
||||
M V30 END SGROUP
|
||||
M V30 END CTAB
|
||||
M V30 TEMPLATE 4 BASE/Ura/U NATREPLACE=BASE/U
|
||||
M V30 BEGIN CTAB
|
||||
M V30 COUNTS 9 9 2 0 0
|
||||
M V30 BEGIN ATOM
|
||||
M V30 1 C 1.8617 1.3499 0.0 0
|
||||
M V30 2 C 1.1117 0.0509 0.0 0
|
||||
M V30 3 C -0.3883 0.0509 0.0 0
|
||||
M V30 4 N -1.1382 1.35 0.0 0
|
||||
M V30 5 C -0.3882 2.649 0.0 0
|
||||
M V30 6 N 1.1117 2.6489 0.0 0
|
||||
M V30 7 O 3.0618 1.3499 0.0 0
|
||||
M V30 8 O -0.9882 3.6882 0.0 0
|
||||
M V30 9 H -2.3383 1.35 0.0 0
|
||||
M V30 END ATOM
|
||||
M V30 BEGIN BOND
|
||||
M V30 1 2 1 7
|
||||
M V30 2 1 1 6
|
||||
M V30 3 1 1 2
|
||||
M V30 4 2 2 3
|
||||
M V30 5 1 3 4
|
||||
M V30 6 1 4 5
|
||||
M V30 7 1 4 9
|
||||
M V30 8 2 5 8
|
||||
M V30 9 1 5 6
|
||||
M V30 END BOND
|
||||
M V30 BEGIN SGROUP
|
||||
M V30 1 SUP 1 ATOMS=(1 9) XBONDS=(1 7) BRKXYZ=(9 0.600050 0.000000 0.000000 -
|
||||
M V30 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000) LABEL=H CLASS=L-
|
||||
M V30 GRP
|
||||
M V30 2 SUP 2 ATOMS=(8 1 2 3 4 5 6 7 8) XBONDS=(1 7) BRKXYZ=(9 -0.600050 0.0-
|
||||
M V30 00000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000) -
|
||||
M V30 LABEL=U CLASS=BASE SAP=(3 4 9 Al) NATREPLACE=BASE/U
|
||||
M V30 END SGROUP
|
||||
M V30 END CTAB
|
||||
M V30 TEMPLATE 5 BASE/Cyt/C NATREPLACE=BASE/C
|
||||
M V30 BEGIN CTAB
|
||||
M V30 COUNTS 9 9 2 0 0
|
||||
M V30 BEGIN ATOM
|
||||
M V30 1 C 1.8617 1.3499 0.0 0
|
||||
M V30 2 C 1.1117 2.6489 0.0 0
|
||||
M V30 3 C -0.3882 2.649 0.0 0
|
||||
M V30 4 N -1.1382 1.35 0.0 0
|
||||
M V30 5 C -0.3883 0.0509 0.0 0
|
||||
M V30 6 N 1.1117 0.0509 0.0 0
|
||||
M V30 7 N 3.0618 1.3499 0.0 0
|
||||
M V30 8 O -0.9884 -0.9883 0.0 0
|
||||
M V30 9 H -2.3383 1.35 0.0 0
|
||||
M V30 END ATOM
|
||||
M V30 BEGIN BOND
|
||||
M V30 1 1 1 2
|
||||
M V30 2 2 1 6
|
||||
M V30 3 1 1 7
|
||||
M V30 4 2 2 3
|
||||
M V30 5 1 3 4
|
||||
M V30 6 1 4 5
|
||||
M V30 7 1 4 9
|
||||
M V30 8 1 5 6
|
||||
M V30 9 2 5 8
|
||||
M V30 END BOND
|
||||
M V30 BEGIN SGROUP
|
||||
M V30 1 SUP 1 ATOMS=(1 9) XBONDS=(1 7) BRKXYZ=(9 0.600050 0.000000 0.000000 -
|
||||
M V30 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000) LABEL=H CLASS=L-
|
||||
M V30 GRP
|
||||
M V30 2 SUP 2 ATOMS=(8 1 2 3 4 5 6 7 8) XBONDS=(1 7) BRKXYZ=(9 -0.600050 0.0-
|
||||
M V30 00000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000) -
|
||||
M V30 LABEL=C CLASS=BASE SAP=(3 4 9 Al) NATREPLACE=BASE/C
|
||||
M V30 END SGROUP
|
||||
M V30 END CTAB
|
||||
M V30 END TEMPLATE
|
||||
M END
|
||||
@@ -0,0 +1,232 @@
|
||||
|
||||
-INDIGO-01132508492D
|
||||
|
||||
0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 V3000
|
||||
M V30 BEGIN CTAB
|
||||
M V30 COUNTS 15 14 0 0 0
|
||||
M V30 BEGIN ATOM
|
||||
M V30 1 A 1.25 -2.75 0.0 0 CLASS=BASE SEQID=1 ATTCHORD=(2 2 Al)
|
||||
M V30 2 R 1.25 -1.25 0.0 0 CLASS=SUGAR SEQID=1 ATTCHORD=(4 1 Cx 15 Br)
|
||||
M V30 3 U 4.25 -2.75 0.0 0 CLASS=BASE SEQID=2 ATTCHORD=(2 4 Al)
|
||||
M V30 4 R 4.25 -1.25 0.0 0 CLASS=SUGAR SEQID=2 ATTCHORD=(6 3 Cx 5 Br 15 Al)
|
||||
M V30 5 P 5.75 -1.25 0.0 0 CLASS=PHOSPHATE SEQID=2 ATTCHORD=(4 4 Al 7 Br)
|
||||
M V30 6 C 7.25 -2.75 0.0 0 CLASS=BASE SEQID=3 ATTCHORD=(2 7 Al)
|
||||
M V30 7 R 7.25 -1.25 0.0 0 CLASS=SUGAR SEQID=3 ATTCHORD=(6 6 Cx 8 Br 5 Al)
|
||||
M V30 8 P 8.75 -1.25 0.0 0 CLASS=PHOSPHATE SEQID=3 ATTCHORD=(4 7 Al 10 Br)
|
||||
M V30 9 A 10.25 -2.75 0.0 0 CLASS=BASE SEQID=4 ATTCHORD=(2 10 Al)
|
||||
M V30 10 R 10.25 -1.25 0.0 0 CLASS=SUGAR SEQID=4 ATTCHORD=(6 9 Cx 11 Br 8 Al-
|
||||
M V30 )
|
||||
M V30 11 P 11.75 -1.25 0.0 0 CLASS=PHOSPHATE SEQID=4 ATTCHORD=(4 10 Al 13 Br-
|
||||
M V30 )
|
||||
M V30 12 U 13.25 -2.75 0.0 0 CLASS=BASE SEQID=5 ATTCHORD=(2 13 Al)
|
||||
M V30 13 R 13.25 -1.25 0.0 0 CLASS=SUGAR SEQID=5 ATTCHORD=(6 12 Cx 14 Br 11 -
|
||||
M V30 Al)
|
||||
M V30 14 P 14.75 -1.25 0.0 0 CLASS=PHOSPHATE SEQID=5 ATTCHORD=(2 13 Al)
|
||||
M V30 15 P 2.75 -1.25 0.0 0 CLASS=PHOSPHATE SEQID=1 ATTCHORD=(4 2 Al 4 Br)
|
||||
M V30 END ATOM
|
||||
M V30 BEGIN BOND
|
||||
M V30 1 1 1 2
|
||||
M V30 2 1 3 4
|
||||
M V30 3 1 4 5
|
||||
M V30 4 1 6 7
|
||||
M V30 5 1 7 8
|
||||
M V30 6 1 5 7
|
||||
M V30 7 1 9 10
|
||||
M V30 8 1 10 11
|
||||
M V30 9 1 8 10
|
||||
M V30 10 1 12 13
|
||||
M V30 11 1 13 14
|
||||
M V30 12 1 11 13
|
||||
M V30 13 1 2 15
|
||||
M V30 14 1 15 4
|
||||
M V30 END BOND
|
||||
M V30 END CTAB
|
||||
M V30 BEGIN TEMPLATE
|
||||
M V30 TEMPLATE 1 BASE/Ade/A NATREPLACE=BASE/A
|
||||
M V30 BEGIN CTAB
|
||||
M V30 COUNTS 11 12 2 0 0
|
||||
M V30 BEGIN ATOM
|
||||
M V30 1 C 1.0354 0.2498 0.0 0
|
||||
M V30 2 C -0.0792 -0.754 0.0 0
|
||||
M V30 3 C -1.5057 -0.2906 0.0 0
|
||||
M V30 4 N -1.8177 1.1766 0.0 0
|
||||
M V30 5 C -0.7031 2.1804 0.0 0
|
||||
M V30 6 N 0.7235 1.717 0.0 0
|
||||
M V30 7 N -2.3871 -1.5034 0.0 0
|
||||
M V30 8 C -1.5053 -2.7168 0.0 0
|
||||
M V30 9 N -0.0787 -2.2532 0.0 0
|
||||
M V30 10 N 2.1768 -0.1209 0.0 0
|
||||
M V30 11 H -3.5871 -1.5034 0.0 0
|
||||
M V30 END ATOM
|
||||
M V30 BEGIN BOND
|
||||
M V30 1 1 1 10
|
||||
M V30 2 2 1 6
|
||||
M V30 3 1 1 2
|
||||
M V30 4 1 9 2
|
||||
M V30 5 2 2 3
|
||||
M V30 6 1 7 3
|
||||
M V30 7 1 3 4
|
||||
M V30 8 2 4 5
|
||||
M V30 9 1 5 6
|
||||
M V30 10 1 7 8
|
||||
M V30 11 1 7 11
|
||||
M V30 12 2 8 9
|
||||
M V30 END BOND
|
||||
M V30 BEGIN SGROUP
|
||||
M V30 1 SUP 1 ATOMS=(1 11) XBONDS=(1 11) BRKXYZ=(9 0.600000 0.000000 0.00000-
|
||||
M V30 0 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000) LABEL=H CLASS-
|
||||
M V30 =LGRP
|
||||
M V30 2 SUP 2 ATOMS=(10 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10) XBONDS=(1 11) BRKXYZ=(9 -0.600-
|
||||
M V30 000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.0-
|
||||
M V30 00000) LABEL=A CLASS=BASE SAP=(3 7 11 Al) NATREPLACE=BASE/A
|
||||
M V30 END SGROUP
|
||||
M V30 END CTAB
|
||||
M V30 TEMPLATE 2 SUGAR/Rib/R NATREPLACE=SUGAR/R
|
||||
M V30 BEGIN CTAB
|
||||
M V30 COUNTS 12 12 4 0 0
|
||||
M V30 BEGIN ATOM
|
||||
M V30 1 O -1.1017 -1.0663 0.0 0
|
||||
M V30 2 C -0.5897 0.3436 0.0 0 CFG=1
|
||||
M V30 3 C 0.0809 -1.9889 0.0 0 CFG=2
|
||||
M V30 4 C 0.9095 0.2924 0.0 0 CFG=2
|
||||
M V30 5 C 1.3239 -1.1493 0.0 0 CFG=1
|
||||
M V30 6 O 1.8285 1.4755 0.0 0
|
||||
M V30 7 O 2.4518 -1.5589 0.0 0
|
||||
M V30 8 C -1.431 1.5834 0.0 0
|
||||
M V30 9 O 0.0399 -3.1881 0.0 0
|
||||
M V30 10 O -2.9279 1.4755 0.0 0
|
||||
M V30 11 H -3.6017 2.4684 0.0 0
|
||||
M V30 12 H 3.0174 1.3125 0.0 0
|
||||
M V30 END ATOM
|
||||
M V30 BEGIN BOND
|
||||
M V30 1 1 1 2
|
||||
M V30 2 1 1 3
|
||||
M V30 3 1 2 4
|
||||
M V30 4 1 2 8 CFG=3
|
||||
M V30 5 1 3 5
|
||||
M V30 6 1 3 9 CFG=3
|
||||
M V30 7 1 4 5
|
||||
M V30 8 1 4 6 CFG=1
|
||||
M V30 9 1 5 7 CFG=1
|
||||
M V30 10 1 6 12
|
||||
M V30 11 1 8 10
|
||||
M V30 12 1 10 11
|
||||
M V30 END BOND
|
||||
M V30 BEGIN COLLECTION
|
||||
M V30 MDLV30/STEABS ATOMS=(4 2 3 4 5)
|
||||
M V30 END COLLECTION
|
||||
M V30 BEGIN SGROUP
|
||||
M V30 1 SUP 1 ATOMS=(1 11) XBONDS=(1 12) BRKXYZ=(9 0.336900 -0.496450 0.0000-
|
||||
M V30 00 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000) LABEL=H CLAS-
|
||||
M V30 S=LGRP
|
||||
M V30 2 SUP 2 ATOMS=(1 12) XBONDS=(1 10) BRKXYZ=(9 -0.594450 0.081500 0.0000-
|
||||
M V30 00 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000) LABEL=H CLAS-
|
||||
M V30 S=LGRP
|
||||
M V30 3 SUP 3 ATOMS=(1 9) XBONDS=(1 6) BRKXYZ=(9 0.020500 0.599600 0.000000 -
|
||||
M V30 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000) LABEL=OH CLASS=-
|
||||
M V30 LGRP
|
||||
M V30 4 SUP 4 ATOMS=(9 1 2 3 4 5 6 7 8 10) XBONDS=(3 6 10 12) BRKXYZ=(9 -0.0-
|
||||
M V30 20500 -0.599600 0.000000 0.594450 -0.081500 0.000000 0.000000 0.000000-
|
||||
M V30 0.000000) BRKXYZ=(9 -0.336900 0.496450 0.000000 0.000000 0.000000 0.0-
|
||||
M V30 00000 0.000000 0.000000 0.000000) LABEL=R CLASS=SUGAR SAP=(3 10 11 Al)-
|
||||
M V30 SAP=(3 6 12 Br) SAP=(3 3 9 Cx) NATREPLACE=SUGAR/R
|
||||
M V30 END SGROUP
|
||||
M V30 END CTAB
|
||||
M V30 TEMPLATE 3 BASE/Ura/U NATREPLACE=BASE/U
|
||||
M V30 BEGIN CTAB
|
||||
M V30 COUNTS 9 9 2 0 0
|
||||
M V30 BEGIN ATOM
|
||||
M V30 1 C 1.8617 1.3499 0.0 0
|
||||
M V30 2 C 1.1117 0.0509 0.0 0
|
||||
M V30 3 C -0.3883 0.0509 0.0 0
|
||||
M V30 4 N -1.1382 1.35 0.0 0
|
||||
M V30 5 C -0.3882 2.649 0.0 0
|
||||
M V30 6 N 1.1117 2.6489 0.0 0
|
||||
M V30 7 O 3.0618 1.3499 0.0 0
|
||||
M V30 8 O -0.9882 3.6882 0.0 0
|
||||
M V30 9 H -2.3383 1.35 0.0 0
|
||||
M V30 END ATOM
|
||||
M V30 BEGIN BOND
|
||||
M V30 1 2 1 7
|
||||
M V30 2 1 1 6
|
||||
M V30 3 1 1 2
|
||||
M V30 4 2 2 3
|
||||
M V30 5 1 3 4
|
||||
M V30 6 1 4 5
|
||||
M V30 7 1 4 9
|
||||
M V30 8 2 5 8
|
||||
M V30 9 1 5 6
|
||||
M V30 END BOND
|
||||
M V30 BEGIN SGROUP
|
||||
M V30 1 SUP 1 ATOMS=(1 9) XBONDS=(1 7) BRKXYZ=(9 0.600050 0.000000 0.000000 -
|
||||
M V30 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000) LABEL=H CLASS=L-
|
||||
M V30 GRP
|
||||
M V30 2 SUP 2 ATOMS=(8 1 2 3 4 5 6 7 8) XBONDS=(1 7) BRKXYZ=(9 -0.600050 0.0-
|
||||
M V30 00000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000) -
|
||||
M V30 LABEL=U CLASS=BASE SAP=(3 4 9 Al) NATREPLACE=BASE/U
|
||||
M V30 END SGROUP
|
||||
M V30 END CTAB
|
||||
M V30 TEMPLATE 4 PHOSPHATE/P/P NATREPLACE=PHOSPHATE/P
|
||||
M V30 BEGIN CTAB
|
||||
M V30 COUNTS 5 4 3 0 0
|
||||
M V30 BEGIN ATOM
|
||||
M V30 1 P -0.2399 0.0 0.0 0
|
||||
M V30 2 O -1.4399 0.0 0.0 0
|
||||
M V30 3 O 0.3598 -1.0394 0.0 0
|
||||
M V30 4 O 0.9601 0.0 0.0 0
|
||||
M V30 5 O 0.3598 1.0394 0.0 0
|
||||
M V30 END ATOM
|
||||
M V30 BEGIN BOND
|
||||
M V30 1 1 1 2
|
||||
M V30 2 2 1 3
|
||||
M V30 3 1 1 4
|
||||
M V30 4 1 1 5
|
||||
M V30 END BOND
|
||||
M V30 BEGIN SGROUP
|
||||
M V30 1 SUP 1 ATOMS=(1 2) XBONDS=(1 1) BRKXYZ=(9 0.600000 0.000000 0.000000 -
|
||||
M V30 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000) LABEL=OH CLASS=-
|
||||
M V30 LGRP
|
||||
M V30 2 SUP 2 ATOMS=(1 4) XBONDS=(1 3) BRKXYZ=(9 -0.600000 0.000000 0.000000-
|
||||
M V30 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000) LABEL=OH CLASS-
|
||||
M V30 =LGRP
|
||||
M V30 3 SUP 3 ATOMS=(3 1 3 5) XBONDS=(2 1 3) BRKXYZ=(9 -0.600000 0.000000 0.-
|
||||
M V30 000000 0.600000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000) LABEL=P -
|
||||
M V30 CLASS=PHOSPHATE SAP=(3 1 2 Al) SAP=(3 1 4 Br) NATREPLACE=PHOSPHATE/P
|
||||
M V30 END SGROUP
|
||||
M V30 END CTAB
|
||||
M V30 TEMPLATE 5 BASE/Cyt/C NATREPLACE=BASE/C
|
||||
M V30 BEGIN CTAB
|
||||
M V30 COUNTS 9 9 2 0 0
|
||||
M V30 BEGIN ATOM
|
||||
M V30 1 C 1.8617 1.3499 0.0 0
|
||||
M V30 2 C 1.1117 2.6489 0.0 0
|
||||
M V30 3 C -0.3882 2.649 0.0 0
|
||||
M V30 4 N -1.1382 1.35 0.0 0
|
||||
M V30 5 C -0.3883 0.0509 0.0 0
|
||||
M V30 6 N 1.1117 0.0509 0.0 0
|
||||
M V30 7 N 3.0618 1.3499 0.0 0
|
||||
M V30 8 O -0.9884 -0.9883 0.0 0
|
||||
M V30 9 H -2.3383 1.35 0.0 0
|
||||
M V30 END ATOM
|
||||
M V30 BEGIN BOND
|
||||
M V30 1 1 1 2
|
||||
M V30 2 2 1 6
|
||||
M V30 3 1 1 7
|
||||
M V30 4 2 2 3
|
||||
M V30 5 1 3 4
|
||||
M V30 6 1 4 5
|
||||
M V30 7 1 4 9
|
||||
M V30 8 1 5 6
|
||||
M V30 9 2 5 8
|
||||
M V30 END BOND
|
||||
M V30 BEGIN SGROUP
|
||||
M V30 1 SUP 1 ATOMS=(1 9) XBONDS=(1 7) BRKXYZ=(9 0.600050 0.000000 0.000000 -
|
||||
M V30 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000) LABEL=H CLASS=L-
|
||||
M V30 GRP
|
||||
M V30 2 SUP 2 ATOMS=(8 1 2 3 4 5 6 7 8) XBONDS=(1 7) BRKXYZ=(9 -0.600050 0.0-
|
||||
M V30 00000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000) -
|
||||
M V30 LABEL=C CLASS=BASE SAP=(3 4 9 Al) NATREPLACE=BASE/C
|
||||
M V30 END SGROUP
|
||||
M V30 END CTAB
|
||||
M V30 END TEMPLATE
|
||||
M END
|
||||
File diff suppressed because it is too large
Load Diff
File diff suppressed because it is too large
Load Diff
157
Code/GraphMol/FileParsers/test_data/macromols/Triplet.mol
Normal file
157
Code/GraphMol/FileParsers/test_data/macromols/Triplet.mol
Normal file
@@ -0,0 +1,157 @@
|
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-INDIGO-09042411402D
|
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||||
0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 V3000
|
||||
M V30 BEGIN CTAB
|
||||
M V30 COUNTS 3 2 0 0 0
|
||||
M V30 BEGIN ATOM
|
||||
M V30 1 Cya 1.25 -1.25 0.0 0 CLASS=AA SEQID=1 ATTCHORD=(2 2 Br)
|
||||
M V30 2 dC 2.75 -1.25 0.0 0 CLASS=AA SEQID=2 ATTCHORD=(4 1 Al 3 Br)
|
||||
M V30 3 Phe_4I 4.25 -1.25 0.0 0 CLASS=AA SEQID=3 ATTCHORD=(2 2 Al)
|
||||
M V30 END ATOM
|
||||
M V30 BEGIN BOND
|
||||
M V30 1 1 1 2
|
||||
M V30 2 1 2 3
|
||||
M V30 END BOND
|
||||
M V30 END CTAB
|
||||
M V30 BEGIN TEMPLATE
|
||||
M V30 TEMPLATE 1 AA/Cya/Cya/ NATREPLACE=AA/A
|
||||
M V30 BEGIN CTAB
|
||||
M V30 COUNTS 11 10 3 0 0
|
||||
M V30 BEGIN ATOM
|
||||
M V30 1 C 0.411785 0.589238 0.0 0
|
||||
M V30 2 C 0.411179 -0.547431 0.0 0 CFG=1
|
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M V30 3 C 1.39486 -1.11698 0.0 0
|
||||
M V30 4 O 1.39433 -2.02583 0.0 0
|
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M V30 5 O 2.18238 -0.663234 0.0 0
|
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M V30 6 N -0.572576 -1.11698 0.0 0
|
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M V30 7 H -1.36055 -0.663991 0.0 0
|
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M V30 8 S -0.571894 1.15878 0.0 0
|
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M V30 9 O -0.571364 2.06764 0.0 0
|
||||
M V30 10 O -1.35941 0.705041 0.0 0
|
||||
M V30 11 O -1.35873 1.61374 0.0 0
|
||||
M V30 END ATOM
|
||||
M V30 BEGIN BOND
|
||||
M V30 1 1 2 1 CFG=1
|
||||
M V30 2 1 2 3
|
||||
M V30 3 2 3 4
|
||||
M V30 4 1 3 5
|
||||
M V30 5 1 2 6
|
||||
M V30 6 1 6 7
|
||||
M V30 7 1 1 8
|
||||
M V30 8 2 8 9
|
||||
M V30 9 2 8 10
|
||||
M V30 10 1 8 11
|
||||
M V30 END BOND
|
||||
M V30 BEGIN COLLECTION
|
||||
M V30 MDLV30/STEABS ATOMS=(1 2)
|
||||
M V30 END COLLECTION
|
||||
M V30 BEGIN SGROUP
|
||||
M V30 1 SUP 1 ATOMS=(1 7) XBONDS=(1 6) BRKXYZ=(9 0.393987 -0.226493 0.000000-
|
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M V30 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000) LABEL=H CLASS=-
|
||||
M V30 LGRP
|
||||
M V30 2 SUP 2 ATOMS=(1 5) XBONDS=(1 4) BRKXYZ=(9 -0.393760 -0.226872 0.00000-
|
||||
M V30 0 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000) LABEL=OH CLAS-
|
||||
M V30 S=LGRP
|
||||
M V30 3 SUP 3 ATOMS=(9 1 2 3 4 6 8 9 10 11) XBONDS=(2 4 6) BRKXYZ=(9 0.39376-
|
||||
M V30 0 0.226872 0.000000 -0.393987 0.226493 0.000000 0.000000 0.000000 0.00-
|
||||
M V30 0000) LABEL=Cya CLASS=AA SAP=(3 6 7 Al) SAP=(3 3 5 Br) NATREPLACE=AA/A
|
||||
M V30 END SGROUP
|
||||
M V30 END CTAB
|
||||
M V30 TEMPLATE 2 AA/dC/dC/ NATREPLACE=AA/C
|
||||
M V30 BEGIN CTAB
|
||||
M V30 COUNTS 9 8 4 0 0
|
||||
M V30 BEGIN ATOM
|
||||
M V30 1 C 1.07057 -0.839232 0.0 0
|
||||
M V30 2 C 0.107598 -0.28436 0.0 0 CFG=1
|
||||
M V30 3 C 0.105894 0.827013 0.0 0
|
||||
M V30 4 S -0.857004 1.38189 0.0 0
|
||||
M V30 5 N -0.855375 -0.839232 0.0 0
|
||||
M V30 6 O 1.0719 -1.72786 0.0 0
|
||||
M V30 7 O 1.8396 -0.393957 0.0 0
|
||||
M V30 8 H -1.62485 -0.394771 0.0 0
|
||||
M V30 9 H -0.858337 2.27051 0.0 0
|
||||
M V30 END ATOM
|
||||
M V30 BEGIN BOND
|
||||
M V30 1 2 6 1
|
||||
M V30 2 1 1 2
|
||||
M V30 3 1 1 7
|
||||
M V30 4 1 2 5
|
||||
M V30 5 1 2 3 CFG=3
|
||||
M V30 6 1 3 4
|
||||
M V30 7 1 5 8
|
||||
M V30 8 1 4 9
|
||||
M V30 END BOND
|
||||
M V30 BEGIN COLLECTION
|
||||
M V30 MDLV30/STEABS ATOMS=(1 2)
|
||||
M V30 END COLLECTION
|
||||
M V30 BEGIN SGROUP
|
||||
M V30 1 SUP 1 ATOMS=(1 8) XBONDS=(1 7) BRKXYZ=(9 0.384737 -0.222230 0.000000-
|
||||
M V30 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000) LABEL=H CLASS=-
|
||||
M V30 LGRP
|
||||
M V30 2 SUP 2 ATOMS=(1 7) XBONDS=(1 3) BRKXYZ=(9 -0.384515 -0.222637 0.00000-
|
||||
M V30 0 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000) LABEL=OH CLAS-
|
||||
M V30 S=LGRP
|
||||
M V30 3 SUP 3 ATOMS=(1 9) XBONDS=(1 8) BRKXYZ=(9 0.000666 -0.444312 0.000000-
|
||||
M V30 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000) LABEL=H CLASS=-
|
||||
M V30 LGRP
|
||||
M V30 4 SUP 4 ATOMS=(6 1 2 3 4 5 6) XBONDS=(3 3 8 7) BRKXYZ=(9 0.384515 0.22-
|
||||
M V30 2637 0.000000 -0.000666 0.444312 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000) -
|
||||
M V30 BRKXYZ=(9 -0.384737 0.222230 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000-
|
||||
M V30 000 0.000000 0.000000) LABEL=dC CLASS=AA SAP=(3 5 8 Al) SAP=(3 1 7 Br)-
|
||||
M V30 SAP=(3 4 9 Cx) NATREPLACE=AA/C
|
||||
M V30 END SGROUP
|
||||
M V30 END CTAB
|
||||
M V30 TEMPLATE 3 AA/Phe_4I/Phe_4I/ NATREPLACE=AA/F
|
||||
M V30 BEGIN CTAB
|
||||
M V30 COUNTS 14 14 3 0 0
|
||||
M V30 BEGIN ATOM
|
||||
M V30 1 I -2.54047 -2.02915 0.0 0
|
||||
M V30 2 C -1.67314 -1.53176 0.0 0
|
||||
M V30 3 C -0.80874 -2.03422 0.0 0
|
||||
M V30 4 C 0.0585908 -1.53683 0.0 0
|
||||
M V30 5 C 0.0615237 -0.536983 0.0 0
|
||||
M V30 6 C 0.928321 -0.0375275 0.0 0
|
||||
M V30 7 C 0.929855 0.962849 0.0 0 CFG=2
|
||||
M V30 8 N 0.0630568 1.4623 0.0 0
|
||||
M V30 9 H -0.802741 0.962183 0.0 0
|
||||
M V30 10 C 1.79665 1.4623 0.0 0
|
||||
M V30 11 O 2.66198 0.961316 0.0 0
|
||||
M V30 12 O 1.79819 2.46215 0.0 0
|
||||
M V30 13 C -0.802874 -0.0345279 0.0 0
|
||||
M V30 14 C -1.67021 -0.531917 0.0 0
|
||||
M V30 END ATOM
|
||||
M V30 BEGIN BOND
|
||||
M V30 1 1 1 2
|
||||
M V30 2 2 2 3
|
||||
M V30 3 1 3 4
|
||||
M V30 4 2 4 5
|
||||
M V30 5 1 5 6
|
||||
M V30 6 1 7 6 CFG=3
|
||||
M V30 7 1 7 8
|
||||
M V30 8 1 8 9
|
||||
M V30 9 1 7 10
|
||||
M V30 10 1 10 11
|
||||
M V30 11 2 10 12
|
||||
M V30 12 1 5 13
|
||||
M V30 13 2 13 14
|
||||
M V30 14 1 2 14
|
||||
M V30 END BOND
|
||||
M V30 BEGIN COLLECTION
|
||||
M V30 MDLV30/STEABS ATOMS=(1 7)
|
||||
M V30 END COLLECTION
|
||||
M V30 BEGIN SGROUP
|
||||
M V30 1 SUP 1 ATOMS=(1 9) XBONDS=(1 8) BRKXYZ=(9 0.432899 0.250061 0.000000 -
|
||||
M V30 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000) LABEL=H CLASS=L-
|
||||
M V30 GRP
|
||||
M V30 2 SUP 2 ATOMS=(1 11) XBONDS=(1 10) BRKXYZ=(9 -0.432666 0.250494 0.0000-
|
||||
M V30 00 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000) LABEL=OH CLA-
|
||||
M V30 SS=LGRP
|
||||
M V30 3 SUP 3 ATOMS=(12 1 2 3 4 5 6 7 8 10 12 13 14) XBONDS=(2 8 10) BRKXYZ=-
|
||||
M V30 (9 -0.432899 -0.250061 0.000000 0.432666 -0.250494 0.000000 0.000000 0-
|
||||
M V30 .000000 0.000000) LABEL=Phe_4I CLASS=AA SAP=(3 8 9 Al) SAP=(3 10 11 Br-
|
||||
M V30 ) NATREPLACE=AA/F
|
||||
M V30 END SGROUP
|
||||
M V30 END CTAB
|
||||
M V30 END TEMPLATE
|
||||
M END
|
||||
267
Code/GraphMol/FileParsers/test_data/macromols/badAtomName.mol
Normal file
267
Code/GraphMol/FileParsers/test_data/macromols/badAtomName.mol
Normal file
@@ -0,0 +1,267 @@
|
||||
|
||||
ACCLDraw11122415482D
|
||||
|
||||
0 0 0 0 0 999 V3000
|
||||
M V30 BEGIN CTAB
|
||||
M V30 COUNTS 8 7 1 0 1
|
||||
M V30 BEGIN ATOM
|
||||
M V30 1 Ala 1.6016 -11.5026 0 0 CLASS=AA ATTCHORD=(2 2 Br) SEQID=1
|
||||
M V30 2 Zzz 2.5464 -11.5026 0 0 CLASS=AA ATTCHORD=(4 3 Br 1 Al) SEQID=2
|
||||
M V30 3 Gly 3.4913 -11.5026 0 0 CLASS=AA ATTCHORD=(4 8 Br 2 Al) SEQID=3
|
||||
M V30 4 His 5.3811 -11.5026 0 0 CLASS=AA ATTCHORD=(4 8 Al 5 Br) SEQID=5
|
||||
M V30 5 His 6.326 -11.5026 0 0 CLASS=AA ATTCHORD=(4 4 Al 7 Br) SEQID=6
|
||||
M V30 6 Pro 8.2157 -11.5026 0 0 CLASS=AA ATTCHORD=(2 7 Al) SEQID=8
|
||||
M V30 7 Cys 7.2709 -11.5026 0 0 CLASS=AA ATTCHORD=(4 5 Al 6 Br) SEQID=7
|
||||
M V30 8 Cys 4.4362 -11.5026 0 0 CLASS=AA ATTCHORD=(4 3 Al 4 Br) SEQID=4
|
||||
M V30 END ATOM
|
||||
M V30 BEGIN BOND
|
||||
M V30 1 1 2 1
|
||||
M V30 2 1 2 3
|
||||
M V30 3 1 8 3
|
||||
M V30 4 1 4 8
|
||||
M V30 5 1 5 4
|
||||
M V30 6 1 5 7
|
||||
M V30 7 1 7 6
|
||||
M V30 END BOND
|
||||
M V30 BEGIN SGROUP
|
||||
M V30 1 DAT 1 ATOMS=(1 1) FIELDNAME="SMMX:sequence position data" -
|
||||
M V30 FIELDDISP=" 1.6016 -11.5026 DA ALL 1 "
|
||||
M V30 END SGROUP
|
||||
M V30 END CTAB
|
||||
M V30 BEGIN TEMPLATE
|
||||
M V30 TEMPLATE 1 AA/Ala/A/
|
||||
M V30 BEGIN CTAB
|
||||
M V30 COUNTS 7 6 3 0 1
|
||||
M V30 BEGIN ATOM
|
||||
M V30 1 O 6.6266 -2.0662 0 0
|
||||
M V30 2 H 5.0016 -2.0876 0 0
|
||||
M V30 3 N 5.1358 -2.0784 0 0 CFG=3
|
||||
M V30 4 C 5.7844 -1.5983 0 0 CFG=2
|
||||
M V30 5 C 6.4753 -2.0653 0 0
|
||||
M V30 6 O 6.4753 -2.8977 0 0
|
||||
M V30 7 C 5.7844 -0.7662 0 0
|
||||
M V30 END ATOM
|
||||
M V30 BEGIN BOND
|
||||
M V30 1 1 3 4
|
||||
M V30 2 1 4 5
|
||||
M V30 3 2 5 6
|
||||
M V30 4 1 4 7 CFG=1
|
||||
M V30 5 1 3 2
|
||||
M V30 6 1 5 1
|
||||
M V30 END BOND
|
||||
M V30 BEGIN SGROUP
|
||||
M V30 1 SUP 1 ATOMS=(1 1) XBONDS=(1 6) BRKXYZ=(9 7.02 -2.26 0 7.02 -1.85 0 -
|
||||
M V30 0 0 0) CSTATE=(4 6 -0.82 -0.01 0) LABEL=OH CLASS=LGRP
|
||||
M V30 2 SUP 2 ATOMS=(1 2) XBONDS=(1 5) BRKXYZ=(9 4.58 -1.87 0 4.6 -2.28 0 -
|
||||
M V30 0 0 0) CSTATE=(4 5 0.8 0.02 0) LABEL=H CLASS=LGRP
|
||||
M V30 3 SUP 3 ATOMS=(5 3 4 5 6 7) XBONDS=(2 5 6) BRKXYZ=(9 3.95 -3.33 0 3.95 -
|
||||
M V30 -0.38 0 0 0 0) CSTATE=(4 5 -0.8 -0.02 0) CSTATE=(4 6 0.82 0.01 -
|
||||
M V30 0) LABEL=A CLASS=AA SAP=(3 3 2 Al) SAP=(3 5 1 Br)
|
||||
M V30 END SGROUP
|
||||
M V30 BEGIN COLLECTION
|
||||
M V30 MDLV30/STEABS ATOMS=(1 4)
|
||||
M V30 END COLLECTION
|
||||
M V30 END CTAB
|
||||
M V30 TEMPLATE 2 AA/Glu/E/
|
||||
M V30 BEGIN CTAB
|
||||
M V30 COUNTS 12 11 4 0 1
|
||||
M V30 BEGIN ATOM
|
||||
M V30 1 O 11.8895 -7.3751 0 0
|
||||
M V30 2 H 9.8607 -7.3749 0 0
|
||||
M V30 3 H 10.9063 -6.5064 0 0
|
||||
M V30 4 O 11.929 -8.5562 0 0
|
||||
M V30 5 C 11.929 -7.3751 0 0
|
||||
M V30 6 O 10.9061 -3.241 0 0
|
||||
M V30 7 O 12.952 -3.241 0 0
|
||||
M V30 8 C 11.929 -3.8316 0 0
|
||||
M V30 9 C 11.929 -5.0128 0 0
|
||||
M V30 10 C 10.9061 -5.6034 0 0
|
||||
M V30 11 C 10.9061 -6.7845 0 0 CFG=2
|
||||
M V30 12 N 9.8835 -7.3749 0 0 CFG=3
|
||||
M V30 END ATOM
|
||||
M V30 BEGIN BOND
|
||||
M V30 1 2 5 4
|
||||
M V30 2 1 5 1
|
||||
M V30 3 1 6 3
|
||||
M V30 4 2 8 7
|
||||
M V30 5 1 8 6
|
||||
M V30 6 1 9 8
|
||||
M V30 7 1 10 9
|
||||
M V30 8 1 11 10 CFG=1
|
||||
M V30 9 1 11 5
|
||||
M V30 10 1 12 11
|
||||
M V30 11 1 12 2
|
||||
M V30 END BOND
|
||||
M V30 BEGIN SGROUP
|
||||
M V30 1 SUP 1 ATOMS=(1 3) XBONDS=(1 3) CSTATE=(4 3 -0 -0.87 0) LABEL=H -
|
||||
M V30 CLASS=LGRP
|
||||
M V30 2 SUP 2 ATOMS=(1 2) XBONDS=(1 11) CSTATE=(4 11 1.05 -0 0) LABEL=H -
|
||||
M V30 CLASS=LGRP
|
||||
M V30 3 SUP 3 ATOMS=(1 1) XBONDS=(1 2) CSTATE=(4 2 -0.98 0 0) LABEL=OH -
|
||||
M V30 CLASS=LGRP
|
||||
M V30 4 SUP 4 ATOMS=(9 12 11 10 5 9 8 7 6 4) XBONDS=(3 3 11 2) CSTATE=(4 3 0 -
|
||||
M V30 0.87 0) CSTATE=(4 11 -1.05 0 0) CSTATE=(4 2 0.98 -0 0) LABEL=E -
|
||||
M V30 CLASS=AA SAP=(3 5 1 Br) SAP=(3 12 2 Al) SAP=(3 6 3 Cx)
|
||||
M V30 END SGROUP
|
||||
M V30 BEGIN COLLECTION
|
||||
M V30 MDLV30/STEABS ATOMS=(1 11)
|
||||
M V30 END COLLECTION
|
||||
M V30 END CTAB
|
||||
M V30 TEMPLATE 3 AA/Gly/G/
|
||||
M V30 BEGIN CTAB
|
||||
M V30 COUNTS 6 5 3 0 0
|
||||
M V30 BEGIN ATOM
|
||||
M V30 1 N 3.676 -12.5274 0 0 CFG=3
|
||||
M V30 2 C 4.2675 -12.095 0 0
|
||||
M V30 3 O 4.8932 -13.2691 0 0
|
||||
M V30 4 C 4.8904 -12.5161 0 0
|
||||
M V30 5 O 5.1042 -12.5167 0 0
|
||||
M V30 6 H 3.4542 -12.5125 0 0
|
||||
M V30 END ATOM
|
||||
M V30 BEGIN BOND
|
||||
M V30 1 1 1 2
|
||||
M V30 2 1 2 4
|
||||
M V30 3 2 4 3
|
||||
M V30 4 1 4 5
|
||||
M V30 5 1 1 6
|
||||
M V30 END BOND
|
||||
M V30 BEGIN SGROUP
|
||||
M V30 1 SUP 1 ATOMS=(1 5) XBONDS=(1 4) CSTATE=(4 4 -0.82 -0.01 0) LABEL=OH -
|
||||
M V30 CLASS=LGRP
|
||||
M V30 2 SUP 2 ATOMS=(4 1 2 3 4) XBONDS=(2 4 5) CSTATE=(4 4 0.82 0.01 0) -
|
||||
M V30 CSTATE=(4 5 -0.83 0.01 0) LABEL=G CLASS=AA SAP=(3 4 5 Br) -
|
||||
M V30 SAP=(3 1 6 Al)
|
||||
M V30 3 SUP 3 ATOMS=(1 6) XBONDS=(1 5) CSTATE=(4 5 0.83 -0.01 0) LABEL=H -
|
||||
M V30 CLASS=LGRP
|
||||
M V30 END SGROUP
|
||||
M V30 END CTAB
|
||||
M V30 TEMPLATE 4 AA/His/H/
|
||||
M V30 BEGIN CTAB
|
||||
M V30 COUNTS 13 13 4 0 1
|
||||
M V30 BEGIN ATOM
|
||||
M V30 1 N 13.6621 -5.9337 0 0
|
||||
M V30 2 H 12.1156 -8.5455 0 0
|
||||
M V30 3 O 13.8674 -8.5328 0 0
|
||||
M V30 4 O 13.6279 -9.3828 0 0
|
||||
M V30 5 C 13.6279 -8.5328 0 0
|
||||
M V30 6 N 12.2569 -8.5455 0 0 CFG=3
|
||||
M V30 7 C 12.9246 -8.0574 0 0 CFG=1
|
||||
M V30 8 C 12.9246 -7.2051 0 0
|
||||
M V30 9 C 13.6621 -6.7803 0 0
|
||||
M V30 10 C 14.4645 -7.0501 0 0
|
||||
M V30 11 H 12.9332 -7.5261 0 0
|
||||
M V30 12 C 14.4785 -5.6803 0 0
|
||||
M V30 13 N 14.9691 -6.3703 0 0 CFG=3
|
||||
M V30 END ATOM
|
||||
M V30 BEGIN BOND
|
||||
M V30 1 2 1 12
|
||||
M V30 2 1 9 1
|
||||
M V30 3 2 10 9
|
||||
M V30 4 1 13 10
|
||||
M V30 5 1 12 13
|
||||
M V30 6 1 6 2
|
||||
M V30 7 1 5 3
|
||||
M V30 8 1 13 11
|
||||
M V30 9 2 5 4
|
||||
M V30 10 1 7 5
|
||||
M V30 11 1 6 7
|
||||
M V30 12 1 7 8 CFG=1
|
||||
M V30 13 1 8 9
|
||||
M V30 END BOND
|
||||
M V30 BEGIN SGROUP
|
||||
M V30 1 SUP 1 ATOMS=(1 2) XBONDS=(1 6) BRKXYZ=(9 -16.63 0.59 0 -16.62 -0.11 -
|
||||
M V30 0 0 0 0) CSTATE=(4 6 0.83 0.01 0) LABEL=H CLASS=LGRP
|
||||
M V30 2 SUP 2 ATOMS=(1 3) XBONDS=(1 7) BRKXYZ=(9 -14.2 -0.09 0 -14.2 0.61 0 -
|
||||
M V30 0 0 0) CSTATE=(4 7 -0.93 -0.01 0) LABEL=OH CLASS=LGRP
|
||||
M V30 3 SUP 3 ATOMS=(1 11) XBONDS=(1 8) BRKXYZ=(9 -13.87 2.71 0 -13.84 3.41 -
|
||||
M V30 0 0 0 0) CSTATE=(4 8 0.01 -1.01 0) LABEL=H CLASS=LGRP
|
||||
M V30 4 SUP 4 ATOMS=(10 6 7 4 5 8 1 12 13 10 9) XBONDS=(3 7 8 6) BRKXYZ=(9 -
|
||||
M V30 -14.39 0.61 0 -14.38 -0.09 0 0 0 0) BRKXYZ=(9 -12.94 2.75 0 -
|
||||
M V30 -12.97 2.05 0 0 0 0) BRKXYZ=(9 -16.46 -0.11 0 -16.46 0.59 0 -
|
||||
M V30 0 0 0) CSTATE=(4 7 0.93 0.01 0) CSTATE=(4 8 -0.01 1.01 0) -
|
||||
M V30 CSTATE=(4 6 -0.83 -0.01 0) LABEL=H CLASS=AA SAP=(3 6 2 Al) -
|
||||
M V30 SAP=(3 5 3 Br) SAP=(3 13 11 Cx)
|
||||
M V30 END SGROUP
|
||||
M V30 BEGIN COLLECTION
|
||||
M V30 MDLV30/STEABS ATOMS=(1 7)
|
||||
M V30 END COLLECTION
|
||||
M V30 END CTAB
|
||||
M V30 TEMPLATE 5 AA/Pro/P/
|
||||
M V30 BEGIN CTAB
|
||||
M V30 COUNTS 9 9 3 0 1
|
||||
M V30 BEGIN ATOM
|
||||
M V30 1 O 3.5033 -2.6912 0 0
|
||||
M V30 2 H 1.8241 -2.6775 0 0
|
||||
M V30 3 C 3.3512 -2.6646 0 0
|
||||
M V30 4 C 2.6882 -2.2195 0 0 CFG=2
|
||||
M V30 5 C 2.6882 -1.4139 0 0
|
||||
M V30 6 C 1.8317 -1.2885 0 0
|
||||
M V30 7 C 1.4465 -2.0649 0 0
|
||||
M V30 8 N 2.0634 -2.6791 0 0 CFG=3
|
||||
M V30 9 O 3.3512 -3.464 0 0
|
||||
M V30 END ATOM
|
||||
M V30 BEGIN BOND
|
||||
M V30 1 1 3 1
|
||||
M V30 2 1 8 2
|
||||
M V30 3 1 4 3
|
||||
M V30 4 1 4 5 CFG=1
|
||||
M V30 5 1 6 5
|
||||
M V30 6 1 7 6
|
||||
M V30 7 1 7 8
|
||||
M V30 8 1 8 4
|
||||
M V30 9 2 3 9
|
||||
M V30 END BOND
|
||||
M V30 BEGIN SGROUP
|
||||
M V30 1 SUP 1 ATOMS=(1 1) XBONDS=(1 1) BRKXYZ=(9 3.87 -2.87 0 3.88 -2.47 0 -
|
||||
M V30 0 0 0) CSTATE=(4 1 -0.8 0.02 0) LABEL=OH CLASS=LGRP
|
||||
M V30 2 SUP 2 ATOMS=(1 2) XBONDS=(1 2) BRKXYZ=(9 1.46 -2.47 0 1.47 -2.88 0 -
|
||||
M V30 0 0 0) CSTATE=(4 2 0.88 0.01 0) LABEL=H CLASS=LGRP
|
||||
M V30 3 SUP 3 ATOMS=(7 3 4 5 6 7 8 9) XBONDS=(2 2 1) BRKXYZ=(9 0.8 -3.9 0 -
|
||||
M V30 0.8 -0.91 0 0 0 0) CSTATE=(4 2 -0.88 -0.01 0) CSTATE=(4 1 0.8 -
|
||||
M V30 -0.02 0) LABEL=P CLASS=AA SAP=(3 8 2 Al) SAP=(3 3 1 Br)
|
||||
M V30 END SGROUP
|
||||
M V30 BEGIN COLLECTION
|
||||
M V30 MDLV30/STEABS ATOMS=(1 4)
|
||||
M V30 END COLLECTION
|
||||
M V30 END CTAB
|
||||
M V30 TEMPLATE 6 AA/Cys/C/
|
||||
M V30 BEGIN CTAB
|
||||
M V30 COUNTS 9 8 4 0 1
|
||||
M V30 BEGIN ATOM
|
||||
M V30 1 H 9.9063 -6.8946 0 0
|
||||
M V30 2 S 11.0183 -5.1898 0 0
|
||||
M V30 3 C 9.8926 -5.8385 0 0
|
||||
M V30 4 C 9.8926 -7.1376 0 0 CFG=1
|
||||
M V30 5 C 10.9757 -7.8552 0 0
|
||||
M V30 6 O 11.1331 -7.875 0 0
|
||||
M V30 7 O 10.9757 -9.1545 0 0
|
||||
M V30 8 N 8.8368 -7.8948 0 0 CFG=3
|
||||
M V30 9 H 8.633 -7.8748 0 0
|
||||
M V30 END ATOM
|
||||
M V30 BEGIN BOND
|
||||
M V30 1 1 2 1
|
||||
M V30 2 1 3 2
|
||||
M V30 3 1 4 3 CFG=1
|
||||
M V30 4 1 4 5
|
||||
M V30 5 1 5 6
|
||||
M V30 6 2 5 7
|
||||
M V30 7 1 8 4
|
||||
M V30 8 1 8 9
|
||||
M V30 END BOND
|
||||
M V30 BEGIN SGROUP
|
||||
M V30 1 SUP 1 ATOMS=(6 8 4 7 5 3 2) XBONDS=(3 8 5 1) CSTATE=(4 8 -1.27 0 0) -
|
||||
M V30 CSTATE=(4 5 1.23 -0 0) CSTATE=(4 1 0 0.98 0) LABEL=C -
|
||||
M V30 CLASS=AA SAP=(3 8 9 Al) SAP=(3 5 6 Br) SAP=(3 2 1 Cx)
|
||||
M V30 2 SUP 2 ATOMS=(1 1) XBONDS=(1 1) CSTATE=(4 1 -0 -0.98 0) LABEL=H -
|
||||
M V30 CLASS=LGRP
|
||||
M V30 3 SUP 3 ATOMS=(1 6) XBONDS=(1 5) CSTATE=(4 5 -1.23 0 0) LABEL=OH -
|
||||
M V30 CLASS=LGRP
|
||||
M V30 4 SUP 4 ATOMS=(1 9) XBONDS=(1 8) CSTATE=(4 8 1.27 -0 0) LABEL=H -
|
||||
M V30 CLASS=LGRP
|
||||
M V30 END SGROUP
|
||||
M V30 BEGIN COLLECTION
|
||||
M V30 MDLV30/STEABS ATOMS=(1 4)
|
||||
M V30 END COLLECTION
|
||||
M V30 END CTAB
|
||||
M V30 END TEMPLATE
|
||||
M END
|
||||
267
Code/GraphMol/FileParsers/test_data/macromols/badClass.mol
Normal file
267
Code/GraphMol/FileParsers/test_data/macromols/badClass.mol
Normal file
@@ -0,0 +1,267 @@
|
||||
|
||||
ACCLDraw11122415482D
|
||||
|
||||
0 0 0 0 0 999 V3000
|
||||
M V30 BEGIN CTAB
|
||||
M V30 COUNTS 8 7 1 0 1
|
||||
M V30 BEGIN ATOM
|
||||
M V30 1 Ala 1.6016 -11.5026 0 0 CLASS=AA ATTCHORD=(2 2 Br) SEQID=1
|
||||
M V30 2 Glu 2.5464 -11.5026 0 0 CLASS=BB ATTCHORD=(4 3 Br 1 Al) SEQID=2
|
||||
M V30 3 Gly 3.4913 -11.5026 0 0 CLASS=AA ATTCHORD=(4 8 Br 2 Al) SEQID=3
|
||||
M V30 4 His 5.3811 -11.5026 0 0 CLASS=AA ATTCHORD=(4 8 Al 5 Br) SEQID=5
|
||||
M V30 5 His 6.326 -11.5026 0 0 CLASS=AA ATTCHORD=(4 4 Al 7 Br) SEQID=6
|
||||
M V30 6 Pro 8.2157 -11.5026 0 0 CLASS=AA ATTCHORD=(2 7 Al) SEQID=8
|
||||
M V30 7 Cys 7.2709 -11.5026 0 0 CLASS=AA ATTCHORD=(4 5 Al 6 Br) SEQID=7
|
||||
M V30 8 Cys 4.4362 -11.5026 0 0 CLASS=AA ATTCHORD=(4 3 Al 4 Br) SEQID=4
|
||||
M V30 END ATOM
|
||||
M V30 BEGIN BOND
|
||||
M V30 1 1 2 1
|
||||
M V30 2 1 2 3
|
||||
M V30 3 1 8 3
|
||||
M V30 4 1 4 8
|
||||
M V30 5 1 5 4
|
||||
M V30 6 1 5 7
|
||||
M V30 7 1 7 6
|
||||
M V30 END BOND
|
||||
M V30 BEGIN SGROUP
|
||||
M V30 1 DAT 1 ATOMS=(1 1) FIELDNAME="SMMX:sequence position data" -
|
||||
M V30 FIELDDISP=" 1.6016 -11.5026 DA ALL 1 "
|
||||
M V30 END SGROUP
|
||||
M V30 END CTAB
|
||||
M V30 BEGIN TEMPLATE
|
||||
M V30 TEMPLATE 1 AA/Ala/A/
|
||||
M V30 BEGIN CTAB
|
||||
M V30 COUNTS 7 6 3 0 1
|
||||
M V30 BEGIN ATOM
|
||||
M V30 1 O 6.6266 -2.0662 0 0
|
||||
M V30 2 H 5.0016 -2.0876 0 0
|
||||
M V30 3 N 5.1358 -2.0784 0 0 CFG=3
|
||||
M V30 4 C 5.7844 -1.5983 0 0 CFG=2
|
||||
M V30 5 C 6.4753 -2.0653 0 0
|
||||
M V30 6 O 6.4753 -2.8977 0 0
|
||||
M V30 7 C 5.7844 -0.7662 0 0
|
||||
M V30 END ATOM
|
||||
M V30 BEGIN BOND
|
||||
M V30 1 1 3 4
|
||||
M V30 2 1 4 5
|
||||
M V30 3 2 5 6
|
||||
M V30 4 1 4 7 CFG=1
|
||||
M V30 5 1 3 2
|
||||
M V30 6 1 5 1
|
||||
M V30 END BOND
|
||||
M V30 BEGIN SGROUP
|
||||
M V30 1 SUP 1 ATOMS=(1 1) XBONDS=(1 6) BRKXYZ=(9 7.02 -2.26 0 7.02 -1.85 0 -
|
||||
M V30 0 0 0) CSTATE=(4 6 -0.82 -0.01 0) LABEL=OH CLASS=LGRP
|
||||
M V30 2 SUP 2 ATOMS=(1 2) XBONDS=(1 5) BRKXYZ=(9 4.58 -1.87 0 4.6 -2.28 0 -
|
||||
M V30 0 0 0) CSTATE=(4 5 0.8 0.02 0) LABEL=H CLASS=LGRP
|
||||
M V30 3 SUP 3 ATOMS=(5 3 4 5 6 7) XBONDS=(2 5 6) BRKXYZ=(9 3.95 -3.33 0 3.95 -
|
||||
M V30 -0.38 0 0 0 0) CSTATE=(4 5 -0.8 -0.02 0) CSTATE=(4 6 0.82 0.01 -
|
||||
M V30 0) LABEL=A CLASS=AA SAP=(3 3 2 Al) SAP=(3 5 1 Br)
|
||||
M V30 END SGROUP
|
||||
M V30 BEGIN COLLECTION
|
||||
M V30 MDLV30/STEABS ATOMS=(1 4)
|
||||
M V30 END COLLECTION
|
||||
M V30 END CTAB
|
||||
M V30 TEMPLATE 2 AA/Glu/E/
|
||||
M V30 BEGIN CTAB
|
||||
M V30 COUNTS 12 11 4 0 1
|
||||
M V30 BEGIN ATOM
|
||||
M V30 1 O 11.8895 -7.3751 0 0
|
||||
M V30 2 H 9.8607 -7.3749 0 0
|
||||
M V30 3 H 10.9063 -6.5064 0 0
|
||||
M V30 4 O 11.929 -8.5562 0 0
|
||||
M V30 5 C 11.929 -7.3751 0 0
|
||||
M V30 6 O 10.9061 -3.241 0 0
|
||||
M V30 7 O 12.952 -3.241 0 0
|
||||
M V30 8 C 11.929 -3.8316 0 0
|
||||
M V30 9 C 11.929 -5.0128 0 0
|
||||
M V30 10 C 10.9061 -5.6034 0 0
|
||||
M V30 11 C 10.9061 -6.7845 0 0 CFG=2
|
||||
M V30 12 N 9.8835 -7.3749 0 0 CFG=3
|
||||
M V30 END ATOM
|
||||
M V30 BEGIN BOND
|
||||
M V30 1 2 5 4
|
||||
M V30 2 1 5 1
|
||||
M V30 3 1 6 3
|
||||
M V30 4 2 8 7
|
||||
M V30 5 1 8 6
|
||||
M V30 6 1 9 8
|
||||
M V30 7 1 10 9
|
||||
M V30 8 1 11 10 CFG=1
|
||||
M V30 9 1 11 5
|
||||
M V30 10 1 12 11
|
||||
M V30 11 1 12 2
|
||||
M V30 END BOND
|
||||
M V30 BEGIN SGROUP
|
||||
M V30 1 SUP 1 ATOMS=(1 3) XBONDS=(1 3) CSTATE=(4 3 -0 -0.87 0) LABEL=H -
|
||||
M V30 CLASS=LGRP
|
||||
M V30 2 SUP 2 ATOMS=(1 2) XBONDS=(1 11) CSTATE=(4 11 1.05 -0 0) LABEL=H -
|
||||
M V30 CLASS=LGRP
|
||||
M V30 3 SUP 3 ATOMS=(1 1) XBONDS=(1 2) CSTATE=(4 2 -0.98 0 0) LABEL=OH -
|
||||
M V30 CLASS=LGRP
|
||||
M V30 4 SUP 4 ATOMS=(9 12 11 10 5 9 8 7 6 4) XBONDS=(3 3 11 2) CSTATE=(4 3 0 -
|
||||
M V30 0.87 0) CSTATE=(4 11 -1.05 0 0) CSTATE=(4 2 0.98 -0 0) LABEL=E -
|
||||
M V30 CLASS=AA SAP=(3 5 1 Br) SAP=(3 12 2 Al) SAP=(3 6 3 Cx)
|
||||
M V30 END SGROUP
|
||||
M V30 BEGIN COLLECTION
|
||||
M V30 MDLV30/STEABS ATOMS=(1 11)
|
||||
M V30 END COLLECTION
|
||||
M V30 END CTAB
|
||||
M V30 TEMPLATE 3 AA/Gly/G/
|
||||
M V30 BEGIN CTAB
|
||||
M V30 COUNTS 6 5 3 0 0
|
||||
M V30 BEGIN ATOM
|
||||
M V30 1 N 3.676 -12.5274 0 0 CFG=3
|
||||
M V30 2 C 4.2675 -12.095 0 0
|
||||
M V30 3 O 4.8932 -13.2691 0 0
|
||||
M V30 4 C 4.8904 -12.5161 0 0
|
||||
M V30 5 O 5.1042 -12.5167 0 0
|
||||
M V30 6 H 3.4542 -12.5125 0 0
|
||||
M V30 END ATOM
|
||||
M V30 BEGIN BOND
|
||||
M V30 1 1 1 2
|
||||
M V30 2 1 2 4
|
||||
M V30 3 2 4 3
|
||||
M V30 4 1 4 5
|
||||
M V30 5 1 1 6
|
||||
M V30 END BOND
|
||||
M V30 BEGIN SGROUP
|
||||
M V30 1 SUP 1 ATOMS=(1 5) XBONDS=(1 4) CSTATE=(4 4 -0.82 -0.01 0) LABEL=OH -
|
||||
M V30 CLASS=LGRP
|
||||
M V30 2 SUP 2 ATOMS=(4 1 2 3 4) XBONDS=(2 4 5) CSTATE=(4 4 0.82 0.01 0) -
|
||||
M V30 CSTATE=(4 5 -0.83 0.01 0) LABEL=G CLASS=AA SAP=(3 4 5 Br) -
|
||||
M V30 SAP=(3 1 6 Al)
|
||||
M V30 3 SUP 3 ATOMS=(1 6) XBONDS=(1 5) CSTATE=(4 5 0.83 -0.01 0) LABEL=H -
|
||||
M V30 CLASS=LGRP
|
||||
M V30 END SGROUP
|
||||
M V30 END CTAB
|
||||
M V30 TEMPLATE 4 AA/His/H/
|
||||
M V30 BEGIN CTAB
|
||||
M V30 COUNTS 13 13 4 0 1
|
||||
M V30 BEGIN ATOM
|
||||
M V30 1 N 13.6621 -5.9337 0 0
|
||||
M V30 2 H 12.1156 -8.5455 0 0
|
||||
M V30 3 O 13.8674 -8.5328 0 0
|
||||
M V30 4 O 13.6279 -9.3828 0 0
|
||||
M V30 5 C 13.6279 -8.5328 0 0
|
||||
M V30 6 N 12.2569 -8.5455 0 0 CFG=3
|
||||
M V30 7 C 12.9246 -8.0574 0 0 CFG=1
|
||||
M V30 8 C 12.9246 -7.2051 0 0
|
||||
M V30 9 C 13.6621 -6.7803 0 0
|
||||
M V30 10 C 14.4645 -7.0501 0 0
|
||||
M V30 11 H 12.9332 -7.5261 0 0
|
||||
M V30 12 C 14.4785 -5.6803 0 0
|
||||
M V30 13 N 14.9691 -6.3703 0 0 CFG=3
|
||||
M V30 END ATOM
|
||||
M V30 BEGIN BOND
|
||||
M V30 1 2 1 12
|
||||
M V30 2 1 9 1
|
||||
M V30 3 2 10 9
|
||||
M V30 4 1 13 10
|
||||
M V30 5 1 12 13
|
||||
M V30 6 1 6 2
|
||||
M V30 7 1 5 3
|
||||
M V30 8 1 13 11
|
||||
M V30 9 2 5 4
|
||||
M V30 10 1 7 5
|
||||
M V30 11 1 6 7
|
||||
M V30 12 1 7 8 CFG=1
|
||||
M V30 13 1 8 9
|
||||
M V30 END BOND
|
||||
M V30 BEGIN SGROUP
|
||||
M V30 1 SUP 1 ATOMS=(1 2) XBONDS=(1 6) BRKXYZ=(9 -16.63 0.59 0 -16.62 -0.11 -
|
||||
M V30 0 0 0 0) CSTATE=(4 6 0.83 0.01 0) LABEL=H CLASS=LGRP
|
||||
M V30 2 SUP 2 ATOMS=(1 3) XBONDS=(1 7) BRKXYZ=(9 -14.2 -0.09 0 -14.2 0.61 0 -
|
||||
M V30 0 0 0) CSTATE=(4 7 -0.93 -0.01 0) LABEL=OH CLASS=LGRP
|
||||
M V30 3 SUP 3 ATOMS=(1 11) XBONDS=(1 8) BRKXYZ=(9 -13.87 2.71 0 -13.84 3.41 -
|
||||
M V30 0 0 0 0) CSTATE=(4 8 0.01 -1.01 0) LABEL=H CLASS=LGRP
|
||||
M V30 4 SUP 4 ATOMS=(10 6 7 4 5 8 1 12 13 10 9) XBONDS=(3 7 8 6) BRKXYZ=(9 -
|
||||
M V30 -14.39 0.61 0 -14.38 -0.09 0 0 0 0) BRKXYZ=(9 -12.94 2.75 0 -
|
||||
M V30 -12.97 2.05 0 0 0 0) BRKXYZ=(9 -16.46 -0.11 0 -16.46 0.59 0 -
|
||||
M V30 0 0 0) CSTATE=(4 7 0.93 0.01 0) CSTATE=(4 8 -0.01 1.01 0) -
|
||||
M V30 CSTATE=(4 6 -0.83 -0.01 0) LABEL=H CLASS=AA SAP=(3 6 2 Al) -
|
||||
M V30 SAP=(3 5 3 Br) SAP=(3 13 11 Cx)
|
||||
M V30 END SGROUP
|
||||
M V30 BEGIN COLLECTION
|
||||
M V30 MDLV30/STEABS ATOMS=(1 7)
|
||||
M V30 END COLLECTION
|
||||
M V30 END CTAB
|
||||
M V30 TEMPLATE 5 AA/Pro/P/
|
||||
M V30 BEGIN CTAB
|
||||
M V30 COUNTS 9 9 3 0 1
|
||||
M V30 BEGIN ATOM
|
||||
M V30 1 O 3.5033 -2.6912 0 0
|
||||
M V30 2 H 1.8241 -2.6775 0 0
|
||||
M V30 3 C 3.3512 -2.6646 0 0
|
||||
M V30 4 C 2.6882 -2.2195 0 0 CFG=2
|
||||
M V30 5 C 2.6882 -1.4139 0 0
|
||||
M V30 6 C 1.8317 -1.2885 0 0
|
||||
M V30 7 C 1.4465 -2.0649 0 0
|
||||
M V30 8 N 2.0634 -2.6791 0 0 CFG=3
|
||||
M V30 9 O 3.3512 -3.464 0 0
|
||||
M V30 END ATOM
|
||||
M V30 BEGIN BOND
|
||||
M V30 1 1 3 1
|
||||
M V30 2 1 8 2
|
||||
M V30 3 1 4 3
|
||||
M V30 4 1 4 5 CFG=1
|
||||
M V30 5 1 6 5
|
||||
M V30 6 1 7 6
|
||||
M V30 7 1 7 8
|
||||
M V30 8 1 8 4
|
||||
M V30 9 2 3 9
|
||||
M V30 END BOND
|
||||
M V30 BEGIN SGROUP
|
||||
M V30 1 SUP 1 ATOMS=(1 1) XBONDS=(1 1) BRKXYZ=(9 3.87 -2.87 0 3.88 -2.47 0 -
|
||||
M V30 0 0 0) CSTATE=(4 1 -0.8 0.02 0) LABEL=OH CLASS=LGRP
|
||||
M V30 2 SUP 2 ATOMS=(1 2) XBONDS=(1 2) BRKXYZ=(9 1.46 -2.47 0 1.47 -2.88 0 -
|
||||
M V30 0 0 0) CSTATE=(4 2 0.88 0.01 0) LABEL=H CLASS=LGRP
|
||||
M V30 3 SUP 3 ATOMS=(7 3 4 5 6 7 8 9) XBONDS=(2 2 1) BRKXYZ=(9 0.8 -3.9 0 -
|
||||
M V30 0.8 -0.91 0 0 0 0) CSTATE=(4 2 -0.88 -0.01 0) CSTATE=(4 1 0.8 -
|
||||
M V30 -0.02 0) LABEL=P CLASS=AA SAP=(3 8 2 Al) SAP=(3 3 1 Br)
|
||||
M V30 END SGROUP
|
||||
M V30 BEGIN COLLECTION
|
||||
M V30 MDLV30/STEABS ATOMS=(1 4)
|
||||
M V30 END COLLECTION
|
||||
M V30 END CTAB
|
||||
M V30 TEMPLATE 6 AA/Cys/C/
|
||||
M V30 BEGIN CTAB
|
||||
M V30 COUNTS 9 8 4 0 1
|
||||
M V30 BEGIN ATOM
|
||||
M V30 1 H 9.9063 -6.8946 0 0
|
||||
M V30 2 S 11.0183 -5.1898 0 0
|
||||
M V30 3 C 9.8926 -5.8385 0 0
|
||||
M V30 4 C 9.8926 -7.1376 0 0 CFG=1
|
||||
M V30 5 C 10.9757 -7.8552 0 0
|
||||
M V30 6 O 11.1331 -7.875 0 0
|
||||
M V30 7 O 10.9757 -9.1545 0 0
|
||||
M V30 8 N 8.8368 -7.8948 0 0 CFG=3
|
||||
M V30 9 H 8.633 -7.8748 0 0
|
||||
M V30 END ATOM
|
||||
M V30 BEGIN BOND
|
||||
M V30 1 1 2 1
|
||||
M V30 2 1 3 2
|
||||
M V30 3 1 4 3 CFG=1
|
||||
M V30 4 1 4 5
|
||||
M V30 5 1 5 6
|
||||
M V30 6 2 5 7
|
||||
M V30 7 1 8 4
|
||||
M V30 8 1 8 9
|
||||
M V30 END BOND
|
||||
M V30 BEGIN SGROUP
|
||||
M V30 1 SUP 1 ATOMS=(6 8 4 7 5 3 2) XBONDS=(3 8 5 1) CSTATE=(4 8 -1.27 0 0) -
|
||||
M V30 CSTATE=(4 5 1.23 -0 0) CSTATE=(4 1 0 0.98 0) LABEL=C -
|
||||
M V30 CLASS=AA SAP=(3 8 9 Al) SAP=(3 5 6 Br) SAP=(3 2 1 Cx)
|
||||
M V30 2 SUP 2 ATOMS=(1 1) XBONDS=(1 1) CSTATE=(4 1 -0 -0.98 0) LABEL=H -
|
||||
M V30 CLASS=LGRP
|
||||
M V30 3 SUP 3 ATOMS=(1 6) XBONDS=(1 5) CSTATE=(4 5 -1.23 0 0) LABEL=OH -
|
||||
M V30 CLASS=LGRP
|
||||
M V30 4 SUP 4 ATOMS=(1 9) XBONDS=(1 8) CSTATE=(4 8 1.27 -0 0) LABEL=H -
|
||||
M V30 CLASS=LGRP
|
||||
M V30 END SGROUP
|
||||
M V30 BEGIN COLLECTION
|
||||
M V30 MDLV30/STEABS ATOMS=(1 4)
|
||||
M V30 END COLLECTION
|
||||
M V30 END CTAB
|
||||
M V30 END TEMPLATE
|
||||
M END
|
||||
@@ -0,0 +1,267 @@
|
||||
|
||||
ACCLDraw11122415482D
|
||||
|
||||
0 0 0 0 0 999 V3000
|
||||
M V30 BEGIN CTAB
|
||||
M V30 COUNTS 8 7 1 0 1
|
||||
M V30 BEGIN ATOM
|
||||
M V30 1 Ala 1.6016 -11.5026 0 0 CLASS=AA ATTCHORD=(2 2 Br) SEQID=1
|
||||
M V30 2 Glu 2.5464 -11.5026 0 0 CLASS=AA ATTCHORD=(4 3 Br 1 Al) SEQID=2
|
||||
M V30 3 Gly 3.4913 -11.5026 0 0 CLASS=AA ATTCHORD=(4 8 Br 2 Al) SEQID=3
|
||||
M V30 4 His 5.3811 -11.5026 0 0 CLASS=AA ATTCHORD=(4 8 Al 5 Br) SEQID=5
|
||||
M V30 5 His 6.326 -11.5026 0 0 CLASS=AA ATTCHORD=(4 4 Al 7 Br) SEQID=6
|
||||
M V30 6 Pro 8.2157 -11.5026 0 0 CLASS=AA ATTCHORD=(2 7 Al) SEQID=8
|
||||
M V30 7 Cys 7.2709 -11.5026 0 0 CLASS=AA ATTCHORD=(4 5 Al 6 Br) SEQID=7
|
||||
M V30 8 Cys 4.4362 -11.5026 0 0 CLASS=AA ATTCHORD=(4 3 Al 4 Br) SEQID=4
|
||||
M V30 END ATOM
|
||||
M V30 BEGIN BOND
|
||||
M V30 1 1 2 1
|
||||
M V30 2 1 2 3
|
||||
M V30 3 1 8 3
|
||||
M V30 4 1 4 8
|
||||
M V30 5 1 5 4
|
||||
M V30 6 1 5 7
|
||||
M V30 7 1 7 6
|
||||
M V30 END BOND
|
||||
M V30 BEGIN SGROUP
|
||||
M V30 1 DAT 1 ATOMS=(1 1) FIELDNAME="SMMX:sequence position data" -
|
||||
M V30 FIELDDISP=" 1.6016 -11.5026 DA ALL 1 "
|
||||
M V30 END SGROUP
|
||||
M V30 END CTAB
|
||||
M V30 BEGIN TEMPLATE
|
||||
M V30 TEMPLATE 1 BB/Ala/A/
|
||||
M V30 BEGIN CTAB
|
||||
M V30 COUNTS 7 6 3 0 1
|
||||
M V30 BEGIN ATOM
|
||||
M V30 1 O 6.6266 -2.0662 0 0
|
||||
M V30 2 H 5.0016 -2.0876 0 0
|
||||
M V30 3 N 5.1358 -2.0784 0 0 CFG=3
|
||||
M V30 4 C 5.7844 -1.5983 0 0 CFG=2
|
||||
M V30 5 C 6.4753 -2.0653 0 0
|
||||
M V30 6 O 6.4753 -2.8977 0 0
|
||||
M V30 7 C 5.7844 -0.7662 0 0
|
||||
M V30 END ATOM
|
||||
M V30 BEGIN BOND
|
||||
M V30 1 1 3 4
|
||||
M V30 2 1 4 5
|
||||
M V30 3 2 5 6
|
||||
M V30 4 1 4 7 CFG=1
|
||||
M V30 5 1 3 2
|
||||
M V30 6 1 5 1
|
||||
M V30 END BOND
|
||||
M V30 BEGIN SGROUP
|
||||
M V30 1 SUP 1 ATOMS=(1 1) XBONDS=(1 6) BRKXYZ=(9 7.02 -2.26 0 7.02 -1.85 0 -
|
||||
M V30 0 0 0) CSTATE=(4 6 -0.82 -0.01 0) LABEL=OH CLASS=LGRP
|
||||
M V30 2 SUP 2 ATOMS=(1 2) XBONDS=(1 5) BRKXYZ=(9 4.58 -1.87 0 4.6 -2.28 0 -
|
||||
M V30 0 0 0) CSTATE=(4 5 0.8 0.02 0) LABEL=H CLASS=LGRP
|
||||
M V30 3 SUP 3 ATOMS=(5 3 4 5 6 7) XBONDS=(2 5 6) BRKXYZ=(9 3.95 -3.33 0 3.95 -
|
||||
M V30 -0.38 0 0 0 0) CSTATE=(4 5 -0.8 -0.02 0) CSTATE=(4 6 0.82 0.01 -
|
||||
M V30 0) LABEL=A CLASS=AA SAP=(3 3 2 Al) SAP=(3 5 1 Br)
|
||||
M V30 END SGROUP
|
||||
M V30 BEGIN COLLECTION
|
||||
M V30 MDLV30/STEABS ATOMS=(1 4)
|
||||
M V30 END COLLECTION
|
||||
M V30 END CTAB
|
||||
M V30 TEMPLATE 2 AA/Glu/E/
|
||||
M V30 BEGIN CTAB
|
||||
M V30 COUNTS 12 11 4 0 1
|
||||
M V30 BEGIN ATOM
|
||||
M V30 1 O 11.8895 -7.3751 0 0
|
||||
M V30 2 H 9.8607 -7.3749 0 0
|
||||
M V30 3 H 10.9063 -6.5064 0 0
|
||||
M V30 4 O 11.929 -8.5562 0 0
|
||||
M V30 5 C 11.929 -7.3751 0 0
|
||||
M V30 6 O 10.9061 -3.241 0 0
|
||||
M V30 7 O 12.952 -3.241 0 0
|
||||
M V30 8 C 11.929 -3.8316 0 0
|
||||
M V30 9 C 11.929 -5.0128 0 0
|
||||
M V30 10 C 10.9061 -5.6034 0 0
|
||||
M V30 11 C 10.9061 -6.7845 0 0 CFG=2
|
||||
M V30 12 N 9.8835 -7.3749 0 0 CFG=3
|
||||
M V30 END ATOM
|
||||
M V30 BEGIN BOND
|
||||
M V30 1 2 5 4
|
||||
M V30 2 1 5 1
|
||||
M V30 3 1 6 3
|
||||
M V30 4 2 8 7
|
||||
M V30 5 1 8 6
|
||||
M V30 6 1 9 8
|
||||
M V30 7 1 10 9
|
||||
M V30 8 1 11 10 CFG=1
|
||||
M V30 9 1 11 5
|
||||
M V30 10 1 12 11
|
||||
M V30 11 1 12 2
|
||||
M V30 END BOND
|
||||
M V30 BEGIN SGROUP
|
||||
M V30 1 SUP 1 ATOMS=(1 3) XBONDS=(1 3) CSTATE=(4 3 -0 -0.87 0) LABEL=H -
|
||||
M V30 CLASS=LGRP
|
||||
M V30 2 SUP 2 ATOMS=(1 2) XBONDS=(1 11) CSTATE=(4 11 1.05 -0 0) LABEL=H -
|
||||
M V30 CLASS=LGRP
|
||||
M V30 3 SUP 3 ATOMS=(1 1) XBONDS=(1 2) CSTATE=(4 2 -0.98 0 0) LABEL=OH -
|
||||
M V30 CLASS=LGRP
|
||||
M V30 4 SUP 4 ATOMS=(9 12 11 10 5 9 8 7 6 4) XBONDS=(3 3 11 2) CSTATE=(4 3 0 -
|
||||
M V30 0.87 0) CSTATE=(4 11 -1.05 0 0) CSTATE=(4 2 0.98 -0 0) LABEL=E -
|
||||
M V30 CLASS=AA SAP=(3 5 1 Br) SAP=(3 12 2 Al) SAP=(3 6 3 Cx)
|
||||
M V30 END SGROUP
|
||||
M V30 BEGIN COLLECTION
|
||||
M V30 MDLV30/STEABS ATOMS=(1 11)
|
||||
M V30 END COLLECTION
|
||||
M V30 END CTAB
|
||||
M V30 TEMPLATE 3 AA/Gly/G/
|
||||
M V30 BEGIN CTAB
|
||||
M V30 COUNTS 6 5 3 0 0
|
||||
M V30 BEGIN ATOM
|
||||
M V30 1 N 3.676 -12.5274 0 0 CFG=3
|
||||
M V30 2 C 4.2675 -12.095 0 0
|
||||
M V30 3 O 4.8932 -13.2691 0 0
|
||||
M V30 4 C 4.8904 -12.5161 0 0
|
||||
M V30 5 O 5.1042 -12.5167 0 0
|
||||
M V30 6 H 3.4542 -12.5125 0 0
|
||||
M V30 END ATOM
|
||||
M V30 BEGIN BOND
|
||||
M V30 1 1 1 2
|
||||
M V30 2 1 2 4
|
||||
M V30 3 2 4 3
|
||||
M V30 4 1 4 5
|
||||
M V30 5 1 1 6
|
||||
M V30 END BOND
|
||||
M V30 BEGIN SGROUP
|
||||
M V30 1 SUP 1 ATOMS=(1 5) XBONDS=(1 4) CSTATE=(4 4 -0.82 -0.01 0) LABEL=OH -
|
||||
M V30 CLASS=LGRP
|
||||
M V30 2 SUP 2 ATOMS=(4 1 2 3 4) XBONDS=(2 4 5) CSTATE=(4 4 0.82 0.01 0) -
|
||||
M V30 CSTATE=(4 5 -0.83 0.01 0) LABEL=G CLASS=AA SAP=(3 4 5 Br) -
|
||||
M V30 SAP=(3 1 6 Al)
|
||||
M V30 3 SUP 3 ATOMS=(1 6) XBONDS=(1 5) CSTATE=(4 5 0.83 -0.01 0) LABEL=H -
|
||||
M V30 CLASS=LGRP
|
||||
M V30 END SGROUP
|
||||
M V30 END CTAB
|
||||
M V30 TEMPLATE 4 AA/His/H/
|
||||
M V30 BEGIN CTAB
|
||||
M V30 COUNTS 13 13 4 0 1
|
||||
M V30 BEGIN ATOM
|
||||
M V30 1 N 13.6621 -5.9337 0 0
|
||||
M V30 2 H 12.1156 -8.5455 0 0
|
||||
M V30 3 O 13.8674 -8.5328 0 0
|
||||
M V30 4 O 13.6279 -9.3828 0 0
|
||||
M V30 5 C 13.6279 -8.5328 0 0
|
||||
M V30 6 N 12.2569 -8.5455 0 0 CFG=3
|
||||
M V30 7 C 12.9246 -8.0574 0 0 CFG=1
|
||||
M V30 8 C 12.9246 -7.2051 0 0
|
||||
M V30 9 C 13.6621 -6.7803 0 0
|
||||
M V30 10 C 14.4645 -7.0501 0 0
|
||||
M V30 11 H 12.9332 -7.5261 0 0
|
||||
M V30 12 C 14.4785 -5.6803 0 0
|
||||
M V30 13 N 14.9691 -6.3703 0 0 CFG=3
|
||||
M V30 END ATOM
|
||||
M V30 BEGIN BOND
|
||||
M V30 1 2 1 12
|
||||
M V30 2 1 9 1
|
||||
M V30 3 2 10 9
|
||||
M V30 4 1 13 10
|
||||
M V30 5 1 12 13
|
||||
M V30 6 1 6 2
|
||||
M V30 7 1 5 3
|
||||
M V30 8 1 13 11
|
||||
M V30 9 2 5 4
|
||||
M V30 10 1 7 5
|
||||
M V30 11 1 6 7
|
||||
M V30 12 1 7 8 CFG=1
|
||||
M V30 13 1 8 9
|
||||
M V30 END BOND
|
||||
M V30 BEGIN SGROUP
|
||||
M V30 1 SUP 1 ATOMS=(1 2) XBONDS=(1 6) BRKXYZ=(9 -16.63 0.59 0 -16.62 -0.11 -
|
||||
M V30 0 0 0 0) CSTATE=(4 6 0.83 0.01 0) LABEL=H CLASS=LGRP
|
||||
M V30 2 SUP 2 ATOMS=(1 3) XBONDS=(1 7) BRKXYZ=(9 -14.2 -0.09 0 -14.2 0.61 0 -
|
||||
M V30 0 0 0) CSTATE=(4 7 -0.93 -0.01 0) LABEL=OH CLASS=LGRP
|
||||
M V30 3 SUP 3 ATOMS=(1 11) XBONDS=(1 8) BRKXYZ=(9 -13.87 2.71 0 -13.84 3.41 -
|
||||
M V30 0 0 0 0) CSTATE=(4 8 0.01 -1.01 0) LABEL=H CLASS=LGRP
|
||||
M V30 4 SUP 4 ATOMS=(10 6 7 4 5 8 1 12 13 10 9) XBONDS=(3 7 8 6) BRKXYZ=(9 -
|
||||
M V30 -14.39 0.61 0 -14.38 -0.09 0 0 0 0) BRKXYZ=(9 -12.94 2.75 0 -
|
||||
M V30 -12.97 2.05 0 0 0 0) BRKXYZ=(9 -16.46 -0.11 0 -16.46 0.59 0 -
|
||||
M V30 0 0 0) CSTATE=(4 7 0.93 0.01 0) CSTATE=(4 8 -0.01 1.01 0) -
|
||||
M V30 CSTATE=(4 6 -0.83 -0.01 0) LABEL=H CLASS=AA SAP=(3 6 2 Al) -
|
||||
M V30 SAP=(3 5 3 Br) SAP=(3 13 11 Cx)
|
||||
M V30 END SGROUP
|
||||
M V30 BEGIN COLLECTION
|
||||
M V30 MDLV30/STEABS ATOMS=(1 7)
|
||||
M V30 END COLLECTION
|
||||
M V30 END CTAB
|
||||
M V30 TEMPLATE 5 AA/Pro/P/
|
||||
M V30 BEGIN CTAB
|
||||
M V30 COUNTS 9 9 3 0 1
|
||||
M V30 BEGIN ATOM
|
||||
M V30 1 O 3.5033 -2.6912 0 0
|
||||
M V30 2 H 1.8241 -2.6775 0 0
|
||||
M V30 3 C 3.3512 -2.6646 0 0
|
||||
M V30 4 C 2.6882 -2.2195 0 0 CFG=2
|
||||
M V30 5 C 2.6882 -1.4139 0 0
|
||||
M V30 6 C 1.8317 -1.2885 0 0
|
||||
M V30 7 C 1.4465 -2.0649 0 0
|
||||
M V30 8 N 2.0634 -2.6791 0 0 CFG=3
|
||||
M V30 9 O 3.3512 -3.464 0 0
|
||||
M V30 END ATOM
|
||||
M V30 BEGIN BOND
|
||||
M V30 1 1 3 1
|
||||
M V30 2 1 8 2
|
||||
M V30 3 1 4 3
|
||||
M V30 4 1 4 5 CFG=1
|
||||
M V30 5 1 6 5
|
||||
M V30 6 1 7 6
|
||||
M V30 7 1 7 8
|
||||
M V30 8 1 8 4
|
||||
M V30 9 2 3 9
|
||||
M V30 END BOND
|
||||
M V30 BEGIN SGROUP
|
||||
M V30 1 SUP 1 ATOMS=(1 1) XBONDS=(1 1) BRKXYZ=(9 3.87 -2.87 0 3.88 -2.47 0 -
|
||||
M V30 0 0 0) CSTATE=(4 1 -0.8 0.02 0) LABEL=OH CLASS=LGRP
|
||||
M V30 2 SUP 2 ATOMS=(1 2) XBONDS=(1 2) BRKXYZ=(9 1.46 -2.47 0 1.47 -2.88 0 -
|
||||
M V30 0 0 0) CSTATE=(4 2 0.88 0.01 0) LABEL=H CLASS=LGRP
|
||||
M V30 3 SUP 3 ATOMS=(7 3 4 5 6 7 8 9) XBONDS=(2 2 1) BRKXYZ=(9 0.8 -3.9 0 -
|
||||
M V30 0.8 -0.91 0 0 0 0) CSTATE=(4 2 -0.88 -0.01 0) CSTATE=(4 1 0.8 -
|
||||
M V30 -0.02 0) LABEL=P CLASS=AA SAP=(3 8 2 Al) SAP=(3 3 1 Br)
|
||||
M V30 END SGROUP
|
||||
M V30 BEGIN COLLECTION
|
||||
M V30 MDLV30/STEABS ATOMS=(1 4)
|
||||
M V30 END COLLECTION
|
||||
M V30 END CTAB
|
||||
M V30 TEMPLATE 6 AA/Cys/C/
|
||||
M V30 BEGIN CTAB
|
||||
M V30 COUNTS 9 8 4 0 1
|
||||
M V30 BEGIN ATOM
|
||||
M V30 1 H 9.9063 -6.8946 0 0
|
||||
M V30 2 S 11.0183 -5.1898 0 0
|
||||
M V30 3 C 9.8926 -5.8385 0 0
|
||||
M V30 4 C 9.8926 -7.1376 0 0 CFG=1
|
||||
M V30 5 C 10.9757 -7.8552 0 0
|
||||
M V30 6 O 11.1331 -7.875 0 0
|
||||
M V30 7 O 10.9757 -9.1545 0 0
|
||||
M V30 8 N 8.8368 -7.8948 0 0 CFG=3
|
||||
M V30 9 H 8.633 -7.8748 0 0
|
||||
M V30 END ATOM
|
||||
M V30 BEGIN BOND
|
||||
M V30 1 1 2 1
|
||||
M V30 2 1 3 2
|
||||
M V30 3 1 4 3 CFG=1
|
||||
M V30 4 1 4 5
|
||||
M V30 5 1 5 6
|
||||
M V30 6 2 5 7
|
||||
M V30 7 1 8 4
|
||||
M V30 8 1 8 9
|
||||
M V30 END BOND
|
||||
M V30 BEGIN SGROUP
|
||||
M V30 1 SUP 1 ATOMS=(6 8 4 7 5 3 2) XBONDS=(3 8 5 1) CSTATE=(4 8 -1.27 0 0) -
|
||||
M V30 CSTATE=(4 5 1.23 -0 0) CSTATE=(4 1 0 0.98 0) LABEL=C -
|
||||
M V30 CLASS=AA SAP=(3 8 9 Al) SAP=(3 5 6 Br) SAP=(3 2 1 Cx)
|
||||
M V30 2 SUP 2 ATOMS=(1 1) XBONDS=(1 1) CSTATE=(4 1 -0 -0.98 0) LABEL=H -
|
||||
M V30 CLASS=LGRP
|
||||
M V30 3 SUP 3 ATOMS=(1 6) XBONDS=(1 5) CSTATE=(4 5 -1.23 0 0) LABEL=OH -
|
||||
M V30 CLASS=LGRP
|
||||
M V30 4 SUP 4 ATOMS=(1 9) XBONDS=(1 8) CSTATE=(4 8 1.27 -0 0) LABEL=H -
|
||||
M V30 CLASS=LGRP
|
||||
M V30 END SGROUP
|
||||
M V30 BEGIN COLLECTION
|
||||
M V30 MDLV30/STEABS ATOMS=(1 4)
|
||||
M V30 END COLLECTION
|
||||
M V30 END CTAB
|
||||
M V30 END TEMPLATE
|
||||
M END
|
||||
267
Code/GraphMol/FileParsers/test_data/macromols/badConnection.mol
Normal file
267
Code/GraphMol/FileParsers/test_data/macromols/badConnection.mol
Normal file
@@ -0,0 +1,267 @@
|
||||
|
||||
ACCLDraw11122415482D
|
||||
|
||||
0 0 0 0 0 999 V3000
|
||||
M V30 BEGIN CTAB
|
||||
M V30 COUNTS 8 7 1 0 1
|
||||
M V30 BEGIN ATOM
|
||||
M V30 1 Ala 1.6016 -11.5026 0 0 CLASS=AA ATTCHORD=(2 2 Br) SEQID=1
|
||||
M V30 2 Glu 2.5464 -11.5026 0 0 CLASS=AA ATTCHORD=(4 3 Br 1 Qq) SEQID=2
|
||||
M V30 3 Gly 3.4913 -11.5026 0 0 CLASS=AA ATTCHORD=(4 8 Br 2 Al) SEQID=3
|
||||
M V30 4 His 5.3811 -11.5026 0 0 CLASS=AA ATTCHORD=(4 8 Al 5 Br) SEQID=5
|
||||
M V30 5 His 6.326 -11.5026 0 0 CLASS=AA ATTCHORD=(4 4 Al 7 Br) SEQID=6
|
||||
M V30 6 Pro 8.2157 -11.5026 0 0 CLASS=AA ATTCHORD=(2 7 Al) SEQID=8
|
||||
M V30 7 Cys 7.2709 -11.5026 0 0 CLASS=AA ATTCHORD=(4 5 Al 6 Br) SEQID=7
|
||||
M V30 8 Cys 4.4362 -11.5026 0 0 CLASS=AA ATTCHORD=(4 3 Al 4 Br) SEQID=4
|
||||
M V30 END ATOM
|
||||
M V30 BEGIN BOND
|
||||
M V30 1 1 2 1
|
||||
M V30 2 1 2 3
|
||||
M V30 3 1 8 3
|
||||
M V30 4 1 4 8
|
||||
M V30 5 1 5 4
|
||||
M V30 6 1 5 7
|
||||
M V30 7 1 7 6
|
||||
M V30 END BOND
|
||||
M V30 BEGIN SGROUP
|
||||
M V30 1 DAT 1 ATOMS=(1 1) FIELDNAME="SMMX:sequence position data" -
|
||||
M V30 FIELDDISP=" 1.6016 -11.5026 DA ALL 1 "
|
||||
M V30 END SGROUP
|
||||
M V30 END CTAB
|
||||
M V30 BEGIN TEMPLATE
|
||||
M V30 TEMPLATE 1 AA/Ala/A/
|
||||
M V30 BEGIN CTAB
|
||||
M V30 COUNTS 7 6 3 0 1
|
||||
M V30 BEGIN ATOM
|
||||
M V30 1 O 6.6266 -2.0662 0 0
|
||||
M V30 2 H 5.0016 -2.0876 0 0
|
||||
M V30 3 N 5.1358 -2.0784 0 0 CFG=3
|
||||
M V30 4 C 5.7844 -1.5983 0 0 CFG=2
|
||||
M V30 5 C 6.4753 -2.0653 0 0
|
||||
M V30 6 O 6.4753 -2.8977 0 0
|
||||
M V30 7 C 5.7844 -0.7662 0 0
|
||||
M V30 END ATOM
|
||||
M V30 BEGIN BOND
|
||||
M V30 1 1 3 4
|
||||
M V30 2 1 4 5
|
||||
M V30 3 2 5 6
|
||||
M V30 4 1 4 7 CFG=1
|
||||
M V30 5 1 3 2
|
||||
M V30 6 1 5 1
|
||||
M V30 END BOND
|
||||
M V30 BEGIN SGROUP
|
||||
M V30 1 SUP 1 ATOMS=(1 1) XBONDS=(1 6) BRKXYZ=(9 7.02 -2.26 0 7.02 -1.85 0 -
|
||||
M V30 0 0 0) CSTATE=(4 6 -0.82 -0.01 0) LABEL=OH CLASS=LGRP
|
||||
M V30 2 SUP 2 ATOMS=(1 2) XBONDS=(1 5) BRKXYZ=(9 4.58 -1.87 0 4.6 -2.28 0 -
|
||||
M V30 0 0 0) CSTATE=(4 5 0.8 0.02 0) LABEL=H CLASS=LGRP
|
||||
M V30 3 SUP 3 ATOMS=(5 3 4 5 6 7) XBONDS=(2 5 6) BRKXYZ=(9 3.95 -3.33 0 3.95 -
|
||||
M V30 -0.38 0 0 0 0) CSTATE=(4 5 -0.8 -0.02 0) CSTATE=(4 6 0.82 0.01 -
|
||||
M V30 0) LABEL=A CLASS=AA SAP=(3 3 2 Al) SAP=(3 5 1 Br)
|
||||
M V30 END SGROUP
|
||||
M V30 BEGIN COLLECTION
|
||||
M V30 MDLV30/STEABS ATOMS=(1 4)
|
||||
M V30 END COLLECTION
|
||||
M V30 END CTAB
|
||||
M V30 TEMPLATE 2 AA/Glu/E/
|
||||
M V30 BEGIN CTAB
|
||||
M V30 COUNTS 12 11 4 0 1
|
||||
M V30 BEGIN ATOM
|
||||
M V30 1 O 11.8895 -7.3751 0 0
|
||||
M V30 2 H 9.8607 -7.3749 0 0
|
||||
M V30 3 H 10.9063 -6.5064 0 0
|
||||
M V30 4 O 11.929 -8.5562 0 0
|
||||
M V30 5 C 11.929 -7.3751 0 0
|
||||
M V30 6 O 10.9061 -3.241 0 0
|
||||
M V30 7 O 12.952 -3.241 0 0
|
||||
M V30 8 C 11.929 -3.8316 0 0
|
||||
M V30 9 C 11.929 -5.0128 0 0
|
||||
M V30 10 C 10.9061 -5.6034 0 0
|
||||
M V30 11 C 10.9061 -6.7845 0 0 CFG=2
|
||||
M V30 12 N 9.8835 -7.3749 0 0 CFG=3
|
||||
M V30 END ATOM
|
||||
M V30 BEGIN BOND
|
||||
M V30 1 2 5 4
|
||||
M V30 2 1 5 1
|
||||
M V30 3 1 6 3
|
||||
M V30 4 2 8 7
|
||||
M V30 5 1 8 6
|
||||
M V30 6 1 9 8
|
||||
M V30 7 1 10 9
|
||||
M V30 8 1 11 10 CFG=1
|
||||
M V30 9 1 11 5
|
||||
M V30 10 1 12 11
|
||||
M V30 11 1 12 2
|
||||
M V30 END BOND
|
||||
M V30 BEGIN SGROUP
|
||||
M V30 1 SUP 1 ATOMS=(1 3) XBONDS=(1 3) CSTATE=(4 3 -0 -0.87 0) LABEL=H -
|
||||
M V30 CLASS=LGRP
|
||||
M V30 2 SUP 2 ATOMS=(1 2) XBONDS=(1 11) CSTATE=(4 11 1.05 -0 0) LABEL=H -
|
||||
M V30 CLASS=LGRP
|
||||
M V30 3 SUP 3 ATOMS=(1 1) XBONDS=(1 2) CSTATE=(4 2 -0.98 0 0) LABEL=OH -
|
||||
M V30 CLASS=LGRP
|
||||
M V30 4 SUP 4 ATOMS=(9 12 11 10 5 9 8 7 6 4) XBONDS=(3 3 11 2) CSTATE=(4 3 0 -
|
||||
M V30 0.87 0) CSTATE=(4 11 -1.05 0 0) CSTATE=(4 2 0.98 -0 0) LABEL=E -
|
||||
M V30 CLASS=AA SAP=(3 5 1 Br) SAP=(3 12 2 Al) SAP=(3 6 3 Cx)
|
||||
M V30 END SGROUP
|
||||
M V30 BEGIN COLLECTION
|
||||
M V30 MDLV30/STEABS ATOMS=(1 11)
|
||||
M V30 END COLLECTION
|
||||
M V30 END CTAB
|
||||
M V30 TEMPLATE 3 AA/Gly/G/
|
||||
M V30 BEGIN CTAB
|
||||
M V30 COUNTS 6 5 3 0 0
|
||||
M V30 BEGIN ATOM
|
||||
M V30 1 N 3.676 -12.5274 0 0 CFG=3
|
||||
M V30 2 C 4.2675 -12.095 0 0
|
||||
M V30 3 O 4.8932 -13.2691 0 0
|
||||
M V30 4 C 4.8904 -12.5161 0 0
|
||||
M V30 5 O 5.1042 -12.5167 0 0
|
||||
M V30 6 H 3.4542 -12.5125 0 0
|
||||
M V30 END ATOM
|
||||
M V30 BEGIN BOND
|
||||
M V30 1 1 1 2
|
||||
M V30 2 1 2 4
|
||||
M V30 3 2 4 3
|
||||
M V30 4 1 4 5
|
||||
M V30 5 1 1 6
|
||||
M V30 END BOND
|
||||
M V30 BEGIN SGROUP
|
||||
M V30 1 SUP 1 ATOMS=(1 5) XBONDS=(1 4) CSTATE=(4 4 -0.82 -0.01 0) LABEL=OH -
|
||||
M V30 CLASS=LGRP
|
||||
M V30 2 SUP 2 ATOMS=(4 1 2 3 4) XBONDS=(2 4 5) CSTATE=(4 4 0.82 0.01 0) -
|
||||
M V30 CSTATE=(4 5 -0.83 0.01 0) LABEL=G CLASS=AA SAP=(3 4 5 Br) -
|
||||
M V30 SAP=(3 1 6 Al)
|
||||
M V30 3 SUP 3 ATOMS=(1 6) XBONDS=(1 5) CSTATE=(4 5 0.83 -0.01 0) LABEL=H -
|
||||
M V30 CLASS=LGRP
|
||||
M V30 END SGROUP
|
||||
M V30 END CTAB
|
||||
M V30 TEMPLATE 4 AA/His/H/
|
||||
M V30 BEGIN CTAB
|
||||
M V30 COUNTS 13 13 4 0 1
|
||||
M V30 BEGIN ATOM
|
||||
M V30 1 N 13.6621 -5.9337 0 0
|
||||
M V30 2 H 12.1156 -8.5455 0 0
|
||||
M V30 3 O 13.8674 -8.5328 0 0
|
||||
M V30 4 O 13.6279 -9.3828 0 0
|
||||
M V30 5 C 13.6279 -8.5328 0 0
|
||||
M V30 6 N 12.2569 -8.5455 0 0 CFG=3
|
||||
M V30 7 C 12.9246 -8.0574 0 0 CFG=1
|
||||
M V30 8 C 12.9246 -7.2051 0 0
|
||||
M V30 9 C 13.6621 -6.7803 0 0
|
||||
M V30 10 C 14.4645 -7.0501 0 0
|
||||
M V30 11 H 12.9332 -7.5261 0 0
|
||||
M V30 12 C 14.4785 -5.6803 0 0
|
||||
M V30 13 N 14.9691 -6.3703 0 0 CFG=3
|
||||
M V30 END ATOM
|
||||
M V30 BEGIN BOND
|
||||
M V30 1 2 1 12
|
||||
M V30 2 1 9 1
|
||||
M V30 3 2 10 9
|
||||
M V30 4 1 13 10
|
||||
M V30 5 1 12 13
|
||||
M V30 6 1 6 2
|
||||
M V30 7 1 5 3
|
||||
M V30 8 1 13 11
|
||||
M V30 9 2 5 4
|
||||
M V30 10 1 7 5
|
||||
M V30 11 1 6 7
|
||||
M V30 12 1 7 8 CFG=1
|
||||
M V30 13 1 8 9
|
||||
M V30 END BOND
|
||||
M V30 BEGIN SGROUP
|
||||
M V30 1 SUP 1 ATOMS=(1 2) XBONDS=(1 6) BRKXYZ=(9 -16.63 0.59 0 -16.62 -0.11 -
|
||||
M V30 0 0 0 0) CSTATE=(4 6 0.83 0.01 0) LABEL=H CLASS=LGRP
|
||||
M V30 2 SUP 2 ATOMS=(1 3) XBONDS=(1 7) BRKXYZ=(9 -14.2 -0.09 0 -14.2 0.61 0 -
|
||||
M V30 0 0 0) CSTATE=(4 7 -0.93 -0.01 0) LABEL=OH CLASS=LGRP
|
||||
M V30 3 SUP 3 ATOMS=(1 11) XBONDS=(1 8) BRKXYZ=(9 -13.87 2.71 0 -13.84 3.41 -
|
||||
M V30 0 0 0 0) CSTATE=(4 8 0.01 -1.01 0) LABEL=H CLASS=LGRP
|
||||
M V30 4 SUP 4 ATOMS=(10 6 7 4 5 8 1 12 13 10 9) XBONDS=(3 7 8 6) BRKXYZ=(9 -
|
||||
M V30 -14.39 0.61 0 -14.38 -0.09 0 0 0 0) BRKXYZ=(9 -12.94 2.75 0 -
|
||||
M V30 -12.97 2.05 0 0 0 0) BRKXYZ=(9 -16.46 -0.11 0 -16.46 0.59 0 -
|
||||
M V30 0 0 0) CSTATE=(4 7 0.93 0.01 0) CSTATE=(4 8 -0.01 1.01 0) -
|
||||
M V30 CSTATE=(4 6 -0.83 -0.01 0) LABEL=H CLASS=AA SAP=(3 6 2 Al) -
|
||||
M V30 SAP=(3 5 3 Br) SAP=(3 13 11 Cx)
|
||||
M V30 END SGROUP
|
||||
M V30 BEGIN COLLECTION
|
||||
M V30 MDLV30/STEABS ATOMS=(1 7)
|
||||
M V30 END COLLECTION
|
||||
M V30 END CTAB
|
||||
M V30 TEMPLATE 5 AA/Pro/P/
|
||||
M V30 BEGIN CTAB
|
||||
M V30 COUNTS 9 9 3 0 1
|
||||
M V30 BEGIN ATOM
|
||||
M V30 1 O 3.5033 -2.6912 0 0
|
||||
M V30 2 H 1.8241 -2.6775 0 0
|
||||
M V30 3 C 3.3512 -2.6646 0 0
|
||||
M V30 4 C 2.6882 -2.2195 0 0 CFG=2
|
||||
M V30 5 C 2.6882 -1.4139 0 0
|
||||
M V30 6 C 1.8317 -1.2885 0 0
|
||||
M V30 7 C 1.4465 -2.0649 0 0
|
||||
M V30 8 N 2.0634 -2.6791 0 0 CFG=3
|
||||
M V30 9 O 3.3512 -3.464 0 0
|
||||
M V30 END ATOM
|
||||
M V30 BEGIN BOND
|
||||
M V30 1 1 3 1
|
||||
M V30 2 1 8 2
|
||||
M V30 3 1 4 3
|
||||
M V30 4 1 4 5 CFG=1
|
||||
M V30 5 1 6 5
|
||||
M V30 6 1 7 6
|
||||
M V30 7 1 7 8
|
||||
M V30 8 1 8 4
|
||||
M V30 9 2 3 9
|
||||
M V30 END BOND
|
||||
M V30 BEGIN SGROUP
|
||||
M V30 1 SUP 1 ATOMS=(1 1) XBONDS=(1 1) BRKXYZ=(9 3.87 -2.87 0 3.88 -2.47 0 -
|
||||
M V30 0 0 0) CSTATE=(4 1 -0.8 0.02 0) LABEL=OH CLASS=LGRP
|
||||
M V30 2 SUP 2 ATOMS=(1 2) XBONDS=(1 2) BRKXYZ=(9 1.46 -2.47 0 1.47 -2.88 0 -
|
||||
M V30 0 0 0) CSTATE=(4 2 0.88 0.01 0) LABEL=H CLASS=LGRP
|
||||
M V30 3 SUP 3 ATOMS=(7 3 4 5 6 7 8 9) XBONDS=(2 2 1) BRKXYZ=(9 0.8 -3.9 0 -
|
||||
M V30 0.8 -0.91 0 0 0 0) CSTATE=(4 2 -0.88 -0.01 0) CSTATE=(4 1 0.8 -
|
||||
M V30 -0.02 0) LABEL=P CLASS=AA SAP=(3 8 2 Al) SAP=(3 3 1 Br)
|
||||
M V30 END SGROUP
|
||||
M V30 BEGIN COLLECTION
|
||||
M V30 MDLV30/STEABS ATOMS=(1 4)
|
||||
M V30 END COLLECTION
|
||||
M V30 END CTAB
|
||||
M V30 TEMPLATE 6 AA/Cys/C/
|
||||
M V30 BEGIN CTAB
|
||||
M V30 COUNTS 9 8 4 0 1
|
||||
M V30 BEGIN ATOM
|
||||
M V30 1 H 9.9063 -6.8946 0 0
|
||||
M V30 2 S 11.0183 -5.1898 0 0
|
||||
M V30 3 C 9.8926 -5.8385 0 0
|
||||
M V30 4 C 9.8926 -7.1376 0 0 CFG=1
|
||||
M V30 5 C 10.9757 -7.8552 0 0
|
||||
M V30 6 O 11.1331 -7.875 0 0
|
||||
M V30 7 O 10.9757 -9.1545 0 0
|
||||
M V30 8 N 8.8368 -7.8948 0 0 CFG=3
|
||||
M V30 9 H 8.633 -7.8748 0 0
|
||||
M V30 END ATOM
|
||||
M V30 BEGIN BOND
|
||||
M V30 1 1 2 1
|
||||
M V30 2 1 3 2
|
||||
M V30 3 1 4 3 CFG=1
|
||||
M V30 4 1 4 5
|
||||
M V30 5 1 5 6
|
||||
M V30 6 2 5 7
|
||||
M V30 7 1 8 4
|
||||
M V30 8 1 8 9
|
||||
M V30 END BOND
|
||||
M V30 BEGIN SGROUP
|
||||
M V30 1 SUP 1 ATOMS=(6 8 4 7 5 3 2) XBONDS=(3 8 5 1) CSTATE=(4 8 -1.27 0 0) -
|
||||
M V30 CSTATE=(4 5 1.23 -0 0) CSTATE=(4 1 0 0.98 0) LABEL=C -
|
||||
M V30 CLASS=AA SAP=(3 8 9 Al) SAP=(3 5 6 Br) SAP=(3 2 1 Cx)
|
||||
M V30 2 SUP 2 ATOMS=(1 1) XBONDS=(1 1) CSTATE=(4 1 -0 -0.98 0) LABEL=H -
|
||||
M V30 CLASS=LGRP
|
||||
M V30 3 SUP 3 ATOMS=(1 6) XBONDS=(1 5) CSTATE=(4 5 -1.23 0 0) LABEL=OH -
|
||||
M V30 CLASS=LGRP
|
||||
M V30 4 SUP 4 ATOMS=(1 9) XBONDS=(1 8) CSTATE=(4 8 1.27 -0 0) LABEL=H -
|
||||
M V30 CLASS=LGRP
|
||||
M V30 END SGROUP
|
||||
M V30 BEGIN COLLECTION
|
||||
M V30 MDLV30/STEABS ATOMS=(1 4)
|
||||
M V30 END COLLECTION
|
||||
M V30 END CTAB
|
||||
M V30 END TEMPLATE
|
||||
M END
|
||||
@@ -0,0 +1,233 @@
|
||||
|
||||
ACCLDraw11122415482D
|
||||
|
||||
0 0 0 0 0 999 V3000
|
||||
M V30 BEGIN CTAB
|
||||
M V30 COUNTS 8 7 1 0 1
|
||||
M V30 BEGIN ATOM
|
||||
M V30 1 Ala 1.6016 -11.5026 0 0 CLASS=AA ATTCHORD=(2 2 Br) SEQID=1
|
||||
M V30 2 Glu 2.5464 -11.5026 0 0 CLASS=AA ATTCHORD=(4 3 Br 1 Al) SEQID=2
|
||||
M V30 3 Gly 3.4913 -11.5026 0 0 CLASS=AA ATTCHORD=(4 8 Br 2 Al) SEQID=3
|
||||
M V30 4 His 5.3811 -11.5026 0 0 CLASS=AA ATTCHORD=(4 8 Al 5 Br) SEQID=5
|
||||
M V30 5 His 6.326 -11.5026 0 0 CLASS=AA ATTCHORD=(4 4 Al 7 Br) SEQID=6
|
||||
M V30 6 Pro 8.2157 -11.5026 0 0 CLASS=AA ATTCHORD=(2 7 Al) SEQID=8
|
||||
M V30 7 Cys 7.2709 -11.5026 0 0 CLASS=AA ATTCHORD=(4 5 Al 6 Br) SEQID=7
|
||||
M V30 8 Cys 4.4362 -11.5026 0 0 CLASS=AA ATTCHORD=(4 3 Al 4 Br) SEQID=4
|
||||
M V30 END ATOM
|
||||
M V30 BEGIN BOND
|
||||
M V30 1 1 2 1
|
||||
M V30 2 1 2 3
|
||||
M V30 3 1 8 3
|
||||
M V30 4 1 4 8
|
||||
M V30 5 1 5 4
|
||||
M V30 6 1 5 7
|
||||
M V30 7 1 7 6
|
||||
M V30 END BOND
|
||||
M V30 BEGIN SGROUP
|
||||
M V30 1 DAT 1 ATOMS=(1 1) FIELDNAME="SMMX:sequence position data" -
|
||||
M V30 FIELDDISP=" 1.6016 -11.5026 DA ALL 1 "
|
||||
M V30 END SGROUP
|
||||
M V30 END CTAB
|
||||
M V30 TEMPLATE 2 AA/Glu/E/
|
||||
M V30 BEGIN CTAB
|
||||
M V30 COUNTS 12 11 4 0 1
|
||||
M V30 BEGIN ATOM
|
||||
M V30 1 O 11.8895 -7.3751 0 0
|
||||
M V30 2 H 9.8607 -7.3749 0 0
|
||||
M V30 3 H 10.9063 -6.5064 0 0
|
||||
M V30 4 O 11.929 -8.5562 0 0
|
||||
M V30 5 C 11.929 -7.3751 0 0
|
||||
M V30 6 O 10.9061 -3.241 0 0
|
||||
M V30 7 O 12.952 -3.241 0 0
|
||||
M V30 8 C 11.929 -3.8316 0 0
|
||||
M V30 9 C 11.929 -5.0128 0 0
|
||||
M V30 10 C 10.9061 -5.6034 0 0
|
||||
M V30 11 C 10.9061 -6.7845 0 0 CFG=2
|
||||
M V30 12 N 9.8835 -7.3749 0 0 CFG=3
|
||||
M V30 END ATOM
|
||||
M V30 BEGIN BOND
|
||||
M V30 1 2 5 4
|
||||
M V30 2 1 5 1
|
||||
M V30 3 1 6 3
|
||||
M V30 4 2 8 7
|
||||
M V30 5 1 8 6
|
||||
M V30 6 1 9 8
|
||||
M V30 7 1 10 9
|
||||
M V30 8 1 11 10 CFG=1
|
||||
M V30 9 1 11 5
|
||||
M V30 10 1 12 11
|
||||
M V30 11 1 12 2
|
||||
M V30 END BOND
|
||||
M V30 BEGIN SGROUP
|
||||
M V30 1 SUP 1 ATOMS=(1 3) XBONDS=(1 3) CSTATE=(4 3 -0 -0.87 0) LABEL=H -
|
||||
M V30 CLASS=LGRP
|
||||
M V30 2 SUP 2 ATOMS=(1 2) XBONDS=(1 11) CSTATE=(4 11 1.05 -0 0) LABEL=H -
|
||||
M V30 CLASS=LGRP
|
||||
M V30 3 SUP 3 ATOMS=(1 1) XBONDS=(1 2) CSTATE=(4 2 -0.98 0 0) LABEL=OH -
|
||||
M V30 CLASS=LGRP
|
||||
M V30 4 SUP 4 ATOMS=(9 12 11 10 5 9 8 7 6 4) XBONDS=(3 3 11 2) CSTATE=(4 3 0 -
|
||||
M V30 0.87 0) CSTATE=(4 11 -1.05 0 0) CSTATE=(4 2 0.98 -0 0) LABEL=E -
|
||||
M V30 CLASS=AA SAP=(3 5 1 Br) SAP=(3 12 2 Al) SAP=(3 6 3 Cx)
|
||||
M V30 END SGROUP
|
||||
M V30 BEGIN COLLECTION
|
||||
M V30 MDLV30/STEABS ATOMS=(1 11)
|
||||
M V30 END COLLECTION
|
||||
M V30 END CTAB
|
||||
M V30 TEMPLATE 3 AA/Gly/G/
|
||||
M V30 BEGIN CTAB
|
||||
M V30 COUNTS 6 5 3 0 0
|
||||
M V30 BEGIN ATOM
|
||||
M V30 1 N 3.676 -12.5274 0 0 CFG=3
|
||||
M V30 2 C 4.2675 -12.095 0 0
|
||||
M V30 3 O 4.8932 -13.2691 0 0
|
||||
M V30 4 C 4.8904 -12.5161 0 0
|
||||
M V30 5 O 5.1042 -12.5167 0 0
|
||||
M V30 6 H 3.4542 -12.5125 0 0
|
||||
M V30 END ATOM
|
||||
M V30 BEGIN BOND
|
||||
M V30 1 1 1 2
|
||||
M V30 2 1 2 4
|
||||
M V30 3 2 4 3
|
||||
M V30 4 1 4 5
|
||||
M V30 5 1 1 6
|
||||
M V30 END BOND
|
||||
M V30 BEGIN SGROUP
|
||||
M V30 1 SUP 1 ATOMS=(1 5) XBONDS=(1 4) CSTATE=(4 4 -0.82 -0.01 0) LABEL=OH -
|
||||
M V30 CLASS=LGRP
|
||||
M V30 2 SUP 2 ATOMS=(4 1 2 3 4) XBONDS=(2 4 5) CSTATE=(4 4 0.82 0.01 0) -
|
||||
M V30 CSTATE=(4 5 -0.83 0.01 0) LABEL=G CLASS=AA SAP=(3 4 5 Br) -
|
||||
M V30 SAP=(3 1 6 Al)
|
||||
M V30 3 SUP 3 ATOMS=(1 6) XBONDS=(1 5) CSTATE=(4 5 0.83 -0.01 0) LABEL=H -
|
||||
M V30 CLASS=LGRP
|
||||
M V30 END SGROUP
|
||||
M V30 END CTAB
|
||||
M V30 TEMPLATE 4 AA/His/H/
|
||||
M V30 BEGIN CTAB
|
||||
M V30 COUNTS 13 13 4 0 1
|
||||
M V30 BEGIN ATOM
|
||||
M V30 1 N 13.6621 -5.9337 0 0
|
||||
M V30 2 H 12.1156 -8.5455 0 0
|
||||
M V30 3 O 13.8674 -8.5328 0 0
|
||||
M V30 4 O 13.6279 -9.3828 0 0
|
||||
M V30 5 C 13.6279 -8.5328 0 0
|
||||
M V30 6 N 12.2569 -8.5455 0 0 CFG=3
|
||||
M V30 7 C 12.9246 -8.0574 0 0 CFG=1
|
||||
M V30 8 C 12.9246 -7.2051 0 0
|
||||
M V30 9 C 13.6621 -6.7803 0 0
|
||||
M V30 10 C 14.4645 -7.0501 0 0
|
||||
M V30 11 H 12.9332 -7.5261 0 0
|
||||
M V30 12 C 14.4785 -5.6803 0 0
|
||||
M V30 13 N 14.9691 -6.3703 0 0 CFG=3
|
||||
M V30 END ATOM
|
||||
M V30 BEGIN BOND
|
||||
M V30 1 2 1 12
|
||||
M V30 2 1 9 1
|
||||
M V30 3 2 10 9
|
||||
M V30 4 1 13 10
|
||||
M V30 5 1 12 13
|
||||
M V30 6 1 6 2
|
||||
M V30 7 1 5 3
|
||||
M V30 8 1 13 11
|
||||
M V30 9 2 5 4
|
||||
M V30 10 1 7 5
|
||||
M V30 11 1 6 7
|
||||
M V30 12 1 7 8 CFG=1
|
||||
M V30 13 1 8 9
|
||||
M V30 END BOND
|
||||
M V30 BEGIN SGROUP
|
||||
M V30 1 SUP 1 ATOMS=(1 2) XBONDS=(1 6) BRKXYZ=(9 -16.63 0.59 0 -16.62 -0.11 -
|
||||
M V30 0 0 0 0) CSTATE=(4 6 0.83 0.01 0) LABEL=H CLASS=LGRP
|
||||
M V30 2 SUP 2 ATOMS=(1 3) XBONDS=(1 7) BRKXYZ=(9 -14.2 -0.09 0 -14.2 0.61 0 -
|
||||
M V30 0 0 0) CSTATE=(4 7 -0.93 -0.01 0) LABEL=OH CLASS=LGRP
|
||||
M V30 3 SUP 3 ATOMS=(1 11) XBONDS=(1 8) BRKXYZ=(9 -13.87 2.71 0 -13.84 3.41 -
|
||||
M V30 0 0 0 0) CSTATE=(4 8 0.01 -1.01 0) LABEL=H CLASS=LGRP
|
||||
M V30 4 SUP 4 ATOMS=(10 6 7 4 5 8 1 12 13 10 9) XBONDS=(3 7 8 6) BRKXYZ=(9 -
|
||||
M V30 -14.39 0.61 0 -14.38 -0.09 0 0 0 0) BRKXYZ=(9 -12.94 2.75 0 -
|
||||
M V30 -12.97 2.05 0 0 0 0) BRKXYZ=(9 -16.46 -0.11 0 -16.46 0.59 0 -
|
||||
M V30 0 0 0) CSTATE=(4 7 0.93 0.01 0) CSTATE=(4 8 -0.01 1.01 0) -
|
||||
M V30 CSTATE=(4 6 -0.83 -0.01 0) LABEL=H CLASS=AA SAP=(3 6 2 Al) -
|
||||
M V30 SAP=(3 5 3 Br) SAP=(3 13 11 Cx)
|
||||
M V30 END SGROUP
|
||||
M V30 BEGIN COLLECTION
|
||||
M V30 MDLV30/STEABS ATOMS=(1 7)
|
||||
M V30 END COLLECTION
|
||||
M V30 END CTAB
|
||||
M V30 TEMPLATE 5 AA/Pro/P/
|
||||
M V30 BEGIN CTAB
|
||||
M V30 COUNTS 9 9 3 0 1
|
||||
M V30 BEGIN ATOM
|
||||
M V30 1 O 3.5033 -2.6912 0 0
|
||||
M V30 2 H 1.8241 -2.6775 0 0
|
||||
M V30 3 C 3.3512 -2.6646 0 0
|
||||
M V30 4 C 2.6882 -2.2195 0 0 CFG=2
|
||||
M V30 5 C 2.6882 -1.4139 0 0
|
||||
M V30 6 C 1.8317 -1.2885 0 0
|
||||
M V30 7 C 1.4465 -2.0649 0 0
|
||||
M V30 8 N 2.0634 -2.6791 0 0 CFG=3
|
||||
M V30 9 O 3.3512 -3.464 0 0
|
||||
M V30 END ATOM
|
||||
M V30 BEGIN BOND
|
||||
M V30 1 1 3 1
|
||||
M V30 2 1 8 2
|
||||
M V30 3 1 4 3
|
||||
M V30 4 1 4 5 CFG=1
|
||||
M V30 5 1 6 5
|
||||
M V30 6 1 7 6
|
||||
M V30 7 1 7 8
|
||||
M V30 8 1 8 4
|
||||
M V30 9 2 3 9
|
||||
M V30 END BOND
|
||||
M V30 BEGIN SGROUP
|
||||
M V30 1 SUP 1 ATOMS=(1 1) XBONDS=(1 1) BRKXYZ=(9 3.87 -2.87 0 3.88 -2.47 0 -
|
||||
M V30 0 0 0) CSTATE=(4 1 -0.8 0.02 0) LABEL=OH CLASS=LGRP
|
||||
M V30 2 SUP 2 ATOMS=(1 2) XBONDS=(1 2) BRKXYZ=(9 1.46 -2.47 0 1.47 -2.88 0 -
|
||||
M V30 0 0 0) CSTATE=(4 2 0.88 0.01 0) LABEL=H CLASS=LGRP
|
||||
M V30 3 SUP 3 ATOMS=(7 3 4 5 6 7 8 9) XBONDS=(2 2 1) BRKXYZ=(9 0.8 -3.9 0 -
|
||||
M V30 0.8 -0.91 0 0 0 0) CSTATE=(4 2 -0.88 -0.01 0) CSTATE=(4 1 0.8 -
|
||||
M V30 -0.02 0) LABEL=P CLASS=AA SAP=(3 8 2 Al) SAP=(3 3 1 Br)
|
||||
M V30 END SGROUP
|
||||
M V30 BEGIN COLLECTION
|
||||
M V30 MDLV30/STEABS ATOMS=(1 4)
|
||||
M V30 END COLLECTION
|
||||
M V30 END CTAB
|
||||
M V30 TEMPLATE 6 AA/Cys/C/
|
||||
M V30 BEGIN CTAB
|
||||
M V30 COUNTS 9 8 4 0 1
|
||||
M V30 BEGIN ATOM
|
||||
M V30 1 H 9.9063 -6.8946 0 0
|
||||
M V30 2 S 11.0183 -5.1898 0 0
|
||||
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|
||||
M V30 4 C 9.8926 -7.1376 0 0 CFG=1
|
||||
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|
||||
M V30 6 O 11.1331 -7.875 0 0
|
||||
M V30 7 O 10.9757 -9.1545 0 0
|
||||
M V30 8 N 8.8368 -7.8948 0 0 CFG=3
|
||||
M V30 9 H 8.633 -7.8748 0 0
|
||||
M V30 END ATOM
|
||||
M V30 BEGIN BOND
|
||||
M V30 1 1 2 1
|
||||
M V30 2 1 3 2
|
||||
M V30 3 1 4 3 CFG=1
|
||||
M V30 4 1 4 5
|
||||
M V30 5 1 5 6
|
||||
M V30 6 2 5 7
|
||||
M V30 7 1 8 4
|
||||
M V30 8 1 8 9
|
||||
M V30 END BOND
|
||||
M V30 BEGIN SGROUP
|
||||
M V30 1 SUP 1 ATOMS=(6 8 4 7 5 3 2) XBONDS=(3 8 5 1) CSTATE=(4 8 -1.27 0 0) -
|
||||
M V30 CSTATE=(4 5 1.23 -0 0) CSTATE=(4 1 0 0.98 0) LABEL=C -
|
||||
M V30 CLASS=AA SAP=(3 8 9 Al) SAP=(3 5 6 Br) SAP=(3 2 1 Cx)
|
||||
M V30 2 SUP 2 ATOMS=(1 1) XBONDS=(1 1) CSTATE=(4 1 -0 -0.98 0) LABEL=H -
|
||||
M V30 CLASS=LGRP
|
||||
M V30 3 SUP 3 ATOMS=(1 6) XBONDS=(1 5) CSTATE=(4 5 -1.23 0 0) LABEL=OH -
|
||||
M V30 CLASS=LGRP
|
||||
M V30 4 SUP 4 ATOMS=(1 9) XBONDS=(1 8) CSTATE=(4 8 1.27 -0 0) LABEL=H -
|
||||
M V30 CLASS=LGRP
|
||||
M V30 END SGROUP
|
||||
M V30 BEGIN COLLECTION
|
||||
M V30 MDLV30/STEABS ATOMS=(1 4)
|
||||
M V30 END COLLECTION
|
||||
M V30 END CTAB
|
||||
M V30 END TEMPLATE
|
||||
M END
|
||||
221
Code/GraphMol/FileParsers/test_data/macromols/cyclic.mol
Normal file
221
Code/GraphMol/FileParsers/test_data/macromols/cyclic.mol
Normal file
@@ -0,0 +1,221 @@
|
||||
|
||||
-INDIGO-12312410052D
|
||||
|
||||
0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 V3000
|
||||
M V30 BEGIN CTAB
|
||||
M V30 COUNTS 8 9 0 0 0
|
||||
M V30 BEGIN ATOM
|
||||
M V30 1 A 1.025 -2.875 0.0 0 CLASS=AA SEQID=8 ATTCHORD=(4 8 Al 2 Br)
|
||||
M V30 2 G 1.25 -1.25 0.0 0 CLASS=AA SEQID=1 ATTCHORD=(4 3 Br 1 Al)
|
||||
M V30 3 G 2.75 -1.25 0.0 0 CLASS=AA SEQID=2 ATTCHORD=(4 2 Al 4 Br)
|
||||
M V30 4 C 4.25 -1.25 0.0 0 CLASS=AA SEQID=3 ATTCHORD=(6 3 Al 5 Br 7 Cx)
|
||||
M V30 5 L 5.75 -1.25 0.0 0 CLASS=AA SEQID=4 ATTCHORD=(4 4 Al 6 Br)
|
||||
M V30 6 P 5.825 -2.8 0.0 0 CLASS=AA SEQID=5 ATTCHORD=(4 5 Al 7 Br)
|
||||
M V30 7 C 4.225 -2.925 0.0 0 CLASS=AA SEQID=6 ATTCHORD=(6 6 Al 8 Br 4 Cx)
|
||||
M V30 8 A 2.475 -2.975 0.0 0 CLASS=AA SEQID=7 ATTCHORD=(4 7 Al 1 Br)
|
||||
M V30 END ATOM
|
||||
M V30 BEGIN BOND
|
||||
M V30 1 1 2 3
|
||||
M V30 2 1 3 4
|
||||
M V30 3 1 4 5
|
||||
M V30 4 1 5 6
|
||||
M V30 5 1 6 7
|
||||
M V30 6 1 7 8
|
||||
M V30 7 1 8 1
|
||||
M V30 8 1 4 7
|
||||
M V30 9 1 1 2
|
||||
M V30 END BOND
|
||||
M V30 END CTAB
|
||||
M V30 BEGIN TEMPLATE
|
||||
M V30 TEMPLATE 1 AA/Ala/A/ NATREPLACE=AA/A
|
||||
M V30 BEGIN CTAB
|
||||
M V30 COUNTS 7 6 3 0 0
|
||||
M V30 BEGIN ATOM
|
||||
M V30 1 N -1.2549 -0.392 0.0 0
|
||||
M V30 2 C -0.272 0.2633 0.0 0 CFG=1
|
||||
M V30 3 C -0.3103 1.7393 0.0 0
|
||||
M V30 4 C 1.0523 -0.392 0.0 0
|
||||
M V30 5 O 1.0829 -1.5722 0.0 0
|
||||
M V30 6 O 2.0353 0.2633 0.0 0
|
||||
M V30 7 H -2.3334 0.0905 0.0 0
|
||||
M V30 END ATOM
|
||||
M V30 BEGIN BOND
|
||||
M V30 1 1 2 1
|
||||
M V30 2 1 2 3 CFG=1
|
||||
M V30 3 1 2 4
|
||||
M V30 4 2 4 5
|
||||
M V30 5 1 4 6
|
||||
M V30 6 1 1 7
|
||||
M V30 END BOND
|
||||
M V30 BEGIN COLLECTION
|
||||
M V30 MDLV30/STEABS ATOMS=(1 2)
|
||||
M V30 END COLLECTION
|
||||
M V30 BEGIN SGROUP
|
||||
M V30 1 SUP 1 ATOMS=(1 7) XBONDS=(1 6) BRKXYZ=(9 0.539250 -0.241250 0.000000-
|
||||
M V30 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000) LABEL=H CLASS=-
|
||||
M V30 LGRP
|
||||
M V30 2 SUP 2 ATOMS=(1 6) XBONDS=(1 5) BRKXYZ=(9 -0.491500 -0.327650 0.00000-
|
||||
M V30 0 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000) LABEL=OH CLAS-
|
||||
M V30 S=LGRP
|
||||
M V30 3 SUP 3 ATOMS=(5 1 2 3 4 5) XBONDS=(2 6 5) BRKXYZ=(9 -0.539250 0.24125-
|
||||
M V30 0 0.000000 0.491500 0.327650 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000) LABE-
|
||||
M V30 L=A CLASS=AA SAP=(3 1 7 Al) SAP=(3 4 6 Br) NATREPLACE=AA/A
|
||||
M V30 END SGROUP
|
||||
M V30 END CTAB
|
||||
M V30 TEMPLATE 2 AA/Gly/G/ NATREPLACE=AA/G
|
||||
M V30 BEGIN CTAB
|
||||
M V30 COUNTS 6 5 3 0 0
|
||||
M V30 BEGIN ATOM
|
||||
M V30 1 C -0.3363 0.5346 0.0 0
|
||||
M V30 2 C 0.9929 -0.1107 0.0 0
|
||||
M V30 3 O 1.0782 -1.289 0.0 0
|
||||
M V30 4 O 1.9709 0.552 0.0 0
|
||||
M V30 5 N -1.326 -0.1107 0.0 0
|
||||
M V30 6 H -2.3797 0.4238 0.0 0
|
||||
M V30 END ATOM
|
||||
M V30 BEGIN BOND
|
||||
M V30 1 1 1 2
|
||||
M V30 2 2 2 3
|
||||
M V30 3 1 2 4
|
||||
M V30 4 1 1 5
|
||||
M V30 5 1 5 6
|
||||
M V30 END BOND
|
||||
M V30 BEGIN SGROUP
|
||||
M V30 1 SUP 1 ATOMS=(1 6) XBONDS=(1 5) BRKXYZ=(9 0.526850 -0.267250 0.000000-
|
||||
M V30 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000) LABEL=H CLASS=-
|
||||
M V30 LGRP
|
||||
M V30 2 SUP 2 ATOMS=(1 4) XBONDS=(1 3) BRKXYZ=(9 -0.489000 -0.331350 0.00000-
|
||||
M V30 0 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000) LABEL=OH CLAS-
|
||||
M V30 S=LGRP
|
||||
M V30 3 SUP 3 ATOMS=(4 1 2 3 5) XBONDS=(2 3 5) BRKXYZ=(9 0.489000 0.331350 0-
|
||||
M V30 .000000 -0.526850 0.267250 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000) LABEL=-
|
||||
M V30 G CLASS=AA SAP=(3 5 6 Al) SAP=(3 2 4 Br) NATREPLACE=AA/G
|
||||
M V30 END SGROUP
|
||||
M V30 END CTAB
|
||||
M V30 TEMPLATE 3 AA/Cys/C/ NATREPLACE=AA/C
|
||||
M V30 BEGIN CTAB
|
||||
M V30 COUNTS 9 8 4 0 0
|
||||
M V30 BEGIN ATOM
|
||||
M V30 1 C 1.4457 -1.1333 0.0 0
|
||||
M V30 2 C 0.1453 -0.384 0.0 0 CFG=2
|
||||
M V30 3 C 0.143 1.1168 0.0 0
|
||||
M V30 4 S -1.1573 1.8661 0.0 0
|
||||
M V30 5 N -1.1551 -1.1333 0.0 0
|
||||
M V30 6 O 1.4475 -2.3333 0.0 0
|
||||
M V30 7 O 2.4842 -0.532 0.0 0
|
||||
M V30 8 H -2.1942 -0.5331 0.0 0
|
||||
M V30 9 H -1.1591 3.0661 0.0 0
|
||||
M V30 END ATOM
|
||||
M V30 BEGIN BOND
|
||||
M V30 1 2 6 1
|
||||
M V30 2 1 1 2
|
||||
M V30 3 1 1 7
|
||||
M V30 4 1 2 5
|
||||
M V30 5 1 2 3 CFG=1
|
||||
M V30 6 1 3 4
|
||||
M V30 7 1 5 8
|
||||
M V30 8 1 4 9
|
||||
M V30 END BOND
|
||||
M V30 BEGIN COLLECTION
|
||||
M V30 MDLV30/STEABS ATOMS=(1 2)
|
||||
M V30 END COLLECTION
|
||||
M V30 BEGIN SGROUP
|
||||
M V30 1 SUP 1 ATOMS=(1 8) XBONDS=(1 7) BRKXYZ=(9 0.519550 -0.300100 0.000000-
|
||||
M V30 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000) LABEL=H CLASS=-
|
||||
M V30 LGRP
|
||||
M V30 2 SUP 2 ATOMS=(1 7) XBONDS=(1 3) BRKXYZ=(9 -0.519250 -0.300650 0.00000-
|
||||
M V30 0 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000) LABEL=OH CLAS-
|
||||
M V30 S=LGRP
|
||||
M V30 3 SUP 3 ATOMS=(1 9) XBONDS=(1 8) BRKXYZ=(9 0.000900 -0.600000 0.000000-
|
||||
M V30 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000) LABEL=H CLASS=-
|
||||
M V30 LGRP
|
||||
M V30 4 SUP 4 ATOMS=(6 1 2 3 4 5 6) XBONDS=(3 3 8 7) BRKXYZ=(9 0.519250 0.30-
|
||||
M V30 0650 0.000000 -0.000900 0.600000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000) -
|
||||
M V30 BRKXYZ=(9 -0.519550 0.300100 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000-
|
||||
M V30 000 0.000000 0.000000) LABEL=C CLASS=AA SAP=(3 5 8 Al) SAP=(3 1 7 Br) -
|
||||
M V30 SAP=(3 4 9 Cx) NATREPLACE=AA/C
|
||||
M V30 END SGROUP
|
||||
M V30 END CTAB
|
||||
M V30 TEMPLATE 4 AA/Leu/L/ NATREPLACE=AA/L
|
||||
M V30 BEGIN CTAB
|
||||
M V30 COUNTS 10 9 3 0 0
|
||||
M V30 BEGIN ATOM
|
||||
M V30 1 C 0.3626 0.9903 0.0 0
|
||||
M V30 2 C -0.9395 2.9396 0.0 0
|
||||
M V30 3 C -0.9377 1.7396 0.0 0
|
||||
M V30 4 C -1.9763 1.1383 0.0 0
|
||||
M V30 5 C 0.3649 -0.5105 0.0 0 CFG=1
|
||||
M V30 6 C 1.6653 -1.2598 0.0 0
|
||||
M V30 7 O 1.6671 -2.4598 0.0 0
|
||||
M V30 8 N -0.9355 -1.2598 0.0 0
|
||||
M V30 9 O 2.7038 -0.6585 0.0 0
|
||||
M V30 10 H -1.9746 -0.6596 0.0 0
|
||||
M V30 END ATOM
|
||||
M V30 BEGIN BOND
|
||||
M V30 1 1 3 1
|
||||
M V30 2 1 5 1 CFG=1
|
||||
M V30 3 1 3 2
|
||||
M V30 4 1 3 4
|
||||
M V30 5 1 5 8
|
||||
M V30 6 1 5 6
|
||||
M V30 7 2 6 7
|
||||
M V30 8 1 6 9
|
||||
M V30 9 1 8 10
|
||||
M V30 END BOND
|
||||
M V30 BEGIN COLLECTION
|
||||
M V30 MDLV30/STEABS ATOMS=(1 5)
|
||||
M V30 END COLLECTION
|
||||
M V30 BEGIN SGROUP
|
||||
M V30 1 SUP 1 ATOMS=(1 10) XBONDS=(1 9) BRKXYZ=(9 0.519550 -0.300100 0.00000-
|
||||
M V30 0 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000) LABEL=H CLASS-
|
||||
M V30 =LGRP
|
||||
M V30 2 SUP 2 ATOMS=(1 9) XBONDS=(1 8) BRKXYZ=(9 -0.519250 -0.300650 0.00000-
|
||||
M V30 0 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000) LABEL=OH CLAS-
|
||||
M V30 S=LGRP
|
||||
M V30 3 SUP 3 ATOMS=(8 1 2 3 4 5 6 7 8) XBONDS=(2 8 9) BRKXYZ=(9 0.519250 0.-
|
||||
M V30 300650 0.000000 -0.519550 0.300100 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000-
|
||||
M V30 ) LABEL=L CLASS=AA SAP=(3 8 10 Al) SAP=(3 6 9 Br) NATREPLACE=AA/L
|
||||
M V30 END SGROUP
|
||||
M V30 END CTAB
|
||||
M V30 TEMPLATE 5 AA/Pro/P/ NATREPLACE=AA/P
|
||||
M V30 BEGIN CTAB
|
||||
M V30 COUNTS 9 9 3 0 0
|
||||
M V30 BEGIN ATOM
|
||||
M V30 1 C 0.0018 1.6555 0.0 0
|
||||
M V30 2 C -1.4799 1.889 0.0 0
|
||||
M V30 3 C -2.1599 0.5519 0.0 0
|
||||
M V30 4 N -1.0984 -0.5079 0.0 0
|
||||
M V30 5 C 0.2376 0.1741 0.0 0 CFG=2
|
||||
M V30 6 C 1.5717 -0.5079 0.0 0
|
||||
M V30 7 O 1.6336 -1.7063 0.0 0
|
||||
M V30 8 O 2.5787 0.1448 0.0 0
|
||||
M V30 9 H -1.2852 -1.6933 0.0 0
|
||||
M V30 END ATOM
|
||||
M V30 BEGIN BOND
|
||||
M V30 1 1 1 2
|
||||
M V30 2 1 5 1 CFG=1
|
||||
M V30 3 1 2 3
|
||||
M V30 4 1 3 4
|
||||
M V30 5 1 4 5
|
||||
M V30 6 1 5 6
|
||||
M V30 7 2 6 7
|
||||
M V30 8 1 6 8
|
||||
M V30 9 1 4 9
|
||||
M V30 END BOND
|
||||
M V30 BEGIN COLLECTION
|
||||
M V30 MDLV30/STEABS ATOMS=(1 5)
|
||||
M V30 END COLLECTION
|
||||
M V30 BEGIN SGROUP
|
||||
M V30 1 SUP 1 ATOMS=(1 9) XBONDS=(1 9) BRKXYZ=(9 0.093400 0.592700 0.000000 -
|
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|
||||
M V30 GRP
|
||||
M V30 2 SUP 2 ATOMS=(1 8) XBONDS=(1 8) BRKXYZ=(9 -0.503500 -0.326350 0.00000-
|
||||
M V30 0 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000) LABEL=OH CLAS-
|
||||
M V30 S=LGRP
|
||||
M V30 3 SUP 3 ATOMS=(7 1 2 3 4 5 6 7) XBONDS=(2 9 8) BRKXYZ=(9 -0.093400 -0.-
|
||||
M V30 592700 0.000000 0.503500 0.326350 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000)-
|
||||
M V30 LABEL=P CLASS=AA SAP=(3 4 9 Al) SAP=(3 6 8 Br) NATREPLACE=AA/P
|
||||
M V30 END SGROUP
|
||||
M V30 END CTAB
|
||||
M V30 END TEMPLATE
|
||||
M END
|
||||
@@ -0,0 +1,143 @@
|
||||
1 A G meS A G
|
||||
ACCLDraw03281611052D
|
||||
|
||||
0 0 0 0 0 999 V3000
|
||||
M V30 BEGIN CTAB
|
||||
M V30 COUNTS 5 4 1 0 1
|
||||
M V30 BEGIN ATOM
|
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M V30 1 Ala 1.5563 -9.2328 0 0 CLASS=AA ATTCHORD=(2 2 Br) SEQID=1
|
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M V30 2 Gly 2.7137 -9.23 0 0 CLASS=AA ATTCHORD=(4 3 Br 1 Al) SEQID=2
|
||||
M V30 3 meS 3.8712 -9.23 0 0 CLASS=AA ATTCHORD=(4 4 Br 2 Al) SEQID=3
|
||||
M V30 4 Ala 5.4539 -9.23 0 0 CLASS=AA ATTCHORD=(4 3 Al 5 Br) SEQID=4
|
||||
M V30 5 Gly 6.6114 -9.23 0 0 CLASS=AA ATTCHORD=(2 4 Al) SEQID=5
|
||||
M V30 END ATOM
|
||||
M V30 BEGIN BOND
|
||||
M V30 1 1 2 1
|
||||
M V30 2 1 3 2
|
||||
M V30 3 1 4 3
|
||||
M V30 4 1 5 4
|
||||
M V30 END BOND
|
||||
M V30 BEGIN SGROUP
|
||||
M V30 1 DAT 1 ATOMS=(1 1) FIELDNAME="SMMX:sequence position data" -
|
||||
M V30 FIELDDISP=" 1.5563 -9.2328 DA ALL 1 "
|
||||
M V30 END SGROUP
|
||||
M V30 END CTAB
|
||||
M V30 BEGIN TEMPLATE
|
||||
M V30 TEMPLATE 1 AA/Ala/A/
|
||||
M V30 BEGIN CTAB
|
||||
M V30 COUNTS 7 6 3 7 1
|
||||
M V30 BEGIN ATOM
|
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|
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|
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|
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|
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|
||||
M V30 6 O 6.4753 -2.8977 0 0
|
||||
M V30 7 C 5.7844 -0.7662 0 0
|
||||
M V30 END ATOM
|
||||
M V30 BEGIN BOND
|
||||
M V30 1 1 3 4
|
||||
M V30 2 1 4 5
|
||||
M V30 3 2 5 6
|
||||
M V30 4 1 4 7 CFG=1
|
||||
M V30 5 1 3 2
|
||||
M V30 6 1 5 1
|
||||
M V30 END BOND
|
||||
M V30 BEGIN OBJ3D
|
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M V30 1 -7 6 "" 0 0 BASIS=(3 6 4 2)
|
||||
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|
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|
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|
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|
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|
||||
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|
||||
M V30 END OBJ3D
|
||||
M V30 BEGIN SGROUP
|
||||
M V30 1 SUP 1 ATOMS=(1 1) XBONDS=(1 6) BRKXYZ=(9 7.02 -2.26 0 7.02 -1.85 0 -
|
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|
||||
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|
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M V30 0 0 0) CSTATE=(4 5 0.8 0.02 0) LABEL=H CLASS=LGRP
|
||||
M V30 3 SUP 3 ATOMS=(5 3 4 5 6 7) XBONDS=(2 5 6) BRKXYZ=(9 3.95 -3.33 0 3.95 -
|
||||
M V30 -0.38 0 0 0 0) CSTATE=(4 5 -0.8 -0.02 0) CSTATE=(4 6 0.82 0.01 -
|
||||
M V30 0) LABEL=A CLASS=AA SAP=(3 3 2 Al) SAP=(3 5 1 Br)
|
||||
M V30 END SGROUP
|
||||
M V30 BEGIN COLLECTION
|
||||
M V30 MDLV30/STEABS ATOMS=(1 4)
|
||||
M V30 END COLLECTION
|
||||
M V30 BEGIN OBJ3D
|
||||
M V30 1 -7 6 "" 0 0 BASIS=(3 6 4 2)
|
||||
M V30 2 -5 13 "" 0 0 BASIS=(6 1 2 3 4 5 6)
|
||||
M V30 3 -8 7 "" 0 0 BASIS=(2 O3D.1 O3D.2)
|
||||
M V30 4 -3 6 "" -2 0 BASIS=(2 O3D.1 O3D.3) PNTDIR=1
|
||||
M V30 5 -16 12 "" 1.5 0 BASIS=(1 O3D.4) UNCONNOK=1
|
||||
M V30 6 -12 10 "" 75 105 BASIS=(3 O3D.4 O3D.1 7)
|
||||
M V30 7 -9 3 "" 4.4 5.7 BASIS=(2 7 O3D.1)
|
||||
M V30 END OBJ3D
|
||||
M V30 END CTAB
|
||||
M V30 TEMPLATE 2 AA/Gly/G/
|
||||
M V30 BEGIN CTAB
|
||||
M V30 COUNTS 6 5 3 0 0
|
||||
M V30 BEGIN ATOM
|
||||
M V30 1 N 3.676 -12.5274 0 0 CFG=3
|
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|
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M V30 3 O 4.8932 -13.2691 0 0
|
||||
M V30 4 C 4.8904 -12.5161 0 0
|
||||
M V30 5 O 5.1042 -12.5167 0 0
|
||||
M V30 6 H 3.4542 -12.5125 0 0
|
||||
M V30 END ATOM
|
||||
M V30 BEGIN BOND
|
||||
M V30 1 1 1 2
|
||||
M V30 2 1 2 4
|
||||
M V30 3 2 4 3
|
||||
M V30 4 1 4 5
|
||||
M V30 5 1 1 6
|
||||
M V30 END BOND
|
||||
M V30 BEGIN SGROUP
|
||||
M V30 1 SUP 1 ATOMS=(1 5) XBONDS=(1 4) CSTATE=(4 4 -0.82 -0.01 0) LABEL=OH -
|
||||
M V30 CLASS=LGRP
|
||||
M V30 2 SUP 2 ATOMS=(4 1 2 3 4) XBONDS=(2 4 5) CSTATE=(4 4 0.82 0.01 0) -
|
||||
M V30 CSTATE=(4 5 -0.83 0.01 0) LABEL=G CLASS=AA SAP=(3 4 5 Br) -
|
||||
M V30 SAP=(3 1 6 Al)
|
||||
M V30 3 SUP 3 ATOMS=(1 6) XBONDS=(1 5) CSTATE=(4 5 0.83 -0.01 0) LABEL=H -
|
||||
M V30 CLASS=LGRP
|
||||
M V30 END SGROUP
|
||||
M V30 END CTAB
|
||||
M V30 TEMPLATE 3 AA/meS/meS/ NATREPLACE=AA/S
|
||||
M V30 BEGIN CTAB
|
||||
M V30 COUNTS 9 8 3 0 1
|
||||
M V30 BEGIN ATOM
|
||||
M V30 1 C 9.9525 -5.6641 0 0
|
||||
M V30 2 O 9.9451 -6.8641 0 0
|
||||
M V30 3 N 7.3518 -5.6442 0 0 CFG=3
|
||||
M V30 4 C 8.6579 -4.9049 0 0 CFG=1
|
||||
M V30 5 C 8.6671 -3.4041 0 0
|
||||
M V30 6 O 7.6319 -2.7971 0 0
|
||||
M V30 7 C 6.3173 -5.0361 0 0
|
||||
M V30 8 O 10.8217 -5.1697 0 0
|
||||
M V30 9 H 7.3436 -6.6442 0 0
|
||||
M V30 END ATOM
|
||||
M V30 BEGIN BOND
|
||||
M V30 1 2 2 1
|
||||
M V30 2 1 1 4
|
||||
M V30 3 1 4 3
|
||||
M V30 4 1 4 5 CFG=1
|
||||
M V30 5 1 5 6
|
||||
M V30 6 1 3 7
|
||||
M V30 7 1 1 8
|
||||
M V30 8 1 3 9
|
||||
M V30 END BOND
|
||||
M V30 BEGIN SGROUP
|
||||
M V30 1 SUP 1 ATOMS=(7 1 2 3 4 5 6 7) XBONDS=(2 7 8) CSTATE=(4 7 2.17 0.48 -
|
||||
M V30 0) CSTATE=(4 8 -1.31 -0.99 0) LABEL=meS CLASS=AA SAP=(3 1 8 Br) -
|
||||
M V30 SAP=(3 3 9 Al) NATREPLACE=AA/S
|
||||
M V30 2 SUP 2 ATOMS=(1 8) XBONDS=(1 7) CSTATE=(4 7 -2.17 -0.48 0) LABEL=OH -
|
||||
M V30 CLASS=LGRP
|
||||
M V30 3 SUP 3 ATOMS=(1 9) XBONDS=(1 8) CSTATE=(4 8 1.31 0.99 0) LABEL=H -
|
||||
M V30 CLASS=LGRP
|
||||
M V30 END SGROUP
|
||||
M V30 BEGIN COLLECTION
|
||||
M V30 MDLV30/STEABS ATOMS=(1 4)
|
||||
M V30 END COLLECTION
|
||||
M V30 END CTAB
|
||||
M V30 END TEMPLATE
|
||||
M END
|
||||
134
Code/GraphMol/FileParsers/test_data/macromols/obj3dTest.mol
Normal file
134
Code/GraphMol/FileParsers/test_data/macromols/obj3dTest.mol
Normal file
@@ -0,0 +1,134 @@
|
||||
1 A G meS A G
|
||||
ACCLDraw03281611052D
|
||||
|
||||
0 0 0 0 0 999 V3000
|
||||
M V30 BEGIN CTAB
|
||||
M V30 COUNTS 5 4 1 0 1
|
||||
M V30 BEGIN ATOM
|
||||
M V30 1 Ala 1.5563 -9.2328 0 0 CLASS=AA ATTCHORD=(2 2 Br) SEQID=1
|
||||
M V30 2 Gly 2.7137 -9.23 0 0 CLASS=AA ATTCHORD=(4 3 Br 1 Al) SEQID=2
|
||||
M V30 3 meS 3.8712 -9.23 0 0 CLASS=AA ATTCHORD=(4 4 Br 2 Al) SEQID=3
|
||||
M V30 4 Ala 5.4539 -9.23 0 0 CLASS=AA ATTCHORD=(4 3 Al 5 Br) SEQID=4
|
||||
M V30 5 Gly 6.6114 -9.23 0 0 CLASS=AA ATTCHORD=(2 4 Al) SEQID=5
|
||||
M V30 END ATOM
|
||||
M V30 BEGIN BOND
|
||||
M V30 1 1 2 1
|
||||
M V30 2 1 3 2
|
||||
M V30 3 1 4 3
|
||||
M V30 4 1 5 4
|
||||
M V30 END BOND
|
||||
M V30 BEGIN SGROUP
|
||||
M V30 1 DAT 1 ATOMS=(1 1) FIELDNAME="SMMX:sequence position data" -
|
||||
M V30 FIELDDISP=" 1.5563 -9.2328 DA ALL 1 "
|
||||
M V30 END SGROUP
|
||||
M V30 END CTAB
|
||||
M V30 BEGIN TEMPLATE
|
||||
M V30 TEMPLATE 1 AA/Ala/A/
|
||||
M V30 BEGIN CTAB
|
||||
M V30 COUNTS 7 6 3 7 1
|
||||
M V30 BEGIN ATOM
|
||||
M V30 1 O 6.6266 -2.0662 0 0
|
||||
M V30 2 H 5.0016 -2.0876 0 0
|
||||
M V30 3 N 5.1358 -2.0784 0 0 CFG=3
|
||||
M V30 4 C 5.7844 -1.5983 0 0 CFG=2
|
||||
M V30 5 C 6.4753 -2.0653 0 0
|
||||
M V30 6 O 6.4753 -2.8977 0 0
|
||||
M V30 7 C 5.7844 -0.7662 0 0
|
||||
M V30 END ATOM
|
||||
M V30 BEGIN BOND
|
||||
M V30 1 1 3 4
|
||||
M V30 2 1 4 5
|
||||
M V30 3 2 5 6
|
||||
M V30 4 1 4 7 CFG=1
|
||||
M V30 5 1 3 2
|
||||
M V30 6 1 5 1
|
||||
M V30 END BOND
|
||||
M V30 BEGIN OBJ3D
|
||||
M V30 1 -7 6 "" 0 0 BASIS=(3 6 4 2)
|
||||
M V30 2 -5 13 "" 0 0 BASIS=(6 1 2 3 4 5 6)
|
||||
M V30 3 -8 7 "" 0 0 BASIS=(2 O3D.1 O3D.2)
|
||||
M V30 4 -3 6 "" -2 0 BASIS=(2 O3D.1 O3D.3) PNTDIR=1
|
||||
M V30 5 -16 12 "" 1.5 0 BASIS=(1 O3D.4) UNCONNOK=1
|
||||
M V30 6 -12 10 "" 75 105 BASIS=(3 O3D.4 O3D.1 7)
|
||||
M V30 7 -9 3 "" 4.4 5.7 BASIS=(2 7 O3D.1)
|
||||
M V30 END OBJ3D
|
||||
M V30 BEGIN SGROUP
|
||||
M V30 1 SUP 1 ATOMS=(1 1) XBONDS=(1 6) BRKXYZ=(9 7.02 -2.26 0 7.02 -1.85 0 -
|
||||
M V30 0 0 0) CSTATE=(4 6 -0.82 -0.01 0) LABEL=OH CLASS=LGRP
|
||||
M V30 2 SUP 2 ATOMS=(1 2) XBONDS=(1 5) BRKXYZ=(9 4.58 -1.87 0 4.6 -2.28 0 -
|
||||
M V30 0 0 0) CSTATE=(4 5 0.8 0.02 0) LABEL=H CLASS=LGRP
|
||||
M V30 3 SUP 3 ATOMS=(5 3 4 5 6 7) XBONDS=(2 5 6) BRKXYZ=(9 3.95 -3.33 0 3.95 -
|
||||
M V30 -0.38 0 0 0 0) CSTATE=(4 5 -0.8 -0.02 0) CSTATE=(4 6 0.82 0.01 -
|
||||
M V30 0) LABEL=A CLASS=AA SAP=(3 3 2 Al) SAP=(3 5 1 Br)
|
||||
M V30 END SGROUP
|
||||
M V30 BEGIN COLLECTION
|
||||
M V30 MDLV30/STEABS ATOMS=(1 4)
|
||||
M V30 END COLLECTION
|
||||
M V30 END CTAB
|
||||
M V30 TEMPLATE 2 AA/Gly/G/
|
||||
M V30 BEGIN CTAB
|
||||
M V30 COUNTS 6 5 3 0 0
|
||||
M V30 BEGIN ATOM
|
||||
M V30 1 N 3.676 -12.5274 0 0 CFG=3
|
||||
M V30 2 C 4.2675 -12.095 0 0
|
||||
M V30 3 O 4.8932 -13.2691 0 0
|
||||
M V30 4 C 4.8904 -12.5161 0 0
|
||||
M V30 5 O 5.1042 -12.5167 0 0
|
||||
M V30 6 H 3.4542 -12.5125 0 0
|
||||
M V30 END ATOM
|
||||
M V30 BEGIN BOND
|
||||
M V30 1 1 1 2
|
||||
M V30 2 1 2 4
|
||||
M V30 3 2 4 3
|
||||
M V30 4 1 4 5
|
||||
M V30 5 1 1 6
|
||||
M V30 END BOND
|
||||
M V30 BEGIN SGROUP
|
||||
M V30 1 SUP 1 ATOMS=(1 5) XBONDS=(1 4) CSTATE=(4 4 -0.82 -0.01 0) LABEL=OH -
|
||||
M V30 CLASS=LGRP
|
||||
M V30 2 SUP 2 ATOMS=(4 1 2 3 4) XBONDS=(2 4 5) CSTATE=(4 4 0.82 0.01 0) -
|
||||
M V30 CSTATE=(4 5 -0.83 0.01 0) LABEL=G CLASS=AA SAP=(3 4 5 Br) -
|
||||
M V30 SAP=(3 1 6 Al)
|
||||
M V30 3 SUP 3 ATOMS=(1 6) XBONDS=(1 5) CSTATE=(4 5 0.83 -0.01 0) LABEL=H -
|
||||
M V30 CLASS=LGRP
|
||||
M V30 END SGROUP
|
||||
M V30 END CTAB
|
||||
M V30 TEMPLATE 3 AA/meS/meS/ NATREPLACE=AA/S
|
||||
M V30 BEGIN CTAB
|
||||
M V30 COUNTS 9 8 3 0 1
|
||||
M V30 BEGIN ATOM
|
||||
M V30 1 C 9.9525 -5.6641 0 0
|
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M V30 2 O 9.9451 -6.8641 0 0
|
||||
M V30 3 N 7.3518 -5.6442 0 0 CFG=3
|
||||
M V30 4 C 8.6579 -4.9049 0 0 CFG=1
|
||||
M V30 5 C 8.6671 -3.4041 0 0
|
||||
M V30 6 O 7.6319 -2.7971 0 0
|
||||
M V30 7 C 6.3173 -5.0361 0 0
|
||||
M V30 8 O 10.8217 -5.1697 0 0
|
||||
M V30 9 H 7.3436 -6.6442 0 0
|
||||
M V30 END ATOM
|
||||
M V30 BEGIN BOND
|
||||
M V30 1 2 2 1
|
||||
M V30 2 1 1 4
|
||||
M V30 3 1 4 3
|
||||
M V30 4 1 4 5 CFG=1
|
||||
M V30 5 1 5 6
|
||||
M V30 6 1 3 7
|
||||
M V30 7 1 1 8
|
||||
M V30 8 1 3 9
|
||||
M V30 END BOND
|
||||
M V30 BEGIN SGROUP
|
||||
M V30 1 SUP 1 ATOMS=(7 1 2 3 4 5 6 7) XBONDS=(2 7 8) CSTATE=(4 7 2.17 0.48 -
|
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|
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M V30 SAP=(3 3 9 Al) NATREPLACE=AA/S
|
||||
M V30 2 SUP 2 ATOMS=(1 8) XBONDS=(1 7) CSTATE=(4 7 -2.17 -0.48 0) LABEL=OH -
|
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M V30 CLASS=LGRP
|
||||
M V30 3 SUP 3 ATOMS=(1 9) XBONDS=(1 8) CSTATE=(4 8 1.31 0.99 0) LABEL=H -
|
||||
M V30 CLASS=LGRP
|
||||
M V30 END SGROUP
|
||||
M V30 BEGIN COLLECTION
|
||||
M V30 MDLV30/STEABS ATOMS=(1 4)
|
||||
M V30 END COLLECTION
|
||||
M V30 END CTAB
|
||||
M V30 END TEMPLATE
|
||||
M END
|
||||
134
Code/GraphMol/FileParsers/test_data/macromols/obj3dTest2.mol
Normal file
134
Code/GraphMol/FileParsers/test_data/macromols/obj3dTest2.mol
Normal file
@@ -0,0 +1,134 @@
|
||||
1 A G meS A G
|
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ACCLDraw03281611052D
|
||||
|
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0 0 0 0 0 999 V3000
|
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M V30 BEGIN CTAB
|
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M V30 COUNTS 5 4 1 0 1
|
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M V30 BEGIN ATOM
|
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|
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|
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M V30 3 meS 3.8712 -9.23 0 0 CLASS=AA ATTCHORD=(4 4 Br 2 Al) SEQID=3
|
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M V30 4 Ala 5.4539 -9.23 0 0 CLASS=AA ATTCHORD=(4 3 Al 5 Br) SEQID=4
|
||||
M V30 5 Gly 6.6114 -9.23 0 0 CLASS=AA ATTCHORD=(2 4 Al) SEQID=5
|
||||
M V30 END ATOM
|
||||
M V30 BEGIN BOND
|
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|
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M V30 2 1 3 2
|
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M V30 3 1 4 3
|
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M V30 4 1 5 4
|
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M V30 END BOND
|
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M V30 BEGIN SGROUP
|
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M V30 1 DAT 1 ATOMS=(1 1) FIELDNAME="SMMX:sequence position data" -
|
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M V30 FIELDDISP=" 1.5563 -9.2328 DA ALL 1 "
|
||||
M V30 END SGROUP
|
||||
M V30 END CTAB
|
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M V30 BEGIN TEMPLATE
|
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M V30 TEMPLATE 1 AA/Ala/A/
|
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M V30 BEGIN CTAB
|
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M V30 COUNTS 7 6 3 7 1
|
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M V30 BEGIN ATOM
|
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|
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|
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|
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|
||||
M V30 7 C 5.7844 -0.7662 0 0
|
||||
M V30 END ATOM
|
||||
M V30 BEGIN BOND
|
||||
M V30 1 1 3 4
|
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M V30 2 1 4 5
|
||||
M V30 3 2 5 6
|
||||
M V30 4 1 4 7 CFG=1
|
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M V30 5 1 3 2
|
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M V30 6 1 5 1
|
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M V30 END BOND
|
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M V30 BEGIN SGROUP
|
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|
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|
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|
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M V30 0 0 0) CSTATE=(4 5 0.8 0.02 0) LABEL=H CLASS=LGRP
|
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M V30 3 SUP 3 ATOMS=(5 3 4 5 6 7) XBONDS=(2 5 6) BRKXYZ=(9 3.95 -3.33 0 3.95 -
|
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M V30 -0.38 0 0 0 0) CSTATE=(4 5 -0.8 -0.02 0) CSTATE=(4 6 0.82 0.01 -
|
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|
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M V30 END SGROUP
|
||||
M V30 BEGIN COLLECTION
|
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M V30 MDLV30/STEABS ATOMS=(1 4)
|
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M V30 END COLLECTION
|
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M V30 BEGIN OBJ3D
|
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|
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|
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|
||||
M V30 4 -3 6 "" -2 0 BASIS=(2 O3D.1 O3D.3) PNTDIR=1
|
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M V30 5 -16 12 "" 1.5 0 BASIS=(1 O3D.4) UNCONNOK=1
|
||||
M V30 6 -12 10 "" 75 105 BASIS=(3 O3D.4 O3D.1 7)
|
||||
M V30 7 -9 3 "" 4.4 5.7 BASIS=(2 7 O3D.1)
|
||||
M V30 END OBJ3D
|
||||
M V30 END CTAB
|
||||
M V30 TEMPLATE 2 AA/Gly/G/
|
||||
M V30 BEGIN CTAB
|
||||
M V30 COUNTS 6 5 3 0 0
|
||||
M V30 BEGIN ATOM
|
||||
M V30 1 N 3.676 -12.5274 0 0 CFG=3
|
||||
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|
||||
M V30 3 O 4.8932 -13.2691 0 0
|
||||
M V30 4 C 4.8904 -12.5161 0 0
|
||||
M V30 5 O 5.1042 -12.5167 0 0
|
||||
M V30 6 H 3.4542 -12.5125 0 0
|
||||
M V30 END ATOM
|
||||
M V30 BEGIN BOND
|
||||
M V30 1 1 1 2
|
||||
M V30 2 1 2 4
|
||||
M V30 3 2 4 3
|
||||
M V30 4 1 4 5
|
||||
M V30 5 1 1 6
|
||||
M V30 END BOND
|
||||
M V30 BEGIN SGROUP
|
||||
M V30 1 SUP 1 ATOMS=(1 5) XBONDS=(1 4) CSTATE=(4 4 -0.82 -0.01 0) LABEL=OH -
|
||||
M V30 CLASS=LGRP
|
||||
M V30 2 SUP 2 ATOMS=(4 1 2 3 4) XBONDS=(2 4 5) CSTATE=(4 4 0.82 0.01 0) -
|
||||
M V30 CSTATE=(4 5 -0.83 0.01 0) LABEL=G CLASS=AA SAP=(3 4 5 Br) -
|
||||
M V30 SAP=(3 1 6 Al)
|
||||
M V30 3 SUP 3 ATOMS=(1 6) XBONDS=(1 5) CSTATE=(4 5 0.83 -0.01 0) LABEL=H -
|
||||
M V30 CLASS=LGRP
|
||||
M V30 END SGROUP
|
||||
M V30 END CTAB
|
||||
M V30 TEMPLATE 3 AA/meS/meS/ NATREPLACE=AA/S
|
||||
M V30 BEGIN CTAB
|
||||
M V30 COUNTS 9 8 3 0 1
|
||||
M V30 BEGIN ATOM
|
||||
M V30 1 C 9.9525 -5.6641 0 0
|
||||
M V30 2 O 9.9451 -6.8641 0 0
|
||||
M V30 3 N 7.3518 -5.6442 0 0 CFG=3
|
||||
M V30 4 C 8.6579 -4.9049 0 0 CFG=1
|
||||
M V30 5 C 8.6671 -3.4041 0 0
|
||||
M V30 6 O 7.6319 -2.7971 0 0
|
||||
M V30 7 C 6.3173 -5.0361 0 0
|
||||
M V30 8 O 10.8217 -5.1697 0 0
|
||||
M V30 9 H 7.3436 -6.6442 0 0
|
||||
M V30 END ATOM
|
||||
M V30 BEGIN BOND
|
||||
M V30 1 2 2 1
|
||||
M V30 2 1 1 4
|
||||
M V30 3 1 4 3
|
||||
M V30 4 1 4 5 CFG=1
|
||||
M V30 5 1 5 6
|
||||
M V30 6 1 3 7
|
||||
M V30 7 1 1 8
|
||||
M V30 8 1 3 9
|
||||
M V30 END BOND
|
||||
M V30 BEGIN SGROUP
|
||||
M V30 1 SUP 1 ATOMS=(7 1 2 3 4 5 6 7) XBONDS=(2 7 8) CSTATE=(4 7 2.17 0.48 -
|
||||
M V30 0) CSTATE=(4 8 -1.31 -0.99 0) LABEL=meS CLASS=AA SAP=(3 1 8 Br) -
|
||||
M V30 SAP=(3 3 9 Al) NATREPLACE=AA/S
|
||||
M V30 2 SUP 2 ATOMS=(1 8) XBONDS=(1 7) CSTATE=(4 7 -2.17 -0.48 0) LABEL=OH -
|
||||
M V30 CLASS=LGRP
|
||||
M V30 3 SUP 3 ATOMS=(1 9) XBONDS=(1 8) CSTATE=(4 8 1.31 0.99 0) LABEL=H -
|
||||
M V30 CLASS=LGRP
|
||||
M V30 END SGROUP
|
||||
M V30 BEGIN COLLECTION
|
||||
M V30 MDLV30/STEABS ATOMS=(1 4)
|
||||
M V30 END COLLECTION
|
||||
M V30 END CTAB
|
||||
M V30 END TEMPLATE
|
||||
M END
|
||||
267
Code/GraphMol/FileParsers/test_data/macromols/testSCSR.mol
Normal file
267
Code/GraphMol/FileParsers/test_data/macromols/testSCSR.mol
Normal file
@@ -0,0 +1,267 @@
|
||||
|
||||
ACCLDraw11122415482D
|
||||
|
||||
0 0 0 0 0 999 V3000
|
||||
M V30 BEGIN CTAB
|
||||
M V30 COUNTS 8 7 1 0 1
|
||||
M V30 BEGIN ATOM
|
||||
M V30 1 Ala 1.6016 -11.5026 0 0 CLASS=AA ATTCHORD=(2 2 Br) SEQID=1
|
||||
M V30 2 Glu 2.5464 -11.5026 0 0 CLASS=AA ATTCHORD=(4 3 Br 1 Al) SEQID=2
|
||||
M V30 3 Gly 3.4913 -11.5026 0 0 CLASS=AA ATTCHORD=(4 8 Br 2 Al) SEQID=3
|
||||
M V30 4 His 5.3811 -11.5026 0 0 CLASS=AA ATTCHORD=(4 8 Al 5 Br) SEQID=5
|
||||
M V30 5 His 6.326 -11.5026 0 0 CLASS=AA ATTCHORD=(4 4 Al 7 Br) SEQID=6
|
||||
M V30 6 Pro 8.2157 -11.5026 0 0 CLASS=AA ATTCHORD=(2 7 Al) SEQID=8
|
||||
M V30 7 Cys 7.2709 -11.5026 0 0 CLASS=AA ATTCHORD=(4 5 Al 6 Br) SEQID=7
|
||||
M V30 8 Cys 4.4362 -11.5026 0 0 CLASS=AA ATTCHORD=(4 3 Al 4 Br) SEQID=4
|
||||
M V30 END ATOM
|
||||
M V30 BEGIN BOND
|
||||
M V30 1 1 2 1
|
||||
M V30 2 1 2 3
|
||||
M V30 3 1 8 3
|
||||
M V30 4 1 4 8
|
||||
M V30 5 1 5 4
|
||||
M V30 6 1 5 7
|
||||
M V30 7 1 7 6
|
||||
M V30 END BOND
|
||||
M V30 BEGIN SGROUP
|
||||
M V30 1 DAT 1 ATOMS=(1 1) FIELDNAME="SMMX:sequence position data" -
|
||||
M V30 FIELDDISP=" 1.6016 -11.5026 DA ALL 1 "
|
||||
M V30 END SGROUP
|
||||
M V30 END CTAB
|
||||
M V30 BEGIN TEMPLATE
|
||||
M V30 TEMPLATE 1 AA/Ala/A/
|
||||
M V30 BEGIN CTAB
|
||||
M V30 COUNTS 7 6 3 0 1
|
||||
M V30 BEGIN ATOM
|
||||
M V30 1 O 6.6266 -2.0662 0 0
|
||||
M V30 2 H 5.0016 -2.0876 0 0
|
||||
M V30 3 N 5.1358 -2.0784 0 0 CFG=3
|
||||
M V30 4 C 5.7844 -1.5983 0 0 CFG=2
|
||||
M V30 5 C 6.4753 -2.0653 0 0
|
||||
M V30 6 O 6.4753 -2.8977 0 0
|
||||
M V30 7 C 5.7844 -0.7662 0 0
|
||||
M V30 END ATOM
|
||||
M V30 BEGIN BOND
|
||||
M V30 1 1 3 4
|
||||
M V30 2 1 4 5
|
||||
M V30 3 2 5 6
|
||||
M V30 4 1 4 7 CFG=1
|
||||
M V30 5 1 3 2
|
||||
M V30 6 1 5 1
|
||||
M V30 END BOND
|
||||
M V30 BEGIN SGROUP
|
||||
M V30 1 SUP 1 ATOMS=(1 1) XBONDS=(1 6) BRKXYZ=(9 7.02 -2.26 0 7.02 -1.85 0 -
|
||||
M V30 0 0 0) CSTATE=(4 6 -0.82 -0.01 0) LABEL=OH CLASS=LGRP
|
||||
M V30 2 SUP 2 ATOMS=(1 2) XBONDS=(1 5) BRKXYZ=(9 4.58 -1.87 0 4.6 -2.28 0 -
|
||||
M V30 0 0 0) CSTATE=(4 5 0.8 0.02 0) LABEL=H CLASS=LGRP
|
||||
M V30 3 SUP 3 ATOMS=(5 3 4 5 6 7) XBONDS=(2 5 6) BRKXYZ=(9 3.95 -3.33 0 3.95 -
|
||||
M V30 -0.38 0 0 0 0) CSTATE=(4 5 -0.8 -0.02 0) CSTATE=(4 6 0.82 0.01 -
|
||||
M V30 0) LABEL=A CLASS=AA SAP=(3 3 2 Al) SAP=(3 5 1 Br)
|
||||
M V30 END SGROUP
|
||||
M V30 BEGIN COLLECTION
|
||||
M V30 MDLV30/STEABS ATOMS=(1 4)
|
||||
M V30 END COLLECTION
|
||||
M V30 END CTAB
|
||||
M V30 TEMPLATE 2 AA/Glu/E/
|
||||
M V30 BEGIN CTAB
|
||||
M V30 COUNTS 12 11 4 0 1
|
||||
M V30 BEGIN ATOM
|
||||
M V30 1 O 11.8895 -7.3751 0 0
|
||||
M V30 2 H 9.8607 -7.3749 0 0
|
||||
M V30 3 H 10.9063 -6.5064 0 0
|
||||
M V30 4 O 11.929 -8.5562 0 0
|
||||
M V30 5 C 11.929 -7.3751 0 0
|
||||
M V30 6 O 10.9061 -3.241 0 0
|
||||
M V30 7 O 12.952 -3.241 0 0
|
||||
M V30 8 C 11.929 -3.8316 0 0
|
||||
M V30 9 C 11.929 -5.0128 0 0
|
||||
M V30 10 C 10.9061 -5.6034 0 0
|
||||
M V30 11 C 10.9061 -6.7845 0 0 CFG=2
|
||||
M V30 12 N 9.8835 -7.3749 0 0 CFG=3
|
||||
M V30 END ATOM
|
||||
M V30 BEGIN BOND
|
||||
M V30 1 2 5 4
|
||||
M V30 2 1 5 1
|
||||
M V30 3 1 6 3
|
||||
M V30 4 2 8 7
|
||||
M V30 5 1 8 6
|
||||
M V30 6 1 9 8
|
||||
M V30 7 1 10 9
|
||||
M V30 8 1 11 10 CFG=1
|
||||
M V30 9 1 11 5
|
||||
M V30 10 1 12 11
|
||||
M V30 11 1 12 2
|
||||
M V30 END BOND
|
||||
M V30 BEGIN SGROUP
|
||||
M V30 1 SUP 1 ATOMS=(1 3) XBONDS=(1 3) CSTATE=(4 3 -0 -0.87 0) LABEL=H -
|
||||
M V30 CLASS=LGRP
|
||||
M V30 2 SUP 2 ATOMS=(1 2) XBONDS=(1 11) CSTATE=(4 11 1.05 -0 0) LABEL=H -
|
||||
M V30 CLASS=LGRP
|
||||
M V30 3 SUP 3 ATOMS=(1 1) XBONDS=(1 2) CSTATE=(4 2 -0.98 0 0) LABEL=OH -
|
||||
M V30 CLASS=LGRP
|
||||
M V30 4 SUP 4 ATOMS=(9 12 11 10 5 9 8 7 6 4) XBONDS=(3 3 11 2) CSTATE=(4 3 0 -
|
||||
M V30 0.87 0) CSTATE=(4 11 -1.05 0 0) CSTATE=(4 2 0.98 -0 0) LABEL=E -
|
||||
M V30 CLASS=AA SAP=(3 5 1 Br) SAP=(3 12 2 Al) SAP=(3 6 3 Cx)
|
||||
M V30 END SGROUP
|
||||
M V30 BEGIN COLLECTION
|
||||
M V30 MDLV30/STEABS ATOMS=(1 11)
|
||||
M V30 END COLLECTION
|
||||
M V30 END CTAB
|
||||
M V30 TEMPLATE 3 AA/Gly/G/
|
||||
M V30 BEGIN CTAB
|
||||
M V30 COUNTS 6 5 3 0 0
|
||||
M V30 BEGIN ATOM
|
||||
M V30 1 N 3.676 -12.5274 0 0 CFG=3
|
||||
M V30 2 C 4.2675 -12.095 0 0
|
||||
M V30 3 O 4.8932 -13.2691 0 0
|
||||
M V30 4 C 4.8904 -12.5161 0 0
|
||||
M V30 5 O 5.1042 -12.5167 0 0
|
||||
M V30 6 H 3.4542 -12.5125 0 0
|
||||
M V30 END ATOM
|
||||
M V30 BEGIN BOND
|
||||
M V30 1 1 1 2
|
||||
M V30 2 1 2 4
|
||||
M V30 3 2 4 3
|
||||
M V30 4 1 4 5
|
||||
M V30 5 1 1 6
|
||||
M V30 END BOND
|
||||
M V30 BEGIN SGROUP
|
||||
M V30 1 SUP 1 ATOMS=(1 5) XBONDS=(1 4) CSTATE=(4 4 -0.82 -0.01 0) LABEL=OH -
|
||||
M V30 CLASS=LGRP
|
||||
M V30 2 SUP 2 ATOMS=(4 1 2 3 4) XBONDS=(2 4 5) CSTATE=(4 4 0.82 0.01 0) -
|
||||
M V30 CSTATE=(4 5 -0.83 0.01 0) LABEL=G CLASS=AA SAP=(3 4 5 Br) -
|
||||
M V30 SAP=(3 1 6 Al)
|
||||
M V30 3 SUP 3 ATOMS=(1 6) XBONDS=(1 5) CSTATE=(4 5 0.83 -0.01 0) LABEL=H -
|
||||
M V30 CLASS=LGRP
|
||||
M V30 END SGROUP
|
||||
M V30 END CTAB
|
||||
M V30 TEMPLATE 4 AA/His/H/
|
||||
M V30 BEGIN CTAB
|
||||
M V30 COUNTS 13 13 4 0 1
|
||||
M V30 BEGIN ATOM
|
||||
M V30 1 N 13.6621 -5.9337 0 0
|
||||
M V30 2 H 12.1156 -8.5455 0 0
|
||||
M V30 3 O 13.8674 -8.5328 0 0
|
||||
M V30 4 O 13.6279 -9.3828 0 0
|
||||
M V30 5 C 13.6279 -8.5328 0 0
|
||||
M V30 6 N 12.2569 -8.5455 0 0 CFG=3
|
||||
M V30 7 C 12.9246 -8.0574 0 0 CFG=1
|
||||
M V30 8 C 12.9246 -7.2051 0 0
|
||||
M V30 9 C 13.6621 -6.7803 0 0
|
||||
M V30 10 C 14.4645 -7.0501 0 0
|
||||
M V30 11 H 12.9332 -7.5261 0 0
|
||||
M V30 12 C 14.4785 -5.6803 0 0
|
||||
M V30 13 N 14.9691 -6.3703 0 0 CFG=3
|
||||
M V30 END ATOM
|
||||
M V30 BEGIN BOND
|
||||
M V30 1 2 1 12
|
||||
M V30 2 1 9 1
|
||||
M V30 3 2 10 9
|
||||
M V30 4 1 13 10
|
||||
M V30 5 1 12 13
|
||||
M V30 6 1 6 2
|
||||
M V30 7 1 5 3
|
||||
M V30 8 1 13 11
|
||||
M V30 9 2 5 4
|
||||
M V30 10 1 7 5
|
||||
M V30 11 1 6 7
|
||||
M V30 12 1 7 8 CFG=1
|
||||
M V30 13 1 8 9
|
||||
M V30 END BOND
|
||||
M V30 BEGIN SGROUP
|
||||
M V30 1 SUP 1 ATOMS=(1 2) XBONDS=(1 6) BRKXYZ=(9 -16.63 0.59 0 -16.62 -0.11 -
|
||||
M V30 0 0 0 0) CSTATE=(4 6 0.83 0.01 0) LABEL=H CLASS=LGRP
|
||||
M V30 2 SUP 2 ATOMS=(1 3) XBONDS=(1 7) BRKXYZ=(9 -14.2 -0.09 0 -14.2 0.61 0 -
|
||||
M V30 0 0 0) CSTATE=(4 7 -0.93 -0.01 0) LABEL=OH CLASS=LGRP
|
||||
M V30 3 SUP 3 ATOMS=(1 11) XBONDS=(1 8) BRKXYZ=(9 -13.87 2.71 0 -13.84 3.41 -
|
||||
M V30 0 0 0 0) CSTATE=(4 8 0.01 -1.01 0) LABEL=H CLASS=LGRP
|
||||
M V30 4 SUP 4 ATOMS=(10 6 7 4 5 8 1 12 13 10 9) XBONDS=(3 7 8 6) BRKXYZ=(9 -
|
||||
M V30 -14.39 0.61 0 -14.38 -0.09 0 0 0 0) BRKXYZ=(9 -12.94 2.75 0 -
|
||||
M V30 -12.97 2.05 0 0 0 0) BRKXYZ=(9 -16.46 -0.11 0 -16.46 0.59 0 -
|
||||
M V30 0 0 0) CSTATE=(4 7 0.93 0.01 0) CSTATE=(4 8 -0.01 1.01 0) -
|
||||
M V30 CSTATE=(4 6 -0.83 -0.01 0) LABEL=H CLASS=AA SAP=(3 6 2 Al) -
|
||||
M V30 SAP=(3 5 3 Br) SAP=(3 13 11 Cx)
|
||||
M V30 END SGROUP
|
||||
M V30 BEGIN COLLECTION
|
||||
M V30 MDLV30/STEABS ATOMS=(1 7)
|
||||
M V30 END COLLECTION
|
||||
M V30 END CTAB
|
||||
M V30 TEMPLATE 5 AA/Pro/P/
|
||||
M V30 BEGIN CTAB
|
||||
M V30 COUNTS 9 9 3 0 1
|
||||
M V30 BEGIN ATOM
|
||||
M V30 1 O 3.5033 -2.6912 0 0
|
||||
M V30 2 H 1.8241 -2.6775 0 0
|
||||
M V30 3 C 3.3512 -2.6646 0 0
|
||||
M V30 4 C 2.6882 -2.2195 0 0 CFG=2
|
||||
M V30 5 C 2.6882 -1.4139 0 0
|
||||
M V30 6 C 1.8317 -1.2885 0 0
|
||||
M V30 7 C 1.4465 -2.0649 0 0
|
||||
M V30 8 N 2.0634 -2.6791 0 0 CFG=3
|
||||
M V30 9 O 3.3512 -3.464 0 0
|
||||
M V30 END ATOM
|
||||
M V30 BEGIN BOND
|
||||
M V30 1 1 3 1
|
||||
M V30 2 1 8 2
|
||||
M V30 3 1 4 3
|
||||
M V30 4 1 4 5 CFG=1
|
||||
M V30 5 1 6 5
|
||||
M V30 6 1 7 6
|
||||
M V30 7 1 7 8
|
||||
M V30 8 1 8 4
|
||||
M V30 9 2 3 9
|
||||
M V30 END BOND
|
||||
M V30 BEGIN SGROUP
|
||||
M V30 1 SUP 1 ATOMS=(1 1) XBONDS=(1 1) BRKXYZ=(9 3.87 -2.87 0 3.88 -2.47 0 -
|
||||
M V30 0 0 0) CSTATE=(4 1 -0.8 0.02 0) LABEL=OH CLASS=LGRP
|
||||
M V30 2 SUP 2 ATOMS=(1 2) XBONDS=(1 2) BRKXYZ=(9 1.46 -2.47 0 1.47 -2.88 0 -
|
||||
M V30 0 0 0) CSTATE=(4 2 0.88 0.01 0) LABEL=H CLASS=LGRP
|
||||
M V30 3 SUP 3 ATOMS=(7 3 4 5 6 7 8 9) XBONDS=(2 2 1) BRKXYZ=(9 0.8 -3.9 0 -
|
||||
M V30 0.8 -0.91 0 0 0 0) CSTATE=(4 2 -0.88 -0.01 0) CSTATE=(4 1 0.8 -
|
||||
M V30 -0.02 0) LABEL=P CLASS=AA SAP=(3 8 2 Al) SAP=(3 3 1 Br)
|
||||
M V30 END SGROUP
|
||||
M V30 BEGIN COLLECTION
|
||||
M V30 MDLV30/STEABS ATOMS=(1 4)
|
||||
M V30 END COLLECTION
|
||||
M V30 END CTAB
|
||||
M V30 TEMPLATE 6 AA/Cys/C/
|
||||
M V30 BEGIN CTAB
|
||||
M V30 COUNTS 9 8 4 0 1
|
||||
M V30 BEGIN ATOM
|
||||
M V30 1 H 9.9063 -6.8946 0 0
|
||||
M V30 2 S 11.0183 -5.1898 0 0
|
||||
M V30 3 C 9.8926 -5.8385 0 0
|
||||
M V30 4 C 9.8926 -7.1376 0 0 CFG=1
|
||||
M V30 5 C 10.9757 -7.8552 0 0
|
||||
M V30 6 O 11.1331 -7.875 0 0
|
||||
M V30 7 O 10.9757 -9.1545 0 0
|
||||
M V30 8 N 8.8368 -7.8948 0 0 CFG=3
|
||||
M V30 9 H 8.633 -7.8748 0 0
|
||||
M V30 END ATOM
|
||||
M V30 BEGIN BOND
|
||||
M V30 1 1 2 1
|
||||
M V30 2 1 3 2
|
||||
M V30 3 1 4 3 CFG=1
|
||||
M V30 4 1 4 5
|
||||
M V30 5 1 5 6
|
||||
M V30 6 2 5 7
|
||||
M V30 7 1 8 4
|
||||
M V30 8 1 8 9
|
||||
M V30 END BOND
|
||||
M V30 BEGIN SGROUP
|
||||
M V30 1 SUP 1 ATOMS=(6 8 4 7 5 3 2) XBONDS=(3 8 5 1) CSTATE=(4 8 -1.27 0 0) -
|
||||
M V30 CSTATE=(4 5 1.23 -0 0) CSTATE=(4 1 0 0.98 0) LABEL=C -
|
||||
M V30 CLASS=AA SAP=(3 8 9 Al) SAP=(3 5 6 Br) SAP=(3 2 1 Cx)
|
||||
M V30 2 SUP 2 ATOMS=(1 1) XBONDS=(1 1) CSTATE=(4 1 -0 -0.98 0) LABEL=H -
|
||||
M V30 CLASS=LGRP
|
||||
M V30 3 SUP 3 ATOMS=(1 6) XBONDS=(1 5) CSTATE=(4 5 -1.23 0 0) LABEL=OH -
|
||||
M V30 CLASS=LGRP
|
||||
M V30 4 SUP 4 ATOMS=(1 9) XBONDS=(1 8) CSTATE=(4 8 1.27 -0 0) LABEL=H -
|
||||
M V30 CLASS=LGRP
|
||||
M V30 END SGROUP
|
||||
M V30 BEGIN COLLECTION
|
||||
M V30 MDLV30/STEABS ATOMS=(1 4)
|
||||
M V30 END COLLECTION
|
||||
M V30 END CTAB
|
||||
M V30 END TEMPLATE
|
||||
M END
|
||||
328
Code/GraphMol/FileParsers/test_data/macromols/wobblePairs.mol
Normal file
328
Code/GraphMol/FileParsers/test_data/macromols/wobblePairs.mol
Normal file
@@ -0,0 +1,328 @@
|
||||
|
||||
-INDIGO-01232511012D
|
||||
|
||||
0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 V3000
|
||||
M V30 BEGIN CTAB
|
||||
M V30 COUNTS 22 24 0 0 0
|
||||
M V30 BEGIN ATOM
|
||||
M V30 1 R 1.25 -1.25 0.0 0 CLASS=SUGAR SEQID=1 ATTCHORD=(4 2 Cx 5 Br)
|
||||
M V30 2 In 1.25 -2.75 0.0 0 CLASS=BASE SEQID=1 ATTCHORD=(4 1 Al 11 Ch)
|
||||
M V30 3 R 4.25 -1.25 0.0 0 CLASS=SUGAR SEQID=2 ATTCHORD=(6 4 Cx 5 Al 8 Br)
|
||||
M V30 4 In 4.25 -2.75 0.0 0 CLASS=BASE SEQID=2 ATTCHORD=(4 3 Al 14 Ch)
|
||||
M V30 5 P 2.75 -1.25 0.0 0 CLASS=PHOSPHATE SEQID=1 ATTCHORD=(4 1 Al 3 Br)
|
||||
M V30 6 R 7.25 -1.25 0.0 0 CLASS=SUGAR SEQID=3 ATTCHORD=(6 7 Cx 8 Al 10 Br)
|
||||
M V30 7 In 7.25 -2.75 0.0 0 CLASS=BASE SEQID=3 ATTCHORD=(4 6 Al 17 Ch)
|
||||
M V30 8 P 5.75 -1.25 0.0 0 CLASS=PHOSPHATE SEQID=2 ATTCHORD=(4 6 Br 3 Al)
|
||||
M V30 9 R 10.25 -1.25 0.0 0 CLASS=SUGAR SEQID=4 ATTCHORD=(4 10 Al 21 Cx)
|
||||
M V30 10 P 8.75 -1.25 0.0 0 CLASS=PHOSPHATE SEQID=3 ATTCHORD=(4 6 Al 9 Br)
|
||||
M V30 11 C 1.25 -4.25 0.0 0 CLASS=BASE SEQID=1 ATTCHORD=(4 12 Al 2 Ch)
|
||||
M V30 12 R 1.25 -5.75 0.0 0 CLASS=SUGAR SEQID=1 ATTCHORD=(4 11 Cx 13 Br)
|
||||
M V30 13 P 2.75 -5.75 0.0 0 CLASS=PHOSPHATE SEQID=1 ATTCHORD=(4 12 Al 15 Br)
|
||||
M V30 14 U 4.25 -4.25 0.0 0 CLASS=BASE SEQID=2 ATTCHORD=(4 15 Al 4 Ch)
|
||||
M V30 15 R 4.25 -5.75 0.0 0 CLASS=SUGAR SEQID=2 ATTCHORD=(6 14 Cx 13 Al 16 B-
|
||||
M V30 r)
|
||||
M V30 16 P 5.75 -5.75 0.0 0 CLASS=PHOSPHATE SEQID=2 ATTCHORD=(4 18 Br 15 Al)
|
||||
M V30 17 A 7.25 -4.25 0.0 0 CLASS=BASE SEQID=3 ATTCHORD=(4 18 Al 7 Ch)
|
||||
M V30 18 R 7.25 -5.75 0.0 0 CLASS=SUGAR SEQID=3 ATTCHORD=(6 17 Cx 19 Br 16 A-
|
||||
M V30 l)
|
||||
M V30 19 P 8.75 -5.75 0.0 0 CLASS=PHOSPHATE SEQID=3 ATTCHORD=(4 18 Al 20 Br)
|
||||
M V30 20 R 10.25 -5.75 0.0 0 CLASS=SUGAR SEQID=4 ATTCHORD=(4 19 Al 22 Cx)
|
||||
M V30 21 G 10.25 -2.75 0.0 0 CLASS=BASE SEQID=4 ATTCHORD=(4 9 Al 22 Ch)
|
||||
M V30 22 U 10.25 -4.25 0.0 0 CLASS=BASE SEQID=4 ATTCHORD=(4 20 Al 21 Ch)
|
||||
M V30 END ATOM
|
||||
M V30 BEGIN BOND
|
||||
M V30 1 1 1 2
|
||||
M V30 2 1 3 4
|
||||
M V30 3 1 1 5
|
||||
M V30 4 1 5 3
|
||||
M V30 5 1 6 7
|
||||
M V30 6 1 8 6
|
||||
M V30 7 1 6 10
|
||||
M V30 8 1 10 9
|
||||
M V30 9 1 11 12
|
||||
M V30 10 1 12 13
|
||||
M V30 11 10 2 11
|
||||
M V30 12 1 14 15
|
||||
M V30 13 1 13 15
|
||||
M V30 14 10 4 14
|
||||
M V30 15 1 17 18
|
||||
M V30 16 1 18 19
|
||||
M V30 17 1 16 18
|
||||
M V30 18 10 7 17
|
||||
M V30 19 1 19 20
|
||||
M V30 20 1 22 20
|
||||
M V30 21 1 9 21
|
||||
M V30 22 10 21 22
|
||||
M V30 23 1 3 8
|
||||
M V30 24 1 15 16
|
||||
M V30 END BOND
|
||||
M V30 END CTAB
|
||||
M V30 BEGIN TEMPLATE
|
||||
M V30 TEMPLATE 1 BASE/Gua/G NATREPLACE=BASE/G
|
||||
M V30 BEGIN CTAB
|
||||
M V30 COUNTS 12 13 2 0 0
|
||||
M V30 BEGIN ATOM
|
||||
M V30 1 C 1.0354 0.2498 0.0 0
|
||||
M V30 2 C -0.0792 -0.754 0.0 0
|
||||
M V30 3 C -1.5057 -0.2906 0.0 0
|
||||
M V30 4 N -1.8177 1.1766 0.0 0
|
||||
M V30 5 C -0.7031 2.1804 0.0 0
|
||||
M V30 6 N 0.7235 1.717 0.0 0
|
||||
M V30 7 N -2.3871 -1.5034 0.0 0
|
||||
M V30 8 C -1.5053 -2.7168 0.0 0
|
||||
M V30 9 N -0.0787 -2.2532 0.0 0
|
||||
M V30 10 O 2.1768 -0.1209 0.0 0
|
||||
M V30 11 N -0.9527 3.3542 0.0 0
|
||||
M V30 12 H -3.5871 -1.5034 0.0 0
|
||||
M V30 END ATOM
|
||||
M V30 BEGIN BOND
|
||||
M V30 1 2 1 10
|
||||
M V30 2 1 1 6
|
||||
M V30 3 1 1 2
|
||||
M V30 4 1 9 2
|
||||
M V30 5 2 2 3
|
||||
M V30 6 1 7 3
|
||||
M V30 7 1 3 4
|
||||
M V30 8 2 4 5
|
||||
M V30 9 1 5 6
|
||||
M V30 10 1 5 11
|
||||
M V30 11 1 7 8
|
||||
M V30 12 1 7 12
|
||||
M V30 13 2 8 9
|
||||
M V30 END BOND
|
||||
M V30 BEGIN SGROUP
|
||||
M V30 1 SUP 1 ATOMS=(1 12) XBONDS=(1 12) BRKXYZ=(9 0.600000 0.000000 0.00000-
|
||||
M V30 0 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000) LABEL=H CLASS-
|
||||
M V30 =LGRP
|
||||
M V30 2 SUP 2 ATOMS=(11 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11) XBONDS=(1 12) BRKXYZ=(9 -0.-
|
||||
M V30 600000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 -
|
||||
M V30 0.000000) LABEL=G CLASS=BASE SAP=(3 7 12 Al) SAP=(3 11 0 Ch) SAP=(3 6 0 Ch) SAP=(3 10 0 Ch) NATREPLACE=BASE/G
|
||||
M V30 END SGROUP
|
||||
M V30 END CTAB
|
||||
M V30 TEMPLATE 2 BASE/Ade/A NATREPLACE=BASE/A
|
||||
M V30 BEGIN CTAB
|
||||
M V30 COUNTS 11 12 2 0 0
|
||||
M V30 BEGIN ATOM
|
||||
M V30 1 C 1.0354 0.2498 0.0 0
|
||||
M V30 2 C -0.0792 -0.754 0.0 0
|
||||
M V30 3 C -1.5057 -0.2906 0.0 0
|
||||
M V30 4 N -1.8177 1.1766 0.0 0
|
||||
M V30 5 C -0.7031 2.1804 0.0 0
|
||||
M V30 6 N 0.7235 1.717 0.0 0
|
||||
M V30 7 N -2.3871 -1.5034 0.0 0
|
||||
M V30 8 C -1.5053 -2.7168 0.0 0
|
||||
M V30 9 N -0.0787 -2.2532 0.0 0
|
||||
M V30 10 N 2.1768 -0.1209 0.0 0
|
||||
M V30 11 H -3.5871 -1.5034 0.0 0
|
||||
M V30 END ATOM
|
||||
M V30 BEGIN BOND
|
||||
M V30 1 1 1 10
|
||||
M V30 2 2 1 6
|
||||
M V30 3 1 1 2
|
||||
M V30 4 1 9 2
|
||||
M V30 5 2 2 3
|
||||
M V30 6 1 7 3
|
||||
M V30 7 1 3 4
|
||||
M V30 8 2 4 5
|
||||
M V30 9 1 5 6
|
||||
M V30 10 1 7 8
|
||||
M V30 11 1 7 11
|
||||
M V30 12 2 8 9
|
||||
M V30 END BOND
|
||||
M V30 BEGIN SGROUP
|
||||
M V30 1 SUP 1 ATOMS=(1 11) XBONDS=(1 11) BRKXYZ=(9 0.600000 0.000000 0.00000-
|
||||
M V30 0 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000) LABEL=H CLASS-
|
||||
M V30 =LGRP
|
||||
M V30 2 SUP 2 ATOMS=(10 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10) XBONDS=(1 11) BRKXYZ=(9 -0.600-
|
||||
M V30 000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.0-
|
||||
M V30 00000) LABEL=A CLASS=BASE SAP=(3 7 11 Al) SAP=(3 5 0 Ch) SAP=(3 6 0 Ch) SAP=(3 10 0 Ch) NATREPLACE=BASE/A
|
||||
M V30 END SGROUP
|
||||
M V30 END CTAB
|
||||
M V30 TEMPLATE 3 BASE/Cyt/C NATREPLACE=BASE/C
|
||||
M V30 BEGIN CTAB
|
||||
M V30 COUNTS 9 9 2 0 0
|
||||
M V30 BEGIN ATOM
|
||||
M V30 1 C 1.8617 1.3499 0.0 0
|
||||
M V30 2 C 1.1117 2.6489 0.0 0
|
||||
M V30 3 C -0.3882 2.649 0.0 0
|
||||
M V30 4 N -1.1382 1.35 0.0 0
|
||||
M V30 5 C -0.3883 0.0509 0.0 0
|
||||
M V30 6 N 1.1117 0.0509 0.0 0
|
||||
M V30 7 N 3.0618 1.3499 0.0 0
|
||||
M V30 8 O -0.9884 -0.9883 0.0 0
|
||||
M V30 9 H -2.3383 1.35 0.0 0
|
||||
M V30 END ATOM
|
||||
M V30 BEGIN BOND
|
||||
M V30 1 1 1 2
|
||||
M V30 2 2 1 6
|
||||
M V30 3 1 1 7
|
||||
M V30 4 2 2 3
|
||||
M V30 5 1 3 4
|
||||
M V30 6 1 4 5
|
||||
M V30 7 1 4 9
|
||||
M V30 8 1 5 6
|
||||
M V30 9 2 5 8
|
||||
M V30 END BOND
|
||||
M V30 BEGIN SGROUP
|
||||
M V30 1 SUP 1 ATOMS=(1 9) XBONDS=(1 7) BRKXYZ=(9 0.600050 0.000000 0.000000 -
|
||||
M V30 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000) LABEL=H CLASS=L-
|
||||
M V30 GRP
|
||||
M V30 2 SUP 2 ATOMS=(8 1 2 3 4 5 6 7 8) XBONDS=(1 7) BRKXYZ=(9 -0.600050 0.0-
|
||||
M V30 00000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000) -
|
||||
M V30 LABEL=C CLASS=BASE SAP=(3 4 9 Al) SAP=(3 8 0 Ch) SAP=(3 6 0 Ch) SAP=(3 7 0 Ch) NATREPLACE=BASE/C
|
||||
M V30 END SGROUP
|
||||
M V30 END CTAB
|
||||
M V30 TEMPLATE 4 PHOSPHATE/P/P NATREPLACE=PHOSPHATE/P
|
||||
M V30 BEGIN CTAB
|
||||
M V30 COUNTS 5 4 3 0 0
|
||||
M V30 BEGIN ATOM
|
||||
M V30 1 P -0.2399 0.0 0.0 0
|
||||
M V30 2 O -1.4399 0.0 0.0 0
|
||||
M V30 3 O 0.3598 -1.0394 0.0 0
|
||||
M V30 4 O 0.9601 0.0 0.0 0
|
||||
M V30 5 O 0.3598 1.0394 0.0 0
|
||||
M V30 END ATOM
|
||||
M V30 BEGIN BOND
|
||||
M V30 1 1 1 2
|
||||
M V30 2 2 1 3
|
||||
M V30 3 1 1 4
|
||||
M V30 4 1 1 5
|
||||
M V30 END BOND
|
||||
M V30 BEGIN SGROUP
|
||||
M V30 1 SUP 1 ATOMS=(1 2) XBONDS=(1 1) BRKXYZ=(9 0.600000 0.000000 0.000000 -
|
||||
M V30 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000) LABEL=OH CLASS=-
|
||||
M V30 LGRP
|
||||
M V30 2 SUP 2 ATOMS=(1 4) XBONDS=(1 3) BRKXYZ=(9 -0.600000 0.000000 0.000000-
|
||||
M V30 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000) LABEL=OH CLASS-
|
||||
M V30 =LGRP
|
||||
M V30 3 SUP 3 ATOMS=(3 1 3 5) XBONDS=(2 1 3) BRKXYZ=(9 -0.600000 0.000000 0.-
|
||||
M V30 000000 0.600000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000) LABEL=P -
|
||||
M V30 CLASS=PHOSPHATE SAP=(3 1 2 Al) SAP=(3 1 4 Br) NATREPLACE=PHOSPHATE/P
|
||||
M V30 END SGROUP
|
||||
M V30 END CTAB
|
||||
M V30 TEMPLATE 5 SUGAR/Rib/R NATREPLACE=SUGAR/R
|
||||
M V30 BEGIN CTAB
|
||||
M V30 COUNTS 12 12 4 0 0
|
||||
M V30 BEGIN ATOM
|
||||
M V30 1 O -1.1017 -1.0663 0.0 0
|
||||
M V30 2 C -0.5897 0.3436 0.0 0 CFG=1
|
||||
M V30 3 C 0.0809 -1.9889 0.0 0 CFG=2
|
||||
M V30 4 C 0.9095 0.2924 0.0 0 CFG=2
|
||||
M V30 5 C 1.3239 -1.1493 0.0 0 CFG=1
|
||||
M V30 6 O 1.8285 1.4755 0.0 0
|
||||
M V30 7 O 2.4518 -1.5589 0.0 0
|
||||
M V30 8 C -1.431 1.5834 0.0 0
|
||||
M V30 9 O 0.0399 -3.1881 0.0 0
|
||||
M V30 10 O -2.9279 1.4755 0.0 0
|
||||
M V30 11 H -3.6017 2.4684 0.0 0
|
||||
M V30 12 H 3.0174 1.3125 0.0 0
|
||||
M V30 END ATOM
|
||||
M V30 BEGIN BOND
|
||||
M V30 1 1 1 2
|
||||
M V30 2 1 1 3
|
||||
M V30 3 1 2 4
|
||||
M V30 4 1 2 8 CFG=3
|
||||
M V30 5 1 3 5
|
||||
M V30 6 1 3 9 CFG=3
|
||||
M V30 7 1 4 5
|
||||
M V30 8 1 4 6 CFG=1
|
||||
M V30 9 1 5 7 CFG=1
|
||||
M V30 10 1 6 12
|
||||
M V30 11 1 8 10
|
||||
M V30 12 1 10 11
|
||||
M V30 END BOND
|
||||
M V30 BEGIN COLLECTION
|
||||
M V30 MDLV30/STEABS ATOMS=(4 2 3 4 5)
|
||||
M V30 END COLLECTION
|
||||
M V30 BEGIN SGROUP
|
||||
M V30 1 SUP 1 ATOMS=(1 11) XBONDS=(1 12) BRKXYZ=(9 0.336900 -0.496450 0.0000-
|
||||
M V30 00 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000) LABEL=H CLAS-
|
||||
M V30 S=LGRP
|
||||
M V30 2 SUP 2 ATOMS=(1 12) XBONDS=(1 10) BRKXYZ=(9 -0.594450 0.081500 0.0000-
|
||||
M V30 00 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000) LABEL=H CLAS-
|
||||
M V30 S=LGRP
|
||||
M V30 3 SUP 3 ATOMS=(1 9) XBONDS=(1 6) BRKXYZ=(9 0.020500 0.599600 0.000000 -
|
||||
M V30 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000) LABEL=OH CLASS=-
|
||||
M V30 LGRP
|
||||
M V30 4 SUP 4 ATOMS=(9 1 2 3 4 5 6 7 8 10) XBONDS=(3 6 10 12) BRKXYZ=(9 -0.0-
|
||||
M V30 20500 -0.599600 0.000000 0.594450 -0.081500 0.000000 0.000000 0.000000-
|
||||
M V30 0.000000) BRKXYZ=(9 -0.336900 0.496450 0.000000 0.000000 0.000000 0.0-
|
||||
M V30 00000 0.000000 0.000000 0.000000) LABEL=R CLASS=SUGAR SAP=(3 10 11 Al)-
|
||||
M V30 SAP=(3 6 12 Br) SAP=(3 3 9 Cx) NATREPLACE=SUGAR/R
|
||||
M V30 END SGROUP
|
||||
M V30 END CTAB
|
||||
M V30 TEMPLATE 6 BASE/Ura/U NATREPLACE=BASE/U
|
||||
M V30 BEGIN CTAB
|
||||
M V30 COUNTS 9 9 2 0 0
|
||||
M V30 BEGIN ATOM
|
||||
M V30 1 C 1.8617 1.3499 0.0 0
|
||||
M V30 2 C 1.1117 0.0509 0.0 0
|
||||
M V30 3 C -0.3883 0.0509 0.0 0
|
||||
M V30 4 N -1.1382 1.35 0.0 0
|
||||
M V30 5 C -0.3882 2.649 0.0 0
|
||||
M V30 6 N 1.1117 2.6489 0.0 0
|
||||
M V30 7 O 3.0618 1.3499 0.0 0
|
||||
M V30 8 O -0.9882 3.6882 0.0 0
|
||||
M V30 9 H -2.3383 1.35 0.0 0
|
||||
M V30 END ATOM
|
||||
M V30 BEGIN BOND
|
||||
M V30 1 2 1 7
|
||||
M V30 2 1 1 6
|
||||
M V30 3 1 1 2
|
||||
M V30 4 2 2 3
|
||||
M V30 5 1 3 4
|
||||
M V30 6 1 4 5
|
||||
M V30 7 1 4 9
|
||||
M V30 8 2 5 8
|
||||
M V30 9 1 5 6
|
||||
M V30 END BOND
|
||||
M V30 BEGIN SGROUP
|
||||
M V30 1 SUP 1 ATOMS=(1 9) XBONDS=(1 7) BRKXYZ=(9 0.600050 0.000000 0.000000 -
|
||||
M V30 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000) LABEL=H CLASS=L-
|
||||
M V30 GRP
|
||||
M V30 2 SUP 2 ATOMS=(8 1 2 3 4 5 6 7 8) XBONDS=(1 7) BRKXYZ=(9 -0.600050 0.0-
|
||||
M V30 00000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000) -
|
||||
M V30 LABEL=U CLASS=BASE SAP=(3 4 9 Al) SAP=(3 8 0 Ch) SAP=(3 6 0 Ch) SAP=(3 7 0 Ch) NATREPLACE=BASE/U
|
||||
M V30 END SGROUP
|
||||
M V30 END CTAB
|
||||
M V30 TEMPLATE 7 BASE/In/In NATREPLACE=BASE/U
|
||||
M V30 BEGIN CTAB
|
||||
M V30 COUNTS 11 12 2 0 0
|
||||
M V30 BEGIN ATOM
|
||||
M V30 1 C 1.0354 0.2498 0.0 0
|
||||
M V30 2 C -0.0792 -0.754 0.0 0
|
||||
M V30 3 C -1.5057 -0.2906 0.0 0
|
||||
M V30 4 N -1.8177 1.1766 0.0 0
|
||||
M V30 5 C -0.7031 2.1804 0.0 0
|
||||
M V30 6 N 0.7235 1.717 0.0 0
|
||||
M V30 7 N -2.3871 -1.5034 0.0 0
|
||||
M V30 8 C -1.5053 -2.7168 0.0 0
|
||||
M V30 9 N -0.0787 -2.2532 0.0 0
|
||||
M V30 10 O 2.1768 -0.1209 0.0 0
|
||||
M V30 11 H -3.5871 -1.5034 0.0 0
|
||||
M V30 END ATOM
|
||||
M V30 BEGIN BOND
|
||||
M V30 1 2 1 10
|
||||
M V30 2 1 1 6
|
||||
M V30 3 1 1 2
|
||||
M V30 4 1 9 2
|
||||
M V30 5 2 2 3
|
||||
M V30 6 1 7 3
|
||||
M V30 7 1 3 4
|
||||
M V30 8 2 4 5
|
||||
M V30 9 1 5 6
|
||||
M V30 10 1 7 8
|
||||
M V30 11 1 7 11
|
||||
M V30 12 2 8 9
|
||||
M V30 END BOND
|
||||
M V30 BEGIN SGROUP
|
||||
M V30 1 SUP 1 ATOMS=(1 11) XBONDS=(1 11) BRKXYZ=(9 0.600000 0.000000 0.00000-
|
||||
M V30 0 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000) LABEL=H CLASS-
|
||||
M V30 =LGRP
|
||||
M V30 2 SUP 2 ATOMS=(10 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10) XBONDS=(1 11) BRKXYZ=(9 -0.-
|
||||
M V30 600000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 -
|
||||
M V30 0.000000) LABEL=I CLASS=BASE SAP=(3 7 11 Al) SAP=(3 6 0 Ch) SAP=(3 10 0 Ch) NATREPLACE=BASE/G
|
||||
M V30 END SGROUP
|
||||
M V30 END CTAB
|
||||
M V30 END TEMPLATE
|
||||
M END
|
||||
328
Code/GraphMol/FileParsers/test_data/macromols/wobblePairs2.mol
Normal file
328
Code/GraphMol/FileParsers/test_data/macromols/wobblePairs2.mol
Normal file
@@ -0,0 +1,328 @@
|
||||
|
||||
-INDIGO-01272508152D
|
||||
|
||||
0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 V3000
|
||||
M V30 BEGIN CTAB
|
||||
M V30 COUNTS 22 24 0 0 0
|
||||
M V30 BEGIN ATOM
|
||||
M V30 1 R 1.25 -1.25 0.0 0 CLASS=SUGAR SEQID=1 ATTCHORD=(4 2 Cx 5 Br)
|
||||
M V30 2 C 1.25 -2.75 0.0 0 CLASS=BASE SEQID=1 ATTCHORD=(4 1 Al 20 Ch)
|
||||
M V30 3 R 4.25 -1.25 0.0 0 CLASS=SUGAR SEQID=2 ATTCHORD=(6 4 Cx 5 Al 8 Br)
|
||||
M V30 4 U 4.25 -2.75 0.0 0 CLASS=BASE SEQID=2 ATTCHORD=(4 3 Al 21 Ch)
|
||||
M V30 5 P 2.75 -1.25 0.0 0 CLASS=PHOSPHATE SEQID=1 ATTCHORD=(4 1 Al 3 Br)
|
||||
M V30 6 R 7.25 -1.25 0.0 0 CLASS=SUGAR SEQID=3 ATTCHORD=(6 7 Cx 8 Al 11 Br)
|
||||
M V30 7 A 7.25 -2.75 0.0 0 CLASS=BASE SEQID=3 ATTCHORD=(4 6 Al 22 Ch)
|
||||
M V30 8 P 5.75 -1.25 0.0 0 CLASS=PHOSPHATE SEQID=2 ATTCHORD=(4 3 Al 6 Br)
|
||||
M V30 9 R 10.25 -1.25 0.0 0 CLASS=SUGAR SEQID=4 ATTCHORD=(4 10 Cx 11 Al)
|
||||
M V30 10 U 10.25 -2.75 0.0 0 CLASS=BASE SEQID=4 ATTCHORD=(4 9 Al 19 Ch)
|
||||
M V30 11 P 8.75 -1.25 0.0 0 CLASS=PHOSPHATE SEQID=3 ATTCHORD=(4 6 Al 9 Br)
|
||||
M V30 12 R 1.25 -5.75 0.0 0 CLASS=SUGAR SEQID=1 ATTCHORD=(4 13 Br 20 Cx)
|
||||
M V30 13 P 2.75 -5.75 0.0 0 CLASS=PHOSPHATE SEQID=1 ATTCHORD=(4 12 Al 14 Br)
|
||||
M V30 14 R 4.25 -5.75 0.0 0 CLASS=SUGAR SEQID=2 ATTCHORD=(6 15 Br 13 Al 21 C-
|
||||
M V30 x)
|
||||
M V30 15 P 5.75 -5.75 0.0 0 CLASS=PHOSPHATE SEQID=2 ATTCHORD=(4 14 Al 16 Br)
|
||||
M V30 16 R 7.25 -5.75 0.0 0 CLASS=SUGAR SEQID=3 ATTCHORD=(6 17 Br 15 Al 22 C-
|
||||
M V30 x)
|
||||
M V30 17 P 8.75 -5.75 0.0 0 CLASS=PHOSPHATE SEQID=3 ATTCHORD=(4 16 Al 18 Br)
|
||||
M V30 18 R 10.25 -5.75 0.0 0 CLASS=SUGAR SEQID=4 ATTCHORD=(4 19 Cx 17 Al)
|
||||
M V30 19 G 10.25 -4.25 0.0 0 CLASS=BASE SEQID=4 ATTCHORD=(4 18 Al 10 Ch)
|
||||
M V30 20 In 1.29737 -4.21062 0.0 0 CLASS=BASE SEQID=1 ATTCHORD=(4 12 Al 2 Ch)
|
||||
M V30 21 In 4.34142 -4.29677 0.0 0 CLASS=BASE SEQID=2 ATTCHORD=(4 14 Al 4 Ch)
|
||||
M V30 22 In 7.29932 -4.44036 0.0 0 CLASS=BASE SEQID=3 ATTCHORD=(4 16 Al 7 Ch)
|
||||
M V30 END ATOM
|
||||
M V30 BEGIN BOND
|
||||
M V30 1 1 1 2
|
||||
M V30 2 1 3 4
|
||||
M V30 3 1 1 5
|
||||
M V30 4 1 5 3
|
||||
M V30 5 1 6 7
|
||||
M V30 6 1 3 8
|
||||
M V30 7 1 8 6
|
||||
M V30 8 1 9 10
|
||||
M V30 9 1 6 11
|
||||
M V30 10 1 11 9
|
||||
M V30 11 1 12 13
|
||||
M V30 12 1 14 15
|
||||
M V30 13 1 13 14
|
||||
M V30 14 1 16 17
|
||||
M V30 15 1 15 16
|
||||
M V30 16 1 18 19
|
||||
M V30 17 1 17 18
|
||||
M V30 18 10 10 19
|
||||
M V30 19 1 12 20
|
||||
M V30 20 1 14 21
|
||||
M V30 21 1 16 22
|
||||
M V30 22 10 7 22
|
||||
M V30 23 10 4 21
|
||||
M V30 24 10 2 20
|
||||
M V30 END BOND
|
||||
M V30 END CTAB
|
||||
M V30 BEGIN TEMPLATE
|
||||
M V30 TEMPLATE 1 SUGAR/Rib/R NATREPLACE=SUGAR/R
|
||||
M V30 BEGIN CTAB
|
||||
M V30 COUNTS 12 12 4 0 0
|
||||
M V30 BEGIN ATOM
|
||||
M V30 1 O -1.1017 -1.0663 0.0 0
|
||||
M V30 2 C -0.5897 0.3436 0.0 0 CFG=1
|
||||
M V30 3 C 0.0809 -1.9889 0.0 0 CFG=2
|
||||
M V30 4 C 0.9095 0.2924 0.0 0 CFG=2
|
||||
M V30 5 C 1.3239 -1.1493 0.0 0 CFG=1
|
||||
M V30 6 O 1.8285 1.4755 0.0 0
|
||||
M V30 7 O 2.4518 -1.5589 0.0 0
|
||||
M V30 8 C -1.431 1.5834 0.0 0
|
||||
M V30 9 O 0.0399 -3.1881 0.0 0
|
||||
M V30 10 O -2.9279 1.4755 0.0 0
|
||||
M V30 11 H -3.6017 2.4684 0.0 0
|
||||
M V30 12 H 3.0174 1.3125 0.0 0
|
||||
M V30 END ATOM
|
||||
M V30 BEGIN BOND
|
||||
M V30 1 1 1 2
|
||||
M V30 2 1 1 3
|
||||
M V30 3 1 2 4
|
||||
M V30 4 1 2 8 CFG=3
|
||||
M V30 5 1 3 5
|
||||
M V30 6 1 3 9 CFG=3
|
||||
M V30 7 1 4 5
|
||||
M V30 8 1 4 6 CFG=1
|
||||
M V30 9 1 5 7 CFG=1
|
||||
M V30 10 1 6 12
|
||||
M V30 11 1 8 10
|
||||
M V30 12 1 10 11
|
||||
M V30 END BOND
|
||||
M V30 BEGIN COLLECTION
|
||||
M V30 MDLV30/STEABS ATOMS=(4 2 3 4 5)
|
||||
M V30 END COLLECTION
|
||||
M V30 BEGIN SGROUP
|
||||
M V30 1 SUP 1 ATOMS=(1 11) XBONDS=(1 12) BRKXYZ=(9 0.336900 -0.496450 0.0000-
|
||||
M V30 00 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000) LABEL=H CLAS-
|
||||
M V30 S=LGRP
|
||||
M V30 2 SUP 2 ATOMS=(1 12) XBONDS=(1 10) BRKXYZ=(9 -0.594450 0.081500 0.0000-
|
||||
M V30 00 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000) LABEL=H CLAS-
|
||||
M V30 S=LGRP
|
||||
M V30 3 SUP 3 ATOMS=(1 9) XBONDS=(1 6) BRKXYZ=(9 0.020500 0.599600 0.000000 -
|
||||
M V30 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000) LABEL=OH CLASS=-
|
||||
M V30 LGRP
|
||||
M V30 4 SUP 4 ATOMS=(9 1 2 3 4 5 6 7 8 10) XBONDS=(3 6 10 12) BRKXYZ=(9 -0.0-
|
||||
M V30 20500 -0.599600 0.000000 0.594450 -0.081500 0.000000 0.000000 0.000000-
|
||||
M V30 0.000000) BRKXYZ=(9 -0.336900 0.496450 0.000000 0.000000 0.000000 0.0-
|
||||
M V30 00000 0.000000 0.000000 0.000000) LABEL=R CLASS=SUGAR SAP=(3 10 11 Al)-
|
||||
M V30 SAP=(3 6 12 Br) SAP=(3 3 9 Cx) NATREPLACE=SUGAR/R
|
||||
M V30 END SGROUP
|
||||
M V30 END CTAB
|
||||
M V30 TEMPLATE 2 BASE/Cyt/C NATREPLACE=BASE/C
|
||||
M V30 BEGIN CTAB
|
||||
M V30 COUNTS 9 9 2 0 0
|
||||
M V30 BEGIN ATOM
|
||||
M V30 1 C 1.8617 1.3499 0.0 0
|
||||
M V30 2 C 1.1117 2.6489 0.0 0
|
||||
M V30 3 C -0.3882 2.649 0.0 0
|
||||
M V30 4 N -1.1382 1.35 0.0 0
|
||||
M V30 5 C -0.3883 0.0509 0.0 0
|
||||
M V30 6 N 1.1117 0.0509 0.0 0
|
||||
M V30 7 N 3.0618 1.3499 0.0 0
|
||||
M V30 8 O -0.9884 -0.9883 0.0 0
|
||||
M V30 9 H -2.3383 1.35 0.0 0
|
||||
M V30 END ATOM
|
||||
M V30 BEGIN BOND
|
||||
M V30 1 1 1 2
|
||||
M V30 2 2 1 6
|
||||
M V30 3 1 1 7
|
||||
M V30 4 2 2 3
|
||||
M V30 5 1 3 4
|
||||
M V30 6 1 4 5
|
||||
M V30 7 1 4 9
|
||||
M V30 8 1 5 6
|
||||
M V30 9 2 5 8
|
||||
M V30 END BOND
|
||||
M V30 BEGIN SGROUP
|
||||
M V30 1 SUP 1 ATOMS=(1 9) XBONDS=(1 7) BRKXYZ=(9 0.600050 0.000000 0.000000 -
|
||||
M V30 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000) LABEL=H CLASS=L-
|
||||
M V30 GRP
|
||||
M V30 2 SUP 2 ATOMS=(8 1 2 3 4 5 6 7 8) XBONDS=(1 7) BRKXYZ=(9 -0.600050 0.0-
|
||||
M V30 00000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000) -
|
||||
M V30 LABEL=C CLASS=BASE SAP=(3 4 9 Al) SAP=(3 8 0 Ch) SAP=(3 6 0 Ch) SAP=(3 7 0 Ch) NATREPLACE=BASE/C
|
||||
M V30 END SGROUP
|
||||
M V30 END CTAB
|
||||
M V30 TEMPLATE 3 BASE/Ura/U NATREPLACE=BASE/U
|
||||
M V30 BEGIN CTAB
|
||||
M V30 COUNTS 9 9 2 0 0
|
||||
M V30 BEGIN ATOM
|
||||
M V30 1 C 1.8617 1.3499 0.0 0
|
||||
M V30 2 C 1.1117 0.0509 0.0 0
|
||||
M V30 3 C -0.3883 0.0509 0.0 0
|
||||
M V30 4 N -1.1382 1.35 0.0 0
|
||||
M V30 5 C -0.3882 2.649 0.0 0
|
||||
M V30 6 N 1.1117 2.6489 0.0 0
|
||||
M V30 7 O 3.0618 1.3499 0.0 0
|
||||
M V30 8 O -0.9882 3.6882 0.0 0
|
||||
M V30 9 H -2.3383 1.35 0.0 0
|
||||
M V30 END ATOM
|
||||
M V30 BEGIN BOND
|
||||
M V30 1 2 1 7
|
||||
M V30 2 1 1 6
|
||||
M V30 3 1 1 2
|
||||
M V30 4 2 2 3
|
||||
M V30 5 1 3 4
|
||||
M V30 6 1 4 5
|
||||
M V30 7 1 4 9
|
||||
M V30 8 2 5 8
|
||||
M V30 9 1 5 6
|
||||
M V30 END BOND
|
||||
M V30 BEGIN SGROUP
|
||||
M V30 1 SUP 1 ATOMS=(1 9) XBONDS=(1 7) BRKXYZ=(9 0.600050 0.000000 0.000000 -
|
||||
M V30 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000) LABEL=H CLASS=L-
|
||||
M V30 GRP
|
||||
M V30 2 SUP 2 ATOMS=(8 1 2 3 4 5 6 7 8) XBONDS=(1 7) BRKXYZ=(9 -0.600050 0.0-
|
||||
M V30 00000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000) -
|
||||
M V30 LABEL=U CLASS=BASE SAP=(3 4 9 Al) SAP=(3 8 0 Ch) SAP=(3 6 0 Ch) SAP=(3 7 0 Ch) NATREPLACE=BASE/U
|
||||
M V30 END SGROUP
|
||||
M V30 END CTAB
|
||||
M V30 TEMPLATE 4 PHOSPHATE/P/P NATREPLACE=PHOSPHATE/P
|
||||
M V30 BEGIN CTAB
|
||||
M V30 COUNTS 5 4 3 0 0
|
||||
M V30 BEGIN ATOM
|
||||
M V30 1 P -0.2399 0.0 0.0 0
|
||||
M V30 2 O -1.4399 0.0 0.0 0
|
||||
M V30 3 O 0.3598 -1.0394 0.0 0
|
||||
M V30 4 O 0.9601 0.0 0.0 0
|
||||
M V30 5 O 0.3598 1.0394 0.0 0
|
||||
M V30 END ATOM
|
||||
M V30 BEGIN BOND
|
||||
M V30 1 1 1 2
|
||||
M V30 2 2 1 3
|
||||
M V30 3 1 1 4
|
||||
M V30 4 1 1 5
|
||||
M V30 END BOND
|
||||
M V30 BEGIN SGROUP
|
||||
M V30 1 SUP 1 ATOMS=(1 2) XBONDS=(1 1) BRKXYZ=(9 0.600000 0.000000 0.000000 -
|
||||
M V30 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000) LABEL=OH CLASS=-
|
||||
M V30 LGRP
|
||||
M V30 2 SUP 2 ATOMS=(1 4) XBONDS=(1 3) BRKXYZ=(9 -0.600000 0.000000 0.000000-
|
||||
M V30 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000) LABEL=OH CLASS-
|
||||
M V30 =LGRP
|
||||
M V30 3 SUP 3 ATOMS=(3 1 3 5) XBONDS=(2 1 3) BRKXYZ=(9 -0.600000 0.000000 0.-
|
||||
M V30 000000 0.600000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000) LABEL=P -
|
||||
M V30 CLASS=PHOSPHATE SAP=(3 1 2 Al) SAP=(3 1 4 Br) NATREPLACE=PHOSPHATE/P
|
||||
M V30 END SGROUP
|
||||
M V30 END CTAB
|
||||
M V30 TEMPLATE 5 BASE/Ade/A NATREPLACE=BASE/A
|
||||
M V30 BEGIN CTAB
|
||||
M V30 COUNTS 11 12 2 0 0
|
||||
M V30 BEGIN ATOM
|
||||
M V30 1 C 1.0354 0.2498 0.0 0
|
||||
M V30 2 C -0.0792 -0.754 0.0 0
|
||||
M V30 3 C -1.5057 -0.2906 0.0 0
|
||||
M V30 4 N -1.8177 1.1766 0.0 0
|
||||
M V30 5 C -0.7031 2.1804 0.0 0
|
||||
M V30 6 N 0.7235 1.717 0.0 0
|
||||
M V30 7 N -2.3871 -1.5034 0.0 0
|
||||
M V30 8 C -1.5053 -2.7168 0.0 0
|
||||
M V30 9 N -0.0787 -2.2532 0.0 0
|
||||
M V30 10 N 2.1768 -0.1209 0.0 0
|
||||
M V30 11 H -3.5871 -1.5034 0.0 0
|
||||
M V30 END ATOM
|
||||
M V30 BEGIN BOND
|
||||
M V30 1 1 1 10
|
||||
M V30 2 2 1 6
|
||||
M V30 3 1 1 2
|
||||
M V30 4 1 9 2
|
||||
M V30 5 2 2 3
|
||||
M V30 6 1 7 3
|
||||
M V30 7 1 3 4
|
||||
M V30 8 2 4 5
|
||||
M V30 9 1 5 6
|
||||
M V30 10 1 7 8
|
||||
M V30 11 1 7 11
|
||||
M V30 12 2 8 9
|
||||
M V30 END BOND
|
||||
M V30 BEGIN SGROUP
|
||||
M V30 1 SUP 1 ATOMS=(1 11) XBONDS=(1 11) BRKXYZ=(9 0.600000 0.000000 0.00000-
|
||||
M V30 0 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000) LABEL=H CLASS-
|
||||
M V30 =LGRP
|
||||
M V30 2 SUP 2 ATOMS=(10 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10) XBONDS=(1 11) BRKXYZ=(9 -0.600-
|
||||
M V30 000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.0-
|
||||
M V30 00000) LABEL=A CLASS=BASE SAP=(3 7 11 Al) SAP=(3 5 0 Ch) SAP=(3 6 0 Ch) SAP=(3 10 0 Ch) NATREPLACE=BASE/A
|
||||
M V30 END SGROUP
|
||||
M V30 END CTAB
|
||||
M V30 TEMPLATE 6 BASE/In/I NATREPLACE=BASE/X
|
||||
M V30 BEGIN CTAB
|
||||
M V30 COUNTS 11 12 2 0 0
|
||||
M V30 BEGIN ATOM
|
||||
M V30 1 C 1.0354 0.2498 0.0 0
|
||||
M V30 2 C -0.0792 -0.754 0.0 0
|
||||
M V30 3 C -1.5057 -0.2906 0.0 0
|
||||
M V30 4 N -1.8177 1.1766 0.0 0
|
||||
M V30 5 C -0.7031 2.1804 0.0 0
|
||||
M V30 6 N 0.7235 1.717 0.0 0
|
||||
M V30 7 N -2.3871 -1.5034 0.0 0
|
||||
M V30 8 C -1.5053 -2.7168 0.0 0
|
||||
M V30 9 N -0.0787 -2.2532 0.0 0
|
||||
M V30 10 O 2.1768 -0.1209 0.0 0
|
||||
M V30 11 H -3.5871 -1.5034 0.0 0
|
||||
M V30 END ATOM
|
||||
M V30 BEGIN BOND
|
||||
M V30 1 2 1 10
|
||||
M V30 2 1 1 6
|
||||
M V30 3 1 1 2
|
||||
M V30 4 1 9 2
|
||||
M V30 5 2 2 3
|
||||
M V30 6 1 7 3
|
||||
M V30 7 1 3 4
|
||||
M V30 8 2 4 5
|
||||
M V30 9 1 5 6
|
||||
M V30 10 1 7 8
|
||||
M V30 11 1 7 11
|
||||
M V30 12 2 8 9
|
||||
M V30 END BOND
|
||||
M V30 BEGIN SGROUP
|
||||
M V30 1 SUP 1 ATOMS=(1 11) XBONDS=(1 11) BRKXYZ=(9 0.600000 0.000000 0.00000-
|
||||
M V30 0 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000) LABEL=H CLASS-
|
||||
M V30 =LGRP
|
||||
M V30 2 SUP 2 ATOMS=(10 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10) XBONDS=(1 11) BRKXYZ=(9 -0.600-
|
||||
M V30 000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.0-
|
||||
M V30 00000) LABEL=In CLASS=BASE SAP=(3 7 11 Al) SAP=(3 6 0 Ch) SAP=(3 10 0 Ch) NATREPLACE=BASE/X
|
||||
M V30 END SGROUP
|
||||
M V30 END CTAB
|
||||
M V30 TEMPLATE 7 BASE/Gua/G NATREPLACE=BASE/G
|
||||
M V30 BEGIN CTAB
|
||||
M V30 COUNTS 12 13 2 0 0
|
||||
M V30 BEGIN ATOM
|
||||
M V30 1 C 1.0354 0.2498 0.0 0
|
||||
M V30 2 C -0.0792 -0.754 0.0 0
|
||||
M V30 3 C -1.5057 -0.2906 0.0 0
|
||||
M V30 4 N -1.8177 1.1766 0.0 0
|
||||
M V30 5 C -0.7031 2.1804 0.0 0
|
||||
M V30 6 N 0.7235 1.717 0.0 0
|
||||
M V30 7 N -2.3871 -1.5034 0.0 0
|
||||
M V30 8 C -1.5053 -2.7168 0.0 0
|
||||
M V30 9 N -0.0787 -2.2532 0.0 0
|
||||
M V30 10 O 2.1768 -0.1209 0.0 0
|
||||
M V30 11 N -0.9527 3.3542 0.0 0
|
||||
M V30 12 H -3.5871 -1.5034 0.0 0
|
||||
M V30 END ATOM
|
||||
M V30 BEGIN BOND
|
||||
M V30 1 2 1 10
|
||||
M V30 2 1 1 6
|
||||
M V30 3 1 1 2
|
||||
M V30 4 1 9 2
|
||||
M V30 5 2 2 3
|
||||
M V30 6 1 7 3
|
||||
M V30 7 1 3 4
|
||||
M V30 8 2 4 5
|
||||
M V30 9 1 5 6
|
||||
M V30 10 1 5 11
|
||||
M V30 11 1 7 8
|
||||
M V30 12 1 7 12
|
||||
M V30 13 2 8 9
|
||||
M V30 END BOND
|
||||
M V30 BEGIN SGROUP
|
||||
M V30 1 SUP 1 ATOMS=(1 12) XBONDS=(1 12) BRKXYZ=(9 0.600000 0.000000 0.00000-
|
||||
M V30 0 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000) LABEL=H CLASS-
|
||||
M V30 =LGRP
|
||||
M V30 2 SUP 2 ATOMS=(11 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11) XBONDS=(1 12) BRKXYZ=(9 -0.-
|
||||
M V30 600000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 -
|
||||
M V30 0.000000) LABEL=G CLASS=BASE SAP=(3 7 12 Al) SAP=(3 11 0 Ch) SAP=(3 6 0 Ch) SAP=(3 10 0 Ch) NATREPLACE=BASE/G
|
||||
M V30 END SGROUP
|
||||
M V30 END CTAB
|
||||
M V30 END TEMPLATE
|
||||
M END
|
||||
@@ -825,16 +825,18 @@ bool findRingConnectingAtoms(const ROMol &tMol, const Bond *bond,
|
||||
|
||||
namespace RDKit {
|
||||
namespace MolOps {
|
||||
int findSSSR(const ROMol &mol, VECT_INT_VECT *res, bool includeDativeBonds) {
|
||||
int findSSSR(const ROMol &mol, VECT_INT_VECT *res, bool includeDativeBonds,
|
||||
bool includeHydrogenBonds) {
|
||||
if (!res) {
|
||||
VECT_INT_VECT rings;
|
||||
return findSSSR(mol, rings, includeDativeBonds);
|
||||
return findSSSR(mol, rings, includeDativeBonds, includeHydrogenBonds);
|
||||
} else {
|
||||
return findSSSR(mol, (*res), includeDativeBonds);
|
||||
return findSSSR(mol, (*res), includeDativeBonds, includeHydrogenBonds);
|
||||
}
|
||||
}
|
||||
|
||||
int findSSSR(const ROMol &mol, VECT_INT_VECT &res, bool includeDativeBonds) {
|
||||
int findSSSR(const ROMol &mol, VECT_INT_VECT &res, bool includeDativeBonds,
|
||||
bool includeHydrogenBonds) {
|
||||
res.resize(0);
|
||||
if (mol.getRingInfo()->isInitialized()) {
|
||||
mol.getRingInfo()->reset();
|
||||
@@ -849,14 +851,15 @@ int findSSSR(const ROMol &mol, VECT_INT_VECT &res, bool includeDativeBonds) {
|
||||
boost::dynamic_bitset<> activeBonds(nbnds);
|
||||
activeBonds.set();
|
||||
|
||||
// Zero-order bonds are not candidates for rings, and dative bonds may also be
|
||||
// out
|
||||
// Zero-order bonds are not candidates for rings, and dative bonds and
|
||||
// hydrogen bonds may also be out
|
||||
ROMol::EDGE_ITER firstB, lastB;
|
||||
boost::tie(firstB, lastB) = mol.getEdges();
|
||||
while (firstB != lastB) {
|
||||
const Bond *bond = mol[*firstB];
|
||||
if (bond->getBondType() == Bond::ZERO ||
|
||||
(!includeDativeBonds && isDative(*bond))) {
|
||||
auto bt = bond->getBondType();
|
||||
if (bt == Bond::ZERO || (!includeDativeBonds && isDative(bt)) ||
|
||||
(!includeHydrogenBonds && bt == Bond::HYDROGEN)) {
|
||||
activeBonds[bond->getIdx()] = 0;
|
||||
}
|
||||
++firstB;
|
||||
@@ -873,8 +876,9 @@ int findSSSR(const ROMol &mol, VECT_INT_VECT &res, bool includeDativeBonds) {
|
||||
atomDegrees[i] = deg;
|
||||
atomDegreesWithZeroOrderBonds[i] = deg;
|
||||
for (const auto bond : mol.atomBonds(atom)) {
|
||||
if (bond->getBondType() == Bond::ZERO ||
|
||||
(!includeDativeBonds && isDative(*bond))) {
|
||||
auto bt = bond->getBondType();
|
||||
if (bt == Bond::ZERO || (!includeHydrogenBonds && bt == Bond::HYDROGEN) ||
|
||||
(!includeDativeBonds && isDative(bt))) {
|
||||
atomDegrees[i]--;
|
||||
}
|
||||
}
|
||||
@@ -1066,18 +1070,20 @@ int findSSSR(const ROMol &mol, VECT_INT_VECT &res, bool includeDativeBonds) {
|
||||
return rdcast<int>(res.size());
|
||||
}
|
||||
|
||||
int symmetrizeSSSR(ROMol &mol, bool includeDativeBonds) {
|
||||
int symmetrizeSSSR(ROMol &mol, bool includeDativeBonds,
|
||||
bool includeHydrogenBonds) {
|
||||
VECT_INT_VECT tmp;
|
||||
return symmetrizeSSSR(mol, tmp, includeDativeBonds);
|
||||
return symmetrizeSSSR(mol, tmp, includeDativeBonds, includeHydrogenBonds);
|
||||
};
|
||||
|
||||
int symmetrizeSSSR(ROMol &mol, VECT_INT_VECT &res, bool includeDativeBonds) {
|
||||
int symmetrizeSSSR(ROMol &mol, VECT_INT_VECT &res, bool includeDativeBonds,
|
||||
bool includeHydrogenBonds) {
|
||||
res.clear();
|
||||
VECT_INT_VECT sssrs;
|
||||
|
||||
// FIX: need to set flag here the symmetrization has been done in order to
|
||||
// avoid repeating this work
|
||||
findSSSR(mol, sssrs, includeDativeBonds);
|
||||
findSSSR(mol, sssrs, includeDativeBonds, includeHydrogenBonds);
|
||||
|
||||
// reinit as SYMM_SSSR
|
||||
mol.getRingInfo()->initialize(FIND_RING_TYPE_SYMM_SSSR);
|
||||
|
||||
@@ -831,11 +831,13 @@ RDKIT_GRAPHMOL_EXPORT void setHybridization(ROMol &mol);
|
||||
*/
|
||||
RDKIT_GRAPHMOL_EXPORT int findSSSR(const ROMol &mol,
|
||||
std::vector<std::vector<int>> &res,
|
||||
bool includeDativeBonds = false);
|
||||
bool includeDativeBonds = false,
|
||||
bool includeHydrogenBonds = false);
|
||||
//! \overload
|
||||
RDKIT_GRAPHMOL_EXPORT int findSSSR(const ROMol &mol,
|
||||
std::vector<std::vector<int>> *res = nullptr,
|
||||
bool includeDativeBonds = false);
|
||||
bool includeDativeBonds = false,
|
||||
bool includeHydrogenBonds = false);
|
||||
|
||||
//! use a DFS algorithm to identify ring bonds and atoms in a molecule
|
||||
/*!
|
||||
@@ -876,10 +878,12 @@ RDKIT_GRAPHMOL_EXPORT void findRingFamilies(const ROMol &mol);
|
||||
*/
|
||||
RDKIT_GRAPHMOL_EXPORT int symmetrizeSSSR(ROMol &mol,
|
||||
std::vector<std::vector<int>> &res,
|
||||
bool includeDativeBonds = false);
|
||||
bool includeDativeBonds = false,
|
||||
bool includeHydrogenBonds = false);
|
||||
//! \overload
|
||||
RDKIT_GRAPHMOL_EXPORT int symmetrizeSSSR(ROMol &mol,
|
||||
bool includeDativeBonds = false);
|
||||
bool includeDativeBonds = false,
|
||||
bool includeHydrogenBonds = false);
|
||||
|
||||
//! @}
|
||||
|
||||
|
||||
@@ -2255,14 +2255,15 @@ std::string get_bond_config_block(
|
||||
return res;
|
||||
}
|
||||
|
||||
std::string get_coordbonds_block(const ROMol &mol,
|
||||
const std::vector<unsigned int> &atomOrder,
|
||||
const std::vector<unsigned int> &bondOrder) {
|
||||
std::string get_coord_or_hydrogen_bonds_block(
|
||||
const ROMol &mol, Bond::BondType bondType, std::string symbol,
|
||||
const std::vector<unsigned int> &atomOrder,
|
||||
const std::vector<unsigned int> &bondOrder) {
|
||||
std::string res = "";
|
||||
for (unsigned int i = 0; i < bondOrder.size(); ++i) {
|
||||
auto idx = bondOrder[i];
|
||||
const auto bond = mol.getBondWithIdx(idx);
|
||||
if (bond->getBondType() != Bond::BondType::DATIVE) {
|
||||
if (bond->getBondType() != bondType) {
|
||||
continue;
|
||||
}
|
||||
auto begAtomOrder =
|
||||
@@ -2271,7 +2272,7 @@ std::string get_coordbonds_block(const ROMol &mol,
|
||||
if (!res.empty()) {
|
||||
res += ",";
|
||||
} else {
|
||||
res = "C:";
|
||||
res = symbol + ":";
|
||||
}
|
||||
res += boost::str(boost::format("%d.%d") % begAtomOrder % i);
|
||||
}
|
||||
@@ -2589,7 +2590,14 @@ std::string getCXExtensions(const ROMol &mol, std::uint32_t flags) {
|
||||
}
|
||||
|
||||
if (flags & SmilesWrite::CXSmilesFields::CX_COORDINATE_BONDS) {
|
||||
const auto block = get_coordbonds_block(mol, atomOrder, bondOrder);
|
||||
const auto block = get_coord_or_hydrogen_bonds_block(
|
||||
mol, Bond::BondType::DATIVE, "C", atomOrder, bondOrder);
|
||||
appendToCXExtension(block, res);
|
||||
}
|
||||
|
||||
if (flags & SmilesWrite::CXSmilesFields::CX_HYDROGEN_BONDS) {
|
||||
const auto block = get_coord_or_hydrogen_bonds_block(
|
||||
mol, Bond::BondType::HYDROGEN, "H", atomOrder, bondOrder);
|
||||
appendToCXExtension(block, res);
|
||||
}
|
||||
|
||||
|
||||
@@ -601,7 +601,22 @@ std::string MolToSmiles(const ROMol &mol, const SmilesWriteParams ¶ms,
|
||||
}
|
||||
}
|
||||
|
||||
|
||||
// if we are doing CXSMILES, Hydrogen bonds are shown as single bonds
|
||||
// in the smiles part, and are indicated with the H: block of the CX
|
||||
// extensions
|
||||
|
||||
if (doingCXSmiles) {
|
||||
for (auto bond : tmol->bonds()) {
|
||||
if (bond->getBondType() == Bond::HYDROGEN) {
|
||||
bond->setBondType(Bond::SINGLE);
|
||||
}
|
||||
}
|
||||
}
|
||||
|
||||
|
||||
rootedAtAtom = fragsRootedAtAtom[fragIdx];
|
||||
|
||||
if (params.doRandom && rootedAtAtom == -1) {
|
||||
// need to find a random atom id between 0 and mol.getNumAtoms()
|
||||
// exclusively
|
||||
|
||||
@@ -68,7 +68,8 @@ BETTER_ENUM(CXSmilesFields, uint32_t, // clang-format off
|
||||
CX_BOND_CFG = 1 << 9,
|
||||
CX_BOND_ATROPISOMER = 1 << 10,
|
||||
CX_COORDINATE_BONDS = 1 << 11,
|
||||
CX_ZERO_BONDS = 1 << 12,
|
||||
CX_HYDROGEN_BONDS = 1 << 12,
|
||||
CX_ZERO_BONDS = 1 << 13,
|
||||
CX_ALL = 0x7fffffff,
|
||||
CX_ALL_BUT_COORDS = CX_ALL ^ CX_COORDS
|
||||
);
|
||||
|
||||
File diff suppressed because one or more lines are too long
@@ -335,6 +335,12 @@ bool SubstanceGroupChecks::isValidConnectType(const std::string &type) {
|
||||
type) != SubstanceGroupChecks::sGroupConnectTypes.end();
|
||||
}
|
||||
|
||||
bool SubstanceGroupChecks::isValidClass(const std::string &sgroupClass) {
|
||||
return std::find(SubstanceGroupChecks::sGroupClasses.begin(),
|
||||
SubstanceGroupChecks::sGroupClasses.end(),
|
||||
sgroupClass) != SubstanceGroupChecks::sGroupClasses.end();
|
||||
}
|
||||
|
||||
bool SubstanceGroupChecks::isSubstanceGroupIdFree(const ROMol &mol,
|
||||
unsigned int id) {
|
||||
auto match_sgroup = [id](const SubstanceGroup &sg) {
|
||||
|
||||
@@ -250,6 +250,11 @@ const std::vector<std::string> sGroupTypes = {
|
||||
|
||||
const std::vector<std::string> sGroupSubtypes = {"ALT", "RAN", "BLO"};
|
||||
const std::vector<std::string> sGroupConnectTypes = {"HH", "HT", "EU"};
|
||||
const std::vector<std::string> sGroupClasses = {
|
||||
"AA", "dAA", "DNA", "RNA", "SUGAR", "BASE",
|
||||
"PHOSPHATE", "LINKER", "CHEM", "LGRP", "MODAA", "MODdAA",
|
||||
"MODDNA", "MODRNA", "XLINKAA", "XLINKdAA", "XLINKDNA", "XLINKRNA",
|
||||
};
|
||||
|
||||
RDKIT_GRAPHMOL_EXPORT bool isValidType(const std::string &type);
|
||||
|
||||
@@ -257,6 +262,8 @@ RDKIT_GRAPHMOL_EXPORT bool isValidSubType(const std::string &type);
|
||||
|
||||
RDKIT_GRAPHMOL_EXPORT bool isValidConnectType(const std::string &type);
|
||||
|
||||
RDKIT_GRAPHMOL_EXPORT bool isValidClass(const std::string &sgroupClass);
|
||||
|
||||
RDKIT_GRAPHMOL_EXPORT bool isSubstanceGroupIdFree(const ROMol &mol,
|
||||
unsigned int id);
|
||||
|
||||
|
||||
@@ -70,6 +70,10 @@ add_pytest(pyTestTrajectory
|
||||
add_pytest(pyTestSGroups
|
||||
${CMAKE_CURRENT_SOURCE_DIR}/testSGroups.py)
|
||||
|
||||
add_pytest(pyTestSCSR
|
||||
${CMAKE_CURRENT_SOURCE_DIR}/testSCSR.py)
|
||||
|
||||
|
||||
if (RDK_TEST_MULTITHREADED)
|
||||
add_pytest(pyTestThreads
|
||||
${CMAKE_CURRENT_SOURCE_DIR}/testThreads.py)
|
||||
|
||||
@@ -171,6 +171,59 @@ ROMol *MolFromMolFile(const std::string &molFilename, bool sanitize,
|
||||
return static_cast<ROMol *>(newM);
|
||||
}
|
||||
|
||||
RDKit::ROMol *MolFromSCSRBlock(const std::string &molBlock, bool sanitize,
|
||||
bool removeHs, python::object pyParams) {
|
||||
RDKit::v2::FileParsers::MolFromSCSRParams scsrParams;
|
||||
if (pyParams) {
|
||||
scsrParams =
|
||||
python::extract<RDKit::v2::FileParsers::MolFromSCSRParams>(pyParams);
|
||||
}
|
||||
std::istringstream inStream(molBlock);
|
||||
unsigned int line = 0;
|
||||
try {
|
||||
RDKit::v2::FileParsers::MolFileParserParams params;
|
||||
params.sanitize = sanitize;
|
||||
params.removeHs = removeHs;
|
||||
params.strictParsing = false;
|
||||
auto mol = RDKit::v2::FileParsers::MolFromSCSRDataStream(
|
||||
inStream, line, params, scsrParams);
|
||||
|
||||
return static_cast<ROMol *>(mol.release());
|
||||
|
||||
} catch (RDKit::FileParseException &e) {
|
||||
BOOST_LOG(rdWarningLog) << e.what() << std::endl;
|
||||
} catch (...) {
|
||||
}
|
||||
return static_cast<ROMol *>(nullptr);
|
||||
}
|
||||
|
||||
RDKit::ROMol *MolFromSCSRFile(const std::string &molFilename, bool sanitize,
|
||||
bool removeHs, python::object pyParams) {
|
||||
RDKit::v2::FileParsers::MolFromSCSRParams scsrParams;
|
||||
if (pyParams) {
|
||||
scsrParams =
|
||||
python::extract<RDKit::v2::FileParsers::MolFromSCSRParams>(pyParams);
|
||||
}
|
||||
try {
|
||||
RDKit::v2::FileParsers::MolFileParserParams params;
|
||||
params.sanitize = sanitize;
|
||||
params.removeHs = removeHs;
|
||||
params.strictParsing = false;
|
||||
auto mol = RDKit::v2::FileParsers::MolFromSCSRFile(molFilename, params,
|
||||
scsrParams);
|
||||
|
||||
return static_cast<ROMol *>(mol.release());
|
||||
|
||||
} catch (RDKit::BadFileException &e) {
|
||||
PyErr_SetString(PyExc_IOError, e.what());
|
||||
throw python::error_already_set();
|
||||
} catch (RDKit::FileParseException &e) {
|
||||
BOOST_LOG(rdWarningLog) << e.what() << std::endl;
|
||||
} catch (...) {
|
||||
}
|
||||
return static_cast<ROMol *>(nullptr);
|
||||
}
|
||||
|
||||
ROMol *MolFromMrvFile(const std::string &molFilename, bool sanitize,
|
||||
bool removeHs) {
|
||||
RWMol *newM = nullptr;
|
||||
@@ -1101,6 +1154,70 @@ BOOST_PYTHON_MODULE(rdmolfiles) {
|
||||
"precision of coordinates (only available in V3000)(default=false)")
|
||||
.def("__setattr__",&safeSetattr);
|
||||
|
||||
python::class_<RDKit::v2::FileParsers::MolFromSCSRParams, boost::noncopyable>(
|
||||
"MolFromSCSRParams",
|
||||
"Parameters controlling conversion of an SCSRMol to a Mol")
|
||||
.def_readwrite(
|
||||
"includeLeavingGroups",
|
||||
&RDKit::v2::FileParsers::MolFromSCSRParams::includeLeavingGroups,
|
||||
"include leaving groups atoms if not substited at that position")
|
||||
.def_readwrite(
|
||||
"scsrTemplateNames",
|
||||
&RDKit::v2::FileParsers::MolFromSCSRParams::scsrTemplateNames,
|
||||
"If True, the first template name in the Sgroup is used as the Sgroup label")
|
||||
.def_readwrite(
|
||||
"scsrBaseHbondOptions",
|
||||
&RDKit::v2::FileParsers::MolFromSCSRParams::scsrBaseHbondOptions,
|
||||
"One of Ignore, UseSapAll(default) , UseSapOne, Auto");
|
||||
|
||||
docString =
|
||||
"Construct a molecule from an SCSR Mol block.\n\n\
|
||||
ARGUMENTS:\n\
|
||||
\n\
|
||||
- molBlock: string containing the SCSR Mol block\n\
|
||||
\n\
|
||||
- sanitize: (optional) toggles sanitization of the molecule.\n\
|
||||
Defaults to True.\n\
|
||||
\n\
|
||||
- removeHs: (optional) toggles removing hydrogens from the molecule.\n\
|
||||
This only make sense when sanitization is done.\n\
|
||||
Defaults to true.\n\
|
||||
\n\
|
||||
- molFromSCSRParams : MolFromSCSRParams to control conversion\n\
|
||||
\n RETURNS :\n\
|
||||
\n a Mol object, None on failure.\n\
|
||||
\n ";
|
||||
python::def("MolFromSCSRBlock", RDKit::MolFromSCSRBlock,
|
||||
(python::arg("molBlock"), python::arg("sanitize") = true,
|
||||
python::arg("removeHs") = true,
|
||||
python::arg("molFromSCSRParams") = python::object()),
|
||||
docString.c_str(),
|
||||
python::return_value_policy<python::manage_new_object>());
|
||||
|
||||
docString =
|
||||
"Construct a molecule from an SCSR Mol block.\n\n\
|
||||
ARGUMENTS:\n\
|
||||
\n\
|
||||
- filename: string containing the SCSR filename\n\
|
||||
\n\
|
||||
- sanitize: (optional) toggles sanitization of the molecule.\n\
|
||||
Defaults to True.\n\
|
||||
\n\
|
||||
- removeHs: (optional) toggles removing hydrogens from the molecule.\n\
|
||||
This only make sense when sanitization is done.\n\
|
||||
Defaults to true.\n\
|
||||
\n\
|
||||
- molFromSCSRParams : MolFromSCSRParams to control conversion\n\
|
||||
\n RETURNS :\n\
|
||||
\n a Mol object, None on failure.\n\
|
||||
\n ";
|
||||
python::def("MolFromSCSRFile", RDKit::MolFromSCSRFile,
|
||||
(python::arg("filename"), python::arg("sanitize") = true,
|
||||
python::arg("removeHs") = true,
|
||||
python::arg("molFromSCSRParams") = python::object()),
|
||||
docString.c_str(),
|
||||
python::return_value_policy<python::manage_new_object>());
|
||||
|
||||
docString =
|
||||
"Returns a Mol block for a molecule\n\
|
||||
Arguments:\n\
|
||||
@@ -1736,6 +1853,22 @@ BOOST_PYTHON_MODULE(rdmolfiles) {
|
||||
.value("CX_ALL_BUT_COORDS",
|
||||
RDKit::SmilesWrite::CXSmilesFields::CX_ALL_BUT_COORDS);
|
||||
|
||||
python::enum_<RDKit::v2::FileParsers::SCSRBaseHbondOptions>(
|
||||
"SCSRBaseHbondOptions")
|
||||
.value("Ignore", RDKit::v2::FileParsers::SCSRBaseHbondOptions::Ignore)
|
||||
.value("UseSapAll",
|
||||
RDKit::v2::FileParsers::SCSRBaseHbondOptions::UseSapAll)
|
||||
.value("UseSapOne",
|
||||
RDKit::v2::FileParsers::SCSRBaseHbondOptions::UseSapOne)
|
||||
.value("Auto", RDKit::v2::FileParsers::SCSRBaseHbondOptions::Auto);
|
||||
|
||||
python::enum_<RDKit::v2::FileParsers::SCSRTemplateNames>("SCSRTemplateNames")
|
||||
.value("UseFirstName",
|
||||
RDKit::v2::FileParsers::SCSRTemplateNames::UseFirstName)
|
||||
.value("UseSecondName",
|
||||
RDKit::v2::FileParsers::SCSRTemplateNames::UseSecondName)
|
||||
.value("AsEntered", RDKit::v2::FileParsers::SCSRTemplateNames::AsEntered);
|
||||
|
||||
python::enum_<RDKit::RestoreBondDirOption>("RestoreBondDirOption")
|
||||
.value("RestoreBondDirOptionClear",
|
||||
RDKit::RestoreBondDirOption::RestoreBondDirOptionClear)
|
||||
|
||||
121
Code/GraphMol/Wrap/testSCSR.py
Normal file
121
Code/GraphMol/Wrap/testSCSR.py
Normal file
@@ -0,0 +1,121 @@
|
||||
#
|
||||
# Copyright (C) 2024 Tad Hurst
|
||||
# All Rights Reserved
|
||||
#
|
||||
# This file is part of the RDKit.
|
||||
# The contents are covered by the terms of the BSD license
|
||||
# which is included in the file license.txt, found at the root
|
||||
# of the RDKit source tree.
|
||||
#
|
||||
|
||||
#
|
||||
import os
|
||||
import sys
|
||||
import unittest
|
||||
|
||||
from rdkit import Chem
|
||||
from rdkit.Chem import RDConfig
|
||||
|
||||
|
||||
class TestCase(unittest.TestCase):
|
||||
|
||||
def setUp(self):
|
||||
pass
|
||||
|
||||
def testSCSR(self):
|
||||
"""Test the SCSR system"""
|
||||
|
||||
ofile = os.path.join(RDConfig.RDBaseDir, 'Code', 'GraphMol', 'FileParsers', 'test_data',
|
||||
'macromols', 'Triplet.mol')
|
||||
with open(ofile) as inf:
|
||||
scsrBlock = inf.read()
|
||||
|
||||
molFromSCSRParams = Chem.MolFromSCSRParams()
|
||||
molFromSCSRParams.includeLeavingGroups = True
|
||||
molFromSCSRParams.scsrTemplateNames = Chem.SCSRTemplateNames.AsEntered
|
||||
molFromSCSRParams.scsrBaseHbondOptions = Chem.SCSRBaseHbondOptions.Ignore
|
||||
|
||||
for mol in (Chem.MolFromSCSRBlock(scsrBlock, False, False, molFromSCSRParams),
|
||||
Chem.MolFromSCSRFile(ofile, False, False, molFromSCSRParams)):
|
||||
|
||||
self.assertTrue(mol.GetNumAtoms() == 30)
|
||||
sgs = Chem.GetMolSubstanceGroups(mol)
|
||||
self.assertEqual(len(sgs), 6)
|
||||
|
||||
# check defaults:
|
||||
for mol in (Chem.MolFromSCSRBlock(scsrBlock), Chem.MolFromSCSRFile(ofile)):
|
||||
self.assertTrue(mol.GetNumAtoms() == 30)
|
||||
sgs = Chem.GetMolSubstanceGroups(mol)
|
||||
self.assertEqual(len(sgs), 6)
|
||||
|
||||
def testSCSRRna(self):
|
||||
"""Test the SCSR system with and RNA double strand"""
|
||||
|
||||
ofile = os.path.join(RDConfig.RDBaseDir, 'Code', 'GraphMol', 'FileParsers', 'test_data',
|
||||
'macromols', 'DnaTest.mol')
|
||||
with open(ofile) as inf:
|
||||
scsrBlock = inf.read()
|
||||
|
||||
molFromSCSRParams = Chem.MolFromSCSRParams()
|
||||
molFromSCSRParams.includeLeavingGroups = True
|
||||
molFromSCSRParams.scsrTemplateNames = Chem.SCSRTemplateNames.AsEntered
|
||||
molFromSCSRParams.scsrBaseHbondOptions = Chem.SCSRBaseHbondOptions.Auto
|
||||
|
||||
mol = Chem.MolFromSCSRBlock(scsrBlock, False, False, molFromSCSRParams)
|
||||
|
||||
self.assertTrue(mol.GetNumAtoms() == 254)
|
||||
self.assertTrue(mol.GetNumBonds() == 300)
|
||||
sgs = Chem.GetMolSubstanceGroups(mol)
|
||||
self.assertTrue(len(sgs) == 38)
|
||||
|
||||
molFromSCSRParams.scsrBaseHbondOptions = Chem.SCSRBaseHbondOptions.Ignore
|
||||
mol = Chem.MolFromSCSRBlock(scsrBlock, False, False, molFromSCSRParams)
|
||||
|
||||
self.assertTrue(mol.GetNumAtoms() == 254)
|
||||
self.assertTrue(mol.GetNumBonds() == 282)
|
||||
sgs = Chem.GetMolSubstanceGroups(mol)
|
||||
self.assertTrue(len(sgs) == 38)
|
||||
|
||||
def testThreeLetterCodes(self):
|
||||
"""Test the SCSR system with three letter codes"""
|
||||
|
||||
ofile = os.path.join(RDConfig.RDBaseDir, 'Code', 'GraphMol', 'FileParsers', 'test_data',
|
||||
'macromols', 'PepTla.mol')
|
||||
with open(ofile) as inf:
|
||||
scsrBlock = inf.read()
|
||||
|
||||
molFromSCSRParams = Chem.MolFromSCSRParams()
|
||||
molFromSCSRParams.includeLeavingGroups = True
|
||||
molFromSCSRParams.scsrTemplateNames = Chem.SCSRTemplateNames.AsEntered
|
||||
|
||||
mol = Chem.MolFromSCSRBlock(scsrBlock, False, False, molFromSCSRParams)
|
||||
|
||||
self.assertEqual(mol.GetNumAtoms(), 26)
|
||||
self.assertEqual(mol.GetNumBonds(), 25)
|
||||
sgs = Chem.GetMolSubstanceGroups(mol)
|
||||
self.assertTrue(len(sgs) == 7)
|
||||
sgs[0].GetProp('LABEL')
|
||||
self.assertEqual(sgs[0].GetProp('LABEL'), 'Ala_4')
|
||||
|
||||
molFromSCSRParams.scsrTemplateNames = Chem.SCSRTemplateNames.UseFirstName
|
||||
|
||||
mol = Chem.MolFromSCSRBlock(scsrBlock, False, False, molFromSCSRParams)
|
||||
|
||||
self.assertEqual(mol.GetNumAtoms(), 26)
|
||||
sgs = Chem.GetMolSubstanceGroups(mol)
|
||||
self.assertEqual(len(sgs), 7)
|
||||
|
||||
self.assertEqual(sgs[0].GetProp('LABEL'), 'Ala_4')
|
||||
|
||||
molFromSCSRParams.scsrTemplateNames = Chem.SCSRTemplateNames.UseSecondName
|
||||
mol = Chem.MolFromSCSRBlock(scsrBlock, False, False, molFromSCSRParams)
|
||||
|
||||
self.assertEqual(mol.GetNumAtoms(), 26)
|
||||
sgs = Chem.GetMolSubstanceGroups(mol)
|
||||
self.assertEqual(len(sgs), 7)
|
||||
|
||||
self.assertEqual(sgs[0].GetProp('LABEL'), 'A_4')
|
||||
|
||||
|
||||
if __name__ == '__main__':
|
||||
unittest.main()
|
||||
@@ -101,7 +101,7 @@ RWMol buildSampleMolecule() {
|
||||
// Vector should not be parsed (not a SUP group)
|
||||
sg.addCState(2, RDGeom::Point3D());
|
||||
|
||||
sg.setProp("CLASS", "TEST CLASS");
|
||||
sg.setProp("CLASS", "DNA");
|
||||
|
||||
sg.addAttachPoint(0, 0, "XX");
|
||||
|
||||
@@ -209,7 +209,7 @@ void checkSampleMolecule(const RWMol &mol) {
|
||||
TEST_ASSERT(cstates[0].vector.y == 0.);
|
||||
TEST_ASSERT(cstates[0].vector.z == 0.);
|
||||
|
||||
TEST_ASSERT(sg.getProp<std::string>("CLASS") == "TEST CLASS");
|
||||
TEST_ASSERT(sg.getProp<std::string>("CLASS") == "DNA");
|
||||
|
||||
auto ap = sg.getAttachPoints();
|
||||
TEST_ASSERT(ap.size() == 1);
|
||||
@@ -371,7 +371,7 @@ void testParseSubstanceGroups(const std::string &rdbase) {
|
||||
const auto sgroup = sgroups.at(0);
|
||||
|
||||
TEST_ASSERT(sgroup.getProp<std::string>("TYPE") == "SUP");
|
||||
TEST_ASSERT(sgroup.getProp<std::string>("CLASS") == "DEMOCLASS");
|
||||
TEST_ASSERT(sgroup.getProp<std::string>("CLASS") == "AA");
|
||||
TEST_ASSERT(sgroup.getProp<std::string>("LABEL") == "abbrev");
|
||||
|
||||
std::vector<unsigned int> atoms_reference = {6, 7, 8, 9, 11, 12};
|
||||
|
||||
@@ -129,11 +129,14 @@ const std::string molRingBondCount = "molRingBondCount";
|
||||
const std::string molSubstCount = "molSubstCount";
|
||||
const std::string molAttachPoint = "molAttchpt";
|
||||
const std::string molAttachOrder = "molAttchord";
|
||||
const std::string molAttachOrderTemplate = "molAttachOrderTemplate";
|
||||
const std::string molAtomClass = "molClass";
|
||||
const std::string molAtomSeqId = "molSeqid";
|
||||
const std::string molRxnExactChange = "molRxnExachg";
|
||||
const std::string molReactStatus = "molReactStatus";
|
||||
const std::string _fromAttachPoint = "_fromAttchpt";
|
||||
const std::string natReplace = "natReplace";
|
||||
const std::string templateNames = "templateNames";
|
||||
|
||||
const std::string molNote = "molNote";
|
||||
const std::string atomNote = "atomNote";
|
||||
|
||||
@@ -164,20 +164,26 @@ RDKIT_RDGENERAL_EXPORT extern const std::string
|
||||
RDKIT_RDGENERAL_EXPORT extern const std::string OxidationNumber; // int
|
||||
|
||||
// MDL Style Properties (MolFileParser)
|
||||
RDKIT_RDGENERAL_EXPORT extern const std::string molAtomMapNumber; // int
|
||||
RDKIT_RDGENERAL_EXPORT extern const std::string molFileAlias; // string
|
||||
RDKIT_RDGENERAL_EXPORT extern const std::string molFileValue; // string
|
||||
RDKIT_RDGENERAL_EXPORT extern const std::string molInversionFlag; // int
|
||||
RDKIT_RDGENERAL_EXPORT extern const std::string molParity; // int
|
||||
RDKIT_RDGENERAL_EXPORT extern const std::string molStereoCare; // int
|
||||
RDKIT_RDGENERAL_EXPORT extern const std::string molRxnComponent; // int
|
||||
RDKIT_RDGENERAL_EXPORT extern const std::string molRxnRole; // int
|
||||
RDKIT_RDGENERAL_EXPORT extern const std::string molTotValence; // int
|
||||
RDKIT_RDGENERAL_EXPORT extern const std::string molRingBondCount; // int
|
||||
RDKIT_RDGENERAL_EXPORT extern const std::string molSubstCount; // int
|
||||
RDKIT_RDGENERAL_EXPORT extern const std::string molAttachPoint; // int
|
||||
RDKIT_RDGENERAL_EXPORT extern const std::string molAttachOrder; // int
|
||||
RDKIT_RDGENERAL_EXPORT extern const std::string molAtomClass; // string
|
||||
RDKIT_RDGENERAL_EXPORT extern const std::string molAtomMapNumber; // int
|
||||
RDKIT_RDGENERAL_EXPORT extern const std::string molFileAlias; // string
|
||||
RDKIT_RDGENERAL_EXPORT extern const std::string molFileValue; // string
|
||||
RDKIT_RDGENERAL_EXPORT extern const std::string molInversionFlag; // int
|
||||
RDKIT_RDGENERAL_EXPORT extern const std::string molParity; // int
|
||||
RDKIT_RDGENERAL_EXPORT extern const std::string molStereoCare; // int
|
||||
RDKIT_RDGENERAL_EXPORT extern const std::string molRxnComponent; // int
|
||||
RDKIT_RDGENERAL_EXPORT extern const std::string molRxnRole; // int
|
||||
RDKIT_RDGENERAL_EXPORT extern const std::string molTotValence; // int
|
||||
RDKIT_RDGENERAL_EXPORT extern const std::string molRingBondCount; // int
|
||||
RDKIT_RDGENERAL_EXPORT extern const std::string molSubstCount; // int
|
||||
RDKIT_RDGENERAL_EXPORT extern const std::string molAttachPoint; // int
|
||||
RDKIT_RDGENERAL_EXPORT extern const std::string molAttachOrder; // int
|
||||
RDKIT_RDGENERAL_EXPORT extern const std::string
|
||||
molAttachOrderTemplate; // std::vector<AtomAttchOrd>
|
||||
|
||||
RDKIT_RDGENERAL_EXPORT extern const std::string molAtomClass; // string
|
||||
RDKIT_RDGENERAL_EXPORT extern const std::string natReplace; // string
|
||||
RDKIT_RDGENERAL_EXPORT extern const std::string
|
||||
templateNames; // vector of strings
|
||||
RDKIT_RDGENERAL_EXPORT extern const std::string molAtomSeqId; // int
|
||||
RDKIT_RDGENERAL_EXPORT extern const std::string molRxnExactChange; // int
|
||||
RDKIT_RDGENERAL_EXPORT extern const std::string molReactStatus; // int
|
||||
|
||||
@@ -2704,6 +2704,208 @@ path) enumeration algorithm used in the RDKit fingerprint. After a subgraph has
|
||||
been generated, it is used to set multiple bits based on different atom and bond
|
||||
type definitions.
|
||||
|
||||
Self-Contained Structure Representations (SCSR) for Macromolecules
|
||||
*******************
|
||||
|
||||
The SCSR support added to RDKit follows the description in the BIOVIA document “biovia_ctfileformats_2020.pdf” available from
|
||||
“CTfile Formats - Dassault Systèmes”. That document does not provide any real detail for that format, and contains one example file.
|
||||
|
||||
In addition, Biovia Draw supports reading and writing this format. As much as possible, the RDKit support allows the functionality
|
||||
supported by Biovia Draw. One exception is the RDKit treatment of hydrogen bonds in SCSR files/blocks (vide infra).
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||||
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||||
Representation
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==============
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Main mol
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--------
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An SCSR file contains a mol with a CTAB in v3000 format. That CTAB can contain elemental atoms and macro atoms corresponding to amino acids (AA), RNA, and DNA elements.
|
||||
The RNA and DNA elements are represented by three parts – a phosphate group, a sugar, and a base.
|
||||
|
||||
Each atom line in the CTAB can refer to an elemental atom or a macro atom. Macro atom lines have a text description of the macro name and must have a CLASS and an
|
||||
ATTCHORD attributed. They can also have an optional SEQID attribute.
|
||||
|
||||
According to the Biovia doc, the CLASS attribute must have a value that is one of: AA, dAA, DNA, RNA, SUGAR, BASE, PHOSPHATE, LINKER, CHEM, LGRP, MODAA, MODdAA, MODDNA, MODRNA, XLINKAA, XLINKdAA, XLINKDNA, XLINKRNA.
|
||||
For an SCSR mol block, (and for any SGROUP), RDKit requires that the CLASS attribute be one of these values.
|
||||
|
||||
The SEQID is a sequential integer and is ignored by this treatment. Typically, the three parts of an RNA or DNA element have the same SEQID.
|
||||
|
||||
The ATTCHORD attribute must have a specification for each bond that comes from the macro atom. The specification is contained between parentheses, and the first
|
||||
character is a integer that indicates the number of items that follow. Each connection is specified with the atom ID (1 offset) for the connected atom in the main
|
||||
CTAB, and a string that indicates the attachment point for this macro atom. The attachment point string is always two characters.
|
||||
The first indicates the order, and is a capital letter starting at A. The second char is one of “l” (left), “r” (right), “x” (cross connections – e.g. for cysteine).
|
||||
In this implementation, the second character can also be “h” for hydrogen bond.
|
||||
Thus, the attach connections are almost always in the list: “Al”, “Br”, “Cx” or “Ch”. For example::
|
||||
|
||||
ATTCHORD=(6 15 Br 13 Al 21 Cx)
|
||||
|
||||
Templates
|
||||
---------
|
||||
|
||||
Template Header
|
||||
^^^^^^^^^^^^^^^
|
||||
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||||
In addition to the CTAB for the main molecule, each macro atom is detailed automatically in a TEMPLATE. The TEMPLATES are numbered and appear between a
|
||||
BEGIN TEMPLATES line and an END TEMPLATES line. Each template starts with a TEMPLATE line that indicates the template number (1 to n), the template Class and
|
||||
Name, and the NATREPLACE attribute.
|
||||
|
||||
The Class and Name consists of three (or more) parts separated by forward slashes. The first part is the CLASS, and must match the CLASS attribute in
|
||||
one or more of the atoms in the main CTAB. The second and third (and subsequent) items are choices for names of the macro atom template. Typically, the
|
||||
first name is the long form and second is the short form, as in “AA/Ala/A” for alanine. This treatment does not enforce any restrictions on the name lengths.
|
||||
The name given the macro atom in the main CTAB must match one of the names in one of the templates with the correct class.
|
||||
The NATREPLACE attribute specifies the natural replacement for this macro atom, and is ignored by this treatment. Example::
|
||||
|
||||
M V30 TEMPLATE 1 SUGAR/Rib/R NATREPLACE=SUGAR/R
|
||||
|
||||
Main Template CTAB and SGROUPs
|
||||
^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^
|
||||
|
||||
After the TEMPLATE is a full CTAB with the atoms and bonds of the template. Each CTAB must contain an SGROUP for the main macro definition atoms and bonds,
|
||||
and one for each leaving group. The main SGROUP for the template must have a LABEL attribute that is the same as one of the names in the TEMPLATE line, and
|
||||
it must have a CLASS attribute that matches the TEMPLATE line class.
|
||||
|
||||
In addition, the main SGROUP must have ATOMS, XBONDS, NATREPLACE attributes. ATOMS is a list of all atom IDs (1-offset). XBONDS are the IDs of the connecting
|
||||
bonds. NATRELACE is the natural replacement as discussed above. The XBONDS and NATREPLACE attributes are ignored by this treatment.
|
||||
|
||||
The main SGROUP must also contain a list of SAP (SGROUP attachment points) attributes. Each one is enclosed in parentheses, and starts with a “3”.
|
||||
That is followed by two atom IDs of a bond that starts in this SGROUP and goes to an atom NOT in this SGROUP, and this is followed by a string indicating
|
||||
the connection name. The connection name, as discussed above, is usually one of “Al”, “Br”, “Cx” or “Ch”. SAPs “Al”, “Br”, “Cx” will have one SAP, and
|
||||
“Ch” will typically have two or three distinct SAP attributes. The order of the SAP attributes for hydrogen bonds (“Ch”) matters, and should go from the H-bond
|
||||
atom nearest to the connecting “Al” atom to the most distant. Hydrogen bonds do not have a leaving group, so the second ID of the designation is “0”.
|
||||
|
||||
Example::
|
||||
|
||||
M V30 2 SUP 2 ATOMS=(8 1 2 3 4 5 6 7 8) XBONDS=(1 7)-
|
||||
M V30 LABEL=U CLASS=BASE SAP=(3 4 9 Al) SAP=(3 8 0 Ch) SAP=(3 6 0 Ch) SAP=(3 7 0 Ch)-
|
||||
NATREPLACE=BASE/U
|
||||
|
||||
In addition to the main SGROUP, there will be an SGROUP that identifies each leaving group. Most leaving groups have one atom, but they could have multiple
|
||||
atoms. The leaving group SGROUPS have ATOMS, XBONDS, LABEL, and CLASS attributes. The XBONDS attribute is ignored in this treatment. LABEL must be
|
||||
“LGRP” (leaving group).
|
||||
|
||||
Example::
|
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|
||||
M V30 1 SUP 1 ATOMS=(1 11) XBONDS=(1 11) LABEL=H CLASS=LGRP
|
||||
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|
||||
Parsing SCSR files and text blocks
|
||||
==================================
|
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||||
RDKit converts the SCSR data into a fully atomistic representation.
|
||||
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||||
An SGROUP is produced in the resulting RWMol for each template and retained leaving group from the SCSRMol. The name of each SGROUP is derived from the
|
||||
template name, the sequence number if present, and, for leaving groups, the leaving group SAP ID (e.g. “Al”, “Br”, “Cx” or “Ch”).
|
||||
|
||||
The following calls parse the SCSR mol or block produces a fully atomistic RDKit mol.:
|
||||
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* MolFromSCSRDataStream (stream to mol)
|
||||
* MolFromSCSRBlock (SCSR text block to mol)
|
||||
* MolFromSCSRFile (SCSR file to mol)
|
||||
|
||||
These functions all take, in addition to the strean, text block, or file name, a MolFileParserParams and a MolFromSCSRParams parameter.
|
||||
The MolFileParserParams parameter is used to control the parsing of the SCSR data, as is describe elsewhere in this document.
|
||||
The MolFromSCSRParams parameter is used to control the conversion of the SCSR data into a full atomistic representation.
|
||||
|
||||
MolFromScsrParams has three properties:
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||||
|
||||
* The “ScsrTemplateNames” property controls how the Sgoups of the expanded file are generated, and must be one of: ScsrTemplateNamesAsEntered,
|
||||
ScsrTemplateNamesUseFirstName, or ScsrTemplateNamesUseLastName. If ScsrTemplateNamesAsEntered is specified, the name as referenced in the main
|
||||
SCSR CTAB will be used.
|
||||
|
||||
* The ”includeLeavingGroups” property controls whether leaving groups that are not replaced in the main CTAB are included in the resulting atomistic file.
|
||||
The leaving groups that are so retained become end caps and caps on unused cross-link sites. Setting this property to “false” causes the end caps and cross-link caps to remain unsubstituted. This allows the results to be used as a full atom query for the sub-units from the SCSR mol.
|
||||
|
||||
* The "SCSRBaseHbondOptions" property controls the treatment of hydrogen bonds in the SCSR file. This is described in the following section.
|
||||
|
||||
Hydrogen Bonds
|
||||
-------
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For sense-antisense pairings in DNA and RNA, the hydrogen bonds are represented as a single hydrogen bond in the SCSR representation.
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When converted to a full atomistic representation, each such hydrogen bond can represent up to 3 hydrogen bonds between the full-atomistic representations of
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the Base groups.
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The processing of H-bonds is contorlled by the ScsrBaseHbondOptions
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member of the ScsrMolFileParserParams parameter. The options are:
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1. ScsrBaseHbondOptionsIgnore - if this is selected, all H-bonds are
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ignored and not processed.
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2. ScsrBaseHbondOptionsUseSapAll = 1
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||||
If this is selected, all SAPs
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||||
for the hbond are used. They must be defined in the template in the
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||||
correct order, which starts with the first atom nearest the "Al"
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connection, and continues sequentially
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||||
If there are 3 sites on each side and they are complimentary (the
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||||
donors match acceptors and vice versa), we add the bonds. and
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||||
we are done. THis is the standard Watson-Crick binding (“https://water.lsbu.ac.uk/water/nucleic_acid_hydration.html”)
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||||
If not, we check to check to see if they comply to a wobble bond
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||||
configuration. There are four generally accepted wobble bonds, and we
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deal with these four types only. The four known wobble bonds are:
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1. I-C
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2. I-U
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3. I-A
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4. G-U
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"I" stands for inosine - it has only two available hbond sites . The
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pair G-U has three sites on each end, but they are not complimentary.
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(https://en.wikipedia.org/wiki/Wobble_base_pair#:~:text=A%20wobble%20base%20pair%20is,hypoxanthine%2Dcytosine%20(I%2DC).
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||||
For pairs that have I (inosine) or something like it, the configuration must be
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||||
DA, so those two atoms form the two H bonds. The other side (C,U or A)
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has confiuration of AAD (C), ADA (U), or DAD (A). For C-type bases and
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A type bases, the second and third atoms are used (AD), and for U
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||||
types, the first two atoms are used (AD).
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||||
For the GU pair, both sides have 3 atoms, but they are not
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||||
complimentary. The second and third sites on the G side are used (DA),
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||||
and the first two sites on the U side are used (AD).
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||||
In any other case, we punt and add just one bond between the first
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||||
hydrogen-bond atom on both sides even if they are NOT complemenary. This just
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||||
indicates that the sides are h-bonded somehow and keeps the overall
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||||
pairing straight.
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||||
3. ScsrBaseHbondOptionsUseSapOne
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||||
If this is selected, only one SAP hbond per base is used.
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||||
If multiple SAPs are defined, the first hbond site is used
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||||
even if it is not the best. No attempt is made to match the Donor/Acceptor
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status of the chosen bond sites.
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(this just maintains the relationship between
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||||
the to base pairs)
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||||
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4. ScsrBaseHbondOptionsAuto
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||||
For bases that are C,G,A,T,U,In (and
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||||
derivatives) the standard Watson-Crick
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||||
Hbonding is used, and is determined by substructure matching.
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||||
No Hbond SAPs ("Ch") need to be defined in the template, and if
|
||||
defined, they are ignored.
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||||
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||||
Processing of the H-bond sites so determined is done just as it is when ScsrBaseHbondOptionsUseSapAll is selected.
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||||
(see above).
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Example of Peptide conversion:
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.. image:: images/PeptideConversion.png
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Example of DNA-RNA paired strands conversion:
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.. image:: images/DnaDoubleStrand.png
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||||
Example of “Wobble” pairing conversion:
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||||
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||||
.. image:: images/WobbleRna.png
|
||||
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||||
Full Example of SCSR files:
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===========================
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||||
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||||
Here are two examples of SCSR files:
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`DnaTest3 <https://github.com/rdkit/rdkit/blob/master/Docs/Book/data/DnaTest3.mol>`_.
|
||||
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||||
`CrossLink.mol <https://github.com/rdkit/rdkit/blob/master/Docs/Book/data/CrossLink.mol>`_.
|
||||
|
||||
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||||
Feature Flags: global variables affecting RDKit behavior
|
||||
********************************************************
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||||
@@ -2780,3 +2982,4 @@ To view a copy of this license, visit http://creativecommons.org/licenses/by-sa/
|
||||
|
||||
The intent of this license is similar to that of the RDKit itself.
|
||||
In simple words: “Do whatever you want with it, but please give us some credit.”
|
||||
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||||
|
||||
220
Docs/Book/data/CrossLink.mol
Normal file
220
Docs/Book/data/CrossLink.mol
Normal file
@@ -0,0 +1,220 @@
|
||||
|
||||
-INDIGO-12312410022D
|
||||
|
||||
0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 V3000
|
||||
M V30 BEGIN CTAB
|
||||
M V30 COUNTS 8 8 0 0 0
|
||||
M V30 BEGIN ATOM
|
||||
M V30 1 A 1.15 -3.75 0.0 0 CLASS=AA SEQID=8 ATTCHORD=(2 8 Al)
|
||||
M V30 2 G 1.25 -1.25 0.0 0 CLASS=AA SEQID=1 ATTCHORD=(2 3 Br)
|
||||
M V30 3 G 2.75 -1.25 0.0 0 CLASS=AA SEQID=2 ATTCHORD=(4 2 Al 4 Br)
|
||||
M V30 4 C 4.075 -1.25 0.0 0 CLASS=AA SEQID=3 ATTCHORD=(6 3 Al 5 Br 7 Cx)
|
||||
M V30 5 L 5.75 -1.25 0.0 0 CLASS=AA SEQID=4 ATTCHORD=(4 4 Al 6 Br)
|
||||
M V30 6 P 6.45 -3.65 0.0 0 CLASS=AA SEQID=5 ATTCHORD=(4 5 Al 7 Br)
|
||||
M V30 7 C 4.5 -3.675 0.0 0 CLASS=AA SEQID=6 ATTCHORD=(6 6 Al 8 Br 4 Cx)
|
||||
M V30 8 A 3.05 -3.625 0.0 0 CLASS=AA SEQID=7 ATTCHORD=(4 7 Al 1 Br)
|
||||
M V30 END ATOM
|
||||
M V30 BEGIN BOND
|
||||
M V30 1 1 2 3
|
||||
M V30 2 1 3 4
|
||||
M V30 3 1 4 5
|
||||
M V30 4 1 5 6
|
||||
M V30 5 1 6 7
|
||||
M V30 6 1 7 8
|
||||
M V30 7 1 8 1
|
||||
M V30 8 1 4 7
|
||||
M V30 END BOND
|
||||
M V30 END CTAB
|
||||
M V30 BEGIN TEMPLATE
|
||||
M V30 TEMPLATE 1 AA/Ala/A/ NATREPLACE=AA/A
|
||||
M V30 BEGIN CTAB
|
||||
M V30 COUNTS 7 6 3 0 0
|
||||
M V30 BEGIN ATOM
|
||||
M V30 1 N -1.2549 -0.392 0.0 0
|
||||
M V30 2 C -0.272 0.2633 0.0 0 CFG=1
|
||||
M V30 3 C -0.3103 1.7393 0.0 0
|
||||
M V30 4 C 1.0523 -0.392 0.0 0
|
||||
M V30 5 O 1.0829 -1.5722 0.0 0
|
||||
M V30 6 O 2.0353 0.2633 0.0 0
|
||||
M V30 7 H -2.3334 0.0905 0.0 0
|
||||
M V30 END ATOM
|
||||
M V30 BEGIN BOND
|
||||
M V30 1 1 2 1
|
||||
M V30 2 1 2 3 CFG=1
|
||||
M V30 3 1 2 4
|
||||
M V30 4 2 4 5
|
||||
M V30 5 1 4 6
|
||||
M V30 6 1 1 7
|
||||
M V30 END BOND
|
||||
M V30 BEGIN COLLECTION
|
||||
M V30 MDLV30/STEABS ATOMS=(1 2)
|
||||
M V30 END COLLECTION
|
||||
M V30 BEGIN SGROUP
|
||||
M V30 1 SUP 1 ATOMS=(1 7) XBONDS=(1 6) BRKXYZ=(9 0.539250 -0.241250 0.000000-
|
||||
M V30 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000) LABEL=H CLASS=-
|
||||
M V30 LGRP
|
||||
M V30 2 SUP 2 ATOMS=(1 6) XBONDS=(1 5) BRKXYZ=(9 -0.491500 -0.327650 0.00000-
|
||||
M V30 0 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000) LABEL=OH CLAS-
|
||||
M V30 S=LGRP
|
||||
M V30 3 SUP 3 ATOMS=(5 1 2 3 4 5) XBONDS=(2 6 5) BRKXYZ=(9 -0.539250 0.24125-
|
||||
M V30 0 0.000000 0.491500 0.327650 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000) LABE-
|
||||
M V30 L=A CLASS=AA SAP=(3 1 7 Al) SAP=(3 4 6 Br) NATREPLACE=AA/A
|
||||
M V30 END SGROUP
|
||||
M V30 END CTAB
|
||||
M V30 TEMPLATE 2 AA/Gly/G/ NATREPLACE=AA/G
|
||||
M V30 BEGIN CTAB
|
||||
M V30 COUNTS 6 5 3 0 0
|
||||
M V30 BEGIN ATOM
|
||||
M V30 1 C -0.3363 0.5346 0.0 0
|
||||
M V30 2 C 0.9929 -0.1107 0.0 0
|
||||
M V30 3 O 1.0782 -1.289 0.0 0
|
||||
M V30 4 O 1.9709 0.552 0.0 0
|
||||
M V30 5 N -1.326 -0.1107 0.0 0
|
||||
M V30 6 H -2.3797 0.4238 0.0 0
|
||||
M V30 END ATOM
|
||||
M V30 BEGIN BOND
|
||||
M V30 1 1 1 2
|
||||
M V30 2 2 2 3
|
||||
M V30 3 1 2 4
|
||||
M V30 4 1 1 5
|
||||
M V30 5 1 5 6
|
||||
M V30 END BOND
|
||||
M V30 BEGIN SGROUP
|
||||
M V30 1 SUP 1 ATOMS=(1 6) XBONDS=(1 5) BRKXYZ=(9 0.526850 -0.267250 0.000000-
|
||||
M V30 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000) LABEL=H CLASS=-
|
||||
M V30 LGRP
|
||||
M V30 2 SUP 2 ATOMS=(1 4) XBONDS=(1 3) BRKXYZ=(9 -0.489000 -0.331350 0.00000-
|
||||
M V30 0 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000) LABEL=OH CLAS-
|
||||
M V30 S=LGRP
|
||||
M V30 3 SUP 3 ATOMS=(4 1 2 3 5) XBONDS=(2 3 5) BRKXYZ=(9 0.489000 0.331350 0-
|
||||
M V30 .000000 -0.526850 0.267250 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000) LABEL=-
|
||||
M V30 G CLASS=AA SAP=(3 5 6 Al) SAP=(3 2 4 Br) NATREPLACE=AA/G
|
||||
M V30 END SGROUP
|
||||
M V30 END CTAB
|
||||
M V30 TEMPLATE 3 AA/Cys/C/ NATREPLACE=AA/C
|
||||
M V30 BEGIN CTAB
|
||||
M V30 COUNTS 9 8 4 0 0
|
||||
M V30 BEGIN ATOM
|
||||
M V30 1 C 1.4457 -1.1333 0.0 0
|
||||
M V30 2 C 0.1453 -0.384 0.0 0 CFG=2
|
||||
M V30 3 C 0.143 1.1168 0.0 0
|
||||
M V30 4 S -1.1573 1.8661 0.0 0
|
||||
M V30 5 N -1.1551 -1.1333 0.0 0
|
||||
M V30 6 O 1.4475 -2.3333 0.0 0
|
||||
M V30 7 O 2.4842 -0.532 0.0 0
|
||||
M V30 8 H -2.1942 -0.5331 0.0 0
|
||||
M V30 9 H -1.1591 3.0661 0.0 0
|
||||
M V30 END ATOM
|
||||
M V30 BEGIN BOND
|
||||
M V30 1 2 6 1
|
||||
M V30 2 1 1 2
|
||||
M V30 3 1 1 7
|
||||
M V30 4 1 2 5
|
||||
M V30 5 1 2 3 CFG=1
|
||||
M V30 6 1 3 4
|
||||
M V30 7 1 5 8
|
||||
M V30 8 1 4 9
|
||||
M V30 END BOND
|
||||
M V30 BEGIN COLLECTION
|
||||
M V30 MDLV30/STEABS ATOMS=(1 2)
|
||||
M V30 END COLLECTION
|
||||
M V30 BEGIN SGROUP
|
||||
M V30 1 SUP 1 ATOMS=(1 8) XBONDS=(1 7) BRKXYZ=(9 0.519550 -0.300100 0.000000-
|
||||
M V30 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000) LABEL=H CLASS=-
|
||||
M V30 LGRP
|
||||
M V30 2 SUP 2 ATOMS=(1 7) XBONDS=(1 3) BRKXYZ=(9 -0.519250 -0.300650 0.00000-
|
||||
M V30 0 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000) LABEL=OH CLAS-
|
||||
M V30 S=LGRP
|
||||
M V30 3 SUP 3 ATOMS=(1 9) XBONDS=(1 8) BRKXYZ=(9 0.000900 -0.600000 0.000000-
|
||||
M V30 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000) LABEL=H CLASS=-
|
||||
M V30 LGRP
|
||||
M V30 4 SUP 4 ATOMS=(6 1 2 3 4 5 6) XBONDS=(3 3 8 7) BRKXYZ=(9 0.519250 0.30-
|
||||
M V30 0650 0.000000 -0.000900 0.600000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000) -
|
||||
M V30 BRKXYZ=(9 -0.519550 0.300100 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000-
|
||||
M V30 000 0.000000 0.000000) LABEL=C CLASS=AA SAP=(3 5 8 Al) SAP=(3 1 7 Br) -
|
||||
M V30 SAP=(3 4 9 Cx) NATREPLACE=AA/C
|
||||
M V30 END SGROUP
|
||||
M V30 END CTAB
|
||||
M V30 TEMPLATE 4 AA/Leu/L/ NATREPLACE=AA/L
|
||||
M V30 BEGIN CTAB
|
||||
M V30 COUNTS 10 9 3 0 0
|
||||
M V30 BEGIN ATOM
|
||||
M V30 1 C 0.3626 0.9903 0.0 0
|
||||
M V30 2 C -0.9395 2.9396 0.0 0
|
||||
M V30 3 C -0.9377 1.7396 0.0 0
|
||||
M V30 4 C -1.9763 1.1383 0.0 0
|
||||
M V30 5 C 0.3649 -0.5105 0.0 0 CFG=1
|
||||
M V30 6 C 1.6653 -1.2598 0.0 0
|
||||
M V30 7 O 1.6671 -2.4598 0.0 0
|
||||
M V30 8 N -0.9355 -1.2598 0.0 0
|
||||
M V30 9 O 2.7038 -0.6585 0.0 0
|
||||
M V30 10 H -1.9746 -0.6596 0.0 0
|
||||
M V30 END ATOM
|
||||
M V30 BEGIN BOND
|
||||
M V30 1 1 3 1
|
||||
M V30 2 1 5 1 CFG=1
|
||||
M V30 3 1 3 2
|
||||
M V30 4 1 3 4
|
||||
M V30 5 1 5 8
|
||||
M V30 6 1 5 6
|
||||
M V30 7 2 6 7
|
||||
M V30 8 1 6 9
|
||||
M V30 9 1 8 10
|
||||
M V30 END BOND
|
||||
M V30 BEGIN COLLECTION
|
||||
M V30 MDLV30/STEABS ATOMS=(1 5)
|
||||
M V30 END COLLECTION
|
||||
M V30 BEGIN SGROUP
|
||||
M V30 1 SUP 1 ATOMS=(1 10) XBONDS=(1 9) BRKXYZ=(9 0.519550 -0.300100 0.00000-
|
||||
M V30 0 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000) LABEL=H CLASS-
|
||||
M V30 =LGRP
|
||||
M V30 2 SUP 2 ATOMS=(1 9) XBONDS=(1 8) BRKXYZ=(9 -0.519250 -0.300650 0.00000-
|
||||
M V30 0 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000) LABEL=OH CLAS-
|
||||
M V30 S=LGRP
|
||||
M V30 3 SUP 3 ATOMS=(8 1 2 3 4 5 6 7 8) XBONDS=(2 8 9) BRKXYZ=(9 0.519250 0.-
|
||||
M V30 300650 0.000000 -0.519550 0.300100 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000-
|
||||
M V30 ) LABEL=L CLASS=AA SAP=(3 8 10 Al) SAP=(3 6 9 Br) NATREPLACE=AA/L
|
||||
M V30 END SGROUP
|
||||
M V30 END CTAB
|
||||
M V30 TEMPLATE 5 AA/Pro/P/ NATREPLACE=AA/P
|
||||
M V30 BEGIN CTAB
|
||||
M V30 COUNTS 9 9 3 0 0
|
||||
M V30 BEGIN ATOM
|
||||
M V30 1 C 0.0018 1.6555 0.0 0
|
||||
M V30 2 C -1.4799 1.889 0.0 0
|
||||
M V30 3 C -2.1599 0.5519 0.0 0
|
||||
M V30 4 N -1.0984 -0.5079 0.0 0
|
||||
M V30 5 C 0.2376 0.1741 0.0 0 CFG=2
|
||||
M V30 6 C 1.5717 -0.5079 0.0 0
|
||||
M V30 7 O 1.6336 -1.7063 0.0 0
|
||||
M V30 8 O 2.5787 0.1448 0.0 0
|
||||
M V30 9 H -1.2852 -1.6933 0.0 0
|
||||
M V30 END ATOM
|
||||
M V30 BEGIN BOND
|
||||
M V30 1 1 1 2
|
||||
M V30 2 1 5 1 CFG=1
|
||||
M V30 3 1 2 3
|
||||
M V30 4 1 3 4
|
||||
M V30 5 1 4 5
|
||||
M V30 6 1 5 6
|
||||
M V30 7 2 6 7
|
||||
M V30 8 1 6 8
|
||||
M V30 9 1 4 9
|
||||
M V30 END BOND
|
||||
M V30 BEGIN COLLECTION
|
||||
M V30 MDLV30/STEABS ATOMS=(1 5)
|
||||
M V30 END COLLECTION
|
||||
M V30 BEGIN SGROUP
|
||||
M V30 1 SUP 1 ATOMS=(1 9) XBONDS=(1 9) BRKXYZ=(9 0.093400 0.592700 0.000000 -
|
||||
M V30 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000) LABEL=H CLASS=L-
|
||||
M V30 GRP
|
||||
M V30 2 SUP 2 ATOMS=(1 8) XBONDS=(1 8) BRKXYZ=(9 -0.503500 -0.326350 0.00000-
|
||||
M V30 0 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000) LABEL=OH CLAS-
|
||||
M V30 S=LGRP
|
||||
M V30 3 SUP 3 ATOMS=(7 1 2 3 4 5 6 7) XBONDS=(2 9 8) BRKXYZ=(9 -0.093400 -0.-
|
||||
M V30 592700 0.000000 0.503500 0.326350 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000)-
|
||||
M V30 LABEL=P CLASS=AA SAP=(3 4 9 Al) SAP=(3 6 8 Br) NATREPLACE=AA/P
|
||||
M V30 END SGROUP
|
||||
M V30 END CTAB
|
||||
M V30 END TEMPLATE
|
||||
M END
|
||||
374
Docs/Book/data/DnaTest3.mol
Normal file
374
Docs/Book/data/DnaTest3.mol
Normal file
@@ -0,0 +1,374 @@
|
||||
|
||||
-INDIGO-01232511012D
|
||||
|
||||
0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 V3000
|
||||
M V30 BEGIN CTAB
|
||||
M V30 COUNTS 22 24 0 0 0
|
||||
M V30 BEGIN ATOM
|
||||
M V30 1 dR 1.25 -1.25 0.0 0 CLASS=SUGAR SEQID=1 ATTCHORD=(4 2 Cx 5 Br)
|
||||
M V30 2 A 1.25 -2.75 0.0 0 CLASS=BASE SEQID=1 ATTCHORD=(4 1 Al 11 Ch)
|
||||
M V30 3 dR 4.25 -1.25 0.0 0 CLASS=SUGAR SEQID=2 ATTCHORD=(6 4 Cx 5 Al 8 Br)
|
||||
M V30 4 C 4.25 -2.75 0.0 0 CLASS=BASE SEQID=2 ATTCHORD=(4 3 Al 14 Ch)
|
||||
M V30 5 P 2.75 -1.25 0.0 0 CLASS=PHOSPHATE SEQID=1 ATTCHORD=(4 1 Al 3 Br)
|
||||
M V30 6 dR 7.25 -1.25 0.0 0 CLASS=SUGAR SEQID=3 ATTCHORD=(6 7 Cx 8 Al 10 Br)
|
||||
M V30 7 T 7.25 -2.75 0.0 0 CLASS=BASE SEQID=3 ATTCHORD=(4 6 Al 17 Ch)
|
||||
M V30 8 P 5.75 -1.25 0.0 0 CLASS=PHOSPHATE SEQID=2 ATTCHORD=(4 6 Br 3 Al)
|
||||
M V30 9 dR 10.25 -1.25 0.0 0 CLASS=SUGAR SEQID=4 ATTCHORD=(4 10 Al 21 Cx)
|
||||
M V30 10 P 8.75 -1.25 0.0 0 CLASS=PHOSPHATE SEQID=3 ATTCHORD=(4 6 Al 9 Br)
|
||||
M V30 11 U 1.25 -4.25 0.0 0 CLASS=BASE SEQID=1 ATTCHORD=(4 12 Al 2 Ch)
|
||||
M V30 12 R 1.25 -5.75 0.0 0 CLASS=SUGAR SEQID=1 ATTCHORD=(4 11 Cx 13 Br)
|
||||
M V30 13 P 2.75 -5.75 0.0 0 CLASS=PHOSPHATE SEQID=1 ATTCHORD=(4 12 Al 15 Br)
|
||||
M V30 14 G 4.25 -4.25 0.0 0 CLASS=BASE SEQID=2 ATTCHORD=(4 15 Al 4 Ch)
|
||||
M V30 15 R 4.25 -5.75 0.0 0 CLASS=SUGAR SEQID=2 ATTCHORD=(6 14 Cx 13 Al 16 B-
|
||||
M V30 r)
|
||||
M V30 16 P 5.75 -5.75 0.0 0 CLASS=PHOSPHATE SEQID=2 ATTCHORD=(4 18 Br 15 Al)
|
||||
M V30 17 A 7.25 -4.25 0.0 0 CLASS=BASE SEQID=3 ATTCHORD=(4 18 Al 7 Ch)
|
||||
M V30 18 R 7.25 -5.75 0.0 0 CLASS=SUGAR SEQID=3 ATTCHORD=(6 17 Cx 19 Br 16 A-
|
||||
M V30 l)
|
||||
M V30 19 P 8.75 -5.75 0.0 0 CLASS=PHOSPHATE SEQID=3 ATTCHORD=(4 18 Al 20 Br)
|
||||
M V30 20 R 10.25 -5.75 0.0 0 CLASS=SUGAR SEQID=4 ATTCHORD=(4 19 Al 22 Cx)
|
||||
M V30 21 G 10.25 -2.75 0.0 0 CLASS=BASE SEQID=4 ATTCHORD=(4 9 Al 22 Ch)
|
||||
M V30 22 U 10.25 -4.25 0.0 0 CLASS=BASE SEQID=4 ATTCHORD=(4 20 Al 21 Ch)
|
||||
M V30 END ATOM
|
||||
M V30 BEGIN BOND
|
||||
M V30 1 1 1 2
|
||||
M V30 2 1 3 4
|
||||
M V30 3 1 1 5
|
||||
M V30 4 1 5 3
|
||||
M V30 5 1 6 7
|
||||
M V30 6 1 8 6
|
||||
M V30 7 1 6 10
|
||||
M V30 8 1 10 9
|
||||
M V30 9 1 11 12
|
||||
M V30 10 1 12 13
|
||||
M V30 11 10 2 11
|
||||
M V30 12 1 14 15
|
||||
M V30 13 1 13 15
|
||||
M V30 14 10 4 14
|
||||
M V30 15 1 17 18
|
||||
M V30 16 1 18 19
|
||||
M V30 17 1 16 18
|
||||
M V30 18 10 7 17
|
||||
M V30 19 1 19 20
|
||||
M V30 20 1 22 20
|
||||
M V30 21 1 9 21
|
||||
M V30 22 10 21 22
|
||||
M V30 23 1 3 8
|
||||
M V30 24 1 15 16
|
||||
M V30 END BOND
|
||||
M V30 END CTAB
|
||||
M V30 BEGIN TEMPLATE
|
||||
M V30 TEMPLATE 1 SUGAR/dRib/dR NATREPLACE=SUGAR/R
|
||||
M V30 BEGIN CTAB
|
||||
M V30 COUNTS 11 11 4 0 0
|
||||
M V30 BEGIN ATOM
|
||||
M V30 1 O -0.8788 -1.208 0.0 0
|
||||
M V30 2 C -0.3668 0.2019 0.0 0 CFG=1
|
||||
M V30 3 C 0.3038 -2.1307 0.0 0 CFG=2
|
||||
M V30 4 C 1.1323 0.1506 0.0 0 CFG=2
|
||||
M V30 5 C 1.5468 -1.291 0.0 0
|
||||
M V30 6 O 2.0515 1.3338 0.0 0
|
||||
M V30 7 C -1.2081 1.4417 0.0 0
|
||||
M V30 8 O 0.2628 -3.3299 0.0 0
|
||||
M V30 9 O -2.705 1.3338 0.0 0
|
||||
M V30 10 H -3.3788 2.3267 0.0 0
|
||||
M V30 11 H 3.2403 1.1709 0.0 0
|
||||
M V30 END ATOM
|
||||
M V30 BEGIN BOND
|
||||
M V30 1 1 1 2
|
||||
M V30 2 1 1 3
|
||||
M V30 3 1 2 4
|
||||
M V30 4 1 2 7 CFG=3
|
||||
M V30 5 1 3 5
|
||||
M V30 6 1 3 8 CFG=3
|
||||
M V30 7 1 4 5
|
||||
M V30 8 1 4 6 CFG=1
|
||||
M V30 9 1 6 11
|
||||
M V30 10 1 7 9
|
||||
M V30 11 1 9 10
|
||||
M V30 END BOND
|
||||
M V30 BEGIN COLLECTION
|
||||
M V30 MDLV30/STEABS ATOMS=(3 2 3 4)
|
||||
M V30 END COLLECTION
|
||||
M V30 BEGIN SGROUP
|
||||
M V30 1 SUP 1 ATOMS=(1 10) XBONDS=(1 11) BRKXYZ=(9 0.336900 -0.496450 0.0000-
|
||||
M V30 00 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000) LABEL=H CLAS-
|
||||
M V30 S=LGRP
|
||||
M V30 2 SUP 2 ATOMS=(1 11) XBONDS=(1 9) BRKXYZ=(9 -0.594400 0.081450 0.00000-
|
||||
M V30 0 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000) LABEL=H CLASS-
|
||||
M V30 =LGRP
|
||||
M V30 3 SUP 3 ATOMS=(1 8) XBONDS=(1 6) BRKXYZ=(9 0.020500 0.599600 0.000000 -
|
||||
M V30 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000) LABEL=OH CLASS=-
|
||||
M V30 LGRP
|
||||
M V30 4 SUP 4 ATOMS=(8 1 2 3 4 5 6 7 9) XBONDS=(3 6 9 11) BRKXYZ=(9 -0.02050-
|
||||
M V30 0 -0.599600 0.000000 0.594400 -0.081450 0.000000 0.000000 0.000000 0.0-
|
||||
M V30 00000) BRKXYZ=(9 -0.336900 0.496450 0.000000 0.000000 0.000000 0.00000-
|
||||
M V30 0 0.000000 0.000000 0.000000) LABEL=dR CLASS=SUGAR SAP=(3 9 10 Al) SAP-
|
||||
M V30 =(3 6 11 Br) SAP=(3 3 8 Cx) NATREPLACE=SUGAR/R
|
||||
M V30 END SGROUP
|
||||
M V30 END CTAB
|
||||
M V30 TEMPLATE 2 BASE/Ade/A NATREPLACE=BASE/A
|
||||
M V30 BEGIN CTAB
|
||||
M V30 COUNTS 11 12 2 0 0
|
||||
M V30 BEGIN ATOM
|
||||
M V30 1 C 1.0354 0.2498 0.0 0
|
||||
M V30 2 C -0.0792 -0.754 0.0 0
|
||||
M V30 3 C -1.5057 -0.2906 0.0 0
|
||||
M V30 4 N -1.8177 1.1766 0.0 0
|
||||
M V30 5 C -0.7031 2.1804 0.0 0
|
||||
M V30 6 N 0.7235 1.717 0.0 0
|
||||
M V30 7 N -2.3871 -1.5034 0.0 0
|
||||
M V30 8 C -1.5053 -2.7168 0.0 0
|
||||
M V30 9 N -0.0787 -2.2532 0.0 0
|
||||
M V30 10 N 2.1768 -0.1209 0.0 0
|
||||
M V30 11 H -3.5871 -1.5034 0.0 0
|
||||
M V30 END ATOM
|
||||
M V30 BEGIN BOND
|
||||
M V30 1 1 1 10
|
||||
M V30 2 2 1 6
|
||||
M V30 3 1 1 2
|
||||
M V30 4 1 9 2
|
||||
M V30 5 2 2 3
|
||||
M V30 6 1 7 3
|
||||
M V30 7 1 3 4
|
||||
M V30 8 2 4 5
|
||||
M V30 9 1 5 6
|
||||
M V30 10 1 7 8
|
||||
M V30 11 1 7 11
|
||||
M V30 12 2 8 9
|
||||
M V30 END BOND
|
||||
M V30 BEGIN SGROUP
|
||||
M V30 1 SUP 1 ATOMS=(1 11) XBONDS=(1 11) BRKXYZ=(9 0.600000 0.000000 0.00000-
|
||||
M V30 0 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000) LABEL=H CLASS-
|
||||
M V30 =LGRP
|
||||
M V30 2 SUP 2 ATOMS=(10 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10) XBONDS=(1 11) BRKXYZ=(9 -0.600-
|
||||
M V30 000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.0-
|
||||
M V30 00000) LABEL=A CLASS=BASE SAP=(3 7 11 Al) SAP=(3 5 0 Ch) SAP=(3 6 0 Ch) SAP=(3 10 0 Ch) NATREPLACE=BASE/A
|
||||
M V30 END SGROUP
|
||||
M V30 END CTAB
|
||||
M V30 TEMPLATE 3 BASE/Cyt/C NATREPLACE=BASE/C
|
||||
M V30 BEGIN CTAB
|
||||
M V30 COUNTS 9 9 2 0 0
|
||||
M V30 BEGIN ATOM
|
||||
M V30 1 C 1.8617 1.3499 0.0 0
|
||||
M V30 2 C 1.1117 2.6489 0.0 0
|
||||
M V30 3 C -0.3882 2.649 0.0 0
|
||||
M V30 4 N -1.1382 1.35 0.0 0
|
||||
M V30 5 C -0.3883 0.0509 0.0 0
|
||||
M V30 6 N 1.1117 0.0509 0.0 0
|
||||
M V30 7 N 3.0618 1.3499 0.0 0
|
||||
M V30 8 O -0.9884 -0.9883 0.0 0
|
||||
M V30 9 H -2.3383 1.35 0.0 0
|
||||
M V30 END ATOM
|
||||
M V30 BEGIN BOND
|
||||
M V30 1 1 1 2
|
||||
M V30 2 2 1 6
|
||||
M V30 3 1 1 7
|
||||
M V30 4 2 2 3
|
||||
M V30 5 1 3 4
|
||||
M V30 6 1 4 5
|
||||
M V30 7 1 4 9
|
||||
M V30 8 1 5 6
|
||||
M V30 9 2 5 8
|
||||
M V30 END BOND
|
||||
M V30 BEGIN SGROUP
|
||||
M V30 1 SUP 1 ATOMS=(1 9) XBONDS=(1 7) BRKXYZ=(9 0.600050 0.000000 0.000000 -
|
||||
M V30 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000) LABEL=H CLASS=L-
|
||||
M V30 GRP
|
||||
M V30 2 SUP 2 ATOMS=(8 1 2 3 4 5 6 7 8) XBONDS=(1 7) BRKXYZ=(9 -0.600050 0.0-
|
||||
M V30 00000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000) -
|
||||
M V30 LABEL=C CLASS=BASE SAP=(3 4 9 Al) SAP=(3 8 0 Ch) SAP=(3 6 0 Ch) SAP=(3 7 0 Ch) NATREPLACE=BASE/C
|
||||
M V30 END SGROUP
|
||||
M V30 END CTAB
|
||||
M V30 TEMPLATE 4 PHOSPHATE/P/P NATREPLACE=PHOSPHATE/P
|
||||
M V30 BEGIN CTAB
|
||||
M V30 COUNTS 5 4 3 0 0
|
||||
M V30 BEGIN ATOM
|
||||
M V30 1 P -0.2399 0.0 0.0 0
|
||||
M V30 2 O -1.4399 0.0 0.0 0
|
||||
M V30 3 O 0.3598 -1.0394 0.0 0
|
||||
M V30 4 O 0.9601 0.0 0.0 0
|
||||
M V30 5 O 0.3598 1.0394 0.0 0
|
||||
M V30 END ATOM
|
||||
M V30 BEGIN BOND
|
||||
M V30 1 1 1 2
|
||||
M V30 2 2 1 3
|
||||
M V30 3 1 1 4
|
||||
M V30 4 1 1 5
|
||||
M V30 END BOND
|
||||
M V30 BEGIN SGROUP
|
||||
M V30 1 SUP 1 ATOMS=(1 2) XBONDS=(1 1) BRKXYZ=(9 0.600000 0.000000 0.000000 -
|
||||
M V30 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000) LABEL=OH CLASS=-
|
||||
M V30 LGRP
|
||||
M V30 2 SUP 2 ATOMS=(1 4) XBONDS=(1 3) BRKXYZ=(9 -0.600000 0.000000 0.000000-
|
||||
M V30 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000) LABEL=OH CLASS-
|
||||
M V30 =LGRP
|
||||
M V30 3 SUP 3 ATOMS=(3 1 3 5) XBONDS=(2 1 3) BRKXYZ=(9 -0.600000 0.000000 0.-
|
||||
M V30 000000 0.600000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000) LABEL=P -
|
||||
M V30 CLASS=PHOSPHATE SAP=(3 1 2 Al) SAP=(3 1 4 Br) NATREPLACE=PHOSPHATE/P
|
||||
M V30 END SGROUP
|
||||
M V30 END CTAB
|
||||
M V30 TEMPLATE 5 BASE/Thy/T NATREPLACE=BASE/T
|
||||
M V30 BEGIN CTAB
|
||||
M V30 COUNTS 10 10 2 0 0
|
||||
M V30 BEGIN ATOM
|
||||
M V30 1 C 1.8617 1.3499 0.0 0
|
||||
M V30 2 C 1.1117 0.0509 0.0 0
|
||||
M V30 3 C -0.3883 0.0509 0.0 0
|
||||
M V30 4 N -1.1382 1.35 0.0 0
|
||||
M V30 5 C -0.3882 2.649 0.0 0
|
||||
M V30 6 N 1.1117 2.6489 0.0 0
|
||||
M V30 7 O 3.0618 1.3499 0.0 0
|
||||
M V30 8 O -0.9882 3.6882 0.0 0
|
||||
M V30 9 H -2.3383 1.35 0.0 0
|
||||
M V30 10 C 1.7117 -0.9884 0.0 0
|
||||
M V30 END ATOM
|
||||
M V30 BEGIN BOND
|
||||
M V30 1 2 1 7
|
||||
M V30 2 1 1 6
|
||||
M V30 3 1 1 2
|
||||
M V30 4 2 2 3
|
||||
M V30 5 1 3 4
|
||||
M V30 6 1 4 5
|
||||
M V30 7 1 4 9
|
||||
M V30 8 2 5 8
|
||||
M V30 9 1 5 6
|
||||
M V30 10 1 2 10
|
||||
M V30 END BOND
|
||||
M V30 BEGIN SGROUP
|
||||
M V30 1 SUP 1 ATOMS=(1 9) XBONDS=(1 7) BRKXYZ=(9 0.600050 0.000000 0.000000 -
|
||||
M V30 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000) LABEL=H CLASS=L-
|
||||
M V30 GRP
|
||||
M V30 2 SUP 2 ATOMS=(9 1 2 3 4 5 6 7 8 10) XBONDS=(1 7) BRKXYZ=(9 -0.600050 -
|
||||
M V30 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.00000-
|
||||
M V30 0) LABEL=T CLASS=BASE SAP=(3 4 9 Al) SAP=(3 8 0 Ch) SAP=(3 6 0 Ch) SAP=(3 7 0 Ch) NATREPLACE=BASE/T
|
||||
M V30 END SGROUP
|
||||
M V30 END CTAB
|
||||
M V30 TEMPLATE 6 BASE/Ura/U NATREPLACE=BASE/U
|
||||
M V30 BEGIN CTAB
|
||||
M V30 COUNTS 9 9 2 0 0
|
||||
M V30 BEGIN ATOM
|
||||
M V30 1 C 1.8617 1.3499 0.0 0
|
||||
M V30 2 C 1.1117 0.0509 0.0 0
|
||||
M V30 3 C -0.3883 0.0509 0.0 0
|
||||
M V30 4 N -1.1382 1.35 0.0 0
|
||||
M V30 5 C -0.3882 2.649 0.0 0
|
||||
M V30 6 N 1.1117 2.6489 0.0 0
|
||||
M V30 7 O 3.0618 1.3499 0.0 0
|
||||
M V30 8 O -0.9882 3.6882 0.0 0
|
||||
M V30 9 H -2.3383 1.35 0.0 0
|
||||
M V30 END ATOM
|
||||
M V30 BEGIN BOND
|
||||
M V30 1 2 1 7
|
||||
M V30 2 1 1 6
|
||||
M V30 3 1 1 2
|
||||
M V30 4 2 2 3
|
||||
M V30 5 1 3 4
|
||||
M V30 6 1 4 5
|
||||
M V30 7 1 4 9
|
||||
M V30 8 2 5 8
|
||||
M V30 9 1 5 6
|
||||
M V30 END BOND
|
||||
M V30 BEGIN SGROUP
|
||||
M V30 1 SUP 1 ATOMS=(1 9) XBONDS=(1 7) BRKXYZ=(9 0.600050 0.000000 0.000000 -
|
||||
M V30 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000) LABEL=H CLASS=L-
|
||||
M V30 GRP
|
||||
M V30 2 SUP 2 ATOMS=(8 1 2 3 4 5 6 7 8) XBONDS=(1 7) BRKXYZ=(9 -0.600050 0.0-
|
||||
M V30 00000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000) -
|
||||
M V30 LABEL=U CLASS=BASE SAP=(3 4 9 Al) SAP=(3 8 0 Ch) SAP=(3 6 0 Ch) SAP=(3 7 0 Ch) NATREPLACE=BASE/U
|
||||
M V30 END SGROUP
|
||||
M V30 END CTAB
|
||||
M V30 TEMPLATE 7 SUGAR/Rib/R NATREPLACE=SUGAR/R
|
||||
M V30 BEGIN CTAB
|
||||
M V30 COUNTS 12 12 4 0 0
|
||||
M V30 BEGIN ATOM
|
||||
M V30 1 O -1.1017 -1.0663 0.0 0
|
||||
M V30 2 C -0.5897 0.3436 0.0 0 CFG=1
|
||||
M V30 3 C 0.0809 -1.9889 0.0 0 CFG=2
|
||||
M V30 4 C 0.9095 0.2924 0.0 0 CFG=2
|
||||
M V30 5 C 1.3239 -1.1493 0.0 0 CFG=1
|
||||
M V30 6 O 1.8285 1.4755 0.0 0
|
||||
M V30 7 O 2.4518 -1.5589 0.0 0
|
||||
M V30 8 C -1.431 1.5834 0.0 0
|
||||
M V30 9 O 0.0399 -3.1881 0.0 0
|
||||
M V30 10 O -2.9279 1.4755 0.0 0
|
||||
M V30 11 H -3.6017 2.4684 0.0 0
|
||||
M V30 12 H 3.0174 1.3125 0.0 0
|
||||
M V30 END ATOM
|
||||
M V30 BEGIN BOND
|
||||
M V30 1 1 1 2
|
||||
M V30 2 1 1 3
|
||||
M V30 3 1 2 4
|
||||
M V30 4 1 2 8 CFG=3
|
||||
M V30 5 1 3 5
|
||||
M V30 6 1 3 9 CFG=3
|
||||
M V30 7 1 4 5
|
||||
M V30 8 1 4 6 CFG=1
|
||||
M V30 9 1 5 7 CFG=1
|
||||
M V30 10 1 6 12
|
||||
M V30 11 1 8 10
|
||||
M V30 12 1 10 11
|
||||
M V30 END BOND
|
||||
M V30 BEGIN COLLECTION
|
||||
M V30 MDLV30/STEABS ATOMS=(4 2 3 4 5)
|
||||
M V30 END COLLECTION
|
||||
M V30 BEGIN SGROUP
|
||||
M V30 1 SUP 1 ATOMS=(1 11) XBONDS=(1 12) BRKXYZ=(9 0.336900 -0.496450 0.0000-
|
||||
M V30 00 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000) LABEL=H CLAS-
|
||||
M V30 S=LGRP
|
||||
M V30 2 SUP 2 ATOMS=(1 12) XBONDS=(1 10) BRKXYZ=(9 -0.594450 0.081500 0.0000-
|
||||
M V30 00 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000) LABEL=H CLAS-
|
||||
M V30 S=LGRP
|
||||
M V30 3 SUP 3 ATOMS=(1 9) XBONDS=(1 6) BRKXYZ=(9 0.020500 0.599600 0.000000 -
|
||||
M V30 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000) LABEL=OH CLASS=-
|
||||
M V30 LGRP
|
||||
M V30 4 SUP 4 ATOMS=(9 1 2 3 4 5 6 7 8 10) XBONDS=(3 6 10 12) BRKXYZ=(9 -0.0-
|
||||
M V30 20500 -0.599600 0.000000 0.594450 -0.081500 0.000000 0.000000 0.000000-
|
||||
M V30 0.000000) BRKXYZ=(9 -0.336900 0.496450 0.000000 0.000000 0.000000 0.0-
|
||||
M V30 00000 0.000000 0.000000 0.000000) LABEL=R CLASS=SUGAR SAP=(3 10 11 Al)-
|
||||
M V30 SAP=(3 6 12 Br) SAP=(3 3 9 Cx) NATREPLACE=SUGAR/R
|
||||
M V30 END SGROUP
|
||||
M V30 END CTAB
|
||||
M V30 TEMPLATE 8 BASE/Gua/G NATREPLACE=BASE/G
|
||||
M V30 BEGIN CTAB
|
||||
M V30 COUNTS 12 13 2 0 0
|
||||
M V30 BEGIN ATOM
|
||||
M V30 1 C 1.0354 0.2498 0.0 0
|
||||
M V30 2 C -0.0792 -0.754 0.0 0
|
||||
M V30 3 C -1.5057 -0.2906 0.0 0
|
||||
M V30 4 N -1.8177 1.1766 0.0 0
|
||||
M V30 5 C -0.7031 2.1804 0.0 0
|
||||
M V30 6 N 0.7235 1.717 0.0 0
|
||||
M V30 7 N -2.3871 -1.5034 0.0 0
|
||||
M V30 8 C -1.5053 -2.7168 0.0 0
|
||||
M V30 9 N -0.0787 -2.2532 0.0 0
|
||||
M V30 10 O 2.1768 -0.1209 0.0 0
|
||||
M V30 11 N -0.9527 3.3542 0.0 0
|
||||
M V30 12 H -3.5871 -1.5034 0.0 0
|
||||
M V30 END ATOM
|
||||
M V30 BEGIN BOND
|
||||
M V30 1 2 1 10
|
||||
M V30 2 1 1 6
|
||||
M V30 3 1 1 2
|
||||
M V30 4 1 9 2
|
||||
M V30 5 2 2 3
|
||||
M V30 6 1 7 3
|
||||
M V30 7 1 3 4
|
||||
M V30 8 2 4 5
|
||||
M V30 9 1 5 6
|
||||
M V30 10 1 5 11
|
||||
M V30 11 1 7 8
|
||||
M V30 12 1 7 12
|
||||
M V30 13 2 8 9
|
||||
M V30 END BOND
|
||||
M V30 BEGIN SGROUP
|
||||
M V30 1 SUP 1 ATOMS=(1 12) XBONDS=(1 12) BRKXYZ=(9 0.600000 0.000000 0.00000-
|
||||
M V30 0 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000) LABEL=H CLASS-
|
||||
M V30 =LGRP
|
||||
M V30 2 SUP 2 ATOMS=(11 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11) XBONDS=(1 12) BRKXYZ=(9 -0.-
|
||||
M V30 600000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 -
|
||||
M V30 0.000000) LABEL=G CLASS=BASE SAP=(3 7 12 Al) SAP=(3 11 0 Ch) SAP=(3 6 0 Ch) SAP=(3 10 0 Ch) NATREPLACE=BASE/G
|
||||
M V30 END SGROUP
|
||||
M V30 END CTAB
|
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M V30 END TEMPLATE
|
||||
M END
|
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